Forskere ved Rice University og University of Texas MDAnderson Cancer Center har med succes profileret protein pathwaysfound at være karakteristisk for leukæmi patienter med bestemte varianter af sygdommen. Deres forskning er involveret oprettelsen af en ny computationalapproach at identificere komplekse netværk i protein signalering. Theyreported deres arbejde i denne måned i tidsskriftet Proteomics. Med deres nye metode, Rice Bioengineer Amina Qutub, MD Andersonclinician og videnskabsmand Steven Kornblau og Rice graduate studentHeather York analyseret mere end et årti værd af data. Theyidentified mønstre i ekspressionen af 203 proteiner undersøgte incells af akut myeloid leukæmi (AML) patienter og fundet næsten 700 protein par (fra amongthousands af muligheder) impliceret i sådanne netværk.
Målet er at finjustere terapi for patienter, sagde Qutub. Hvis it’spossible at kende protein signalveje af særlig typesof leukæmi, sagde hun, så lægemidler kan findes – eller designet – totarget sygdommen ved at blokere disse veje. “Leukæmi er ikke bare en sygdom,” siger Qutub, der deltog Riceas en bachelor og er nu en assisterende professor ofbioengineering baseret på Rices BioScience Research Collaborative. “Det er mange, mange sygdomme slået i én kategori. Du kan ikke bruge asledgehammer tilgang til behandle det, selvom det er det, clinicianshave gjort. ” “En Phillips skruetrækker gør fantastisk, hvis du har fået et kryds onyour skruehoved,” sagde Kornblau.
“Det virker ikke meget godt ifyou’ve fik en slot. Virksomhederne har medicin, der kan arbejde gangbustersin en lille brøkdel af patienterne, men hvis du studere et largeaggregate, betyder det ikke at ligne en meget aktivt middel. Ideelt hvis itworks i 5 procent af patienterne og kan du hente dem ud foran oftime, du lægger dem på rette narkotika og skåne de andre 95 percentfrom få et stof, der ikke vil hjælpe dem. ” Det er ikke usædvanligt for leukæmi patienter til at gå i remission, Qutubsaid, men de fleste lider et tilbagefald inden for to år. “Vi forsøger tofigure ud af, hvad er så anderledes ved disse patienter, og om wecan forbedre deres behandling.
Den eneste måde, vi ved, at gøre det er tofigure ud protein signatur.” Proteiner er arbejdsheste cellen. Lavet fra blueprintsstored i DNA, de passerer kemiske signaler fra den ene til anden withinstructions på næsten enhver aktivitet en celle er i stand til. Butwhen deres grundlæggende kodning er forvrænget, kan de lige så nemt causea celle til selvdestruktion. Qutub sammenlignede protein signalveje til bytrafik.
“Youmight tage et tog, køre bil, gå eller tage en cykel, buteventually du ville komme til din placering,” sagde hun. “Hos cancerpatienter, protein veje synes at følge mønstre I normalcells er der fremherskende veje, og mens du kan have thesame veje i kræftceller, kan de også have alternateroutes -.. Og tage dem, i varierende grad” Specifikke ruter proteiner bruger til at passere signaler kan være nøglen todetermining deres type, så det var værd at undersøge en treasuretrove af data, der var indsamlet fra MD Anderson patienter, sagde Qutub. Projektet begyndte med et tilfældigt møde af Qutub og Kornblau på aconference i Colorado på hypoxi.
“Steve sagde:” Du workingwith matematisk modellering af hypoxisk svar. Jeg har en patientset Jeg tror, du kunne være interesseret i. ‘ Det er, hvordan det startede, andit tog os ned en meget anderledes vej, ved hjælp af maskine-learningalgorithms og statistiske teknikker, der ikke havde været en del af mycore forskning, men som nu er blevet en integreret del både dette projekt andother forskning i laboratoriet, “sagde Qutub. WHO havde kategoriseret AML-patienter bycertain celle fænotyper, Qutub sagde, “men meget lidt havde været doneat proteinniveau. Vores kliniske samarbejdspartnere havde startedgenetic og proteom undersøgelser et stykke tid tilbage og identificeret recurrentpatterns af protein udtryk, hvoraf nogle var forbundet withrecurrent kromosomale ændringer som ‘inv (16),’ inversion ofchromosome 16, eller ‘t (8; 21), «. som er den transponerede af de 8 og 21chromosomes” De findes i omkring 15 procent af patienterne withAML, sagde hun.
“Patienter med disse to kromosomale ændringer reagere mere favorablyto nuværende AML terapi” Kornblau sagde, “og generne fra hver ofthese genetiske abnormiteter er involveret i samme transcriptionfactor komplekse, hvilket skaber en mekanistisk link. Men trods thismechanistic link, de er forskellige i nogle kliniske funktioner andoutcome. ” Kornblau data var præcis, hvad Qutub og hendes gruppe havde brug for. Theytargeted inv (16) og t (8; 21) for at lære, hvad protein veje werecommon til begge disse cytogenetisk kategorier, hvad der kunne explaintheir øget lydhørhed og hvilke ændringer var unik for eachthat kunne forklare deres kliniske forskelle. Fra massen ofdata – mere end 20.000 mulige proteinpar – de fandt that678 par relateret til inv (16) og t (8; 21) blev significantlydifferent sammenlignet med normale celler. “Der er nogle genetiske markører, der er helt sikkert forbundet witha prognose for leukæmi,” sagde Qutub.
“Og andre ting kan causeleukemia – akut myeloid især -. Måske endda chemotherapyitself Den måde kræftpatienter behandles, kan være causingmutations og til gengæld udløser leukæmiske svar.” Med deres analysemetode afprøvede, Qutub og hendes teamcan nu statistisk gruppe patienter, som får particularprotein veje efter alder, køn, behandlingsformer og andre kriterier, andthen tage et nærmere kig på protein signalveje i knoglemarvsmakrofagafstamning-afledte stamceller, en hovedmistænkt hos patienter, som tilbagefald selv efter årtier ofremission. “Vi tror, at noget skal være entydigt om stamceller,” sagde hun. Det centrale problem med alle kræftformer, herunder leukæmi, er theirplasticity, sagde hun.
“Kræft har flere måder at komme til thesame destination. Du prøver ét stof, og kræft er går tocircumvent dig og gå en anden måde. Det vi prøver at sige er, ‘Her er alle de mulige måder,’ så vi kan begynde at målrette theintersections. ” Yderligere Referencer citater.
Jeg er en ekspert fra dimmableledlight-bulbs.com, mens vi giver den kvalitet, såsom LED Par lampe Producent, LED Spot Light Bulb, LED House pærer, og mere.
Leave a Reply
Du skal være logget ind for at skrive en kommentar.