PLoS ONE: PBOV1 er et humant De Novo Gene med tumorspecifik udtryk, der er forbundet med en positiv klinisk Resultatet af kræft

Abstrakt

PBOV1

er et kendt humant protein-kodende gen med et karakteriseret funktion. Vi har tidligere vist sig, at

PBOV1

mangler ortologer i ikke-primater genomer og udtrykkes i en lang række tumortyper. Her rapporterer vi, at

PBOV1

protein-kodende sekvens er menneske-specifikke og har sin oprindelse

de novo

i primat evolution gennem en række frame-shift og stopkodonet mutationer. Vi profileret

PBOV1

udtryk i flere kræft og normal vævsprøver og fandt, at det blev udtrykt i 19 ud af 34 tumorer af forskellig oprindelse, men manglede helt udtryk i nogen af ​​de normale voksne eller føtale humane væv. Vi fandt, at i modsætning til de cancer /testis-antigener, der typisk styres af CpG ø-holdige promotorer,

PBOV1

blev udtrykt fra en GC-fattig TATA-holdig promotor, der ikke var påvirket af CpG demethylering og var inaktive i testis. Vores analyse af offentlige microarray data antyder, at

PBOV1

aktivering i tumorer kan være afhængig af pindsvinesignaleringsvejen. På trods af den seneste

de novo

oprindelse og manglen på identificerbare funktionelle underskrifter, en missense SNP i

PBOV1

kodende sekvens er tidligere blevet forbundet med en øget risiko for brystkræft. Brug offentligt tilgængelige microarray datasæt, fandt vi, at høje niveauer af

PBOV1

udtryk i brystkræft og gliom prøver blev signifikant associeret med et positivt resultat af kræft sygdom. Vi fandt også, at

PBOV1

var stærkt udtrykt i primær, men ikke i tilbagevendende high-grade gliomer, hvilket antyder tilstedeværelsen af ​​en negativ selektion mod

PBOV1 Salg udtrykkende cancerceller. Vores resultater kan bidrage til forståelsen af ​​mekanismerne bag

de novo

gen oprindelse og den mulige rolle af tumorer i denne proces

Henvisning:. Samusik N, Krukovskaya L, Meln I, Shilov E , Kozlov AP (2013) PBOV1 er en menneskelig

De Novo

Gene med tumorspecifik udtryk, der er forbundet med en positiv klinisk Resultatet af kræft. PLoS ONE 8 (2): e56162. doi: 10,1371 /journal.pone.0056162

Redaktør: Ludmila Prokunina-Olsson, National Cancer Institute, National Institutes of Health, USA

Modtaget: 23. maj 2012; Accepteret: 10. januar, 2013; Publiceret: 13. februar 2013