PLoS ONE: Foreningen mellem Individuelle SNPs eller haplotyperne af matrixmetalloproteinase 1 og Gastric Cancer Modtagelighed, Progression og Prognosis

Abstrakt

Baggrund

De enkelte nukleotid polymorfier (SNP) i matrixmetalloproteinase 1 (MMP-1) spiller en vigtig rolle i visse cancere. Denne undersøgelse undersøgte sammenhængen mellem individuelle SNPs eller haplotyper i MMP-1 og modtagelighed, klinisk-patologiske parametre og prognosen for mavekræft i en stor stikprøve af Han befolkning i det nordlige Kina.

Metoder

I dette tilfælde-kontrolleret studie, der var 404 patienter med mavekræft og 404 raske kontrolpersoner. Syv SNP’er blev genotypebestemt ved anvendelse af MALDI-TOF MS-system. Derefter blev SPSS software, Haploview 4.2 software, Haplo.states software og THEsias software, der bruges til at estimere sammenhængen mellem individuelle SNP’er eller haplotyper af MMP-1 og mavekræft modtagelighed, progression og prognose.

Resultater

Blandt syv SNPs, var der ingen individuelle SNPs korreleret til gastrisk kræftrisiko. Desuden er det kun rs470206 genotypen havde en korrelation med histologiske kvaliteter, og patienterne med GA /AA havde godt celledifferentiering sammenlignet med patienter med genotype GG (OR = 0,573; 95% CI: 0,353 til 0,929, P = 0,023). Derefter bygget vi en fire-markør haplotype blok, der indeholdt 4 fælles haplotyper: TCCG, GCCG, TTCG og TTTA. Men alle fire fælles haplotyper havde ingen sammenhæng med gastrisk kræftrisiko, og vi fandt ikke nogen sammenhæng mellem disse haplotyper og klinisk-patologiske parametre i mavekræft. Desuden hverken individuelle SNP’er eller haplotyper havde en forening med overlevelsen af ​​patienter med mavekræft.

Konklusioner

Denne undersøgelse evaluerede polymorfier af MMP-1-genet i gastrisk kræft med MALDI-TOF MS-metoden i et stort nordkinesiske sag-kontrollerede kohorte. Vores resultater viste, at disse syv SNP’er af MMP-1 ikke kan være egnede som signifikante markører til at forudsige mavekræft modtagelighed, progression eller prognose, i det mindste i Han population i det nordlige Kina

Henvisning:. Song YX, Zhou X, Wang ZN, Gao P, Li aL, Liang JW, et al. (2012) Sammenslutningen mellem Individual SNP’er eller haplotyperne af matrixmetalloproteinase 1 og Gastric Cancer Modtagelighed, Progression og Prognose. PLoS ONE 7 (5): e38002. doi: 10,1371 /journal.pone.0038002

Redaktør: Yury E. Khudyakov, Centers for Disease Control og Forebyggelse, USA

Modtaget: Januar 30, 2012; Accepteret: April 29, 2012; Udgivet: 24. maj 2012 |

Copyright: © 2012 Song et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af National Science Foundation of China (nr 30.972.879 og nr 81.172.370), programmet for videnskabeligt og teknologisk Institut i Liaoning-provinsen (nr 2010225032) og Natural Science Foundation i Liaoning-provinsen (nr 20.092.129). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

mavekræft er en af ​​de mest almindelige førende årsager til kræft dødelighed på verdensplan [1]. På trods af visse fremskridt i diagnosticering og behandling af gastrisk kræft i de sidste årtier, prognosen for patienter med fremskreden mavekræft forbliver fattige [2]. Ligesom andre kræftformer, udvikling af gastrisk cancer er en flertrinsproces med akkumulering af genetiske og epigenetiske ændringer. Opdagelsen og anvendelsen af ​​biomarkører, der kan integreres med traditionel kræftdiagnose, iscenesættelse og prognose kunne stort set bidrage til at forbedre tidlig diagnosticering og patientpleje [3]. Med færdiggørelsen af ​​det humane genom-projektet, har millioner af enkelt nukleotid polymorfier (SNP) blevet identificeret som attraktive biomarkører i vurderingen kræftrisiko, screening, iscenesættelse, eller sortering [4].

Matrix (MMP’er) er en vigtig familie af metal-afhængige enzymer, som er ansvarlige for nedbrydningen af ​​ekstracellulære matrixkomponenter [5]. Molekylære epidemiologiske undersøgelser har vist associationer mellem genetiske polymorfier af MMP’er og kræft modtagelighed, progression og prognose [6] – [10]. For nylig har nogle SNP’er af MMP-1 blevet påvist at være signifikant associeret med øget risiko for udvikling af lungecancer [6], [7], [11]. I brystkræft, Karolina Przybylowska et al. konstateret, at 2G allel af 1G /2G MMP-1 genpolymorfisme kan være ansvarlige for lymfeknude (LN) metastase [8]. På den anden side, begge studier af Hinoda Y et al. og Ghilardi G et al. fandt, at SNP’er af MMP-1 var forbundet med en øget risiko for kolorektal cancer [12], [13]. Endvidere blev en SNP i MMP-1-promotoren påvises at være korreleret med histologisk differentiering af gastrisk cancer [14]. Imidlertid viste andre undersøgelser en negativ sammenhæng mellem MMP-1 polymorfier og kræft modtagelighed [15], [16], [17]. Endvidere er de fleste af disse undersøgelser blev begrænset til små prøver, få SNP’er eller den beregnede haplotyper fra to eller tre polymorfe sites. Således er en stor stikprøve og flere polymorfe sites er afgørende for forståelsen af ​​rollen af ​​MMP-1 SNP’er i gastrisk cancerudvikling.

I den foreliggende undersøgelse, i en stor stikprøve af Han befolkning i det nordlige Kina, brugte vi formalinfikserede, paraffinindlejrede væv (FFPETs)-afledte DNA-prøver fra patienter og blod-afledte DNA fra kontrolgruppen i en matrix-assisteret laser desorption /ionisering time-of-flight massespektrometri (MALDI-TOF MS) metode til at studere potentielle associationer mellem syv SNP’er (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 og rs1144396) eller haplotyper i MMP-1 og tumor modtagelighed, klinisk-patologiske parametre og overlevelse mavekræft.

Materialer og metoder

Emne udvælgelse

Denne undersøgelse bestod af 404 primære gastrisk kræftpatienter og 404 kontroller, og alle fag var fra Han befolkning i det nordlige Kina. De omhandlede karakteristika har tidligere [18] blevet beskrevet. Kort fortalt havde egnede patienter modtaget radikal kirurgi på det første hospital i Kina Medical University i perioden januar 1998 til december 2004 og blev diagnosticeret med mavekræft baseret på histopatologisk vurdering. Tumoren histologiske kvalitet blev vurderet i henhold til World Health Organization kriterier og tumorer blev iscenesat ved hjælp af den 7. udgave af TNM iscenesættelse af Den Internationale Union Against Cancer (UICC) /American fælles udvalg om kræft (AJCC) systemet (2010) baseret på postoperativ patologisk undersøgelse af enhederne. Fuldstændige patologiske data blev opnået herunder alder, køn, dato for kirurgi, placeringen af ​​den primære tumor, histologiske, venøs invasion, lymphovascular invasion, dybde af invasion, antal LN hentet frem, antal metastatiske LN, og antallet af tumoraflejringerne hentet. De (i) med synkrone eller metachronous maligne tumorer, (ii) med fjernmetastaser fundet præoperativt, (iii) der undergik præoperativ strålebehandling eller kemoterapi, eller (iv) med ufuldstændige patologiske dataposter blev udelukket fra denne undersøgelse. Opfølgning blev afsluttet for hele studiepopulationen indtil januar 2010. To patienter døde i den postoperative periode (inden for 30 dage) og 21 patienter blev tabt for opfølgning; derfor blev 381 patienter inkluderet i overlevelse analyse. Median og betyder opfølgende perioder var 90,0 måneder og 93,3 ± 20,24 måneder (interval: 61-136 måneder), hhv. Følgende data blev opnået for alle patienter: dato for død (hvis relevant), dødsårsag (hvis relevant), og dato for opfølgning. Det primære endepunkt var kræft-specifikke overlevelse varighed fra datoen for mavekræft diagnose til dødsdagen. Det 5-års overlevelsesraten for de 404 patienter var 54,2%.

404 blodprøver fra kontrolgruppen blev opnået fra kræft-fri individer, der blev tilfældigt udvalgt på baggrund af fysiske undersøgelser i løbet af december 2009 til August 2011, og denne gruppe blev anset for at være en god repræsentation af befolkningen i denne region. Udvælgelseskriterierne omfattede ingen individuelle historie af kræft, frekvens matcher til sager om køn og alder og personer var ubeslægtede etniske han-kinesere. Prøverne (ethylendiamintetraeddikesyre [EDTA] anticoagulate) blev opbevaret ved -20 ° C inden for 30-40 minutter, og derefter flyttet til en fryser ved -80 ° C i løbet af 2 eller 3 dage efter indsamling.

Etik erklæring

undersøgelsen blev godkendt af Research Ethics Committee of China Medical University, Kina. Skriftligt informeret samtykke blev opnået fra alle mennesker før deltagelse i undersøgelsen.

DNA-ekstraktion

Genomisk DNA blev ekstraheret fra FFPET prøver i sagen gruppen. Sektioner med en tykkelse på 8 um og et overfladeareal på op til 250 mm

2 blev fremstillet med en mikrotom og DNA blev isoleret fra 6 sektioner til 12 sektioner, afhængig af vævet størrelse og celletællinger. Mikrotomen blev renset og knivene blev ændret for at undgå intersample forurening. DNA-ekstraktion fra FFPETs blev udført med en QIAamp® DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Tyskland) [19], efter procedurerne beskrevet af producenten, og vores tidligere arbejde [18]. Ca. 2-10 pg DNA blev udvundet i 50 pi endelige opløsning og blev opbevaret ved -80 ° C.

Genomisk DNA blev ekstraheret fra blodprøver fra kontrolgruppen med Universal Genomisk DNA Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) i overensstemmelse med producentens instruktioner og vores tidligere arbejde [18]. Omkring 2-6 ug DNA blev genfundet i TE og blev opbevaret ved -80 ° C.

Valg af kandidat SNPs

Undersøgelsen omfattede syv SNPs i MMP-1, som er taget fra NCBI SNP’er databasen og HapMap databasen. Vi valgte SNP’er tværs af gen loci at sikre en høj tæthed af markører og sikre en passende karakterisering af haplotype mangfoldighed [6]. Alle valgte SNPs skulle have en mindre allel frekvens ≥5%. Vi valgte derfor syv SNP’er:. Rs2071231 (intron), rs7125062 (intron), rs491152 (intron), rs470558 (exon), rs2075847 (5’UTR), rs470206 (5 ‘UTR) og rs1144396 (. Figur 1A)

A, MMP-1-gen struktur. Fyldte kasser repræsenterer exonerne (5 ‘→ 3’). Pile viser placeringen af ​​SNPs. B: Kortlægning af blokken struktur af de syv SNP’er genereret af Haploview. Værdien inden for hver firkant i trekanten plot repræsenterer den parvise korrelation mellem SNP’er (målt som D ‘) defineret ved det øverste venstre og den øverste højre side af pladsen. De Squares uden et tal svarer til D ‘= 1. Shading repræsenterer størrelsen og betydningen af ​​parvis LD, med en rød-til-hvid gradient afspejler højere til lavere LD værdier. Hyppigheden af ​​hver fælles haplotype inden for en blok er til højre for haplotypen

SNP’er analyse og validering

SNPs blev genotypebestemmes hjælp af MALDI-TOF MS-system (MassARRAY;. Sequenom , San Diego, CA, USA) med primere og prober (tabel S1) som tidligere beskrevet [19], [20]. For at sikre at skrive kvalitet, 1% positive prøver (Yanhuang celle stamme) blev inkorporeret i hvert genotypebestemmelse plade til at validere pålideligheden af ​​primerne og 1% negative prøver (vand med intet DNA) blev anvendt til at overvåge kontaminering. 5% tilfældige prøver blev testet i duplikat af forskellige personer og reproducerbarheden var 100%. De laboratoriepersonale blev blindet til prøven arrangement under processen. MALDI-TOF MS-analyse var ifølge Justenhoven et al. [21] og den vigtigste proces omfattede PCR-amplifikation (GeneAmp® PCR System 9700 Dual 384-Well prøveblokken Module, Sequenom), reje-alkalisk phosphatase behandling (Sequenom), basen forlængelsesreaktioner, salt fjernelse med harpiks, SpectroCHIP dispensering (384 brønde SpectroCHIP microarray, Sequenom). Allel diskrimination blev opnået ved analyse med et MassARRAY Analyzer Kompakt massespektrometer (MT9). Endelig blev dataanalyse udført ved hjælp MassArray Typer Analyzer software 4.0 (Sequenom, San Diego, CA) [22].

Bindingsuligevægt (LD) blok beslutsomhed og haplotype byggeri

Haploview 4.2 software var anvendes til at evaluere LD og konstruere haplotyper som beskrevet tidligere [6]. LD mellem de syv SNP’er anvendes i haplotypeanalyse blev målt ved en parvise D ‘statistik. Strukturen af ​​LD blok blev undersøgt under anvendelse af fremgangsmåden ifølge Gabriel et al. [23], ved hjælp af 80% tillid grænserne for D ’til at definere steder af historisk rekombination mellem SNPs. Haplotyper blev konstrueret ud fra genotypedata i fuld størrelse case-control panel inden for blokke ved hjælp af en accelereret forventning-maksimering algoritme metode med Haploview 4.2 software [6], [24]. Desuden gjorde vi SNP genotype kombinationer for at finde deres tilknytning til mavekræft risiko [25].

Statistisk analyse

En to-sidet chi-square (χ2) test blev anvendt til at estimere befolkningens fordeling karakteristika, sammenligne forskelle i allel og genotypiske frekvenser mellem cases og kontroller og skøn sammenhænge mellem de enkelte SNPs og klinisk-patologiske parametre. For at vurdere signifikans blev en permutation procedure (1.000 prøver) anvendes til at korrigere den P-værdi på enkelt-locus associationsresultater [6]. En permutation test er en type af statistisk signifikans test, hvor fordelingen af ​​teststørrelsen under nulhypotesen opnås ved at beregne alle mulige værdier af teststørrelsen under rearrangementer af etiketterne på de observerede datapunkter. Desuden blev Bonferroni korrektion bruges til flere test korrektion [26]. Logistisk regression blev anvendt til at analysere sammenhængen mellem genotypefrekvenser og gastrisk cancer risiko, justeret for køn og alder. Overlevelse analyser blev udført med log-rank test og Cox proportional hazard model. Den Haploview 4.2 softwarepakke blev brugt til: estimat parvis LD, opdage afgang fra Hardy-Weinberg ligevægt, konstruere haplotyper, beregne haplotypefrekvenser og skøn associationer mellem haplotyper og mavekræft risiko. Vi brugte også Haplo.states software til at vurdere sammenhænge mellem haplotyper og clinicopathologic funktioner [6], [27]. Den THEsias software baseret på Cox proportional hazards overlevelse regression i haplotype-baserede forening analyse under anvendelse af Stochastic-EM-algoritmen blev anvendt til fremstilling overlevelse analyse af haplotyper [28]. På grund af flere test hypotese blev P-værdi for signifikans justeret konservativt ved Bonferroni korrektion til 0,007 (0,05 /7)

Resultater

Emne egenskaber

Som det fremgår af tabel 1 og tidligere arbejde, den gennemsnitlige alder var 56,67 ± 11,92 y og procentdelen af ​​mænd var 70,54% for gruppen. Gennemsnitsalderen for kontrolgruppen var 56,91 ± 11,48 y og procentdelen af ​​mænd var 70,54%. Der var ingen statistisk signifikant forskel i fordelingen af ​​køn og alder mellem patienter og kontrolpersoner (alle P = 1,00). Desuden af ​​de 404 patienter, 85 (21,04%) havde stadie I mavekræft, 107 (26,49%) havde stadie II mavekræft, og 212 (52,48%) havde stadie III mavekræft (tabel 1). De andre klinisk-patologiske parametre for mavecancerpatienter er vist i tabel 1.

Genotypning succesrate, LD og haplotype struktur

Alle SNPs var polymorfe med mindre allelfrekvenserne 10% og genotype distributioner var alle enige med Hardy-Weinberg ligevægt (data ikke vist). De succesrater var høje i tilfælde gruppen (98,27 til 100%) og kontrolgruppen (99,50 til 100%, Tabel S2). Derefter brugte vi Haploview 4.2 software til at vurdere LD og konstruere haplotyper. blev observeret LD tværs rs2071231, rs7125062, rs491152 og rs470558 (alle D ≥0.99), og disse fire SNPs konstrueret blok 1. Blok 1 overdækket 5,0 kb og indeholdt 4 fælles haplotyper: TCCG, GCCG, TTCG og TTTA (frekvensområde: 0.127- 0,500), hvilket udgjorde ca. 99,9% af forsøgspersonerne (figur 1B).

Foreninger mellem individuelle SNPs og gastrisk kræftrisiko, klinisk-patologiske parametre og overlevelse

som vist i tabel 2, var der ingen statistisk forskel i allel fordelingen mellem patienter og kontroller (P 0,007 og P 0,007 efter en permutation test for allele frekvenser og Bonferroni korrektion). Desuden var der ingen sammenhæng mellem genotype fordelinger af de syv SNP’er i MMP-1 og risikoen for mavekræft (P 0,007 og P 0,007 efter at være blevet justeret for køn og alder for genotypiske frekvenser, tabel 3)

de genotyper af individuelle SNPs blev evalueret for foreninger med de klinisk-patologiske parametre. Tabel 4 viser, at rs470206 genotyper havde en korrelation med histologiske kvaliteter, og patienterne med GA /AA havde godt celledifferentiering sammenlignet med patienter med genotype GG (OR = 0,573; 95% CI: fra 0,353 til 0,929, P = 0,023). Det var dog ikke signifikant efter Bonferroni korrektion. De andre genotyper SNPs havde ingen signifikante korrelationer med klinisk-patologiske parametre i mavekræft.

I univariat analyse, BORRMANN typen, pT kategori, lymfeknude metastaser, lymphovascular invasion og TNM stadie blev påvist at være betydelig prognostisk faktorer (tabel 5). viste imidlertid, de statistiske resultater, at alle genotyper i de syv SNPs havde nogen foreninger med overlevelsen af ​​patienter med gastrisk cancer (alle P 0,007, tabel 5).

Foreninger mellem haplotyper eller SNP genotype kombinationer og gastrisk kræftrisiko, klinisk-patologiske parametre og overlevelse

Brug Haploview 4.2 software, konstrueret vi en fire-markør haplotype blok, som indeholdt fire fælles haplotyper: TCCG, GCCG, TTCG og TTTA. Alle fire fælles haplotyper havde ingen sammenhæng med mavekræft risiko (P 0,007 og P 0,007 efter en permutation test Tabel S3). Desuden har vi ikke finde nogen sammenhæng mellem disse fire fælles haplotyper og klinisk-patologiske parametre i gastrisk kræft (alle P 0,007, tabel S4). Endvidere er resultatet af univariate analyse viste ingen sammenhæng mellem alle haplotyper og overlevelse af patienter med gastrisk cancer. (Alle P 0,007, tabel S5)

Så vi gjorde SNP genotype kombinationer for at finde deres tilknytning til gastrisk kræftrisiko. Blandt alle kombinationer, genotype kombinationer af to SNP’er (rs2071231 og rs470206) havde fire undergrupper: TA, TG, GG og AA. Selvom LD mellem de to SNPs ikke eksisterer, og de fire undergrupper havde ingen sammenhæng med mavekræft risiko (P = 0,523), patienter med TA havde godt celle differentiering i forhold til patienter med genotype TG (OR = 0,561; 95% CI : 0,357-0,881; P = 0,022). Det var dog ikke signifikant efter Bonferroni korrektion. Desuden er alle undergrupper havde nogen foreninger med overlevelsen af ​​patienter med gastrisk cancer (alle P 0,007). De andre genotypekombinationer havde ingen signifikante resultater.

Discussion

Nedbrydningen af ​​ekstracellulær matrix og basalmembranen af ​​MMP’er er en af ​​de vigtigste regulatoriske elementer i mange fysiologiske og patologiske processer i tumorinvasion og metastase [5]. Hovedparten af ​​tidligere undersøgelser har fokuseret på forholdet mellem SNP’er og MMP-2 og MMP-9. Endvidere nogle SNP’er af MMP-1 er blevet påvist, at være signifikant associeret med øget risiko for udvikling af lungecancer, brystcancer og colorektal cancer [6] – [8], [11] – [13]. Imidlertid viste andre undersøgelser en negativ sammenhæng mellem MMP-1 polymorfier og kræft modtagelighed [15] – [17]. Øvrigt i gastrisk cancer, de fleste af de undersøgelser af MMP-1 har kun fokuseret på betydningen af ​​SNP (-1607 1G /2G) i promotoren i relativt små prøver. Jin X et al. rapporterede, at der var ingen sammenhæng af MMP-1 promotor polymorfi (-1607 1G /2G) med følsomhed over for gastrisk hjerte-adenocarcinom i det nordlige Kina (183 patienter) [15]. Men en undersøgelse af en japanske befolkning (215 patienter) viste, at selv om tilstedeværelsen af ​​2G-allelen (-1607) i MMP-1-promotoren ikke forøge risikoen for mavecancer, kan det være involveret i differentieringen af ​​gastrisk cancer [14]. Derfor en stor prøve, og flere polymorfe steder er afgørende for forståelsen af ​​rollen som MMP-1 SNPs i gastrisk udvikling af kræft.

I betragtning af ovenstående valgte vi syv polymorfe websteder på tværs MMP-1 for at sikre en høj tæthed af markører og yde passende karakterisering af haplotype mangfoldighed. Desuden valgte vi 404 patienter og 404 kontroller, der havde de samme fordelinger for køn og alder. På den anden side, indtil nu, de fleste af SNP’er blev undersøgt ved restriktionsfragmentlængde-polymorfisme (RFLP) analyse [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-TOF MS [6], [20] og pyrosekventering analyse [31]. I øjeblikket er MALDI-TOF MS-metode, der tilbyder ca. 100% nøjagtighed for SNP genotyping, betragtes som en guld standard [19], [32]. Desuden viste tidligere rapporter, at der ikke var nogen allel frekvens forskelle mellem FFPET-afledt DNA og blod-afledt DNA fra det samme individ gennem flere metoder, herunder MALDI-TOF MS [33] – [35]. Derfor genotypebestemmelse af FFPET-afledte DNA ved MALDI-TOF MS er pålidelig og reproducerbar. Vores resultater viste også høj succesrate på mellem 98,27% og 100% (gennemsnit: 99,43%), hvilket var i overensstemmelse med tidligere indberettede data [19], [32], [33]

Blandt syv SNPs. Sun et al. viste, at risikoen allele frekvenser af rs7125062, rs2075847 og rs470206 var højere hos patienter med lungekræft end i kontrollerne [6]. Men i den foreliggende undersøgelse, var der ingen individuelle SNPs korreleret til gastrisk kræftrisiko. Desuden rs470206 genotyper havde en corelation med histologiske kvaliteter, og patienterne med GA /AA havde godt celledifferentiering sammenlignet med patienter med genotype GG. Dette resultat var i lighed med de polymorfe sites (-1607 1G /2G), som kan være involveret i differentieringen af ​​gastrisk cancer [14]. Desuden er nogle undersøgelser viste, at MMP-1 promotor polymorfi (-1607 1G /2G) har en forening med prognose i tungen kræft [36], brystkræft [37] og kolorektal cancer [38]. Men vi ikke finde nogen enkelte SNPs korreleret med prognose i gastrisk cancer i vores undersøgelse.

SNPs stabilt nedarves, meget rigelige og vise mangfoldigheden inden for og blandt befolkningerne, som menes at være attraktive biomarkører. Imidlertid har anvendelsen af ​​individuelle SNPs været begrænset, fordi de har lav penetrans og deres virkninger er relativt vanskelige at identificere. Derfor er betydningen af ​​haplotype oplysninger været stigende at linke DNA sekvensvariation med sygdom [6], [18], [39]. I vores undersøgelse, konstrueret vi en fire-markør haplotype blok, der indeholdt 4 fælles haplotyper: TCCG, GCCG, TTCG og TTTA, der var i overensstemmelse med studiet af Sun et al. [6]. Deres undersøgelse viste haplotype TTCG havde en frekvens, der var signifikant forskellig mellem patienter og kontroller. Endvidere haplotype TTCG havde en øget risiko for fjernt metastase af lungecancer og i modsætning til haplotype TTCG viste haplotype TTTA en beskyttende virkning mod lungekræft progression [6]. Men i vores undersøgelse, alle fire fælles haplotyper havde ingen sammenhæng med gastrisk kræftrisiko, og vi fandt ikke nogen sammenhæng mellem disse haplotyper og klinisk-patologiske parametre i mavekræft. Endvidere er resultatet af univariate analyse viste ingen sammenhæng mellem alle haplotyper og overlevelse af patienter med gastrisk cancer. Indtil nu, har et stigende antal undersøgelser med fokus på sammenhængen mellem SNPs og sygdom, men selv med den samme SNP, var resultaterne som regel anderledes. Flere og flere undersøgelser viste, at forskellige resultater kunne være primært henføres til forskellige kombinationer af faktorer, såsom sygdom heterogenitet, befolkning, miljø, allele frekvenser og /eller LD forskelle, væv kilde brugt, stikprøvestørrelser, afsløring teknik og så videre.

det er interessant, selv om LD mellem rs2071231 og rs470206 ikke eksisterede, vi stadig gjorde SNP genotype kombinationer ifølge undersøgelsen af ​​Ostrovsky O et al. [25]. Vi fandt, at sammenlignet med de patienter med genotype TG, patienterne med TA havde godt celledifferentiering. Men hyppigheden af ​​denne type SNP genotypen kombination var meget lav i befolkningen.

konklusion, denne undersøgelse evaluerede polymorfismer af MMP-1-genet i gastrisk kræft med MALDI-TOF MS-metoden og arkiverede FFPETs i en stor nordkinesiske tilfælde-kontrollerede kohorte. Selvom vores resultater var negative, denne undersøgelse først indikerede, at SNP’er (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 og rs1144396) af MMP-1 ikke kan være nyttige som signifikante markører til at forudsige mavekræft modtagelighed, progression eller prognose på mindst i Han befolkning i det nordlige Kina. Desuden kunne disse resultater give væsentlige oplysninger til andre forskere gør kræftforskning at fjerne disse syv SNP’er som diagnostiske markører for mavekræft.

Støtte oplysninger

tabel S1.

Primer sekvenser anvendt til genotype de syv SNPs i MMP-1

doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s001

(DOC)

tabel S2.

Genotypebestemmelse succesrater for de syv SNP’er i MMP-1

doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s002

(DOC)

tabel S3.

Foreninger mellem haplotypefrekvenser af fire SNP’er i MMP-1 og risikoen for mavekræft

doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s003

(DOC)

Tabel S4.

Foreninger mellem haplotypefrekvenser af fire SNP’er i MMP-1 og klinisk-patologiske parametre

doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s004

(DOC)

tabel S5.

Survival analyse af haplotyper af fire SNP’er i MMP-1

doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s005

(DOC)

Tak

Vi takker Kirurgisk afdeling Oncology i Første Hospital i Kina Medical University for at give humane prøver. Vi takker også College of China Medical University for teknisk bistand i eksperimenter.