PLoS ONE: TGFBR1 Intralocus epistatisk Interaktion som en risikofaktor for tarmkræft

Abstrakt

I kolorektal cancer (CRC), en arvelig modtagelighed risiko påvirker omkring 35% af patienterne, mens høj penetrans germline mutationer udgør 6% af tilfældene. En væsentlig del af sporadiske tumorer kunne forklares ved den samtidig nedarvning af multiple lav penetrans varianter, hvoraf nogle er almindelige. Vi vurderede modtagelighed for CRC tillagt ved genetiske varianter på

TGFBR1

locus. Vi analyserede 14 polymorfier og allelen-specifik ekspression (ASE) af

TGFBR1

i 1025 individer fra den spanske befolkning. En case-kontrol undersøgelse blev foretaget med 504 kontroller og 521 patienter med sporadisk CRC. Fjorten polymorfier placeret i

TGFBR1

locus blev genotypebestemmes med

IPLEX Gold Hotel (

MassARRAY-Sequenom

) teknologi. Beskrivende analyser af polymorfier og haplotyper og foreningens blev udført med SNPator Workpackage. Der blev ikke påvist relevante sammenslutninger mellem individuelle polymorfier eller haplotyper og risikoen for CRC.

TGFBR1 * 9A /6A

polymorfi blev anvendt til ASE-analyse. Heterozygote individer blev analyseret for ASE ved fragmentanalyse anvendelse af cDNA fra normalt væv. Det relative niveau af allelisk ekspression blev ekstrapoleret fra en standardkurve. Cutoff-værdien blev beregnet med Youden indeks. ASE blev fundet i 25,4% af patienterne og 16,4% af kontrollen. I betragtning af både bimodale og kontinuerlige typer distribution, blev ingen signifikante forskelle mellem ASE værdier patienter og kontrolpersoner identificeret. Interessant, en kombineret analyse af polymorfier og ASE for associering med CRC forekomst afslørede, at ASE-positive individer, der bærer en af ​​de mest almindelige haplotyper (H2: 20,7%) viste bemærkelsesværdig modtagelighed for CRC (RR: 5,25; 95% CI: 2,547 -5,250; p 0,001) med en synergi faktor på 3,7. I vores undersøgelse, 54,1% af sporadiske CRC tilfælde skyldtes det samtidig nedarvning af H2 haplotypen og

TGFBR1

ASE. Disse resultater understøtter den hypotese, at allel arkitektur cancer gener, snarere end individuelle polymorfier, mere præcist definerer CRC risiko

Henvisning:. Martinez-Canto A, Castillejo A, Mata-Balaguer T, Castillejo MI, Hernandez -Illan E, Irles E, et al. (2012)

TGFBR1

Intralocus epistatisk Interaktion som en risikofaktor for tyktarmskræft. PLoS ONE 7 (1): e30812. doi: 10,1371 /journal.pone.0030812

Redaktør: Aedín C. Culhane, Harvard School of Public Health, USA

Modtaget: September 20, 2011; Accepteret: December 21, 2011; Udgivet: 23 januar, 2012