PLoS ONE: Pathway Analyse for Genome Wide Association Undersøgelse af lungekræft i Han kinesiske befolkning

Abstrakt

Genom-dækkende forening undersøgelser (GWAS) har identificeret en række genetiske varianter, der er forbundet med risiko lungekræft. Men disse loci forklare, kun en lille brøkdel af lungekræft hereditability og andre varianter med svag effekt kan gå tabt i GWAS tilgang på grund af den strenge signifikansniveau efter flere korrektion sammenligning. I denne undersøgelse, for at identificere vigtige enzymsystemer, der involverer lunge carcinogenese, vi udførte en to-trins sti analyse GWAS af lungekræft hos han-kinesere hjælp gen sæt berigelse analyse (GSEA) metode. Foruddefinerede veje ved BioCarta og Kegg databaserne blev systematisk evalueret på Nanjing undersøgelse (Discovery etape: 1.473 sager og 1.962 kontroller) og suggestive veje blev yderligere skal valideres i Beijing undersøgelse (Replication etape: 858 tilfælde og 1.115 kontroller). Vi fandt, at fire veje (achPathway, metPathway, At1rPathway og rac1Pathway) var konsekvent signifikant i begge undersøgelser og

P

værdier for kombineret datasæt var 0,012, 0,010, 0,022 og 0,005 henholdsvis. Disse resultater var stabile efter følsomhedsanalyse baseret på gen-definition og gen overlapninger mellem veje. Disse resultater kan give ny indsigt i ætiologien af ​​lungekræft

Henvisning:. Zhang R, Zhao Y, Chu M, Wu C, Jin G, Dai J, et al. (2013) Pathway Analyse for Genome Wide Association Undersøgelse af lungekræft i Han kinesiske befolkning. PLoS ONE 8 (3): e57763. doi: 10,1371 /journal.pone.0057763

Redaktør: Ge Zhang, Cincinnati Children ‘s Hospital Medical Center, USA

Modtaget: November 2, 2012; Accepteret: 24 Jan 2013; Udgivet: 1. marts 2013