PLoS ONE: En Microarray-Based genekspression analyse for at identificere Diagnostic Biomarkører for Unknown Primary Cancer

Abstrakt

Baggrund

Det biologiske grundlag for kræft med ukendt primærtumor (CUP) på det molekylære niveau er stort set ukendt, uden tegn på, om en fælles biologisk enhed eksisterer. Her vurderede vi muligheden for at identificere en fælles diagnostisk biomarkør for CUP ved hjælp af et microarray genekspression analyse.

Metoder

Tumor mRNA prøver fra 60 patienter med CUP blev analyseret ved hjælp af Affymetrix U133A Plus 2.0 GeneChip og blev normaliseret ved ASINH (hyperbolsk bue sinus) transformation til at konstruere en gennemsnitlig gen-udtryk profil specifikt til CUP. Et gen-udtryk profil specifikke for ikke-CUP gruppe blev konstrueret under anvendelse af offentligt tilgængelige rå microarray datasæt. De t-tests blev udført for at sammenligne CUP med ikke-CUP grupper og de øverste 59 CUP specifikke gener med den højeste fold ændring blev udvalgt (

p

-værdi 0,001).

Resultater

Blandt de 44 gener, der var opreguleret i CUP-gruppen, 6 gener for ribosomale proteiner blev identificeret. To af disse gener (

RPS7

RPL11

) er kendt for at være involveret i Mdm2-p53 pathway. Vi identificerede også flere gener relateret til metastase og apoptose, hvilket tyder på en biologisk egenskab af CUP.

Konklusioner

protein produkter fra opreguleret og ned-regulerede gener er identificeret i denne undersøgelse kan være klinisk anvendelig som unikke biomarkører for CUP

Henvisning:. Kurahashi I, Fujita Y, Arao T, Kurata T, Koh Y, Sakai K, et al. (2013) En Microarray-Based genekspression analyse for at identificere Diagnostic Biomarkører for Unknown Primary Cancer. PLoS ONE 8 (5): e63249. doi: 10,1371 /journal.pone.0063249

Redaktør: Ming Tat Ling, Queensland University of Technology, Australien

Modtaget: November 27, 2012; Accepteret: April 1, 2013; Udgivet: 9. maj 2013