PLoS ONE: Integreret analyse af Gene Expression Profiles associeret med svar på Platinum /Paclitaxel-Based Treatment i Epithelial kræft i æggestokkene

Abstrakt

Formål

Denne undersøgelse har til formål at udforske genekspression signaturer og serum biomarkører til at forudsige iboende kemoresistens i epitelial ovariekræft (EOC).

Patienter og metoder

Genekspression profilering data for 322 high-grade EOC sager mellem 2009 og 2010 i The Cancer Genome Atlas-projektet (TCGA) blev anvendt til at udvikle og validere genekspression signaturer, der kunne skelne forskellige reaktioner på første linje platin /paclitaxel -baserede behandlinger. En genregulering netværk blev derefter bygget til yderligere at identificere hub gener er ansvarlige for differentiel genekspression mellem komplet respons (CR) gruppen og fremadskridende sygdom (PD) gruppe. Yderligere, for at finde mere robuste serum biomarkører for klinisk anvendelse, vi integreret vores gen signaturer og gen-signaturer tidligere er rapporteret til at identificere sekretoriske protein gener ved at søge i DAVID-databasen. I sidste ende blev gen-interaktion netværk konstrueret ved at søge Comparative toksikogenomik Database (CTD) og litteratur.

Resultater

En 349-gen prædiktiv model og en 18-gen model uafhængig af nøgle kliniske funktioner med høj nøjagtighed er udviklet til forudsigelse af kemoresistens i EOC. Blandt dem var ti vigtige hub gener og seks kritiske signalveje identificeret til at have stor betydning i kemoterapeutisk respons. Endvidere blev ti potentielle serum biomarkører identificeret til forudsigelse kemoresistens i EOC. Endelig har vi foreslået nogle lægemidler til individualiseret behandling.

Konklusion

Vi har udviklet de forudsigende modeller og serum biomarkører for platin /paclitaxel respons og etablerede den nye metode til at opdage potentielle serum biomarkører fra genekspression profiler. De potentielle lægemidler rettet mod hub gener er også foreslået

Henvisning:. Han Y, Huang H, Xiao Z, Zhang W, Cao Y, Qu L, et al. (2012) Integreret Analyse af Gene Expression Profiles associeret med svar på Platinum /Paclitaxel-Based Treatment i Epithelial kræft i æggestokkene. PLoS ONE 7 (12): e52745. doi: 10,1371 /journal.pone.0052745

Redaktør: Sandra Orsulic, Cedars-Sinai Medical Center, USA

Modtaget: 12. september 2012; Accepteret: November 21, 2012; Udgivet: December 27, 2012