PLoS ONE: RNA-Seq afslører Spliceosome og proteasom Gener som mest konsekvente Udskrifter i humane cancerceller

Abstrakte

Præcis kvantificering af genekspression ved QRT-PCR er afhængig af normalisering mod en konsekvent udtrykt kontrol gen. Imidlertid er kontrol gener til fælles brug ofte varierer meget mellem prøver, især i cancer. Fremkomsten af ​​Next Generation Sequencing teknologi giver mulighed for bedre at vælge kontrol gener med mindst celle til celle variation i steady state transcript niveauer. Her analyserer vi de transcriptomes af 55 leukæmi prøver at identificere de mest konsekvente gener. Denne liste er beriget for komponenter af proteasomet (ex.

PSMA1

) og spliceosome (ex.

SF3B2

), og omfatter også oversættelsen indledning faktor

EIF4H

, og mange heterogene nukleare ribonukleoprotein gener (tidl.

HNRNPL

). Vi har valideret sammenhængen i vores nye kontrol gener i 1933 kræft og normale væv ved hjælp af offentligt tilgængelige RNA-seq data, og deres anvendelighed i QRT-PCR-analyse fremgår klart

Henvisning:. MacRae T, Sargeant T, Lemieux S, Hébert J, Deneault É, Sauvageau G (2013) RNA-Seq afslører Spliceosome og proteasom Gener som mest konsekvente Udskrifter i humane cancerceller. PLoS ONE 8 (9): e72884. doi: 10,1371 /journal.pone.0072884

Redaktør: Robert W. Sobol, University of Pittsburgh, USA

Modtaget: April 3, 2013; Accepteret: 22 Jul 2013; Udgivet: 17 september, 2013