PLoS ONE: Specifikke genomiske regioner differentielt Påvirket af Copy Number Ændringer tværs Distinct cancertyper, i Aggregeret Cytogenetisk data

Abstrakt

Baggrund

Regionale genomiske kopi nummer ændringer (CNA) er observeret i langt de fleste kræftformer. Udover specifikt rettet mod kendte, kanoniske onkogener kan CNAs også spille mere subtile roller i forhold til modulering genetiske potentiale og brede genekspressionsmønstre udviklingslandenes tumorer. Eventuelle væsentlige forskelle i de overordnede CNA mønstre mellem forskellige typer kræft kan således pege på specifikke biologiske mekanismer, der handler i disse kræftformer. Desuden kan forskelle mellem CNA profiler vise sig værdifulde for kræft klassifikationer uden eksisterende annotation systemer.

vigtigste resultater

Vi har analyseret molekylær-cytogenetiske data fra 25579 tumorer prøver, som blev klassificeret i 160 kræft typer i henhold til International Classification of Disease (ICD) kodesystem. Når der korrigeres for forskelle i de overordnede CNA frekvenser mellem kræftformer, var relateret kræft ofte til at klynge sammen efter ligheder i deres CNA profiler. Baseret på en randomisering tilgang blev distance foranstaltninger fra klyngen dendrogrammer bruges til at identificere de specifikke genomiske regioner, der bidrog væsentligt til dette signal. Denne tilgang identificeret 43 ikke-neutrale genomiske regioner, hvis tilbøjelighed til forekomsten af ​​kopi varierede med den type kræft ved hånden nummer ændringer. Kun en delmængde af disse identificerede loci overlappede med tidligere underforståede, meget tilbagevendende (hot-spot) cytogenetiske ubalance regioner.

Konklusioner

Således mange genomiske regioner, en simpel nul-hypotesen om uafhængighed mellem kræft type og relative kopi nummer ændring frekvens kan afvises. Da en del af disse regioner viser relativt lave samlede CNA frekvenser, kan de pege på andet lag genomiske mål, der adaptivt relevante, men ikke nødvendigvis afgørende for udvikling af kræft

Henvisning:. Kumar N, Cai H, von Mering C, Baudis M (2012) Specifikke genomiske regioner differentielt påvirket af Copy Number Ændringer tværs Distinct cancertyper, i Aggregeret Cytogenetisk data. PLoS ONE 7 (8): e43689. doi: 10,1371 /journal.pone.0043689

Redaktør: Patrick Tan, Duke-National University of Singapore Graduate Medical School, Singapore

Modtaget: April 30, 2012; Accepteret: 23, 2012; Udgivet: 24 august, 2012