PLoS ONE: Nanostring-Based multigenfamilie analyse til at forudsige Gentagelse for mavekræft patienter efter Surgery

Abstrakt

På trods af fordelene ved adjuverende kemoterapi eller strålebehandling, ca. en tredjedel af fase II mavekræft (GC) patienter udviklede gentagelser. Formålet med denne undersøgelse var at udvikle og validere en prognostisk algoritme for mavekræft (GCP’er), der håndfast kan identificere højrisikogruppe for tilbagefald blandt stadie II patienter. En multi-trin-genekspression profilering undersøgelse blev gennemført. Først blev et mikroarray genekspression profilering af arkiverede paraffinindlejrede tumorblokke anvendes til at identificere kandidat prognostiske gener (N = 432). For det andet blev en fokuseret genekspression assay herunder prognostiske gener bruges til at udvikle en robust klinisk assay (GCP’er) i stadie II patienter fra samme kohorte (N = 186). For det tredje blev et foruddefineret cut off for GCP’er valideret ved anvendelse af en uafhængig trin II kohorte (N = 216). Den GCP’er blev valideret i et andet sæt med trin II GC som blev opereret uden adjuverende behandling (N = 300). GCP’er blev udviklet som summen af ​​produktet af Cox regression koefficienter og normaliserede ekspressionsniveauer af 8 gener (LAMP5, Cdc25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, TFDP1). Et prospektivt definerede cut-point for GCP’er klassificeret 22,7% af validering kohorten behandlet med strålebehandling (N = 216) som højrisikogruppe med 5-års gentagelse sats på 58,6% i forhold til 85,4% i gruppen med lav risiko (hazard ratio for tilbagefald = 3.16, p = 0,00004). GCP’er også identificeret højrisikogruppe blandt stadie II patienter behandlet med kun kirurgi (hazard ratio = 1,77, p = 0,0053)

Henvisning:. Lee J, Sohn I, Do IG, Kim KM, Park SH, Park JO, et al. (2014) Nanostring-Based multigenfamilie Assay til at forudsige Gentagelse for mavekræft patienter efter operation. PLoS ONE 9 (3): e90133. doi: 10,1371 /journal.pone.0090133

Redaktør: Ju-Seog Lee, University of Texas MD Anderson Cancer Center, USA

Modtaget: September 23, 2013; Accepteret: 26 Jan 2014; Udgivet: 5 mar 2014

Copyright: © 2014 Lee et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Denne undersøgelse blev støttet af en Intramural bevilling fra Samsung Medical center. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:. Patrick Tan er en PLoS ONE Editorial Board medlem. Dette ændrer ikke forfatternes tilslutning til alle PLoS ONE politikker om datadeling og materialer.

Introduktion

Gastric kræftformer er meget dødelige maligniteter med femårige overlevelsesrater at være en af ​​de værste rapporteret for eventuelle faste tumorer. Ifølge data fra National Cancer Institute Surveillance, Epidemiologi og endelige resultater (SEER) Program, de fem-års overlevelse for patienter med mavekræft (GC) forbedret kun beskedent i løbet af de sidste 50 år fra den 12. til 22 procent [1]. Den tilbøjelighed GC for tidlig metastatisk spredning er veldokumenteret i tidligere undersøgelser [2], [3]. Baseret på de seneste adjuverende fase III-forsøg, er overlevelse gavn af adjuverende kemoterapi eller chemoradiation terapi blevet dokumenteret i GC [4] – [7]. Men 25 til 40% af alle kirurgisk resektion GC patienter stadig udvikle gentagelser, der ikke er modtagelige for re-resektion [4], [7] – [9]. For patologisk stadium III og IV GC, 5-årige sygdomsfri overlevelse satser er meget dårlig (stadie IIIA, 57,6%, trin III B, 39,6% og trin IV 26,3%) [8] implicerer, at disse tumorer har i sagens natur aggressiv adfærd. I modsætning hertil patologiske stadie II GC patienter har gunstigere kliniske resultat med 5-års sygdomsfri overlevelse på 76% -90% efter kirurgi og adjuverende behandling [8], [9]. Alligevel er der et bredt spektrum af klinisk aggressivitet selv inden for samme fase med nogle patienter hærdes med kirurgi alene, mens nogle patienter gentage sig kort efter kirurgi og adjuvans chemoradiation terapi. Således baseret på den hypotese, at der er en betydelig molekylær heterogenitet, designet vi en storstilet genekspression profilering undersøgelse for at udvikle en molekylær test, som effektivt kan diskriminere lav risiko fra høj-risiko GC grupper for tilbagefald efter operation.

En molekylær test, der identificerer højrisikopatienter for tilbagefald kan føre til optimerede perioperative behandlingsstrategier i GC. Opdagelsen fase omfattede GC patienter fra alle kliniske faser behandlet med strålebehandling (N = 520). Tumorblokke fra disse patienter blev udsat for prognostisk gen opdagelse hjælp Whole Genome DASL assay (WG-DASL) (Illumina, San Diego, CA), et mikroarray genekspression profilering fremgangsmåde til formalinfikseret paraffinindlejret væv (FFPE). Formålet var at udvikle hypotese for klinisk anvendelighed og opdage kandidat prognostisk eller interne referencedata gener, der vil hjælpe design fokuseret genekspression assay. Resultater fra denne fase foreslået, at kliniske anvendelighed af en genekspression baseret prognostisk algoritme potentielt kan skelne en højrisikogruppe blandt stadie II patienter.

Formålet med projektet var at udvikle en hypotese med klinisk anvendelighed og opdage kandidat prognostiske eller interne referencedata gener i henblik på at udforme fokuserede genekspression assays. Resultaterne fra opdagelsen fase tyder på, at kliniske anvendelighed af en genekspression-baserede prognostiske algoritme potentielt kan skelne en højrisikogruppe blandt stadie II patienter. Med brug af en robust flertrins prognostisk algoritme blev Gastric Cancer Prognostisk Score (GCP’er) for fase II GC patienter udviklede til at identificere højrisiko-patienter, for tilbagefald efter operation.

Metoder

Siden september 1994 til december 2005 1.557 GC patienter gennemgik helbredende gastrektomi på Samsung Medical center. Blandt dem, blev udvalgt 1.107 patienter baseret på følgende kriterier: histologisk bekræftet adenokarcinom i maven; kirurgisk resektion af tumoren uden makroskopisk eller mikroskopisk residual sygdom; alder ≥18; patologi fase IB (T2bN0, T1N1 men ikke T2aN0) til IV, i henhold til amerikanske Blandede Cancer (AJCC) iscenesættelse systemet (6

udg); komplet kirurgisk rekord og behandling rekord, og patienter, der fik INT-0116 regime som adjuverende behandling [7]. Undersøgelsen blev godkendt af den institutionelle gennemgang bestyrelsen for Samsung Medical Center, Seoul, Sydkorea (IRB godkendelsesnummer: SMC 2010-10-025). Alle undersøgelsens deltagere forudsat skriftligt informeret samtykke, som anbefales af IRB. I de patienter, der har afdøde på tidspunktet for studiet, blev skriftligt informeret samtykke formularer fastsat af IRB. Undersøgelse design og patientkohorter leveres i henhold til BEMÆRKNING retningslinje (figur 1A, 1B, File S1, afsnit 1). Af kohorten af ​​1.107 patienter, en opdagelse sæt af 520 patienter og en validering sæt af 587 patienter blev randomiseret og fordelt til 6 partier stratificeret af tumor størrelse og år for kirurgi for WG-DASL assay.

(A ) En multi-trins tilgang genekspression profilering design, (B) Consort Diagram.

for at undgå falske positive konklusioner på grund af over-montering, prognostiske algoritmer og deres foruddefinerede cut-points blev testet i uafhængige kohorter, der ikke blev anvendt til prognostiske gen opdagelse og algoritme bygning. En 4-fase studie designet, med 4 foruddefinerede uafhængige kohorter rekrutteret fra Samsung Medical Center. De første 3 årgange omfatter patienter med lignende kliniske og patologiske funktioner fra kemostråleterapi behandlet undersøgelse kohorter (File S1, afsnit 2). Den første fase (discovery fase) af undersøgelsen omfattede GC patienter fra alle kliniske faser, som blev behandlet med kemo-strålebehandling (N = 520) [8]. Tumorblokke fra disse patienter blev udsat for prognostisk gen opdagelse ved hjælp af WG-DASL (Illumina, San Diego, CA), et mikroarray genekspression profilering fremgangsmåde til FFPE [7]. En ad hoc ekstern validering af genet sæt blev udført for at minimere bias fra fælles institutionelle kohorte. Den anden fase (algoritme udvikling) var at oversætte resultaterne fra første fase i en klinisk relevant test-format. Vi valgte NCounter platform (Nanostring Technologies, Seattle, WA), på grund af dets evne til at forespørge ekspressionsniveauerne af op til 800 gener ved anvendelse af totalt RNA ekstraheret fra FFPE i et enkelt-rørs reaktion [8]. Vi screenede stadie II patienter fra den første fase (N = 186) for

de novo

opdagelsen af ​​prognostiske gener, udvalgte ideelle kombinationer af gener ved hjælp af gradient mindst absolutte svind og udvælgelse operatør (LASSO) algoritme [10], og derefter bygget en første-generations GCP’er (GCP’er-g1) ved at tilføje produkterne af normaliseret genekspression og koefficienter fra Cox model for DFS. I tredje kohorte af fase II-patienter (N = 216). I fjerde fase (test af klinisk anvendelighed i en kirurgi-eneste indstilling), testede vi den potentielle kliniske anvendelighed af GCP’er i fase II patienter behandlet med kun kirurgi. En tidsstempel protokol (figur S12) blev udviklet før behandlingen af ​​denne endelige kohorte. Vi udviklede derefter en raffineret andengenerations GCP’er (GCP’er-g2) (det sidste gen sæt) ved at analysere den kombinerede fase II-kohorter fra anden og tredje fase af undersøgelsen.

Genekspression profilering ved hjælp af hele genom- DASL assay

før hvert gen profilering eksperiment, vævsprøver blev tilfældigt tildelt forskellige batches stratificeret ved operation tid (før 2000 vs. efter 2000) og tumorstørrelse (≤ 5 cm vs 5 cm) for at minimere enhver variationer fra DNA kvalitet. Totalt RNA blev ekstraheret fra 2-4 sektioner af 4-um tyk FFPE sektioner fra repræsentative primære tumorblokke anvendelse af High Pure RNA Paraffin kit (Roche Diagnostic, Mannheim, Tyskland) efter at fjerne ikke-tumor elementer ved manuel macrodissection styret af hematoxylin og eosin farvede dias. WG-DASL assay blev udført under anvendelse af 200 ng RNA efter fabrikantens anvisninger [11]. For NCounter assay blev 200 ng af total RNA hybridiseret med specialdesignede kode sæt af 800 gener for 18 timer ved 65 ° C og bearbejdet i overensstemmelse med producentens anvisninger [12]. Dataene blev normaliseret til gennemsnitlige ekspressionsniveauer af 48 interne reference- gener udvalgt fra microarray eksperiment. Den detaljerede beskrivelse af opdagelsen fase ved hjælp af WG-DASL assay findes i File S1, § 3. sammenlignelighed i DNA kvalitet FFPE væv og friske frosne væv ved hjælp DASL assay er tidligere blevet udgivet [13], [14].

Prognostisk modelbygning og validering

algoritmen for n-Counter-baserede assay udvikling til klinisk anvendelighed baseret på WG-DASL findes i File S1, §§ 4-6. Vi brugte gradient lasso algoritme til at passe en forudsigelse model baseret på Cox ‘proportionale farer model for DFS hjælp af sonder med marginal p-værdi 0,01 (figur S2 i File S1) [10]. Vi brugte orlov én ud krydsvalidering med de novo opdagelse på hver forlade en ud skridt til at vurdere resultaterne af den prognostiske model inden opdagelsen kohorte. Optimal cut-point blev bestemt ved at skabe et plot for p-værdier for hvert udskåret punkt for den prognostiske score. For validering studie blev a priori defineret algoritme og cut-point-værdier anvendes. Valideringen metoden til GCP’er er skitseret i File S1, § 7.

Resultater

Microarray genekspression profilering af GC patienter behandlet med adjuverende strålebehandling (fase 1)

Vi udførte genekspression profilering af FFPE fra opdagelsen kohorte af 520 tilfælde af fase IB-IV GC behandlet med standard kemostråleterapi efter kurativ resektion under anvendelse af WG-DASL assay (figur 1). Blandt dem, 432 prøver bestået RNA kvalitetskontrol (GEO-database GSE 26253) (File S1, afsnit 3). Det primære endepunkt var DFS. Univariate analyse identificerede 369 sonder, der var signifikant forbundet med sygdomsfri overlevelse ved p 0,01 uden justering for andre kliniske variable (File S1, afsnit 3d). Dernæst blev gradient Lasso bruges til at udvikle en prognostisk algoritme til at forudsige recidiv (File S1, afsnit 3e). Orloven-én-out cross-validering (LOOCV) procedure med

de novo

opdagelsen af ​​prognostiske gener og opbygningen af ​​en prognostisk algoritme på hvert trin blev anvendt til at undersøge robustheden af ​​den prognostiske algoritme. Ifølge prognostiske gen signaturer (26 gener, Fil S1, afsnit 3f) og patologiske stadier (lokaliseret vs. avanceret), 432 patienter blev kategoriseret i følgende grupper: lav risiko og scene IB /II (N = 145; 5-års DFS, 84,8%), høj risiko og scene IB /II (N = 90; 5-års DFS, 61,1%), lav risiko og stadie III /IV (N = 83; 5-års DFS, 48,9%), og høj risiko og stadie III /IV (N = 114; 5-års DFS, 36,9%) (figur 2). Som en ad-hoc analyse, vi testede dette gen signatur ved hjælp genekspression profilering data fra Singapore patient kohorte (N = 199) for at minimere eventuelle iboende bias fra en enkelt institution kohorte [15]. I den eksterne patient kohorte, genet signatur var i stand til at adskille den høje risikogruppe (N = 100) fra gruppe lav-risiko (N = 99) for recidiv med statistisk signifikans (p 0,00001; hazard ratio (HR), 2.3 95% CI, 1,62-3,28) (figur 2). Disse data tyder på det vigtigste kliniske anvendelighed af genekspression profilering af GC i identifikationen af ​​højrisikopatienter blandt stadie II-patienter (lav vs fase IB høj risiko /II, 84,8% vs. 61,1%; lav vs høj risiko fase III /IV, 48,9% vs. 36,9%). Derfor, for at udvikle klinisk assay og validering, vi fokuseret på at udvikle et gen-sæt, som håndfast kan forudsige tilbagefald i stadie II patienter.

HR betegner hazard ratio og p-værdi beregnes ud fra 100 permutationer. (A) alle patienter stadie, høj vs lav risiko; (B) i henhold til fase og risikogrupper; (C) Ekstern validering af den oprindelige genekspression profilering.

Udvikling af gastrisk kræft Prognostisk Score (GCP’er) i fase II GC hjælp af NCounter assay (fase 2)

Vi tilpassede designet en NCounter probe sæt bestående af kandidat prognostiske gener fra WG-DASL microarray data (fase 1), såvel som kendte cancer-gener, kinase gener og G-protein-koblet receptor gener. For at løse variabilitet problem i integriteten af ​​RNA-molekyler i arkiverede FFPE grundet præ-analytiske variabler, såsom fiksering tid og alder af blokkene, vi anvendes inden-prøve normalisering ved hjælp af et sæt af 48 interne referenceformål gener udvalgt fra microarray data baseret på minimum variation på tværs af sager og manglende tilknytning til prognose (File S1, afsnit 4). Sammenhæng mellem hazard ratio af prognostiske gener baseret på nanostring og WG-DASL findes i File S1, afsnit 4b, og figur S3 i File S1.

Vi profileret 186 stadie II patienter fra opdagelsen sæt. Efter at have vurderet robustheden af ​​prognostiske algoritmer bygget af gradient LASSO gennem LOOCV, vi anvendte gradient LASSO for alle 186 patienter og identificeret 8 gener (LAMP5, Cdc25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, og TFDP1), der i kombination leveres robust prognostisk oplysninger (tabel 1). Den GCP’er blev derefter fremkaldt som en lineær kombination af de Cox regression skøn og normaliserede ekspressionsniveauer af disse 8 gener. Cut-point analyse viser, at GCP’er var mest robuste identificere 25% af patienter med værste udfald (File S1, afsnit 4). Vi valgte en cut-punkt på 0,2205 for potentielle validering i den uafhængige validering kohorte.

Validering af GCP’er og dens foruddefinerede cut-point i stadie II GC patienter behandlet med strålebehandling (fase 3)

for at undgå potentialet over-montering problem forbundet med cross-validering [16], vi valideret GCP’er med den faste algoritme og skære-point i en uafhængig patient kohorte, som ikke blev brugt i gen-opdagelse. De kliniske og patologiske træk af 216 stadie II patienter fra valideringssættet svarede til dem fra opdagelsen kohorten (File S1, afsnit 6, og figur S4-6 i File S1). Når vi anvendt GCP’er-g1 til validering sæt, var meget lig den risikoscore distribution, hvilket tyder på den robuste analytiske ydeevne af analysen (File S1, afdeling 7a, og figur S7 er File S1). Den prædefinerede cut-point (0,2205) for GCP’er-g1 klassificeret 22,7% af tumorer fra valideringen indstillet som højrisikogruppen. Kaplan Meier estimat af 5-års DFS for patienter de højrisiko var 58,6% mod 85,4% for patienter med lav risiko (HR for tilbagefald, 3,16; p = 0,00004) (Figur 3). GCP’er var signifikant i både tarm- og diffus typen GC’er, som vist i figur S8 i File S1 (Fil S1, afsnit 7b). Den multivariate analyse viser endvidere, at GCP’er-g1 gav yderligere prognostisk information, foruden andre kendte faktorer såsom Lauren klassificering, differentiering klasse, alder, og kirurgi type (HR, 3,027; p = 0,00016; tabel 2). Derfor kan GCP’er bruges til at identificere stadie II patienter, som forbliver i høj risiko, selv efter standard adjuverende kemo- og stråleterapi, og som har samme risiko for tilbagefald trin III patienter.

(B) DFS af fase 2 patienter behandlet med kirurgi ifølge GCP’er.

GCP’er som prognostisk faktor for fase II GC patienter behandlet med kirurgi alene er baseret på et prospektivt designet protokol (fase 4)

Revisionen af klinisk database identificeret 306 patienter, som ikke fik postoperativ behandling baseret på fælles beslutning mellem læger og patienter (File S1, afsnit 1, tabel S1 i File S1). Disse patienter blev udsat til sonderende analyser for at vurdere den prognostiske rolle GCP’er hos patienter behandlet med kun kirurgi og teste den hypotese, at drage fordel af kemo- og stråleterapi er begrænset i patienter, defineret ved GCP’er højrisiko. Til dette trin, har vi udviklet GCP’er-g2 (tabel S8 i File S1), anden generation GCP’er, ved at analysere alle fase II-sager fra fase 2 og 3 for at maksimere stikprøvestørrelsen. Vi prospektivt testet den foruddefinerede GCP’er-g2 algoritme og cut-punkt som beskrevet i tidsstemplet protokol (fig S12 i File S1). Den GCP’er-g2 forudsagt tilbagefald i 300 stadie II tumorer med en hazard ratio på 2,131 (95% CI, 1,428-3,180; p = 0,00021) (HR, 3,16) (Figur S9 i File S1). For at minimere risikoen for over-montering af algoritme til kemostråleterapi patienter, vi også testet GCP’er-g1, som tidligere var valideret i kemostråleterapi behandlet kohorte, i kirurgi alene kohorte (figur S10 i File S1). Den hazard ratio for GCP’er-g1 (HR, 1,77; 95% CI, 1,18-2,67; p = 0,0053) svarer til den for GCP’er-g2 (figur 3). Derfor GCP’er robust forudsagt tilbagefald i fase II GC med eller uden postoperativ behandling. Baseret på disse data, kan det spekuleret på, at højrisiko-stadie II patienter, defineret ved GCP’er ikke fik en enorm fordel af kemo- og stråleterapi.

Angivelse af ugunstige prognostiske gener i tumor mikromiljøer

I alt 3 fase II-kohorter inkluderet i denne undersøgelse, øget ekspressionsniveauer af 4 gener fra GCP’er (NOX4, LAMP5, MATN3, og CLIP4) var forbundet med dårlig prognose. Da de kendte funktioner af disse gener tyder deres udtryk i mikromiljøer snarere end egentlige tumorceller, vi udførte NCounter analysen for Mikrodissekterede tumorer versus stromale komponenter fra 4 repræsentative høj risiko tumorer (Figur S11 i File S1). Ekspressionen af ​​disse gener var signifikant højere i stromale komponenter, sammenlignet med epitelcancerceller, med NOX4 viser de mest markante forskelle (p = 0,04).

Discussion

I en indledende opdagelse fase, udførte vi WG-DASL i alle trin GC patienter. Så baseret på WG-DASL data, bemærkede vi, at adskillelsen af ​​risikogruppe høj fra lav risiko gruppen var størst i tidlig fase Ib /II patienter (lav vs høj risiko fase IB /II, 84,8% vs. 61,1% ; lav vs. høj risiko stadium III /IV, 48,9% versus 36,9%). Derfor, for at udvikle klinisk assay og validering, vi fokuseret på at udvikle et gen-sæt, som håndfast kan forudsige tilbagefald i stadie II patienter. Vi udviklet og valideret en prognostisk algoritme for mavekræft, GCP’er, der håndfast kan identificere højrisikogrupper for tilbagefald blandt stadie II patienter. GCP’er, udviklet ved hjælp af NCounter platformen, viste robust ydeevne i FFPE prøver. Desuden medtagelse af interne referenceformål gener tillod tilførsel af GCP’er til individuelle patienter. foreslår derfor, vi, at GCP’er let kan anvendes på rutinemæssig klinisk anvendelse. Den GCP’er af 8 gener (LAMP5, Cdc25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, og TFDP1) blev opdaget og valideret i over 700 stadie II GC patienter. Vi fandt, at GCP’er identificerede GC højrisikopatienter for tilbagefald uanset adjuverende behandling, og at højrisiko stadie II GC patienter viste lignende DFS til trin III patienter. Især forudsagde GCP’er gentagelse af både Lauren typer (diffus eller tarm) (Figur S8 i File S1).

Vores data viser tydeligt tilstedeværelsen af ​​molekylære heterogenitet i GC, der var forbundet med kliniske resultater, men uafhængig af clinicopathologic iscenesættelse oplysninger. Vores data viser, at fase IB /II patienter havde meget dårlig prognose, når deres tumorer udtrykte gen signaturer dårlig risiko. Der var en forskel på 23,7% i 5-års DFS mellem høj-risiko og lav risiko gen signaturer i fase IB /II patienter, og 5-års DFS af højrisiko stadie IB /II patienter var under 60%, på trods af den anvendelse af adjuvans strålebehandling (figur 1). Derfor kan det være nødvendigt at prospektivt designe en retssag at sætte spørgsmålstegn ved, om kemostråleterapi er nødvendig for fase IB /II patienter med lav risiko genekspression profiler. For at minimere enhver potentiel bias fra variationer i klinisk praksis eller operation på et enkelt center, udførte vi en ad hoc ekstern validering af signaturen at validere signaturen. Som vist i resultaterne, underskrift konsekvent forudsagt tilbagefald i Singapore kohorte.

Blandt de 8 endelige GCP’er gener (LAMP5, Cdc25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, og TFDP1), Cdc25B og CDK1, som er kendt for at være forbundet med celleproliferation, viste sig at korrelere med gunstig prognose (negative Cox regression skøn i tabel 2). Især er der observeret en lignende tendens for tyktarmskræft med en genekspression assay [17], [18]. Disse resultater kan afspejle differentiering status for disse tumorceller, da normal mave- og tyktarmskræft slimhinder epitelceller har høje omsætning satser. TFDP1 koder for den transkriptionelle faktor DP-1, der virker som en positiv regulator af G1 /S overgangen under cellecyklussen [19], [20]. Især i hepatocellulært carcinom, blev TFDP1 overekspression væsentlige associeret med sygdomsprogression [19]. Da omfanget af denne aktuelle undersøgelse omfatter ikke den funktionelle undersøgelse af disse gener, bør deres biologiske signifikans undersøges i fremtidige studier. Senest har Cho

et al.

Udført den største genekspression profilering i 213 GC patienter ved hjælp af friske frosne væv [21]. De identificerede 6 prognostiske gener (CTNBB1, EXOCS3, TOP2A, LBA1, CCL5, og LZTR1) for patient overlevelse efter kurativ resektion. Men til vor bedste viden, GCP’er er det eneste gen sæt, som nu er blevet valideret i mere end 700 stadie II GC patienter, uanset Lauren klassifikation (diffus eller tarm), en kendt prognostisk faktor, eller adjuverende behandling.

som konklusion med anvendelse af en flertrins fremgangsmåde, vi udviklet 8-genet GCP’er, som var i stand til robust identificere højrisiko stadie II GC patienter for tilbagefald efter operation uanset adjuverende behandling. I øjeblikket med den igangværende KUNSTNER-II studie (NCT # 01.761.461), planlægger vi at validere vores GCP’er i et prospektivt designet fase III forsøg.

Støtte Information

File S1.

en. Patientkarakteristika studieaktiviteter kohorter på hvert trin (tabel S1). en. Tabel S1. Patienter egenskaber. 2. Kliniske og patologiske karakteristika undersøgte sager i hver fase. 3. Detaljeret beskrivelse af opdagelsen trin under anvendelse WG-DASL assay (trin 1). en. Figur S1. QA af WG-DASL data. b. Tabel S2. Sammenligning af FISH og IHC resultater for HER2 status i mavekræft i trin 1. c. Tabel S3. Liste over sonder, der udtrykkes differentielt mellem HER2-positiv og HER2- negativ patientgrupper i trin 1. d. Tabel S4. Liste over alle sonder med univariate p-værdier 0,01 i trin 1. e. Figur S2. Gradient Lasso algoritme. f. Tabel S5. Liste over 26 prober inkluderet i forudsigelsesmodel monteret af hele datasættet (n = 432). g. Tabel S6. Multivariate Cox regression analyseresultater i gen opdagelse sæt (n = 432). 4. Design af fokuseret genekspression under anvendelse NCounter platform. en. Tabel S7. Liste over referencenumre gener for NCounter assay. b. Figur S3. Sammenhæng mellem hazard ratio af prognostiske gener baseret på fraktil normalisering og selv-normalisering ved hjælp af WG-DASL assay. 5. NCounter assay og kvalitetskontrol. 6. Valg af cut-off for mavekræft Prognostisk Score (GCP’er (figur S4, S5, S6) en figur S4 DFS i henhold til hver kvartiler af GCP’er-g1 B Figur S5 Cut-point analyse for…… GCP’er-g1. c. Figur S6. DFS ifølge optimeret cut-punkt i GCP’er-g1. 6. Fordeling af GCP’er mellem opdagelse sæt og validering sæt. a. Figur S7. Fordeling af GCP’er-g1 inden opdagelsen og validering sæt. b Figur S8 GCP’er:… tarm vs diffus typen 7. Test af kliniske anvendelighed af GCP’er-g2 hos patienter behandlet med kun kirurgi en figur S9 DFS af stadie II patienter behandlet med kemo- og stråleterapi baseret på kvartil af GCP’er-g2…. b. Figur S10. DFS af stadie II patienter behandlet med kirurgi alene baseret på kvartil af GCP’er-g2. c. Figur S11. Angivelse af ugunstige prognostiske gener indgår i Gastric Cancer Prognostisk Score efter væv rum (tumor versus stroma). Normalized udtryk niveauer er vist. d. tabel S8. Liste over NCounter sonder inkluderet i GCP’er-g2. 8. mavekræft validering forsøgsprotokollen. en. Figur S12. Gastrisk cancer valideringsundersøgelse protokol

doi:. 10,1371 /journal.pone.0090133.s001

(DOCX)