PLoS ONE: Orthologe miRNA Gener er placeret i Cancer-associerede genomiske regioner i Human og Mouse

Abstrakt

Baggrund

MikroRNA’er (miRNA) er korte ikke-kodning RNA, der regulerer differentiering og udvikling i mange organismer og spiller en vigtig rolle i kræft.

Metodologi /vigtigste resultater

Brug en offentlig database over kortlagte retrovirale insertionssteder fra forskellige musemodeller for kræft vi vise, at MLV-afledte retrovirale indsatse er beriget i umiddelbar nærhed af muse miRNA loci. Clustered indsatser fra cancer-associerede områder (fælles Integration steder, CIS) har en højere forening med miRNA end ikke-grupperet skær. Ti CIS-associeret miRNA loci indeholder 22 miRNA findes inden for 10 kb af kendte SNG indrykninger. Kun en CIS-associerede miRNA locus overlapper en RefSeq proteinkodende gen og seks loci er placeret mere end 10 kb fra enhver RefSeq gen. CIS-associerede miRNA i gennemsnit er mere bevaret i hvirveldyr end miRNA forbundet med ikke-SNG skær og deres menneskelige homologer er også placeret i regioner forstyrret i kræft. Derudover viser vi, at miRNA gener beriget omkring promotor og /eller terminator regioner af RefSeq gener i både mus og menneske.

Konklusioner /Betydning

Vi giver en liste over ti miRNA loci potentielt involveret i udviklingen af ​​blod kræft eller hjernetumorer. Der er selvstændigt eksperimentelt støtte fra andre undersøgelser for inddragelse af miRNA fra mindst tre CIS-associerede miRNA loci i udviklingen af ​​kræft

Henvisning:. Makunin IV, Pheasant M, Simons C, Mattick JS (2007) ortologe MicroRNA Gener er placeret i Cancer-associerede genomiske regioner i human og mus. PLoS ONE 2 (11): E1133. doi: 10,1371 /journal.pone.0001133

Academic Redaktør: Christopher Arendt, Sanofi-Aventis, USA

Modtaget: 26 juli, 2007; Accepteret: 15 oktober 2007; Udgivet: November 7, 2007

Copyright: © 2007 Makunin et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af Forskningsrådet australske. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

MikroRNA’er (miRNA) er korte RNA-molekyler, -22 nukleotider lange, der kan udføre regulerende funktioner. Især kan miRNA undertrykke translation af ikke-perfekt parring til 3’UTR’er og /eller forårsage nedbrydning af mRNA’er i tilfælde af et perfekt match mellem miRNA og målrette mRNA [1]. Det forekommer, at miRNA ikke har nogen katalytisk aktivitet, men snarere fungere som sekvensspecifikke vejledninger for associeret protein komplekser, som er ansvarlige for oversættelse undertrykkelse eller nedbrydning af mRNA [2]. Antallet af kendte miRNA vokser hurtigt, og hundredvis af verificerede miRNA er kommenteret i menneskelig, mus og andre organismer (miRBase, https://microrna.sanger.ac.uk).

En række observationer peger på en sammenhæng mellem miRNA og kræft, hvilket ikke er overraskende i betragtning af deres centrale rolle i mange cellulære og udviklingsmæssige processer (for gennemgang se [3] – [5]). Et stort antal humane og muse miRNA har også vist sig at være placeret i områder, der er forbundet med cancer [6], [7]. Udtrykket af forskellige miRNA ændres i kræft og miRNA profilering kan bruges til klassificering præcis kræft [8]. Ektopisk ekspression af

mir-17-19b

klynge accelererer tumordannelse i mus og er derfor klassificeret som en potentiel onkogen [9].

retrovira, såsom det murine leukæmivirus (MLV ), kan forårsage tumordannelse hos pattedyr. Provirale insertioner kan aktivere proto-onkogener eller føre til inaktivering af tumorsuppressorgener i nærheden af ​​indsættelsesstederne. Retroviral integration sites kan bestemmes i dyr med cancer ved anvendelse omvendt PCR eller lignende teknikker, og kortlægges til genomet sekvens. Regioner huser flere indsættelsessteder tæt på hinanden, er de mest oplagte kandidater til årsagen til udviklingen af ​​kræft og er ofte opkaldt Fælles Integration steder (CISS). Generelt er kandidater til tumor-suppressor gener eller proto-onkogener udvalgt fra protein-kodende gener baseret på nærhed til CISS.

Talrige genom-dækkende skærme er blevet gennemført i musen for at identificere gener involveret i carcinogenese, især hæmatopoietiske tumorer [10] – [18]. Data fra forskellige skærmbilleder på forskellige kræftmodeller (herunder undersøgelser med genetisk modificerede mus) er udarbejdet i retroviral Tagged Cancer Gene Database (RTCGD, https://rtcgd.ncifcrf.gov) [19], som også giver anmærkninger for UCSC genom browser [20]. I RTCGD, er det CISS defineres som regioner, der indeholder to indsatser er placeret inden for 20 kb, 3 indsatser inden for 50 kb, og fire eller flere indsatser inden for 100 kb i samme cancer model (se FAQ sektion af RTCGD på http: //rtcgd. ncifcrf.gov) (for detaljer se [17]).

Men nogle CISS ikke kort i nærheden af ​​nogen kendt eller kommenteret protein-kodende sekvens. Det blev vist, at insertioner af retrovira i nærheden af ​​

mir-17-92

miRNA polycistron årsag tumordannelse og øge miRNA ekspression, hvilket indikerer, at retroviral mutagenese kan være et potent værktøj til opdagelse af onkogene miRNA [21] , [22]. I betragtning af den spirende regulerende rolle af microRNA i celledifferentiering og kræft vi analyseret sammenhængen mellem offentligt tilgængelige retroviral integration sites og kendte miRNA loci i mus genom. Vi fandt, at miRNA loci er signifikant beriget i nærheden af ​​CISS hvilket antyder, at nogle af disse miRNA loci også kan betragtes som mulige proto-onkogener eller tumorsuppressorgener.

Resultater Salg

Murin miRNA loci associeret med retrovirale fælles integration sites

Vi analyserede co-lokalisering mellem mus miRNA og retrovirale integration sites bestemt ud fra mus, der udviklede kræft. Til denne analyse anvendte vi de 363 miRNA fra miRNA register (https://microrna.sanger.ac.uk), der er blevet kortlagt til 381 steder i godt samlet fraktion af muse-genomet (fire miRNA kortlagt til mere end én beliggenhed). Placeringerne svarer til de genomiske positioner miRNA precursor-sekvenser. Vi brugte RTCGD database, der indeholder 2373 retrovirale integration steder inden Fælles Integration steder (SNG indsatser) og 3119 retroviral integration sites kortlagt udenfor CISS (ikke-SNG indsatser). Vi udelukket fra vores analyse integration lokaliteter af Sleeping Beauty transposoner fordi ikke-SNG indsættelser af Sleeping Beauty er ikke-tilfældigt fordelt blandt kromosomerne: kromosomerne 1, 4, 6 og 15 havn mere end halvdelen af ​​alle Tornerose ikke-SNG integration sites.

Ved hjælp af en lokal spejl af UCSC genom browser fandt vi, at CIS indsatser er placeret inden for 5 kb af 17 murine miRNA og inden for 10 kb af 22 miRNA. Eksempler på co-lokalisering mellem miRNA og cis inserter er vist i fig. 1 og en komplet liste over CIS-associeret miRNA er givet i tabel 1. Yderligere øge afstanden (tidligere 10 kb) ikke medføre en væsentlig forøgelse af miRNA numre tilknyttet SNG indsatser (fig. 2), hvilket indikerer, at sammenhængen mellem miRNA og SNG indsatser er maksimal på korte afstande.

Hvert panel repræsenterer 20 kb genomisk DNA. Blå trekanter angiver retrovirale integration sites, røde flåter repræsenterer miRNA, sorte bokse og linjer viser positionen af ​​splejsede udskrifter. (A) CHR11: 87,562,001-87,582,000. (B) chrX: 48,977,001-48,997,000. (C) chr14: 113,914,001-113,934,000. Genome samling MM8.

Blå diamanter repræsenterer antallet af miRNA placeret på den angivne afstand eller mindre fra SNG skær, og røde diamanter svarer til miRNA placeret på den angivne afstand eller mindre fra ikke-SNG skær. Tendenslinjen for miRNA forbundet med ikke-SNG indsatser vises som røde stiplede linje.

Vi brugte en bootstrap simulation til at estimere den statistiske signifikans af co-lokalisering mellem retrovirale integration sites og miRNA (se Materialer og fremgangsmåder). Fordi nogle miRNA er grupperet i genomet og dermed fordeles uensartet, vi grupperet miRNA til loci ved tilsætning af 5, 10, 20 eller 30 kb til hver side af miRNA placering og kombinere de overlappende områder. Denne gruppering er nødvendigt for at opretholde klynger og tandem gentagne miRNA som enkelte enheder (loci) i løbet af bootstrap procedure. Regioner i samme størrelser blev tilfældigt placeret på musen genom og tilfælde af overlapning med retrovirale integration sites blev talt. Antallet af miRNA loci, der er placeret 10 kb eller mindre fra SNG indsatse er cirka 5,5 gange højere end observeret for tilfældigt placeret loci, og sandsynligheden for at opnå en sådan række tilfældigt anslås som 1,7 × 10

-5. Berigelsen aftager med længden af ​​miRNA loci, og sandsynligheden for at opnå en lignende overlapning mellem miRNA loci og CIS skær tilfældigt er højere for længere afstande (tabel 2). Bootstrap data indikerer, at den stærkeste association mellem miRNA loci og SNG indsatser er på korte afstande, op til 10 kb. Efter aftale med dette, er antallet af CIS retrovirale indsatser tæt på de enkelte miRNA også højt beriget på korte afstande, og berigelsen aftager med afstanden.

Ikke-SNG indsatser er beriget i nærheden af ​​miRNA loci

Vi analyserede co-lokalisering mellem miRNA og retrovirale indsatse kortlagt uden for CISS. Disse ikke-SNG indsatser er ikke-klynger retroviral integration sites opnået i kræft skærme. Deres rolle (om nogen) i tumorigenese er uklar og så disse indsatse er generelt udeladt fra analysen. Lav mætning i nogle cancer skærme antyder, at nogle ikke-CIS indsatse kan være placeret i regioner, der er involveret i tumorigenese, men på den anden side er det muligt at spekulere, at nogle er blot biprodukter af skærmen cancer.

antallet af miRNA beliggende i en given afstand fra ikke-SNG indsætter stiger proportionalt med afstanden mellem miRNA og ikke-SNG indsats (R

2 = 0,9396), mens antallet af miRNA i forbindelse med SNG indsætter ikke en sådan en stærk lineær afhængighed (fig. 2) (R

2 = 0,7831). Foreningen af ​​miRNA med SNG indsatser er bedre beskrives ved en logaritmisk tendenslinje med R

2 = 0,945 (se materialer og metoder). Bootstrap simulering viste en signifikant berigelse for miRNA loci forbundet med ikke-SNG skær, især for afstande mindre end 5 kb (tabel 3). Antallet af ikke-CIS retroviral integration sites i nærheden af ​​miRNA har en lidt højere berigelse end berigelse for miRNA loci. Luk undersøgelse af miRNA loci forbundet med ikke-SNG indsatser afslørede flere loci med to uafhængige ikke-SNG indsatser ligger meget tæt på hinanden. For eksempel, blandt 13 miRNA loci (16 miRNA) med ikke-SNG indsatser inden for 10 kb, ti loci har en enkelt indsats, og tre loci har to skær. Disse nært beliggende indsatser blev isoleret fra forskellige kræftmodeller, hvilket er grunden til disse indsatser blev klassificeret som ikke-SNG. Vi analyserede fordelingen af ​​afstande mellem ikke-SNG inserter i genomet. Der er en betydelig stigning i antallet af ikke-CIS indsatse placeret inden for 3 kb fra hinanden, mens antallet af ikke-CIS insertioner ved længere afstande er mere eller mindre ensartet målt i 1 kb placeringer. I alt 332 ud af 3119 indsatse uden for CISS ligger inden for 3 kb fra hinanden.

Vi fjernede alle ikke-CIS indsatse placeret inden for 3 kb af hinanden og gentaget bootstrap analyse. Men selv dette datasæt viser ca. dobbelt berigelse for miRNA loci forbundet med ikke-SNG indsatse adskilt af 3 kb eller mere (Tabel 4). Den berigelse er ens for alle afstande analyseret, men foreningen på længere afstande er statistisk større.

Baseret på denne bootstrap analyse konkluderer vi, at miRNA loci viser den stærkeste association med SNG indsatser på korte afstande (mindre end 10 kb ). Ved afstande mindre end 10 kb berigelsen af ​​miRNA loci overlapper med SNG indsatser er to gange højere end berigelsen af ​​miRNA loci overlapper med ikke-SNG skær. På længere afstande, såsom 30 kb, miRNA loci viser en lignende forening både med SNG og ikke-SNG skær.

miRNA loci er beriget omkring starter og slutter af protein-kodende gener

Det er kendt, at integration af murine leukæmi virus og MLV-afledte vektorer fortrinsvis opstår omkring promotorregioner [23]. Ud af de 3119 ikke-CIS retrovirale sites fra RTCGD database, 1190 (38%) er placeret inden for 5 kb af kommenterede transcription start sites af RefSeq gener (besætter ~6.8% af genomet). Det svarer til mere end 5-fold berigelse, højere end berigelsen af ​​ikke-SNG indrykninger omkring miRNA loci (tabel 3 og 4). Ud af 2373 CIS skær, 989 (42%) er placeret inden for 5 kb fra annoterede transcription start sites af RefSeq gener.

Vi analyserede fordelingen af ​​miRNA loci i musegenomet i forhold til RefSeq gener. Ud af 381 miRNA steder, 155 (41%) overlap RefSeq Gener, som optager 32% af muse-genomet. Blandt disse 22 (6%) miRNA overlapper exoner (2% af genomet), og 133 (35%) befinder sig i introner (30% af genomet). Noget overraskende fandt vi, at miRNA er beriget tæt på starten eller slutningen af ​​gener: 69 (18%) og 72 (19%) miRNA er placeret inden for 5 kb af RefSeq gentranskription starten eller slutningen sites henholdsvis (~2.6 og ~2.8 fold berigelse). I alt er 105 (51%) miRNA steder ligger inden for 5 kb enten fra starten, slutningen eller begge ( 3-fold berigelse). Desuden miRNA viser lidt højere berigelse i regioner, hvor gen-start-sites er adskilt fra gen ende sites med mindre end 10 kb (data ikke vist).

MikroRNA’er forbundet med ikke-SNG indsatser tendens til at være tæt på initiativtagere til RefSeq gener mens CIS-associerede miRNA tendens til at være langt fra initiativtagere. For eksempel 13 miRNA loci (16 miRNA) har ikke-SNG indsatser kortlagt inden for 10 kb. Ud af disse er 9 loci (69%), der ligger inden for 10 kb fra RefSeq gen starter, mens ud af 10 CIS-associerede miRNA loci kun 4 er mindre end 10 kb fra RefSeq gen starter. Seks CIS-associeret miRNA loci indeholdende 17 miRNA er placeret mere end 10 kb væk fra promotorer af RefSeq gener, hvilket indikerer, at den observerede associering mellem miRNA og CISS ikke kan forklares ved co-lokalisering af miRNA nær gener. En lignende tendens ses for miRNA 5k loci (miRNA inden for 5 kb af hinanden): ud af 10 miRNA 5k loci med ikke-SNG RIS inden for 5 kb (tabel 3), 7 overlap RefSeq gen starter. Ud af 7 miRNA 5k loci med CIS RIS inden 5k (Tabel 2), 3 overlap RefSeq gen starter.

Det er interessant, er menneskelige miRNA også beriget omkring transskription starten eller slutningen steder af RefSeq gener. Der er 543 kommenterede miRNA i det humane genom kortlagt til 474 unikke miRNA precursor steder. Ud af disse 474 miRNA steder 108 (23%) er placeret inden for 5 kb af RefSeq gentranskription begyndelse eller /og slut steder (2,2 gange berigelse). Vi slået disse 474 lokationer i 311 miRNA 5k loci ved tilsætning 5 kb på hver side af forstadiet og derefter skabte basepar-wise union (OR) steder. Ud af 311 miRNA 5k loci 92 (30%) overlapper enten transkription udgangspunktet og lokaliteter af RefSeq gener eller begge. Disse 92 loci indeholder 110 (23%) miRNA forstadier. Det ser ud til, at miRNA loci i nærheden af ​​transskription starten eller slutningen websteder indeholder mindre miRNA forstadier end miRNA loci ligger længere væk fra gener (1,2 og 1,7 miRNA forstadier pr loci, henholdsvis).

SNG-associerede miRNA er bevaret og deres menneskelige ortologer er placeret i cancer-associerede regioner

CIS-associerede miRNA har nogle fælles træk. De fleste (21 ud af 22) CIS-associerede miRNA er placeret uden for RefSeq proteinkodende gener. Undtagelsen,

mir-135a-1

, ligger i 3’UTR af genet 6230410P16Rik. I modsætning hertil er 5 ud af 16 miRNA som har ikke-CIS inserter inden for 10 kb placeret inden RefSeq gener. I gennemsnit CIS-associerede miRNA loci indeholder flere miRNA end ikke-CIS forbundet miRNA loci (2,2 og 1,2 miRNA pr locus, henholdsvis).

CIS-associerede miRNA tendens til at være mere bevaret end miRNA forbundet med ikke- SNG skær, både i opstillinger af flere hvirveldyr og mennesker og mus parvise sammenligninger. Først brugte vi forudberegnede phastCons [24] bevarelse scores baseret på 17 hvirveldyr for hele miRNA precursor-sekvenser. Den gennemsnitlige bevaring score for 22 CIS-associerede miRNA er 0,941 versus 0,739 for 16 ikke-SNG-associeret miRNA (se materialer og metoder for detaljer). For det andet, vi sammenlignet sekvensidentiteten mellem muse miRNA prækursorer og deres ortologe humane sekvenser. CIS-associeret mus miRNA forstadier har 96% identitet med humane sekvenser, mens ikke-SNG-associerede miRNA display 91% identitet, lidt lavere end gennemsnittet identitet niveauet for alle mus miRNA forstadier (92%). Desuden CIS-associerede miRNA forstadier har betydeligt færre indels mellem mus og mennesker sekvenser.

I betragtning af den høje bevarelse af CIS-associerede miRNA vi kiggede for inddragelse af menneskelige homologer i udviklingen af ​​kræft. Humane homologer af otte CIS-associerede miRNA loci er placeret i skrøbelige regioner og regioner, der er involveret i kræft [7] (tabel 1). Det er blevet vist, at miRNA er generelt nedreguleret i cancer [8]. Vi sammenlignede derfor de tilgængelige data om vævsspecifik ekspression af humane miRNA [25] og den type cancer associeret med CISS (blod eller hjerne kræft) placeret i nærheden af ​​homologe murine miRNA. Otte CIS-associerede miRNA loci er co-lokaliseret med indsættelser bestemt ud fra forskellige former for blodkræft (tabel 1). Humane udtryk data i 24 forskellige menneskelige organer og celletyper var til rådighed for ortologer af medlemmer af 7 disse loci [25]. Der er en høj korrespondance mellem miRNA udtryk mønster og hvilken type kræft fremkaldt af retroviral indsættelse i nærheden af ​​disse miRNA. Fem loci har menneskelige miRNA ortologer hvis udtryk er højest i væv, der er forbundet med blod udvikling, såsom knoglemarv eller thymus. En anden miRNA,

miR-22

, er beriget i thymus, selv om det er mest forekommende i skeletmuskulatur [25].

Diskussion

Her viser vi, at murine miRNA er forbundet med CISS. Den berigelse af miRNA loci i nærheden af ​​SNG indsatse er højere end berigelse af miRNA omkring ikke-grupperet retrovirale indsættelser placeret uden for CISS. Alle undtagen en CIS-associerede miRNA er beliggende uden RefSeq gener og nogle af dem kan klassificeres som proto-onkogener eller tumor-suppressor gener. Faktisk velkarakteriserede onkogene miRNA klynge

mir-17-92

[9], [26] er forbundet med CIS skær (tabel 1). Ektopisk ekspression af mir-17-92 klynge accelererer tumorudvikling i et muse B-celle lymfom modellen [9]. Et andet eksempel er

mir-106a

miRNA cistron, som viser talrige retrovirale integrationer i en lymfocyt tumor skærm: tumorer indeholdt inserter tæt på

mir-106a

miRNA klynge udviser op til en 20-fold højere ekspression af disse miRNA [27]. Der er også visse tegn på involvering af

mir-142

i udviklingen af ​​kræft [28].

Formelt kan vi ikke udelukke, at indsættelser påvirker (fjernt) regulerende elementer beliggende i

cis

til protein-kodende gener, især når CISS forekommer relativt tæt på gener, fx i

HOX

klynger (fig. 1c). , En lige så hvis ikke mere sandsynlig forklaring er, at retrovirale indsættelser er årsag ændringer i ekspressionen af ​​miRNA gener, især i de tilfælde, hvor indsættelser opstår i umiddelbar nærhed af miRNA, snarere end at påvirke fjernere protein-kodende gener. For eksempel er alle fem SNG indsættelser i regionen XqA5 er mindre end 5 kb fra de tre miRNA opført men mere end 120 kb fra den tildelte RIS-genet

Gpc3

, og fire ud af syv SNG indrykninger i region 11qC er tættere til

mir-142

end til den nærmeste tildelt gen

Supt4h2

. Det er også muligt, at denne (nogle) miRNA gener har chromatinstruktur åben for retroviral integration ligner promotorområder af protein-kodende gener. CIS-associerede miRNA udgør potentielle kandidater til yderligere eksperimentelle studier i forbindelse med kræft forening.

Det fremgår, at miRNA er beriget omkring transskription starten og /eller slutningen steder af protein-kodende gener i både mennesker og mus . Overvejer stærk slagside af MLV integrationer omkring promotorregioner [23] er det muligt at spekulere, at den observerede berigelse af ikke-CIS retrovirale insertioner nær miRNA kan være i det mindste delvis skyldes den præferentielle placering af miRNA omkring promotorregioner. Interessant, miRNA beliggende tæt på transskription starten eller slutningen sites tendens til at være ikke-grupperet indikerer en anden type organisering af disse miRNA gener.

Materialer og metoder

Vi brugte miRBase frigive 9.0 (oktober 2006), som indeholder 373 mus miRNA, 363 hvoraf blev kortlagt til 381 steder i Mouse feb 2006 (MM8) genom samling (Build 36 “i det væsentlige komplet” samling af NCBI).

den version af juli 2006 retroviral Tagged Cancer Gene Database (RTCGD, https://rtcgd.ncifcrf.gov) [19] indeholder 2373 retroviral integration sites er klassificeret som en del af fælles integration steder (CISS), og 3119 retroviral integration sites klassificeret som ligger uden for CISS.

Alle analyser blev udført på et lokalt spejl af UCSC Genome Browser [20].

Bootstrap analyse blev udført på samme måde som [29]. Kort fortalt blev miRNA fusioneret ind miRNA loci ved tilsætning af 5, 10, 20 eller 30 kb på hver side med efterfølgende basis-parvis union (OR) på UCSC Genome Browser. De resulterende loci blev tilfældigt placeret på musen genom med kortlagt SNG indsatser eller indlæg uden for CISS og eventuelle tilfælde af overlap blev talt. Genome montage huller blev fjernet fra analysen. Overlapninger mellem tilfældigt placeret loci var forbudt. For hver bootstrap test vi 10

7 iterationer.

Bevarelsen af ​​mus miRNA blev anslået ved hjælp phastCons bevarelse scores [24] for hele miRNA forstadier. De phastCons bevarelse scoringer var baseret på muse-centreret opstillinger af 17 arter og blev opnået fra UCSC genom browser [20]. De gennemsnitlige phastCons score baser inden for hver kendt miRNA blev beregnet ved hjælp af UCSC hgWiggle nytte og -doStats flag. Mus-humane basis-pair identitet scoringer blev beregnet ved hjælp af parvise genom alignments opnået fra UCSC genom browser og UCSC hjælpeprogrammer axtAndBed og axtCalcMatrix

berigelse af miRNA omkring transskription starten eller slutningen sites blev beregnet som følger:. Alle RefSeq gen transskription start og slut steder blev udvundet fra genomet browser. Anmærkninger blev skabt ved at tilsætte 5 eller 10 kb til enhver transskription starten eller slutningen site. Den berigelse blev beregnet som forholdet mellem den del af miRNA overlapper disse anmærkninger og den del af genomet besat af de tilsvarende anmærkninger.

De lineære og logaritmiske tendenslinjer og R2-værdier blev beregnet ved hjælp af Microsoft Excel 2003. lineære tendenslinjen for miRNA forbundet med ikke-SNG indsatser blev beskrevet af y = 1.2286x + 6,3333 med R

2 = 0,9396. Den lineære tendenslinje for miRNA forbundet med SNG indsatser blev beskrevet af y = 0.3371x + 17,6 og R

2 = 0,7831. Den logaritmiske tendenslinje for miRNA forbundet med SNG indsatser blev beskrevet af y = 5.2282Ln (x) 9,3527 med R

2 = 0,945.

Tak

Vi vil gerne takke retroviral Tagged Cancer Gene Database (RTCGD) for deres bistand i at give adgang til de kortlagte retrovirale indsættelse positioner. Vi vil gerne takke anonyme anmeldere for konstruktive kommentarer og forslag.