Abstrakt
Avanceret ovariekræft (AOC) er en af de førende dødelige gynækologiske kræftformer i udviklede lande. Baseret på den vigtige rolle af angiogenese i ovariecancer onkogenese og ekspansion, vi hypotese, at udviklingen af en “angiogen signatur” kan være nyttige i forudsigelse af prognose og effekt af antiangiogene terapier i denne sygdom. Sixty-ni prøver af ascitisk væske- 35 fra platin følsomme og 34 fra platin-resistente patienter behandles med cytoreduktive kirurgi og 1
st-line carboplatin-baserede kemoterapi- blev analyseret under anvendelse af Proteome Profiler
TM Humant Angiogenese Array Kit, screening for tilstedeværelsen af 55 opløselige angiogenese-faktorer. Et protein profil baseret på ekspressionen af en delmængde af 25 faktorer kunne at adskille resistente fra følsomme patienter med en succesrate på ca. 90%. Proteinet profil svarende til “følsomme” delmængde var forbundet med signifikant længere progressionsfri overlevelse (8 [95% konfidensinterval {CI}: 8-9] vs. 20 måneder [95% CI: 15-28]; Hazard ratio {HR} : 8.3, s 0,001) og OS (20,5 måneder [95% CI: 13.5-30] vs 74 måneder [95% CI: 36-ikke nået] HR: 5,6 [95% CI: 2.8-11.2]; p Accepteret: 13. maj 2016 Udgivet: 3 juni 2016
Copyright: © 2016 Trachana et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres
Data Tilgængelighed:. Alle relevante data er inden for papir og dens støtte Information filer
Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af en pædagogisk tildeling af Hellenic Society of Medical Oncology (Hesmo). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser
Introduktion
kræft i æggestokkene er den mest dødelige gynækologiske form for kræft i de udviklede lande. Ifølge SEER data, ca 23000 kvinder vil blive diagnosticeret med kræft i æggestokkene i de kommende år, og omkring 15000 af dem vil dø af sygdommen [1]. Letalitet denne sygdom skyldes hovedsagelig det faktum, at mere end 75% af æggestokkene kræftpatienter stede med fremskreden sygdom [2]. Behandling af fremskreden sygdom involverer cytoreduktive kirurgi kombineret med carboplatin /paclitaxel kemoterapi. På trods af den indledende effektiviteten af denne terapeutiske tilgang, vil de fleste kvinder tilbagefald, med en median PFS på omkring 18 måneder, og i sidste ende dø af kræft i æggestokkene [3]. Den one-size-fits-all tilgang tager ikke højde for den brede genomiske og proteomisk mangfoldighed ovarietumorer. Nøjagtig måling af protein markører vil være afgørende at skelne effektiv fra ineffektive behandlinger. En voksende pipeline af målrettede behandlinger og øget forståelse for de molekylære chauffører ovariecancer har affødt en række nye metoder til påvisning og overvågning behandling; disse tilgange omfatter primært blodprøver for cirkulerende tumorceller, tumorafledte exosomer, stamceller /progenitorceller, opløselige tumormarkører, samt anvendelse af genomisk eller proteom oplysninger [4-8]. Ikke desto mindre, er der stadig ingen pålidelige biomarkører stand til at identificere æggestokkene kræft behandlingssvigt før radiografisk eller biokemisk tegn på progression.
angiogenese, er en proces i produktionen af nye blodkar og er kendetegnende for kræft relateret til tumor overlevelse og induktion af tumormetastase [9]. Den udgør en dynamisk proces, hvor både pro-angiogene og antiangiogene proteiner er involveret i reguleringen af angiogenese. Angiogenese spiller en stor rolle i tumorigenese, tumor ekspansion og ascites dannelse i kræft i æggestokkene. Den senere betegner en let tilgængelig biologisk væske sammenlignet med tumorprøver, mens det kan være mere repræsentative for den biologiske opførsel af ovariecancer sammenlignet med blod [10]. Vi har tidligere vist, at VEGF-niveauer er signifikant højere i ascites hos kvinder med fremskreden ovariecancer sammenlignet med dem i serum fra de samme patienter [11], hvilket antyder, at den angiogene aktivitet er mest intense i bughulen, den anatomiske region den højeste sygdomsbyrde. Desuden har de høje VEGF-niveauer vist sig at være en negativ uafhængig prognostisk faktor i avanceret ovariecancer patienter bliver også forbundet med resistens over for behandling [11]. Derfor er hæmning af angiogenese er et vigtigt mål i kampen mod kræft i æggestokkene. I øjeblikket har anti-VEGF monoklonalt antistof bevacizumab blevet godkendt til primær behandling samt behandling af tilbagefald af kræft i æggestokkene, mens andre anti-VEGF-receptortyrosinkinase-inhibitorer og anti-angiopoietin midler har vist virkningsfuldhed i denne sygdom [12]. Alligevel ikke alle patienter drage fordel af disse behandlinger, som også har betydelige toksiciteter.
Af de ovennævnte grunde, vi den hypotese, at en “angiogen signatur”, der består af et panel af angiogene faktorer, der kan være til stede hos patienter ‘ascitesvæske, kan være en nøjagtig prognostisk værktøj samt et middel til udvælgelse af patienter med ovariecancer, som kan drage fordel af antiangiogene terapier. Vi skal hermed udviklingen af en sådan “signatur” baseret på ekspressionen af 55 formodede kræft i æggestokkene markører for angiogenese i ascites. For at udvikle vores model anvendte vi resistens mod kemoterapi som den udslagsgivende faktor til at identificere en positiv vs. en ugunstig angiogent protein profil. Foreningen af øget angiogenese med kemoresistens støttes af en betydelig mængde af beviser fra prækliniske studier. Vejledende, forbehandling af cancerceller med cisplatin inducerer en pro-angiogen ekspression skift og fører til forøget angiogen aktivitet, når celler blev behandlet med forskellige kemoterapeutika, herunder cisplatin [13]. Desuden har krydstale mellem VEGF og det anti-apoptotiske bcl-2-protein blevet beskrevet [14], mens nedregulering af bcl-2 fører både til reduceret angiogenese og følsomhed over for kemoterapi og strålebehandling [15,16].
Vi fandt, at et reduceret markørsæt kan danne et lovende redskab, som er stærkt forbundet med prognose efter cytoreduktive kirurgi og standard cytotoksisk kemoterapi. Efter passende validering, kan denne fremgangsmåde anvendes til molekylær-rettet antiangiogen terapi i kræft i æggestokkene.
Patienter og metoder
Patienter
Sixty-ni patienter med æggestokkene kræft og som opfylder følgende kriterier deltog i dette observationsstudie, single-institution studie: Stage III til IV (ifølge Figo retningslinjer); patienter bør planlægges til at modtage carboplatin-baserede 1
st-line kemoterapi; patienter havde ascites ved præsentationen; ingen anti-cancer behandling havde fået før ascites kollektion. Ascites blev prospektivt indsamlet, men efterfølgende analyseret. Alle patienter blev behandlet på en
st Dept for Obstetrik og Gynækologi (University of Athens, Alexandra General Hospital, Athen, Grækenland) og Dept of Clinical Therapeutics (University of Athens, Alexandra General Hospital, Athen, Grækenland). Undersøgelsen protokol havde passende Institutional Review Board godkendelse (Alexandra General Hospital, Athen, Grækenland) og skriftligt informeret samtykke blev givet af alle fag for indsamling og undersøgelse af ascitesvæsken. Undersøgelsen blev gennemført i overensstemmelse med principperne i erklæringen fra Helsinki.
Ascitesvæske blev indsamlet før administration af systemisk terapi (enten under primær cytoreduktive kirurgi eller paracentese hvis laparotomi blev ikke udført). Det blev blandet under sterile forhold med heparin (2u /ml) (LEO Pharmaceuticals, Danmark), centrifugeret ved 4 ° C ved 1600 rpm, pellet blev kasseret, og supernatanten blev opbevaret og afkølet successivt til -20 ° C i 1-2 timer og derefter overført til på -80 ° C, hvor den forblev indtil anvendelse.
Efter behandlingen modtog alle patienter opfølgende kontrol med CT-scanning hver 6. måned og CA-125 måling hver 3. måned efter institutionel protokol. Patienter, der fik tilbagefald under eller inden for seks måneder efter afslutningen af første-line kemoterapi blev klassificeret som platin resistente, mens patienter over 6 måneder uden tilbagefald blev klassificeret som platin følsomme ifølge GCIG klassifikationen [17]. Tilbagefald er fastsat ved hjælp radiologisk eller CA-125 progression (hvad var først) [17].
Array baseret detektion af angiogene faktorer
Array detektion blev udført i 69 prøver af ascitesvæske. For at udvikle en prognostisk “signatur”, blev platin modstand anvendt som et surrogat for prognose:. 35 prøver fra platin følsomme patienter og 34 prøver fra platin-resistente patienter blev analyseret
Proteome Profiler
TM Menneskelig angiogenese Array Kit, (R 0 blev bibeholdt. Anvendelsen af funktionen udvælgelse til den oprindelige datasæt førte til en delmængde af 25 faktorer ekspressionsniveauerne af som kunne bedst adskiller de to klasser af patienter (se resultater).
Evaluering af classifiers ‘predictive præstationer gennem krydsvalidering
for udvælgelsen af de bedste klassificeringen til at træne med den reducerede datasæt af 25 faktorer (se resultater), et gitter scanning i parameter rum af forskellige algoritmer klassificering (Support Vector Machines, Random Skove, Naive Bayes og Linear diskriminant Analyse) kombineret med 4-fold krydsvalidering blev udført (se afsnittet Resultater), med henblik på at optimere klassificering parametre, idet der som et kriterium for areal under kurven (AUC) maksimering. Dette trin bekræftede, at den bedste klassificering algoritme til dette datasæt var SVM klassifikator (lineær kerne, C 0,001, gamma 0,001). For yderligere at evaluere resultaterne af alle klassificører forudsige den korrekte klasse (positiv /resistent) af en “usynlig” patient (der ikke er blevet medtaget i uddannelsen), når uddannet i alle tilgængelige mærkede prøver, vi brugte en Leave-One -Out Cross Validation (LOOCV) tilgang. I ordningen LOOCV klassificering, er en klassifikatør trænet med alle patientprøver, undtagen én, som er fortløbende forelægges klasse forudsigelse ved hjælp af uddannet klassificeringen (uddannet model). Processen gentages for hver patientprøve og giver en estimering af udførelsen af klassificeringen med hensyn til ukendte patientprøver.
Alle førnævnte træk udvælgelse og klassificering procedurer blev implementeret i Python scikit-lære pakke.
HeatMap repræsentation
for HeatMap repræsentation de normaliserede ekspressionsniveauerne af de 25 angiogene faktorer blev først log2 transformeret og de relative udtryk blev estimeret ifølge medianen udtryk for hver faktor. En måde (kun ekspressions-værdier) hierarkisk klyngedannelse blev udført i GeneARMADA (kobling metode: Gennemsnitlig, afstand: cosinus)
VEGF ascites niveauer Salg
VEGF i ascites blev målt ved ELISA ifølge producentens. instruktioner (R patienter ikke død eller uden tilbagefald blev censureret på datoen for sidste kontakt. Overlevelse fordelinger blev estimeret ved anvendelse af Kaplan-Meier-metoden; log-rank test for lige efterladte funktioner mellem behandlingsgrupper blev brugt. Cox proportionel risiko regressions analyse (univariate og multivariate) blev udført for at vurdere indflydelsen på OS og PFS af proteinet profil ( “følsomme” vs. “resistent”), VEGF ( median vs. ≤ median), histologi (serøs vs . ikke serøs), alder ( 60 vs. ≤60) og resterende sygdom efter primær cytoreduktion (≤ 1 cm vs. 1 cm). Variabler med p 0,1 i univariat analyse blev indgået de multivariate modeller
Resultater
Patienter
Fra marts 2009 til januar 2013 prøver af ascites fra 69 patienter (35 platin. følsomme og 34 platin-resistent) med æggestokkræft blev opnået. Deres baseline karakteristika er vist i tabel 2. I alle tilfælde blev ascites opnået ved første diagnosticering. I fire tilfælde blev histologi ikke bestemt fordi ingen tumor biopsi blev opnået under laparoskopi og diagnosen adenocarcinom var baseret på cytologi af peritonealvæske. Alle patienter gennemgik primær cytoreduktive kirurgi. Alle patienter fik først-line kemoterapi efter cytoreduktive kirurgi. Sixty-fem patienter fik kombinationskemoterapi med carboplatin /paclitaxel, mens fire fik Carboplatin monoterapi.
Bekræftelse af array-resultater med ELISA
Alle protein array-data for de 55 faktorer er medtaget i S1 tabel. Ascites niveauer af 6 faktorer (angiopoietin-1, TIMP-4, IL-1b, Endothelin-1, IGFBP-2 og MIP-1a) med betydelige forskelle i arrayet ekspression mellem følsomme og resistente patienter blev målt i 20 tilfælde (10 følsomme og 10 resistente) med ELISA (Raw data i S2 tabel). En lignende tendens mellem array og ELISA resultater blev observeret i alle faktorer, undersøgt (tabel 3).
Resultater af funktionen udvælgelse og klassificering
På trods af den lave dimensionalitet af den oprindelige datasæt (69 prøver), en optimal kombination af faktorer blev fundet, blev skelnende potentiale som evalueret med anvendelse af fire forskellige algoritmer klassifikation. Feature selektion blev udført for at finde den optimale faktor delmængde for korrekt klassificering, og førte til en delmængde af 25 faktorer (tabel 4), som tilsammen maksimerede 4-fold krydsvalidering score (figur 2).
Feature udvælgelse cross validering scoringer, plottet mod antallet af udvalgte faktorer. Den optimale delmængde, maksimere korset validering score, bestod 25 angiogene faktorer (tabel 3).
De opførelser af de forskellige klassificører, trænet med delmængde, er vist i (Fig 3) . Den SVM klassifikator havde den maksimale gennemsnitlige AUC (0,85). De andre klassificører gav lavere score, men bekræftede den diskriminerende potentiale af de faktorer delmængde, især LDA med 0,84 betyder AUC
ROC kurver, der viser opførelser af fire forskellige algoritmer klassificering, anvendes på den reducerede delmængde af fire faktorer.: a) Støtte Vector Machines b) LDA c) Naïve Bayes d) Tilfældige Skove. Den SVM klassifikator optimalt adskilte de positive og negative prøver, med en gennemsnitlig AUC på 0,85. De andre algoritmer viste lavere forestillinger, men stadig var i stand til at klassificere prøver over tilfældighed cut-off på 0,50 AUC, og dermed yderligere bekræftet diskriminerende potentiale af de 25 faktorer.
Forskellene i udtrykket niveauer af disse 25 faktorer blandt patienterne er afbildet i HeatMap af (fig 4A). For hver patient blev ekspressionsniveauet af hver faktor med medianen ekspression blandt alle 69 patienter. Da visualiseringen af adskillelse af de to grupper var ikke ideelle, vi yderligere filtreret og rangeret de 25 faktorer ved at anvende en ekstra, entropi-baseret filtreringsmetode (information gevinst), som måler betydningen af de faktorer hos de patienter klasser hjælp en entropi-baserede kriterier. For den nye Heatmap repræsentation beholdt vi de 5 faktorer (FGF surt, FGF grundlæggende, HB-EGF, PDGF-AB /PDGF-BB, Thrombospondin-2), som er identificeret af begge Feature Selection metoder og blev placeret højere end de andre i deres bidrag i den endelige signatur. Deraf nye Heatmap med 5 faktorer afbilder et underrum af den endelige signatur, som viser en tendens til over-ekspression af disse i Sensitive klasse og var mere tilbøjelige til visualisering (Fig 4B). Salg
Relativ ekspressionsniveauer af de 25 angiogene faktorer, hvilket resulterede i den maksimale 4 gange krydsvalidering score (A) og den delmængde af 5 faktorer med den højeste bidrag til signatur (B). Expression værdier vises i henhold til farveskala, hvor rød repræsenterer over median udtryk og grøn repræsenterer under median udtryk. I betragtning af kompleksiteten af de udtryk profiler, er de to patientgrupper klasser ikke let adskilles ved clustering analyse, som retfærdiggør anvendelsen af metoder mere følsomme klassificering, ligesom SVM.
LOOCV metode blev anvendt til yderligere at evaluere den prædiktive effekt af klassificører trænede med de 25 angiogene faktorer «optimal delmængde samt delmængde af de 5 faktorer med mere tilfredsstillende heatmap visulaization, med hensyn til effektiv klassificering af ukendte patientprøver (se materialer og metoder). Ved denne fremgangsmåde den kliniske værdi af array kit som et diagnostisk værktøj til følsom /resistent patient klassifikation vurderes mere præcist, fordi LOOVC afbøder mere effektivt fænomenet “over-montering” [21], hvor klassificeringen model er overdrevent monteret til træningsdata og dermed undlader at korrekt klassificere helt usete prøver.
Klassificørernes præstationer er vist i tabel 5. med SVM klassificeringen, 62 ud af de 69 patienter blev klassificeret korrekt ved hjælp af delmængde af 25 faktorer . Denne succesrate (~ 90%) bekræfter, at den angiogene faktor-array kit kan anvendes til nøjagtig platin følsomhed forudsigelse i kombination med SVM algoritme. Tværtimod den delmængde af 5 faktorer resulterede i lave forudsigelse forestillinger.
Korrelation af den angiogene ‘signatur’ med PFS og OS
For disse analyser kun den optimale “signatur” som følge af den delmængde af de 25 faktorer blev anvendt. Median opfølgning var 71 måneder (95% CI 48-99). Under opfølgning, 59 patienter tilbagefald og 46 døde af kræft i æggestokkene. Median OS var 35 (95% CI: 24-41), mens mediane PFS var 12 måneder (95% CI: 9,5 til 15). Histologi, kvalitet og resterende sygdom efter debulking kirurgi var ikke forbundet med PFS eller OS. Der var en tendens til kortere PFS og OS til kvinder over 60 år (p = 0.0832 og p = 0.0834, henholdsvis).
Median VEGF ascites niveau var 1777 pg /ml. Der var ingen sammenhæng af VEGF-niveau (under eller over medianen) med PFS (p = 0,836) eller OS (p = 0,977). Dette resultat ændrede sig ikke, når andre afskære niveauer mellem 1000 og 2500 pg /ml blev undersøgt. Der var ingen signifikant forskel på median VEGF-niveau mellem “resistent” og “følsomme” protein profil (1680 vs 1779 pg /ml, p = 0,831). Tværtimod blev “resistent signatur” forbundet med en markant ringere median PFS (8 måneder [95% CI: 8-9] vs. 20 måneder [95% CI: 15-28]; HR: 8.3, s 0,001) og OS (20,5 måneder [95% CI: 13.5-30] vs 74 måneder [95% CI: 36-NR] HR: 5,6 [95% CI: 2,8-11,2]; p 0,001) (figur 5). Multivariat analyser herunder alder og protein profil viste, at kun protein profil bevaret sin prognostisk betydning både for PFS (HR 7,9 [95% CI: 4-15,8], s 0,001) og OS (HR: 5,2 [95% CI: 2,6-10,5 ]; p. 0,001)
Progressionsfri (A) og Samlet (B) overlevelse. Progressionsfri (A) og Samlet (B) overlevelse af 69 patienter med fremskreden kræft i æggestokkene efter ascites angiogenese-relateret protein profil.
Diskussion
I den aktuelle undersøgelse, vi udviklet og afprøvet en seng-kompatibel “angiogen signatur”, som blev stærkt forbundet med PFS og OS hos kvinder, der lider af fremskreden kræft i æggestokkene. Den metode vi brugte har produceret lovende prognostiske værktøjer i andre typer af kræft [22-23], selv om forskellige biologiske funktioner blev udnyttet. I tråd med vores tidligere undersøgelser, brugte vi ascites snarere end serum. Ascites er en bekvem kilde af biologisk materiale, som kan studeres til diagnostisk [23] og terapeutiske formål. Desuden kan visse proteiner i ascitesvæske mere præcist afspejler biologi tumoren end dem i serum. Medtagelsen af pro- og anti-angiogene faktorer er i fællesskab for at de in vivo mekanismerne i den angiogene aktivitet, der er resultatet af balancen mellem disse to grupper i microenviroment af tumoren. Angiogenese er en gyldig surrogat for tumor adfærd og paneler af angiogene faktorer i tumorvæv er for nylig blevet udvalgt til protein profilering af ovariecancere [24]. For at bestemme en “god” vs. en “dårlig” angiogene profil vi ikke bruge en vilkårlig tid til tilbagefald eller død, men platin modstand i stedet. Denne surrogat har vist prognostisk og prædiktiv værdi [25], og giver en konkret og valideret tidspunkt for kategorisering af patienter med ovariecancer.
Angiogen profilering var baseret på ekspressionen af 25 angiogene faktorer (tabel 4). Selvom VEGF spiller en stor rolle i den angiogene proces, det var ikke blandt dem, og VEGF niveauer i ascites ikke forudsige for PFS eller OS Sidstnævnte kunne tilskrives den relativt lille stikprøve størrelse, men det skal også understreges, at den prognostiske og prædiktive værdien af denne faktor i kræft i æggestokkene har været kontroversiel. Vi og andre har vist den prognostiske betydning af VEGF i serum eller ascites i fremskreden kræft i æggestokkene [11,26-28], men denne faktor er ikke blevet valideret, mens modstridende resultater findes [29,30]. Uanset den kontrovers omkring prædiktive og prognostiske værdi af VEGF i ovariecancer, vores undersøgelse viste, at den prognostiske værdi af panelet af de 25 faktorer var overlegen i forhold til VEGF alene understøtter potentialet i vores metode. På trods af manglen på prognostisk værdi af VEGF blev flere VEGF familiemedlemmer eller faktorer interagerer med VEGF inkluderet i panelet. De er vigtige signalproteiner involveret i både vaskulogenese og angiogenese, såsom PIGF (placental vækstfaktor), PD-ECGF (blodpladeafledt endotelcellevækstfaktor, også kendt som thymidinphosphorylase [TP]) og PDGF-AB /PDGF-BB. Nylige fremskridt i vores viden om neoangiogenic funktion har vist, at disse faktorer stimulerer den fulde kaskade af begivenheder, der kræves for angiogenese og fremme flere potentielt uafhængige handlinger på det vaskulære endotel såsom endotel mitogenese, permeabilitet, vaskulær tone, produktion af vasoaktive molekyler og stimulering af monocytkemotaksis [31]. Vigtigere, har disse faktorer også været forbundet med resistens over for kemoterapi, højere sygdom stadium samt prognose i ovariecancer [32-34]. Angiopoietin-1 (Ang-1) og angiopoietin-2 (Ang-2) synes også at interagere med VEGF til fremme angiogenese. De fungerer via Tie-2 receptor pathway og begge har en vigtig rolle i de molekylære mekanismer i blodkar- dannelse. Ang-1 og Ang-2 synes at blive ramt af paclitaxel kemoterapi [35]. For nylig, rettet mod disse faktorer har vist signifikant forbedring af overlevelsen i recidiverende ovariecancer [36].
Flere af de faktorer, der indgår i vores “signatur” er blevet korreleret med svar på nuværende kemoterapi for kræft i æggestokkene. Endothelin-1 (ET-1), er et stærkt mitogen peptid fremstillet af forskellige tumorer, herunder ovariecancer. ET-1 blev fundet at være overudtrykt i patienter, der ikke reagerer på kemoterapi. Dette er sandsynligvis forbundet med indblanding af ET-1 på cellefunktioner såsom spredning, lægemiddel-induceret apoptose, invasionsevne og epitelial-mesenkymale overgang [37-38]. Lignende resultater i forbindelse med kemoresistens til paclitaxel er blevet beskrevet for den angiogene faktor HB-EGF (heparinbindende epidermisvækstfaktor) [39]. To andre faktorer, der korrelerer med resistens over for paclitaxel gennem hæmning af paclitaxel-induceret apoptose er sur og basisk fibroblastvækstfaktor (FGF-a og FGF-b) [40]. De har begge spiller en vigtig rolle i carcinogenese udvikling og invasion af æggestokkene epitelial kræft.
Endelig to faktorer af epidermal vækstfaktor familie (EGF) blev også blandt de 25 væsentlige faktorer. Tanaka et al [41] har vist, at medlemmer af familien EGF spiller en central rolle i den aggressive opførsel af tumoren i ovariecancer. Amphiregulin, er et godt undersøgt protein, som har vist sig at være forbundet med den ovariefunktion og apoptose af epitelceller i ovariecancer. Nylige undersøgelser støtter, at denne faktor har en yderst signifikant korrelation til cisplatin resistens [42]. På den anden side, cytokinet MIP-1α, optræder via MAPK-vejen. Det interagerer med VEGF via opregulering af MAPK-vejen, især ERK. Tran et al [43] viste, at MIP-1α inducerede en T-celle-respons hos patienter med ovariecancer, der var forbundet med et positivt resultat. Det er derfor muligt, at på trods af deres tilknytning til angiogenese, kan nogle af de 25 faktorer udøve deres prognostiske effekt gennem andre mekanismer, såsom forøgelse af immunrespons mod tumoren.
Tekniske spørgsmål, såsom som tilsætningen af heparin i de indsamlede ascites, næppe vil have påvirket vores resultater. Selvom teoretisk tilstedeværelsen af heparin kan interferere med HB-EGF eller VEGF-niveauer, den mængde heparin vi bruges er meget lavere end den, der anvendes ved standard fabrikanter for effektiv koagulation, mens isoformerne tilstedeværende ikke kan binde liganden med høj affinitet som vist i andre undersøgelser [44]. Vores array-resultater viste tydelige forskelle i ekspressionen af denne faktor blandt prøverne undersøgt (figur 3), selv fra samme kategori dvs. kemoresistent eller chemosensitive derfor ikke gør arrayet mod den ene eller den anden kategori specifikt. Dette fund i kombination med det faktum, at udviklingen af vores model var baseret på forskelle i udtrykket mellem resistente og følsomme tumorer og ikke på den absolutte værdi af hver faktor gør effekten af heparin på vores model ubetydelig. Desuden fandt vi, at Heatmap repræsentation, kombineret med hierarkisk klyngedannelse, kan ikke være egnet til visualisering sådan en kompleks signatur. Ved at filtrere og rangordning de 25 faktorer, vi reduceret delmængde til de 5 mest indflydelsesrige faktorer, hvilket gør en mere tilfredsstillende visualisering. Alligevel var dette delmængde forbundet med ringere prædiktiv ydeevne. Dette resultat understøtter nødvendigheden af anvendelsen af machine learning metoder til at bygge prædiktive modeller, såsom SVMs, som er mere følsomme og i stand til at indfange komplekse diskriminative mønstre, der bor i ikke-lineære kombinatoriske forskelle i ekspressionsniveauer mellem de to klasser.
Leave a Reply
Du skal være logget ind for at skrive en kommentar.