PLoS ONE: Valg af mikrosatellitmarkører for blærekræft Diagnose uden behov for Tilsvarende Blood

Abstrakt

mikrosatellitmarkører anvendes til tab af heterozygositet, allel ubalance og klonalitet analyser i kræft. Normalt er tumor-DNA sammenlignet med tilsvarende normale DNA. Men normalt DNA er ikke altid til rådighed og kan vise afvigende allel-forhold på grund af kopital variationer i genomet. Endvidere kan stutter toppe komplicere analysen. At bruge mikrosatellitmarkører til diagnose af tilbagevendende blærekræft, vi havde til formål at vælge markører uden stutter toppe og et konstant forhold mellem alleler, hvorved behovet for en kontrol-DNA-prøve. Vi undersøgte 49 mikrosatellitmarkører med tri- og tetranukleotid gentagelser i regioner almindeligt tabt i blærekræft. Baseret på analyse af 50 blod DNA de 12 mest effektive markører blev udvalgt med få stutter toppe og et konstant forhold mellem toppe højder. Per markør øvre og nedre afskåret værdier for allel nøgletal blev bestemt. LOH af markørerne blev observeret i 59/104 tumor DNA. Vi derefter bestemmes følsomheden af ​​markørpanel til påvisning af recidiverende blærecancer ved analyse 102 urinprøver fra disse patienter. Følsomhed var 63%, når patienterne blev stratificeret for LOH i deres primære tumorer. Vi viser, at up-front udvalg af mikrosatellitmarkører udsletter behovet for en tilsvarende blodprøve. For diagnose af blærekræft gentagelser i urin dette reducerer omkostningerne betydeligt. Desuden denne fremgangsmåde letter retrospektiv analyse af arkivers tumor prøver til allel ubalance

Henvisning:. Van Tilborg AAG, Kompier LC, Lurkin I, Poort R, El Bouazzaoui S, van der Keur K, et al. (2012) Valg af mikrosatellitmarkører for blærekræft Diagnose uden behov for Tilsvarende Blood. PLoS ONE 7 (8): e43345. doi: 10,1371 /journal.pone.0043345

Redaktør: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan

Modtaget: April 2, 2012; Accepteret: 19 Juli 2012; Udgivet: 22 august, 2012