PLoS ONE: Transkriptomet Profilering af kræft, Tilstødende Ikke-tumor og Distant normale væv fra en Colorectal Cancer Patient med Deep sekventering

abstrakt

kolorektal cancer (CRC) er en af ​​de mest almindeligt diagnosticeret kræft i verden. En genom-dækkende screening af transkriptom dysregulering mellem kræft og normalt væv vil give indsigt i den molekylære basis for CRC initiering og progression. Sammenlignet med microarray-teknologi, som er almindeligt anvendt til at identificere transkriptionelle ændringer, den nyligt udviklede RNA-seq teknik har evnen til at opdage andre unormale regler i kræft transkriptomet, såsom alternativ splejsning, nye udskrifter eller gen fusion. I denne undersøgelse udførte vi high-throughput transkriptom sekventering ved -50 × dækning på CRC, tilstødende ikke-tumor og fjernt normalt væv. Resultaterne viste kræftspecifikke, differentielt udtrykte gener og differentieret alternativ splejsning, hvilket antyder, at den ekstracellulære matrix og metaboliske veje er aktiveret og de gener relateret til cellehomeostase undertrykkes i CRC. Derudover en tumor-begrænset genfusion, PRTEN-NOTCH2, blev også påvist og eksperimentelt bekræftet. Denne undersøgelse afslører nogle fælles træk i tumor invasion og giver en omfattende undersøgelse af CRC transkriptomet, hvilket giver bedre indsigt i kompleksiteten af ​​lovgivningsmæssige ændringer under tumorigenese

Henvisning:. Wu Y, Wang X, Wu F, Huang R, Xue F, Liang G, et al. (2012) Transkriptomet Profilering af kræft, Tilstødende Ikke-tumor og Distant normale væv fra en Colorectal Cancer Patient med Deep sekventering. PLoS ONE 7 (8): e41001. doi: 10,1371 /journal.pone.0041001

Redaktør: Antonio Moschetta, University of Bari Consorzio Mario Negri Sud, Italien

Modtaget: December 13, 2011; Accepteret: 15 juni 2012; Udgivet: 8. august, 2012