PLoS ONE: Ændringer i genekspression af proprotein konvertaser i human lungekræft har et begrænset antal af Scenarios

Abstrakt

proprotein konvertaser (pc’er) er et protein familie, som omfatter ni meget specifikke subtilisin-lignende serin endopeptidaser i pattedyr. Systemet med pc’er er involveret i carcinogenese og niveauer af PC mRNA ændrer på kræft, hvilket tyder udtryk status af pc’er som en mulig markør for kræft skrive og prognose. Målet med dette arbejde var at vurdere de oplysninger, værdien af ​​udtryk profilering af pc gener. Kvantitativ polymerase kædereaktion blev brugt for første gang til at analysere mRNA-niveauer af alle PC-gener samt matrixmetalloproteinase gener

MMP2 Salg og

MMP14 Salg, som er substrater af pc’er, i 30 matchede par af prøver fra mennesker lungekræft tumor og tilstødende væv uden patologi. Væsentlige ændringer i ekspressionen af ​​pc’er er blevet afsløret i tumorvæv: øget

Furin

mRNA-niveau (p 0,00005) og faldt mRNA niveauer af

PCSK2

(p 0,007),

PCSK5

(p 0,0002),

PCSK7

(p 0,002),

PCSK9

(p 0,00008), og

MBTPS1

(p 0,00004) som samt en tendens til stigning i niveauet af

PCSK1

mRNA. Fire forskellige grupper af prøver er blevet identificeret ved cluster analyse af ekspressionsmønstre for pc-gener i tumor vs. normalt væv. Tre af disse grupper, der dækker 80% af prøverne har en stærk stigning i ekspressionen af ​​et enkelt gen i kræft:

furin

,

PCSK1

, eller

PCSK6

. Således ændringerne i ekspressionen af ​​pc gener har et begrænset antal scenarier, som kan afspejler forskellige veje for tumor udvikling og kryptiske funktioner i tumorer. Denne opdagelse gør det muligt at overveje mRNA af pc-gener som potentielt vigtige tumormarkører

Henvisning:. Demidyuk IV, Shubin AV, Gasanov EV, Kurinov AM, Demkin VV, Vinogradova TV, et al. (2013) Ændringer i genekspression af proprotein konvertaser i human lungekræft har et begrænset antal af scenarier. PLoS ONE 8 (2): e55752. doi: 10,1371 /journal.pone.0055752

Redaktør: Rossella Rota, Ospedale Pediatrico Bambino Gesu ‘, Italien

Modtaget: September 6, 2012; Accepteret: December 30, 2012; Publiceret: 7 Feb 2013

Copyright: © 2013 Demidyuk et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev delvist understøttet af programmet for det russiske videnskabsakademi for Molekylær og Cell Biology, programmet for det russiske videnskabsakademi “Fundamental Science for medicin”, Russian Foundation for Basic Research (projekt nr. 12-04-00961 og 12 -04-01438), Forbundsrepublikken Program “R samtidig, egenskaberne af pc’er overlapper hinanden. Specificiteten og redundans observeres ikke kun på niveauerne af substrat specificitet og cellulære lokalisering, men også for de tidsmæssige /væv profiler og eventuelt for de reguleringsmekanismer af genekspression. I denne sammenhæng, identifikation af individuelle fysiologiske egenskaber og naturlige partnere i enzymer i denne gruppe er ikke en let sag, som kan være korrekt kun løses, når pc’er betragtes som et integreret system.

Mange substrater af pc’er er forbundet med maligne sygdomme. For eksempel er påvist direkte involvering i tumorudvikling og metastase til insulin-lignende vækstfaktor 1 (IGF-1) og dens receptor (IGF-1R), transformerende vækstfaktor-β (TGF-p), vaskulær endotelvækstfaktor C (VEGF-C), og matrixmetalloproteinaser (MMP’er) (anmeldt i [3]). Ved at aktivere de vigtigste cancer-associerede proteiner, pc’er har en effekt på celleproliferation, motilitet, og vedhæftning samt tumor invasion, der tyder pc’er som lovende terapeutiske mål [4].

De første data om foreningen af pc’er med kræft blev offentliggjort i 1987 [5]. Siden da talrige undersøgelser analyseret ekspressionen af ​​pc’er i cancer og korrelationerne mellem PC ekspressionsniveauer og cancer egenskaber ved hjælp af forskellige eksperimentelle tilgange [6] – [21]. Samlet set opnåede data viste ændrede niveauer af PC mRNA i kræft. Korrelationer mellem PC udtryk profiler og kræft aggressivitet [9], [12], [16], overlevelsesraten [18], og neuroendokrine differentiering af cancerceller [6], [7], [13] blev vist. Dette giver os mulighed for at foreslå udtrykket status pc-system som en mulig markør for kræft skrive og prognose.

Lungekræft er den mest udbredte onkologiske sygdomme, der forårsager 1,4 millioner dødsfald om året [22]. Ikke overraskende blev først opnået PC udtryk data for denne cancertype [5] – [7]. Disse samt nyere publikationer [8], [11] – [13] viste, ændret udtryk for

furin

,

PCSK1

,

PCSK2

, og

PCSK6

gener i lungekræft. (Herefter gen symboler følger anbefalingerne fra HUGO Gene Nomenklaturudvalget www.genenames.org. De tilsvarende almindelige protein betegnelser er angivet i tabel 1.) Høj

Furin

udtryk blev fundet i ikke-småcellet karcinomer (NSCLCs) vs. småcellet carcinomer (SCLCs) [5], [8] og korreleret med aggressivitet lungekræft cellelinier [12].

PCSK1

PCSK2

udtryk er i høj grad påvist i kræft med neuroendokrine funktioner, især SCLC [6] – [8], [11], [13]. Samtidig,

PCSK6

udtryk er ikke nødvendigvis observeres i lungekræft, selv om det er mere almindeligt hos NSCLC end i SCLC [8]. Således reaktionen af ​​PC-system varierer med lungekræft typer. Genekspression undersøgelser involverer microarray analyse (herunder hel-transkriptom dem) demonstrere en betydelig heterogenitet prøver lungekræft [13], [23] – [26], og de åbenbarede forskelle korrelerer med patienternes overlevelse [23], [24 ], [26]. Samlet set foreslår lungekræft som en test-system til at vurdere de oplysninger, værdien af ​​tilgang baseret på udtryk profilering af pc-gener.

I denne sammenhæng den nuværende arbejde for første gang evalueret mRNA niveauer af alle PC gener i lungekræft anvendelse af revers transkription efterfulgt af en kvantitativ real-time polymerasekædereaktion (qPCR). Desuden studerede vi genekspression af to matrixmetalloproteinaser (MMP2 og MMP14), som er de vigtigste faktorer i cancer invasion og metastase [27] og substrater af pc’er [28] – [30].

Materialer og Metoder

Etik Statement

undersøgelsen blev godkendt af Institutional Review Board of Blokhin Cancer Research center (Moskva, Rusland), og skriftligt informeret samtykke blev opnået fra hver patient involveret i undersøgelsen.

Indsamling af vævsprøver

Enheder af kræft tumorvæv og tilstødende væv uden histologisk patologi (herefter benævnt normalt væv) blev taget fra 30 patienter med diagnosen småcellet lungekræft og ikke-small lungecarcinom (tumor stadium I-III) under kirurgi (figur 1, tabel S1). I hvert tilfælde lokalisering af en primær tumor knude blev bestemt. Hvis en tumor stammer fra den mindste bronkier i perifere segmenter af lunge og havde nogen forbindelse med bronkier lumen, blev dens lokalisering anset perifere. Hvis en tumor stammer fra et stort bronchus, blev dens lokalisering anset centrale. Den normale vævsprøver blev taget fra kanten af ​​resektioner (afstanden mellem tumor og normalt væv var ikke mindre end 20 mm). Alle patienter var under lægeligt tilsyn i Blokhin Cancer Research Center (Moskva, Rusland) i en periode fra maj 2004 til november 2005. Ingen af ​​disse patienter fik radio- eller kemisk behandling til tidspunktet for undersøgelsen.

SCC , pladecelle lungecarcinom; ADC, adenocarcinom; ADC-/SCC blev både ADC og SCC-celler fundet i tumorvæv; SCLC, småcellet karcinom; P, perifer tumor placering; C, central tumor placering; Y, tumor med keratinisering; N, tumor uden keratinisering; ‘-‘, ingen data. Varmen kort vises i loggen

2 skala. Grå celler angiver prøver med målbart mRNA i både tumor og normalt væv.

Hver prøve blev delt i to portioner. Den første blev straks nedfrosset i flydende nitrogen i mRNA isolation. Den anden portion blev anvendt til histologisk undersøgelse efter hematoxylin og eosin-farvning af paraffinsnit. Tumor vævsprøver indeholdt mere end 70% af maligne celler. I normale vævsprøver blev ikke fundet nogen maligne celler. For SCC prøver tilstedeværelse af keratinazation blev bestemt. Forekomst af keratinisering lov til at henvise en prøve til en gruppe af veldifferentieret cancer.

RNA-isolering og oprensning

Det totale RNA blev isoleret fra homogeniseret tumor eller normalt væv ved guanidinisothiocyanat lysis og syre -phenol ekstraktion med efterfølgende fjernelse af polysaccharid-blandinger [31]. Yderligere oprensning blev udført ved RNA udfældning under anvendelse af et RNeasy Mini kit (Qiagen, USA). Yderligere behandling med DNase I (Promega, USA) blev udført i overensstemmelse med leverandørens anbefalinger. De opnåede RNA-prøver blev karakteriseret elektroforetisk i 1% agarosegel. RNA-koncentrationen blev bestemt ved spektrofotometri.

Dobbelt-cDNA syntese

Oligonukleotider AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCrGrGrG og AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACT

30VN (V = C, eller G eller A) (Syntol, Rusland) blev anvendt i omvendt transkriptionsreaktion. For første streng cDNA-syntese blev 1 ug isoleret RNA inkuberet med revers transkriptase PowerScript (Clontech, USA) som beskrevet af Y. Zhu et al. [32]. Den opnåede reaktionsblanding blev anvendt til anden streng syntese efterfulgt af PCR under anvendelse af Advantage 2 DNA polymerase (Clontech, USA) og primer AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT under følgende betingelser: 95 ° C i 1,5 min; op til 17 cykler ved 95 ° C i 20 s; 65 ° C i 20 s; og 72 ° C i 3 minutter. At opnå lige store mængder af alle amplifikationsprodukter, antallet af cyklusser varieret (almindeligvis, 15 cykler).

Real-time PCR

Real-time PCR blev udført ved anvendelse af primerne og proberne ifølge den TaqMan Gene Expression Assays systemet (Applied Biosystems, USA) (tabel 1). TaqMan Pre-Developed Assay Reagent GAPDH 20 × (Applied Biosystems, USA) blev anvendt til at kvantificere reference-genet, glyceraldehyd 3-phosphat dehydrogenase (

GAPDH

). PCR blev udført ved hjælp af en Chromo4 Dyad discipel cycler (BioRad, USA) i henhold til leverandørens anbefalinger med følgende program: 50 ° C i 2 minutter; 95 ° C i 10 min; 45 cykler ved 95 ° C i 15 s og 60 ° C i 60 s; reaktionsvolumenet var 20 pi. Hver prøve blev testet mindst to gange i dubletter. Tærsklen cyklus blev defineret ved hjælp af Opticon Monitor 3 software (BioRad, USA).

Eksperimentel databehandling

De eksperimentelle data opnået for gener under studiet blev normaliseret til

GAPDH

mRNA niveauer ved hjælp af formlen: og resultaterne blev beregnet (tabel S1). Værdierne for tumor og normalt væv blev udpeget som Udtr

T og Udtr

N hhv. Den Udtr

T til Udtr

N-forhold (Ratio

T /N) og 95% konfidensintervaller blev beregnet for hvert gen.

I nogle prøver, mRNA af visse gener blev ikke påvist i tumor eller normalt væv i en af ​​to uafhængige forsøg. I disse tilfælde blev de EXPR og Ratio-værdier beregnet ud fra data fra den anden eksperiment. I nogle prøver, real-time PCR ikke har kunnet påvise mRNA’er af visse gener i tumor eller normalt væv i begge forsøg; i disse tilfælde C

T blev sat lig med 42 i Ratio

T /N beregninger. Hvis mRNA var målbart i tumor og normalt væv i begge forsøg, det Ratio

T /N værdier blev ikke beregnet.

statistiske analyser

Wilcoxon matchede-par rang-sum test blev anvendt at vurdere betydningen af ​​forskellen mellem mRNA-niveauerne af gener i tumorvæv og normalt væv. Kruskal-Wallis test blev udført for at vurdere indflydelsen af ​​tumortype, stadium, og TNM egenskaber på mRNA niveauer af de undersøgte gener. Spearman rank korrelationskoefficienter blev beregnet til at vurdere forholdet mellem par af genekspressionsprofiler. Cluster analyser af genekspression mønstre og udtryk profiler blev udført for Udtr og Ratio

T /N værdier ved Ward metode under anvendelse Spearman rank korrelationskoefficienter som afstanden foranstaltning. Alle ovennævnte statistiske analyser blev udført under anvendelse af Statistica 8.0 software (StatSoft, USA). Heat kort blev bygget ved hjælp af Matrix2png softwareværktøj [33].

Resultater og Diskussion

I dette arbejde blev kvantitativ PCR anvendt for første gang til at analysere mRNA-niveauer af alle pc-gener (opført i tabel 1) samt matrixmetalloproteinase gener

MMP2

og

MMP14

i 30 matchede par af prøver af den menneskelige lungekræft tumor og tilstødende normale væv (tabel S1, figur 1). Angivelse af

MBTPS1

,

PCSK7

,

MMP2

, og

MMP14

blev observeret i alle tumor og normale vævsprøver; og

PCSK5

, i næsten alle prøver. Omvendt

PCSK4

mRNA blev påvist i to tumor kun prøver. Ekspressionsprodukterne profiler af andre gener var mere kompleks.

PCSK9

udskrift blev fundet i 29 normale vævsprøver men kun i 18 tumor dem.

PCSK6

udtryk blev påvist i omkring to tredjedele af normale og tumorvæv; og

PCSK2

, i 15 og 11, henholdsvis. De mest udtalte forskelle mellem normal og tumorvæv ekspression blev observeret for

furin

PCSK1

. Prøverne hvor der blev påvist mRNA af disse gener var dobbelt hyppigere i tumor end i normale væv, mens deres udtryk var ikke målbart i en væsentlig del af både tumor (21/30 for

PCSK1

og 8/30 for

furin

) og normale prøver (26/30 og 20/30, henholdsvis). Samlet set har disse resultater viser signifikante forskelle i ekspressionen af ​​individuelle PC gener i human lunge, på den ene side, og variation i deres ekspressionsmønstre (dvs. kombinationer af ekspressionsniveauer af generne) mellem enkeltpersoner, på den anden side.

De opnåede data er generelt i god overensstemmelse med publicerede resultater.

PCSK4

viste sig at være stort set begrænset til testikelkræft og æggestokkene kønsceller [34] – [36]. PCSK1 og PCSK2, de vigtigste aktivatorer af prohormones og proneuropeptides inden den regulerede sekretoriske bane, er i vid udstrækning påvist i neurale og endokrine celler [37]. Alle andre gener undersøgt (koder både pc’er og MMP’er) er almindeligt rapporteret som allestedsnærværende eller almindeligt udtryk. Samt andre forfattere, fandt vi mRNA af

MBTPS1

,

PCSK5

,

MMP2

, og

MMP14

i alle eller næsten alle de prøver af tumor og normale lungevæv (f.eks [38], [39], datasæt GDS1650, GDS1673, og GDS2491 i Gene Expression Omnibus database på www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/). I tilfælde af PCSK6, i fuld overensstemmelse med andre publicerede data ([8], GDS1650, GDS1673, og GDS2491), fandt vi mRNA ikke i alt, men større del af de analyserede prøver. Vores resultater vedrørende

PCSK9

er også i overensstemmelse med de offentliggjorte data (GDS1673), selv om den nuværende information om ekspressionen af ​​dette gen i lungen er knappe. Vi fandt

Furin

mRNA i cirka halvdelen af ​​alle prøver, hvilket er i overensstemmelse med data opnået ved microarray teknologi (GDS1650, GDS1673, og GDS2491), men i modsætning til offentliggjorte data erhvervet af Nothern blot analyse [5] , [8]. Grunden til denne forskel kan forklares ved træk af de anvendte metoder. De største inkonsekvens bekymringer

PCSK7

. Der er kun få data om sit udtryk i lungerne. Dataene præsenteret hidtil er opnået med microarray teknologi og passer ikke til hinanden. Vi fandt

PCSK7

mRNA i alle vores prøver, Gruber med kollegaer fandt det i 14 ud af 40 af ikke-sygdomsramte lunge prøver ([40] og GDS1673), og Stearman med kolleger ikke finde det i nogen af 20 tumor og 19 normale lunge vævsprøver ([41] og GDS1650). Det synes ikke muligt at forklare årsagerne til forskellene, men det forekommer sandsynligvis at skyldes forskelle i de eksperimentelle platforme, der anvendes:. QPCR og forskellige generationer af Affymetrix chips

Således opnåede og offentliggjorte data demonstrerer en høj variation i PC-genekspression mellem individer. Dette giver ikke grund til at forvente, at mRNA-niveauer af pc’er i tumor eller normalt væv alene kan have nogen prognostisk værdi eller kan bruges til kræft skrive. Faktisk har ingen signifikante forskelle mellem ekspressionsniveauerne af de analyserede gener eller deres ekspressionsmønstre blevet åbenbaret for grupper af normale eller cancer prøver med lignende kliniske træk. Ligeledes klyngeanalyse undladt at afsløre grupper af prøver med lignende genekspressionsmønstre

Samtidig har vi fundet moderat, men signifikant (p 0,05). Parvise korrelationer mellem udtrykket profiler af de undersøgte gener (Tabel 2). Bemærk, at sættene af korrelerede profiler væsentlige afveg for tumor og normalt væv. Antages det, at de åbenbarede korrelationer angiver den koordinerede regulering af genekspression, kan man foreslå, at reguleringen af ​​ekspressionen af ​​pc’er og MMP’er er modificeret i lungekræft. Det er vigtigt at bemærke, dette gælder for det store flertal af PC-gener. Desuden kan de sammenhænge mellem profilerne af ændringer i udtrykket i tumor vs. normalt væv (differential udtryk profiler) tilskrives de mekanismer der ligger bag udtrykket ændrer fælles for flere gener.

Analyse af mRNA niveauer af de undersøgte gener viste signifikante forskelle mellem tumor og normalt væv: det gennemsnitlige niveau for

furin

mRNA øget (p 0,00005); mRNA-niveauer af

PCSK2

(p 0,007),

PCSK5

(p 0,0002),

PCSK7

(p 0,002),

PCSK9

( p 0,00008), og

MBTPS1

(p 0,00004) faldt; mens

PCSK1

mRNA-niveauet viste en tendens til at stige (figur 1). Således er ekspressionen af ​​syv ud af otte PC-gener (undtagen

PCSK6

), hvis mRNA kan påvises i lungen, demonstrerede ensrettede ændringer i lungekræft i vores prøver. Selvom ekspressionen af ​​pc’er blev analyseret i mange publikationer, dette er en original konstatering, idet mRNA-niveauer af de fleste PC-gener i tumoren vs. normalt væv er ikke blevet kvantificeret tidligere. Samtidig, det høje niveau af

Furin

udtryk i NSCLC [5], [8] og andre cancertyper [10], [16], [18] er tidligere blevet rapporteret.

rolle MMPs i kræft progression som regulatorer af tumor mikromiljø modtager i øjeblikket meget opmærksomhed (revideret i [42], [43]). I denne undersøgelse analyserede vi ekspression af to MMP gener af forskellige typer: udskilt MMP2 и membran-forankret MMP14. Disse proteaser er de store MMP’er er involveret i cancercelleinvasion og proliferation, tumor angiogenese og vaskulogenese, celleadhæsion og migrering samt i immunovervågning. Under hensyntagen hertil, fraværet af betydelige forskelle mellem

MMP2

MMP14

ekspressionsniveauer i tumor og tilstødende væv uden histologisk patologi kan se overraskende. Men dette resultat er i overensstemmelse med rigelig evidens for høje niveauer af deres udtryk både kræft og stromale celler i NSCLC [38], [39], [44] – [52]. Samtidig, en direkte sammenligning af

MMP2

MMP14

udtryk i kræft tumor vs. tilstødende normale væv blev rapporteret kun i to publikationer, og deres konklusioner er i uoverensstemmelse. Førstnævnte, der ligner vores undersøgelse, observeret signifikante forskelle for hverken

MMP2

eller

MMP14

[46]. Sidstnævnte publikation viste en forhøjet udtryk for

MMP14

i kræft i forhold til normale lunge prøver [39]. Mest sandsynligt, denne uoverensstemmelse skyldes forskellige prøvetyper analyseres: planocellulært karcinom (VKF) sejrede i den tidligere undersøgelse [46], og i vores arbejde, mens flere adenocarcinomer (ADC) blev analyseret i sidstnævnte rapport [39]

efter vores mening var den mest fremtrædende resultat opnås ved at sammenligne mønstre af ændringer i ekspressionen af ​​pc gener mellem tumor og normalt væv. Cluster analyse opdelt undersøgte prøver i fire grupper (figur 2), som ikke korrelerer med de tilgængelige kliniske funktioner i tumorer. Tre af disse grupper (C1, C2 og C3,) dækker 80% af prøverne. Hver gruppe er temmelig homogent og har en enkelt tast gen:

furin

i C1,

PCSK1

i C2, og

PCSK6

i C3. Normalt er nøglen genekspression forhøjet i kræft; selv, kan det være uændret eller faldet lidt på baggrund af et betydeligt fald i mRNA-niveauer for andre pc’er (figur 1). Målbart

PCSK6

udtryk i de fleste prøver er en ekstra karakter af C1, mens C3 byder målbart udtryk for

PCSK1

og /eller

Furin

i mere end halvdelen af ​​prøverne. C4 er mere heterogen. Prøverne i denne gruppe aksjer lignende udtryk ændringer i

PCSK5

,

PCSK7

,

PCSK9

, og

MBTPS1

samt målbart mRNA af

furin

PCSK1

i de fleste tilfælde. Således ændringerne i ekspressionen af ​​PC-gener i lungekræft har et begrænset antal scenarier, som kan svare til tidligere uopdaget NSCLC typer.

Prøver nummerering svarer til fig. 1. Ratio

T /N værdier i varmen kortet var række-normaliseret og vist i lineær skala. Grå celler angiver prøver med målbart mRNA i både normale og cancer væv. Branch længde afspejler afstanden mellem dendrogram knudepunkter. Klyngerne fundne er markeret som C1, C2, C3 og C4.

Det er af interesse at enzymerne kodet af de vigtigste gener af de åbenbarede grupper tilhøre forskellige typer af pc’er [53]. Furin, PCSK1, og PCSK6 har forskellige former for C-terminale udvidelser. Disse pc’er har forskellige udtryk profiler: PCSK1 er lokaliseret i neurale og endokrine celler, PCSK6 sker meget, og furin er allestedsnærværende. Endelig har de udviser forskellige sekretion mønstre: PCSK1 følger den regulerede sekretoriske bane, mens furin og PCSK6 er konstitutivt udskilles. I denne sammenhæng kan man foreslå, at forskellige scenarier for ændring i ekspressionen af ​​pc gener fremkalde forskellige ændringer i området af aktiverede substrater.

De tilgængelige til dato kun kan give hints om oprindelsen af ​​de åbenbarede grupper data . For eksempel C2 med aktiv

PCSK1

kan svare til NSCLCs med tegn på neuroendokrine differentiering [54] – [65], der kan pege på oprindelsen af ​​disse tumorer. Dannelsen af ​​C1 (

furin

) og C3 (

PCSK6

) kan formidles af E2F1 transskription faktor, som specifikt opregulerer

PCSK6

men ikke

furin

eller

PCSK5

[66]. Men disse data giver ingen pålidelige forklaring af mekanismerne bag de typiske scenarier for ændringer i transkriptionen af ​​pc’er i lungekræft. Alligevel kan mindst to radikalt forskellige overvejelser fremmes. På den ene side, kan de observerede virkninger skyldes de forskelle, der eksisterede før malign transformation, for eksempel genotype forskelle mellem individer eller celle typen forskelle inden en person. På den anden side kan det skyldes ændringerne opstod under dannelsen cancer, navnlig lokale lidelser i ekspressionen af ​​individuelle PC gener eller varianter af den globale dysregulering af genekspression. Desuden kan de observerede hændelser skyldes virkningen af ​​flere faktorer samtidigt.

Generelt analyse af mønstre af ændringer i ekspressionen af ​​PC-gener hos individer tilladt os at påvise adskillige NSCLC typer og at demonstrere at udtrykket forandringer har et begrænset antal scenarier, som kan afspejler forskellige veje for tumor udvikling og kryptiske funktioner i tumorer. Dette resultat berettiger yderligere undersøgelser, og gør det muligt at overveje de mRNA af pc-gener som potentielt vigtige tumormarkører.

Støtte oplysninger

tabel S1. Salg Karakteristik af prøver og genekspression data.

doi: 10,1371 /journal.pone.0055752.s001

(XLS)

Tak

Vi anerkender Prof. Evgeny D. Sverdlov for uvurderlige bidrag til opfatte af undersøgelsen og til kritisk læsning af manuskriptet.