PLoS ONE: Personlig Pathway Berigelse Kort af formodede Cancer Gener fra Next Generation Sequencing data

Abstrakt

Baggrund

Pathway analyse af et sæt af gener er et vigtigt område i stor skala

miske

dataanalyse. Men anvendelsen af ​​traditionelle vej berigelse metoder til næste generation sekventering (NGS) data er tilbøjelig til flere potentielle bias, herunder genomiske /genetiske faktorer (fx de særlige sygdom og gen længde) og miljømæssige faktorer (fx personlig livsstil og hyppigheden og dosering af eksponering for mutagener). Derfor er et presserende behov for nye metoder til disse nye datatyper, især for individuel-specifikke genomdata.

Metode

I denne undersøgelse, vi foreslog en ny metode til vejen analyse af NGS mutation data ved udtrykkeligt under hensyntagen til gen-wise mutation rate. Vi skønnede genet-wise mutation sats baseret på den enkelte specifikke baggrund mutation sats sammen med genet længde. Tager mutationen sats som en vægt for hvert gen, vores vægtede resampling strategi bygger null fordeling for hver vej, mens matche gen længde mønstre. Den empiriske

P

opnåede værdi derefter giver en justeret statistisk vurdering.

vigtigste resultater /konklusioner

Vi viste vores vægtede resampling metode til en lunge adenokarcinomer datasæt og et glioblastom datasæt, og sammenlignet det med andre almindeligt anvendte metoder. Ved eksplicit at justere gen-længde, den vægtede resampling metoden fungerer samt standard metoder for væsentlige veje med stærke beviser. Vigtigt er det, kan vores metode effektivt afvise mange marginalt signifikante veje påvises ved standardmetoder, herunder flere lange gen-baserede, kræft-relateret veje. Vi endvidere vist, at ved at reducere sådanne fordomme, pathway krydstale for hver enkelt og sti co-mutation map tværs af flere individer kan objektivt udforskes og evalueres. Denne fremgangsmåde udfører pathway analyse i en prøve-centreret måde og tilvejebringer en alternativ måde til nøjagtig analyse af kræft-personaliserede genomer. Den kan udvides til andre typer af genomiske data (genotype og methylering), der har lignende skævhed problemer

Henvisning:. Jia P, Zhao Z (2012) Personlig Pathway Berigelse Kort af formodede Cancer Gener fra Next Generation Sequencing data . PLoS ONE 7 (5): e37595. doi: 10,1371 /journal.pone.0037595

Redaktør: Steve Horvath, University of California Los Angeles, USA

Modtaget: December 21, 2011; Accepteret dateret 25. april 2012; Udgivet: 18 maj, 2012