PLoS ONE: Transcription Factor-MicroRNA-Target Gene Networks associeret med kræft i æggestokkene Survival og Gentagelse

Abstrakt

Identificeringen af ​​pålidelige transkriptom biomarkører kræver samtidig overvejelse af regulatoriske og mål elementer, herunder microRNA (miRNA), transkriptionsfaktorer (TFS) og target gener. En ny tilgang, der integrerer multivariat overlevelsesanalyse, feature udvælgelse, og regulatoriske netværk visualisering blev anvendt til at identificere pålidelige biomarkører for æggestokkene overlevelse kræft og tilbagefald. Expression profiler af 799 miRNA, 17,814 TF’er og target gener og kohorte kliniske optegnelser om 272 patienter diagnosticeret med kræft i æggestokkene, blev samtidigt behandlet og resultater blev valideret på en uafhængig gruppe af 146 patienter. Tre miRNA (HSA-miR-16, HSA-miR-22 *, og EBV, miR-BHRF1-2 *) var forbundet med både æggestokkene overlevelse og tilbagefald af kræft og 27 miRNA var forbundet med enten en fare. To miRNA (HSA-miR-521 og HSA-miR-497) var kohorte-afhængige, mens 28 var kohorte-uafhængig. Denne undersøgelse bekræftede 19 miRNA tidligere forbundet med kræft i æggestokkene og identificeret to miRNA der tidligere har været forbundet med andre typer kræft. I alt blev der udtryk for 838 og 734 målgener og 12 og otte TF’er forbundet (FDR-justeret P-værdi 0,05) med æggestokkene overlevelse og tilbagefald af kræft, hhv. Funktionel analyse fremhævet sammenhængen mellem cellulære og nucleotid metaboliske processer og ovariecancer. Jo flere direkte forbindelser og højere centralitet af miRNA, TF’er og target gener i overlevelse netværk studeret tyder på, at netværksbaserede tilgange til prognosticate eller forudsige kræft i æggestokkene overlevelse kan være mere effektiv end for kræft i æggestokkene tilbagefald. Denne undersøgelse viste, om det er muligt at udlede pålidelige miRNA-TF målgruppen gen netværk forbundet med overlevelse og gentagelse af kræft i æggestokkene er baseret på samtidig analyse af co-udtryk profiler og overvejelse af de kliniske karakteristika for patienterne.

Henvisning : Delfino KR, Rodriguez-Zas SL (2013) Transcription Factor-MicroRNA-Target Gene Networks associeret med kræft i æggestokkene Survival og Gentagelse. PLoS ONE 8 (3): e58608. doi: 10,1371 /journal.pone.0058608

Redaktør: Neil R. Smalheiser, University of Illinois-Chicago, USA

Modtaget: November 29, 2012; Accepteret: 6 februar 2013; Udgivet: 12 marts, 2013