PLoS ONE: Korruption af Intra-Gene DNA Methylering Architecture er kendetegnende for kræft

Abstrakt

Epigenetisk processer – herunder DNA methylering – i stigende grad ses som en fundamental rolle i kroniske sygdomme som kræft. Det er velkendt, at methylering niveauer på bestemte gener eller loci varierer mellem normal og sygdomsramt væv. Her undersøger vi, om intra-genet methylering arkitektur den er beskadiget i cancer og om variabiliteten af ​​niveauer af methylering af individuelle CpG’er inden for et defineret gen er i stand til at skelne kræft fra normalt væv, og er forbundet med heterogen tumor fænotype, som defineret af gen udtryk. Vi analyserede 270985 CpG’er kommenteret til 18272 gener, i 3284 kræft og 681 normale prøver, svarende til 14 forskellige typer kræft. Dermed fandt vi nye forskelle i intra-gen methylering mønster på tværs af fænotyper, især i de gener, der er afgørende for stamcellebiologi; vores mål for intra-gen methylering arkitektur er en bedre determinant for fænotype end foranstaltninger baseret på gennemsnitlige methylering plan alene (K-S test i alle 14 sygdomme testet). Disse per-genet methylering foranstaltninger også udgøre en betydelig reduktion i kompleksitet, sammenlignet med konventionel pr-CpG beta-værdier. Vores resultater støtter stærkt det synspunkt, at intra-gen methylering arkitektur har stor klinisk potentiale for udvikling af DNA-baserede kræft biomarkører

Henvisning:. Bartlett TE, Zaikin A, Olhede SC, West J, Teschendorff AE, Widschwendter M (2013) korruption af Intra-Gene DNA Methylering Architecture er kendetegnende for kræft. PLoS ONE 8 (7): e68285. doi: 10,1371 /journal.pone.0068285

Redaktør: Zoran Culig, Innsbruck Medical University, Østrig

Modtaget 11. april 2013; Accepteret: 26 maj 2013; Udgivet: den 16. juli, 2013