PLoS ONE: Identifikation af lokomotivføreraspiranten gener til fælles Focal kromosomafvigelser af mikrosatelitter Stable Kolorektal Cancer

Abstrakt

Kolorektal cancer (CRC) er en førende årsag til kræftdødsfald i hele verden. Kromosomal ustabilitet (CIN) er en væsentlig drivkraft for mikrosatellit stabil (MSS) sporadisk CRC. CIN tumorer er kendetegnet ved et stort antal somatiske kromosomale kopital aberrationer (SCNA), der ofte påvirker onkogener og tumorsuppressorgener. Hovedformålet med dette arbejde var at identificere nye kandidat CRC driver gener ramt af tilbagevendende og fokal SCNA. Høj opløsning genom-dækkende komparative genom hybridisering (CGH) arrays blev anvendt til at sammenligne tumor og normal DNA for 53 sporadiske CRC tilfælde. Kontekst korrigeret fælles aberration (COCA) analyse og brugerdefinerede algoritmer identificeret 64 sletninger og 32 gevinster fokale minimale fælles regioner (FMCR) ved høj frekvens ( 10%). Sammenligning af disse FMCR med offentliggjorte genomiske profiler fra CRC afslørede fælles overlap (42,2% af sletninger og 34,4% af kopi gevinster). Pathway analyse viste, at apoptose og p53 signalveje almindeligt påvirket af slettet FMCR, og MAPK og kalium kanal veje ved gevinst på FMCR. Kandidat tumorsuppressorgener i slettede FMCR inkluderet

RASSF3

,

IFNAR1

,

IFNAR2 og NFKBIA

og kandidatlandene onkogener i vundet FMCR inkluderet

PRDM16

,

TNS1, RPA3 og KCNMA1

. Afslutningsvis denne undersøgelse bekræfter nogle tidligere identificerede afvigelser i MSS CRC og giver

in silico

beviser for nogle nye kandidat driver gener

Henvisning:. Burghel GJ, Lin WY, Whitehouse H, Brock I , Hammond D, Bury J, et al. (2013) Identifikation af lokomotivføreraspiranten gener til fælles Focal kromosomafvigelser af mikrosatelitter Stabil kolorektal cancer. PLoS ONE 8 (12): e83859. doi: 10,1371 /journal.pone.0083859

Redaktør: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, USA

Modtaget: 26 juli, 2013; Accepteret: November 8, 2013; Udgivet: 18. december 2013