PLoS ONE: GATA2 rs2335052 Polymorfi forudsiger overlevelse Patienter med kolorektal Cancer

Abstrakt

Baggrund

GATA bindende protein 2 (GATA2) er en transskription faktor, der har væsentlige roller i hæmatologiske maligniteter og progression af forskellige faste tumorer. Vores tidligere undersøgelser antydet, at høj GATA2 ekspression er forbundet med gentagelse af colorektal cancer (CRC). Men indflydelsen af ​​GATA2 enkelt nukleotidpolymorfier (SNP’er) på overlevelsen af ​​CRC er fortsat ukendt.

Metoder

Vi genotype GATA2 SNP rs2335052 vha Sanger sekventering efter PCR-amplifikation, og bestemt GATA2 ekspression ved immunhistokemi i en kohorte af 180 CRC patienter. Kaplan-Meier overlevelsesanalyse og Cox proportional hazard regression blev anvendt til at analysere sammenhængen mellem GATA2 rs2335052 genotyper og det kliniske resultat af CRC.

Resultater

Vi fandt, at der ikke var nogen signifikant sammenhæng mellem de rs2335052 genotyper og udtryk for GATA2. Kaplan-Meier overlevelsesanalyse foreslås imidlertid, at bærere af A-allel af SNP rs2335052 markant var forbundet med øget risiko for tilbagefald og reduceret sygdomsfri overlevelse (DFS), sammenlignet med dem, der bærer den variant genotype GG i rs2335052 (

P

= 0,021). Desuden analyser univariate og multivariate Cox regression viste, at GATA2 SNP rs2335052 var en uafhængig risikofaktor for DFS i CRC patienter.

Konklusion

Vores resultater viste, at GATA2 SNP rs2335052 er en uafhængig prædiktor for prognose af CRC patienter. Dette rejste muligheden for, at SNP rs2335052 kan tjene som en mulig indikator til at forudsige gentagelse af CRC efter kurativ kolektomi

Henvisning:. Liu X, Jiang B, Wang A, Di J, Wang Z, Chen L, et al . (2015) GATA2 rs2335052 Polymorfi forudsiger overlevelse Patienter med kolorektal cancer. PLoS ONE 10 (8): e0136020. doi: 10,1371 /journal.pone.0136020

Redaktør: Gonzalo Carrasco-Avino, Icahn School of Medicine på Mount Sinai, UNITED STATES

Modtaget: 10. oktober 2014 Accepteret: 30 juli 2015; Udgivet: 19 August, 2015

Copyright: © 2015 Liu et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Data Tilgængelighed: Alle relevante data er inden for papir og dens støtte Information filer

Finansiering:. Denne undersøgelse blev støttet af tilskud fra National Natural Science Foundation of China (nr 81.272.766, No. 81.450.028, No. 81.470.129, og nr 81.402.346 ), National High Technology Research and Development Program Kina (863 Program, No.2014AA020603), kliniske karakteristika og Application Research kapitalomkostninger (Beijing Municipal Science Teknologi Kommissionen No. Z121107001012130), Beijing Municipal Administration af Hospitaler Klinisk Udvikling af særlig Funding Support (nr XM201309), Peking University (PKU) 985 særlig Støtte til forskningssamarbejde med PKU Hospitaler (til Xiangqian Su og Fan Bai), såning Tilskud til medicin og Life Sciences i Peking University (2014-MB-04), Beijing Natural Science Foundation (nr 7132054), Beijing Nova Program (Beijing Municipal Science Teknologi Kommissionen No. Z111102054511075, 2.011.060), Program for Excellent Talenter i Beijing (nr 2013D003034000009), Excellent Overseas-Returnee Scholar Program (ministeriet for menneskelige ressourcer og social sikkerhed, til Jiabo Di), og Science Foundation of Peking University Cancer Hospital Institute (nr 2014-14)

Konkurrerende interesser:. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Kolorektal cancer (CRC) er den tredje mest. fremherskende kræft i verden og den næsthyppigste årsag til kræft dødsfald i de vestlige lande [1,2]. Data fra World Health Organization (WHO) viser, at forekomsten af ​​CRC er hastigt stigende i mange asiatiske lande, herunder Kina [3]. Trods forbedringer i diagnose, kirurgi, kemoterapi og målrettet terapi, den 5-årige relative overlevelse for patienter med CRC stadig dårlig [4]. På nuværende tidspunkt er TNM vedligeholdes af amerikanske Blandede Cancer (AJCC) er den mest udbredte retningslinje for iscenesættelse og overlevelse forudsigelse [5]. De kliniske resultater af patienter med CRC, kan dog variere betydeligt selv inden for samme tumor, hvilket især er af patienter med stadium II sygdom [6, 7]. Derfor nye molekylære prognostiske markører, der kan præcist stratificere patienter i forskellige risikokategorier er klart berettiget.

GATA2 bindende protein 2 (GATA2) er en zink-finger transskription faktor, som spiller en afgørende rolle i reguleringen af ​​transskription af gener involveret i proliferation, udvikling og differentiering af hæmatopoietiske celler [8-11]. Der er stigende tegn på, at ændret GATA2 udtryk og konstitutive heterozygot GATA2 mutation er forbundet med hæmatologiske maligniteter, samt udvikling og progression af forskellige solide tumorer [12-20]. I sporadiske og familiære myeloide maligniteter, høj GATA2 udtryk og erhvervet eller arvet mutationer af GATA2 genet er blevet rapporteret [12-15]. For solide tumorer, er høje niveauer af GATA2 udtryk forbundet med dårlig prognose og recidiv i prostata og CRC [16-18]. Desuden høj GATA2 ekspression i ikke-dyrkede humane brystcarcinomer fremmer proliferationen af ​​brystcancerceller ved at inhibere transkriptionen af ​​PTEN [19]. Li et al rapporterede imidlertid, at GATA2 ekspression blev reduceret i levercellecancer væv og reduceret ekspression af GATA2 korreleret med dårlig prognose af hepatocellulært carcinom [20]. Disse resultater tyder på, at GATA2 kan tjene som en ny indikator for prognosen for forskellige typer af kræft.

GATA2 gen er placeret på kromosom 3q21. Mange single nucleotide (SNP’er) er blevet identificeret i human GATA2 gen, herunder rs2335052, rs3803, rs2713604, og så videre [20-24]. Disse genetiske varianter kan bidrage til ændret ekspression og funktion af GATA2, og følgelig kan have stor indflydelse på de kliniske resultater af CRC. Imidlertid har den kliniske betydning af GATA2 SNPs i CRC ikke undersøgt endnu.

I denne undersøgelse har vi undersøgt SNP rs2335052 og udtryk for GATA2 i en kinesisk CRC kohorte, og undersøgte rolle GATA2 SNP rs2335052 som prædiktor for det kliniske resultat for CRC patienter. Vores resultater viste, at selv om der blev observeret nogen signifikant sammenhæng mellem rs2335052 genotyper og udtryk for GATA2, bærere af A-allel af SNP rs2335052 viste en signifikant øget risiko for tilbagefald og reduceret sygdomsfri overlevelse (DFS). Således kan GATA2 SNP rs2335052 tjene som en ny indikator for prognosen for patienter med CRC.

Materialer og metoder

Etik Statement

Undersøgelsen blev godkendt og overvåget af den videnskabsetiske komité af Peking University Cancer Hospital Institut. Beijing, Kina. Skriftligt informeret Samtykke blev opnået fra alle patienter før operation til generel forskning ved hjælp af deres kliniske data og prøver.

Patienter

Denne retrospektive undersøgelse omfattede 180 patienter, som blev gennemgået kolektomi ved Institut for Minimal Invasiv Gastrointestinal Kirurgi, og histologisk diagnosticeret med CRC på Patologisk Institut på Peking University Cancer Hospital Institut fra april 2009 til december 2011. Alle tumorer blev gradueret af to erfarne patologer i henhold til amerikanske Blandede Cancer (AJCC) retningslinjer klassificering. Patienter behandlet med præoperativ strålebehandling eller adjuverende kemoterapi, blev udelukket. Seksten patienter med patologisk bekræftet metastase eller døde af komplikationer blev også udelukket. Formalinfikseret paraffinindlejrede (FFPE) vævsprøver fra patienter var tilgængelige for undersøgelsen. DFS blev beregnet som den tid af kræft diagnose til enten tilbagefald eller død fra den sidste opfølgning.

GATA2 SNP rs2335052 analyse

Genomisk DNA blev ekstraheret fra paraffinindlejrede tumor prøver vha FFPE DNA Kit (OMEGA, US) i overensstemmelse med producentens anvisninger. De GATA2 rs2335052 genotyper blev bestemt ved Sanger-sekventering efter amplifikation med polymerasekædereaktion (PCR). Exon 3 i GATA2 blev amplificeret under anvendelse af følgende primere: fremadrettet 5′-CCACCCTGATCCTCTCTCTCTTT og bagudrettet 5′-TCACAGCTCCCCACCACAA. PCR blev udført i et 30 pi volumen, der omfatter 10-30ng genomisk DNA, 0,2 mM dNTP, 1 × PCR-buffer, 10 mM hver primere og 0,75 enhed GoTaq DNA-polymerase (Promega Cor, WI, USA.) Under de følgende amplifikationsbetingelserne: 2min ved 95 ° C, efterfulgt af 35 cykler ved 95 ° C i 30 sek, 60 ° C i 30 s, 72 ° C i 45 s. PCR-produkterne blev visualiseret på en 2% agarosegel og derefter underkastet direkte sekventering. Alle fragmenter blev sekventeret under anvendelse af ABI 3730XL Avant Genetic Analyzer (Applied Biosystems Inc., CA, USA). Endelig blev sekventering resultater analyseres med det kulørtheder software under betingelse af signal /støj 98%

GATA2 immunhistokemisk (IHC)

IHC analyse for GATA2 blev udført under anvendelse et primært polyklonalt kanin-antistof mod GATA2. (1: 100, Santa Cruz sc-9008), efterfulgt af inkubation med et sekundært antistof fra EnVision kit (Dako Cytomation). Visualiseringen signal blev fremkaldt med diaminobenzidin (Sigma). Snit blev modfarvet med hæmatoxylin. Den farvningsintensitet blev scoret som følger [18, 25]: -, ingen farvning eller 10% positive celler; +, 10-20% svagt til moderat positive celler; ++, 10-20% intensivt positive celler eller 20-50% svagt positive celler; og +++, 20-50% positive celler med moderat til stærk reaktivitet eller 50% positive celler. Resultaterne er rapporteret af de to patologer var meget konsekvent, og alle uenigheder blev løst ved konsensus efter fælles undersøgelse. Scoren for GATA2 farvning blev beskrevet som enten “lav” eller “høj”, hvor “høj” omfatter “++” og “+++” farvning.

Statistisk analyse

Foreningen mellem GATA2 SNP rs2335052 og klinisk-patologiske karakteristika blev analyseret med Chi-squared test. Overlevelse blev bestemt under anvendelse Kaplan-Meier metoder og sammenlignet med log-rank test. Univariate og multivariate overlevelse analyser blev udført ved anvendelse af Cox proportional hazard regression. Femten patienter tabte til opfølgning blev udelukket i Kaplan-Meier-kurve, univariate og multivariate analyser. De statistiske analyser blev udført med softwarepakken SPSS 13.0 (SPSS, Inc., Chicago, IL, USA).

P

værdi på mindre end 0,05 blev betragtet som statistisk signifikant.

Resultater

Patient karakteristika og genotype

I alt 180 prøver fra patienter med CRC var analyseret. Median opfølgningstid i kohorten var 69,0 måneder. Bærere af rs2335052 GG, GA og AA-genotyper var 64 (35,6%), 81 (45,0%), og 35 (19,4%), (fig 1). Nærmere oplysninger om de kliniske karakteristika og GATA2 rs2335052 genotyper er vist i tabel 1. GATA2 SNP rs2335052 var signifikant associeret med sygdomsfri overlevelse (DFS) i CRC (

P

= 0,033). Der blev dog ikke observeret nogen signifikante associationer mellem rs2335052 genotyper og andre klinisk-patologiske karakteristika (alle

P

-værdier 0,05)

Foreningen af ​​GATA2 rs2335052 genotyper med DFS

Kaplan-Meier-kurver for DFS blev grafisk vist i henhold til et tilsætningsstof, dominant og recessiv model af arv (figur 2). Resultaterne viste, at SNP rs2335052 var signifikant associeret med DFS under den dominerende model af arv (

P

= 0,021), hvilket antydede, at bærere af A-allel af SNP rs2335052 (GA, AA) havde en signifikant øget risiko for tilbagefald og reduceret DFS (fig 2B). Det 5-års DFS rate af patienter med bærere af rs2335052 GA og AA genotyper var 69,0%, men for patienter med bærer af rs2335052 GG-genotypen, satsen var 92,0%. Imidlertid blev signifikant forskel i DFS ikke observeret blandt GATA2 rs2335052 genotyper under tilsætningsstoffet eller recessive model (

P

= 0,056,

P

= 0,834 henholdsvis figur 2A og 2C).

Kaplan-Meier-kurver er vist for et additiv (A), dominant (B), og recessiv model (C) af arv. Den log-rank test blev anvendt til at beregne

P

værdier.

Desuden har vi foretaget en stratificeret analyse fra TNM stadie (I /II og III /IV), til bestemme den prognostiske betydning af GATA2 rs2335052 genotyper i forskellige tumor stadier. Huser rs2335052 GA eller AA bekræftet en negativ indvirkning på DFS af trin I /II patienter (

P

= 0,005, Fig 3A). Imidlertid blev GATA2 rs2335052 genotyper ikke korreleret med prognose af patienter med stadie III /IV-sygdomme (

P

= 0,749, Fig 3B).

Kaplan-Meier kurver angivet DFS for undergruppen af patienter med stadium I /II (A), og fase III /IV (B) CRC. Den log-rank test blev anvendt til at beregne

P

værdier.

Den prognostiske værdi af GATA2 rs2335052 genotyper i DFS blev evalueret ved univariate og multivariate Cox regressionsanalyser ved hjælp af en dominerende model arv. Som vist i tabel 2, i både univariate og multivariate analyser, patienter med A-allel af SNP rs2335052 (GA, AA) havde en kortere periode med DFS, hvilket tyder på en højere risiko for recidiv (HR, 2.530; 95% CI, 1,111 -5,761;

P

= 0,027 og HR, 2,825; 95% CI, 1,095-7,290;

P

= 0,032, for univariate og multivariate analyse, henholdsvis), sammenlignet med de patienter med SNP rs2335052 GG genotype. Resultaterne antyder, at de GATA2 SNP rs2335052 var en uafhængig prognostisk faktor for sygdomstilbagefald. Den relative risiko for tilbagefald hos patienter med rs2335052 GA og AA-genotyper var 2,825 gange højere end den for patienter med rs2335052 GG genotype ifølge den multivariate analyse. Ugunstige overlevelse resultater blev også signifikant associeret med mandlige patienter, stadie III /IV CRC og dårlig eller moderat tumor differentiering, baseret på univariat analyse (Tabel 2).

associering mellem GATA2 rs2335052 genotyper og GATA2 udtryk

udtryk for GATA2 blev undersøgt i 164 af 180 CRC væv (Fig 4). Høj GATA2 ekspression blev påvist i 93 ud af 164 (56,7%) CRC væv sammenlignet med 7 ud af 97 (7,2%) i matchede tilstødende noncancerous væv (

P

0,0001). Kaplan-Meier-kurve for DFS viste, at patienter med tumorer udviser høj GATA2 udtryk havde dårligere prognose, hvilket tyder på kortere DFS og tidligere recidiv (

P

= 0,044, Fig 5A). Imidlertid blev der ikke observeret nogen signifikant sammenhæng mellem GATA2 udtryk og SNP rs2335052 (

P

= 0,523, tabel 1).

Repræsentant billede angivne stærk GATA2 farvning i CRC væv, og negativ GATA2 farvning i matchede noncancerous væv. Forstørrelse er 100 ×.

(A) Kaplan-Meier overlevelse kurve viste DFS for patienter med GATA2 høje tumorer versus patienter med GATA2-lav tumorer. Kaplan-Meier overlevelseskurver viste DFS for patienter stratificeret efter GATA2 rs2335052 GG (B), og GG + AA (C) genotyper. Den log-rank test blev anvendt til at beregne

P

værdier.

Siden SNP rs2335052 GG genotype viste en signifikant beskyttende indflydelse på DFS i den dominerende model af arv (Fig 2B), til yderligere analyse, blev patienterne inddelt i to grupper efter deres rs2335052 genotyper (GG undergruppe, GA og AA subgruppe). I rs2335052 GG undergruppe, høje niveauer af GATA2 udtryk viste borderline signifikant sammenhæng med kortere DFS sammenlignet med lav GATA2 udtryk (

P

= 0,073, Fig 5B). Men der var ingen signifikant sammenhæng mellem niveauerne af GATA2 udtryk og DFS i undergruppen af ​​patienter bærer de rs2335052 GA og AA-genotyper (

P

= 0,208, Fig 5C).

Diskussion

i denne undersøgelse undersøgte vi sammenhængen mellem GATA2 SNP rs2335052 og prognosen for CRC patienter i et kinesisk kohorte. Vore data viser, at selv om der ikke var nogen signifikant korrelation mellem rs2335052 genotyper og ekspressionen af ​​GATA2 blev rs2335052 GA og AA-genotyper signifikant associeret med ugunstige prognose og øget risiko for tilbagefald hos patienter med CRC, sammenlignet med dem, der bærer GG genotype. Desuden univariate og multivariate Cox regressionsanalyse viste, at rs2335052 SNP i GATA2 var en uafhængig prædiktor for dårlig DFS i CRC patienter.

Flere tidligere undersøgelser har vist påvirkning af GATA2 ekspressionsniveauerne på det kliniske resultat hos patienter med pædiatrisk akut myeloid leukæmi (AML), colorektal, prostata, brystcancer og hepatocellulært carcinom [14, 16-20]. Undtagen hepatocellulært carcinom [20], høje niveauer af GATA2 udtryk indikerer tumor tilbagefald, metastaser, eller dårlig overlevelse [14, 16-19]. Udover protein niveau GATA2, den genetiske mangfoldighed af GATA2 locus også indflydelse tumorigenese. Erhvervede og nedarvede mutationer i GATA2 er blevet rapporteret at være korreleret med myeloide maligniteter, herunder AML, og kronisk myeloid leukæmi (CML) [13-15]. Omlægning af den GATA2 forstærker til EVI1 årsager reduceret og monoallelisk udtryk for GATA2, samt aktivering af EVI1 i sporadiske familiære AML /MDS og MonoMac /Emberger symdromes [26]. Men den rolle GATA2 genotyper i kræft prognosen stort set uudforsket i solide tumorer. Da SNPs finde i de kodende og regulatoriske sekvenser af GATA2, kan de bidrage til reguleringen af ​​GATA2 udtryk og funktion, så vi undersøgte GATA2 SNP genotyper.

Ifølge NCBI SNP-databasen, er der flere SNPs placeret ved GATA2 locus. Vi først sekventeret hele exon af GATA2 i 23 CRC væv, for at identificere SNPs af potentiel interesse. Vores resultater viste, at SNP rs2335052 kunne påvises i den tredje exon af GATA2 genet blandt de 23 CRC væv, selv om andre genetiske varianter var fraværende, sandsynligvis på grund af begrænset størrelse (S1 Table). Derefter bestemte vi de GATA2 SNP rs2335052 og udtryk for GATA2 i en CRC kohorte bestående af 180 patienter, og undersøgte indflydelsen af ​​SNP rs2335052 på patientens overlevelse. Resultaterne indikerede, at GATA2 rs2335052 GA og AA-genotyper væsentligt er associeret med reduceret DFS og fornyet i CRC patienter. Desuden er analysen af ​​en replikation kohorte af 61 CRC patienter også foreslået, at GATA2 SNP rs2335052 var en uafhængig prædiktor for dårlig DFS i CRC patienter (S2 og S3 Tables, S1 Fig).

Flere undersøgelser har vist, at er en transskriptionsfaktor, GATA2 som nøgle regulator i mange signalveje. I KRAS mutant ikke-småcellet lungekræft (NSCLC), er GATA2 involveret i reguleringen af ​​proteasomet, IL-1-signalering, og Rho-signalveje. Som et resultat, GATA2 er uundværlig for overlevelsen af ​​NSCLC celler med RAS-pathway mutationer [27, 28]. I prostatacancer, GATA2 spiller en afgørende rolle ved mediering androgen receptor (AR) ekspression, såvel som i stedspecifik AR rekruttering lette AR målgenekspression [29]. I brystcancer, GATA2 fremmer celleproliferation og stimulerer AKT phosphorylering ved at inhibere PTEN transkription [19]. Disse hæve muligheden for at regulere GATA2-involveret veje for kræft terapeutiske strategier [27, 28]. Tilsvarende kan SNP’er der er forbundet med GATA2 funktion og kliniske resultater tjene som let kan påvises prædiktorer i GATA2-relateret behandling i fremtiden.

Som en transskriptionsfaktor, små genetiske ændringer i GATA2 kan bidrage til reguleringen af downstream-gener. Varianten rs2335052 ligger i den kodende region af GATA2, hvilket fører til en substitution af alanin til threonin ved kodon 164 (A164T) I tredje exon. Ændringen af ​​denne aminosyre er ikke placeret på zinkfinger regionerne, som spiller vigtige roller i GATA2 binding til DNA. For at forstå de underliggende mekanismer involveret i den prognostiske værdi af GATA2 SNP rs2335052 på DFS, vi forudsagde funktion GATA2 med aminosyre erstatning (GATA2-A164T) ved Polymorfi Fænotype v2 (PolyPhen-2), støvtætte, og PMUT software, der er tilgængelig via hjemmesiderne, og bestemmes transaktiveringsfunktion evne GATA2-A164T af luciferase reporter assays. Selvom softwarebaserede forudsagte resultater viste, at A164T ikke forudsiger potentielle patologiske virkninger på funktionen af ​​GATA2 (S2 Fig), resultaterne af luciferase reporter assays foreslået, at GATA2-A164T reducerede transaktivering evne sammenlignet med vildtype GATA2 (GATA2wt) på kendt GATA2-responsiv LYL1 promotor [30]. Desuden faldt GATA2-A164T ekspression blev observeret i CRC-cellelinjer (S1 File, S4 Table, S3 Fig). Disse data rejst den mulighed, at GATA2-A164T påvirker ekspressionen eller af downstream gener, der er forbundet med overlevelse CRC patienter. Selv om der i denne undersøgelse blev ikke signifikant sammenhæng fundet mellem GATA2 rs2335052 genotype og genekspression i patientens kohorte, den reduceret ekspression og reduceret transaktivering evne GATA2 A164T, sammenlignet med vildtype GATA2, indikerer, at en reduceret GATA2 ekspression kan bidrage til nedsat sygdom -fri overlevelse (DFS). Inconsistantly, i denne undersøgelse, og vores tidligere undersøgelse, nedsat GATA2 ekspression var forbundet med bedre overlevelse hos patienter med CRC.

Ligeledes rapporterede mange undersøgelser, at selv variant genotype kan regulere ekspressionsniveauet af dette gen, sammenhængen mellem de polymorfier og overlevelse kan være i modstrid med sammenhængen mellem genekspression og overlevelse [31-34]. For eksempel patienter med vildtype AA genotypen i ABCC1 rs35628 havde længere DFS end patienter, der bærer G allelen. Tumorer fra bærere af AA-genotypen udtrykte væsentligt højere ABCC1 end dem med G-allelen. Disse data rejst den mulighed, at høj ekspression af ABCC1 kan bidrage til forlænget overlevelse. I modsætning hertil høje ekspressionsniveauer af ABCC1 indikerer dårlig prognose for bryst- carcinom [31, 32]. Desuden patienter med VV genotype hos NPAS2 rs1053090 tillagt en signifikant øget risiko for død, sammenlignet med dem med WW og WV genotype. Patienter bærer VV genotype viste også en signifikant højere ekspressionsniveau af NPAS2. Der blev imidlertid højt NPAS2 ekspression signifikant korreleret med bedre DFS [33, 34]. Derfor kan eksistere andre molekylære konsekvenser af genetisk variation af SNP rs2335052.

CRC Patienter inden for samme TNM stadie kan vise betydeligt forskellige kliniske resultater, især i fase II-sygdom [6, 7]. Brugen af ​​adjuverende behandling i fase II CRC patienter forbliver kontroversiel [35-38]. Således, for at afgøre, om SNP rs2335052 i GATA2 kunne bruges til at identificere patienter med høj risiko for tilbagefald, så de kan modtage yderligere kemoterapi, blev rollen som SNP rs2335052 på DFS og tilbagefald evalueret. I den nuværende kohorte, blandt patienter med stadium I /II-sygdomme, rs2335052 GA og AA genotyper tyder dårlig klinisk resultat og tilbagefald sammenlignet med GG genotype. Vores resultater forudsat GATA2 SNP rs2335052 som prognostisk faktor uafhængig af tumor etaper, og hæve muligheden for at identificere patienter med øget risiko for tilbagefald og bør behandles med adjuverende kemoterapi.

Men der er potentielle begrænsninger af denne undersøgelse . Den kohorte i vores undersøgelse er af moderat stikprøve. Derfor er der behov for yderligere undersøgelser med større uafhængige populationer til yderligere at validere foreningen af ​​GATA2 SNP rs2335052 med det kliniske resultat af CRC patienter.

Konklusioner

Som konklusion, vores undersøgelse viste, at SNP rs2335052 i GATA2 er forbundet med DFS og gentagelse af CRC patienter. Resultaterne af vores undersøgelse antydede, at SNP rs2335052 er en uafhængig indikator til forudsigelse af prognose af CRC i kinesiske befolkning. Yderligere undersøgelser er nødvendige for at validere disse resultater og afklare den underliggende mekanisme.

Støtte Information

S1 Fig. Kaplan-Meier-analyse af DFS ifølge GATA2 SNP rs2335052 i en anden kohorte herunder 61 CRC patienter.

Kaplan-Meier-kurver er vist for et additiv (A), dominant (B), og recessiv model (C) af arv. Den log-rank test blev anvendt til at beregne

P

værdier

doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s001

(TIF)

S2 Fig. Resultater af software analysemetoder til alanin til threonin substitution (A164T), i GATA2 SNP rs2335052.

A164T ikke forudsige potentielle patologiske virkninger på funktionen eller strukturen af ​​GATA2, ved hjælp PolyPhen-2 (A), støvtætte (B), og PMUT (C), der er tilgængelige via hjemmesider

doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s002

(TIF)

S3 fig. GATA2-A164T reducerede transaktivering evne på LYL1 promotoren.

(A) Western blot-analyse af exogent FLAG-GATA2 ekspression i RKO-celler transficeret med plasmid, der koder GATA2wt eller GATA2-A164T. (B) Luciferase reporter assay viste, at GATA2-A164T reducerede transaktivering evne på den kendte GATA2-responsiv LYL1 promotor, sammenlignet med GATA2wt. Dataene repræsenterer middelværdien ± SD af tre uafhængige forsøg i triplikat af hver prøve. I alle sammenligninger blev en t-test bruges

doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s003

(TIF)

S1 File. Materialer og metoder

Doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s004

(DOC)

S1 Table. Alle polymorfier analyseret i de 23 CRC væv

doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s005

(DOCX)

S2 Table. Klinisk-patologisk træk med hensyn til bestemte genotyper af inkluderet GATA2 SNP rs2335052 i en anden kohorte herunder 61 CRC patienter

Doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s006

(DOCX)

S3 bord. Univariate og multivariate analyser af GATA2 rs2335052 genotyper i 61 CRC patienter med hensyn til DFS

doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s007

(DOCX)

S4 Table. Primer sekvenser for plasmid konstruktion

doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s008

(DOCX)

Tak

Vi takker Dr. Bin Dong og Dr. Zhongwu Li til histopatologisk diagnose.