PLoS ONE: Genetiske Variationer i regulator af G-protein Signaling Gener er forbundet med overlevelse i sen-fase Ikke-småcellet lungekræft

Abstrakt

regulator af G-protein-signalering (RGS) vej spiller en vigtig rolle i signalering transduktion, cellulære aktiviteter, og carcinogenese. Vi antager, at genetiske variationer i RGS gen familie kan være forbundet med svaret i sene faser ikke-småcellet lungekræft (NSCLC) patienter til kemoterapi eller strålebehandling. Vi valgte 95 tagging enkelt nukleotid polymorfier (SNP) i 17 RGS gener og genotype dem i 598 sene NSCLC-patienter. Tretten SNPs var signifikant associeret med samlede overlevelse. Blandt dem, rs2749786 af

RGS12

var mest markant. Stratificeret analyse af kemoterapi eller chemoradiation yderligere identificerede SNPs, der var forbundet med den samlede overlevelse i undergrupper. Rs2816312 af

RGS1

rs6689169 af

RGS7

var størst i kemoterapi gruppe og kemostråleterapi gruppe, hhv. En væsentlig kumulativ virkning blev observeret, når disse SNP’er blev kombineret. Survival træet analyser identificeret mulige interaktioner mellem rs944343, rs2816312, og rs1122794 i at påvirke overlevelsestiden hos patienter behandlet med kemoterapi, mens genotypen af ​​rs6429264 påvirkede overlevelse i chemoradiation-behandlede patienter. Så vidt vi ved, er dette den første undersøgelse for at afsløre betydningen af ​​RGS-genfamilien i overlevelsen af ​​sene NSCLC-patienter

Henvisning:. Dai J, Gu J, Lu C, Lin J., Stewart D, Chang D, et al. (2011) Genetiske Variationer i regulator af G-protein Signaling Gener er forbundet med overlevelse i sen-fase ikke-småcellet lungekræft. PLoS ONE 6 (6): e21120. doi: 10,1371 /journal.pone.0021120

Redaktør: Lin Zhang, University of Pennsylvania, USA

Modtaget: Maj 4, 2011; Accepteret: 19 maj 2011; Udgivet: 17 Jun 2011

Copyright: © 2011 Dai et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af National Institutes of Health giver R01 CA111646, P50 CA070907, og R01 CA055769. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet. Ingen yderligere ekstern finansiering blev modtaget til denne undersøgelse

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Ikke-småcellet lungekræft (NSCLC ) er den førende årsag til dødelighed kræft verdensplan [1]. Over 45% af NSCLC patienter til stede med inoperabel sene (stadie IIIA /B eller stadie IV) sygdom i USA [2]. En kombineret modalitet terapi er den nuværende standard for pleje af patienter med stadium III NSCLC med god performance status (performance score 0 eller 1). Talrige kliniske forsøg har vist, at samtidig chemoradiation tilbyder en betydelig overlevelse fordel over sekventiel chemoradiation [3]. Selvom samtidige kemostråleterapi forbedrer overlevelsen af ​​patienter med lokalt fremskreden sygdom, de fleste patienter stadig dør inden 5 år på grund af locoregional eller fjern sygdomsprogression [4]. Scenen IV patienter er normalt tilbydes palliativ kemoterapi og understøttende behandling [5]. Der er en bred variation i patienternes respons på chemoradiation og klinisk-patologiske variabler alene giver ikke en tilfredsstillende vejledning for beslutningen af ​​behandlingsstrategi. Anvendelsen af ​​farmakogenomik kan forbedre forudsigelse af respons og hjælpe klinikere bestemme kræftbehandling til individuel NSCLC patient ifølge hans unikke genetiske baggrund. Derfor, i denne undersøgelse, vi havde til formål at identificere genetiske prædiktorer for kliniske resultater af sene stadie NSCLC patienter.

G-proteiner (guanin nukleotid-bindende proteiner) er vigtige cellulære signal transduktion molekyler, som udtrykkes i alle menneskelige celler [ ,,,0],6], [7]. De aktiveres af G-proteinkoblede receptorer (GPCR’er) og dermed kan transducere ekstracellulære signaler i det indre af en celle [8]. GPCR’er er en familie af syv-transmembrane domæne receptorer. Når GPCR’er sølet et signal inde i cellen, det ekstracellulære domæne af GPCR første binder til signalmolekyler, og derefter det intracellulære domæne af GPCR aktiverer en heterotrimert G-protein. De heterotrimere G-protein fungerer som “molekylære kontakter” og kan aktivere en kaskade af signalsystemer faktorer og nedstrømsmål aktivering [7]. Dette G-protein-koblede biologiske proces kræver finjustering gennem accessoriske molekyler såsom regulator af G-protein-signalering (RGS) [9]. RGS proteiner er en stor familie af over 30 intracellulære proteiner [10], hvilket kan have en negativ modulere GPCR signalveje [11], [12]. RGS er multi-funktionelle, GTPase-accelererende proteiner, der fremmer GTP hydrolyse med a-underenheden af ​​heterotrimere G-proteiner, hvorved inaktivere G-proteinet og hurtigt slukke GPCR signalveje [11]. Alle RGS proteiner indeholder en RGS domæne (også omtalt som “RGS-box”), som er nødvendig for deres aktiviteter [13], og disse RGS domæner medierer interaktion med andre signalproteiner, så RGS proteiner til at tjene som signaling stilladser [8 ]. Fejl i RGS proteiner er blevet rapporteret at være relateret til patogenesen af ​​mange almindelige humane sygdomme og narkotikamisbrug [14], [15], [16], [17]. Multiple RGS proteiner blev fundet udtrykkes forskelligt i en række solide og blodkræftsygdomme [18], [19], [20], [21], [22], [23], [24], [25], [26] , [27], [28], [29], [30], [31], [32], [33], [34], [35], [36].

Det indre nukleotid (SNP’er) af RGS er blevet associeret med adskillige humane sygdomme, hvilket antyder, at den genetiske variation i RGS-vejen kan spille en væsentlig rolle ved disse sygdomme ‘patogenese [37], [38]. For nylig har RGS SNPs også blevet rapporteret at spille vigtige roller i lungekræft. For eksempel blev SNPs i

RGS17

på kromosom 6q23-25 ​​forbundet med familiær lungekræft modtagelighed [39]. SNPs i

RGS2

RGS6

kan modulere risikoen for blære og lungekræft [37], [40]. Uanset om genetiske varianter i RGS vej kan påvirke kliniske resultater hos patienter med NSCLC er fortsat ukendt. I denne undersøgelse, vi testede den hypotese, at genetiske variationer af RGS er forbundet med overlevelse sene NSCLC patienter i kemoterapi eller chemoradiation.

Resultater

Vi inkluderede 598 NSCLC patienter i dette studie , med en gennemsnitsalder på 59,7 år (tabel 1). Af de 598 patienter, 456 var døde og 142 var i live. Vi fandt ingen signifikant forskel i alder (

P

= 0,884), etnicitet (

P

= 0,937), rygning status (

P

= 0,860), og pakke-år af rygning (

P

= 0,926) mellem de to grupper af patienter (tabel 1). Men vi observeret en signifikant forskel i dødeligheden status efter køn (

P

= 0,002), klinisk fase (

P

= 0,004), og performance status (

P

= 0,002) (tabel 1).

Foreninger mellem SNPs og samlet overlevelse i sen-fase NSCLC patienter

i alt 13 SNPs i 6 gener var signifikant associeret med risikoen for død på

P

0,05 (tabel 2). Blandt dem, variant alleler af fire SNP’er, rs7549021 og rs1056515 af

RGS5

, rs944343 af

RGS3

, og rs2749786 af

RGS12

, blev forbundet med nedsat risiko for død , med justerede timers 0,42 (95% CI, 0,22 til 0,83), 0,72 (95% CI, 0,54 til 0,97), 0,80 (95% CI, 0,67-0,95), og 0,58 (95% CI, 0,40-0,85), henholdsvis. Andre SNPs Tildelt øget risiko for dødsfald. Alle SNP’er i

RGS1

gen var i koblingsuligevægt (med r

2 0,8). Med lignende HRs i en dominerende model

bootstrap re-sampling analyse var derefter udført for de 13 SNPs til internt validere resultaterne. Vi fandt, at kun 5 SNP’er, rs944343 (

RGS3

), rs6678136 (

RGS4

), rs7549021 (

RGS5

), rs3820487 (

RGS5

) og rs2749786 (

RGS12

), havde bootstrap

P

værdier 0,05 mindst 70 gange ud af 100 gange (tabel 2). Den anden SNPs havde bootstrap

P

værdier 0,05 mindre end 50 gange, hvilket indikerer, at disse SNPs sandsynligvis falsk positive resultater

Foreninger mellem SNPs og risikoen for død stratificeret ved behandling

Vi derefter foretaget en stratificeret analyse ved behandling modalitet, kemoterapi eller chemoradiation (tabel 3 og 4). Ni SNPs var forbundet med den samlede overlevelse i patienter, som fik kemoterapi alene, hvoraf 5 havde bootstrap

P

værdier 0,05 mindst 70 gange ud af 100 gange (tabel 3). Blandt disse fem SNPs, tre (rs2816312 [

RGS1

], rs10218752 [

RGS5

], og rs1122794 [

RGS11

]) var forbundet med en øget risiko for død, med HRs af 1,80 (95% CI, 1,32-2,45), 1,76 (95% CI, 1,06-2,90), og 1,37 (95% CI, 1,07-1,77), hhv. På den anden side, rs944343 (

RGS3

) og rs1051013 (

RGS3

) var forbundet med en nedsat risiko for død, med HRs på 0,73 (95% CI, 0,57 til 0,94) og 0,77 (95% CI, 0,60-0,98), hhv. I Kaplan-Meier-analyser, fire af de fem væsentlige SNPs (rs2816312 [

RGS1

], rs944343 [

RGS3

], rs1051013 [

RGS3

], og rs1122794 [

RGS11

]) var signifikant associeret med ændret median-overlevelsestid (MST) (log-rank

P Drømmeholdet værdi. 0,05) (tabel 3)

der var otte SNPs signifikant forbundet med overlevelse status i patienter, der fik chemoradiation, hvoraf fem havde bootstrap

P

værdier 0,05 mere end 70 gange ud af 100 gange (tabel 4). Blandt disse fem SNPs, tre (rs2344673 [

RGS5

], rs12127281 [

RGS5

], og rs6429264 [

RGS7

]) var forbundet med en øget risiko for død, med HRs af 1,86 (95% CI, 1,00-3,47), 1,83 (95% CI, 1,09-3,10), og 1,89 (95% CI, 1,06-3,38), henholdsvis; mens rs12757054 (

RGS7

) og rs6689169 (

RGS7

) var forbundet med en nedsat risiko for død, med HRs af 0,48 (95% CI, 0,26-0,86) og 0,47 (95% CI , 0,27 til 0,80), hhv. To af disse 5 SNPs på

RGS7

(rs6429264 og rs6689169) var associeret med ændret MST for NSCLC patienter (log-rank

P

= 0,0055 og 0,0441, henholdsvis) (tabel 4).

kumulative virkninger af de ugunstige genotyper på overlevelse

Vi yderligere vurderet de kumulative virkninger af de ugunstige genotyper i enten behandlingsgrupper ved hjælp af SNPs med bootstrap

P

værdier 0,05 på mindst 70 gange ud af 100 gange i hver gruppe (tabel 5). Der var signifikante gen-dosis effekt hos patienter i behandling med begge behandlinger (tabel 5). Hos de patienter, der kun fik kemoterapi og tager referencegruppen lav risiko som reference (0 ugunstige genotyper), mellemlang risiko (1 eller 2 ugunstige genotyper) og højrisikogrupper (3 eller 4 ugunstige genotyper) havde 1,69 gange (95% CI, 1,19-2,41;

P

= 0,004) og 2,52 gange (95% CI, 1,71-3,71;

P

0,001) øget risiko for død, henholdsvis (

P

for trend 0,001). MST for middel risiko og højrisikogrupper var 11.22 måneder og 8.19 måneder, sammenlignet med 18,22 måneder for referencegruppen lav risiko (log-rank

P

værdi 0,0001). Lignende tendenser dosis-respons blev observeret blandt patienter, der fik chemoradiation (tabel 5 og figur 1).

Solid linje repræsenterer lav risikogruppe, transporterer 0 ugunstige genotyper i kemoterapi (A) og 0-1 ugunstige genotyper i kemostråleterapi (B). Stiplet linje repræsenterer medium risikogruppe den, der bærer 1-2 ugunstige genotyper i kemoterapi (A) og 2-3 ugunstige genotyper i strålebehandling (B). Stiplet linje repræsenterer højrisikogruppe, transporterer 3-4 ugunstige genotyper i kemoterapi (A) og 4-5 ugunstige genotyper i strålebehandling (B). N: Antallet af Dead /Alive. MST:. Median overlevelsestid

Højere-ordens-gen-gen interaktioner

Resultatet af STREE program analysemetoder til samspillet mellem de 10 bootstrap-valideret betydelige SNPs (den SNP’er som havde bootstrap P-værdier 0,05 mindst 70% af tiden i tabel 3 og 4) i stratificeret analyse, blev præsenteret i figur 2. Survival træ analysen resulterede i fire terminale knuder i kemoterapi-gruppen og to terminale knuder i chemoradiation gruppen ( Figur 2A). I kemoterapi gruppen, den indledende split var rs944343 (

RGS3

), og de efterfølgende splits var rs2816312 (

RGS1

) og rs1122794 (

RGS11

). Forskellige knuder havde forskellige procentdele af død begivenhed. For at vurdere risikoen forbundet med hver af de terminale knuder, blev node 1 i kemoterapi gren tages som referencegruppe, bestående af personer med den heterozygote og homozygote variant genotyper af rs944343 (

RGS3

) og homozygot vildtype genotype rs1122794 (

RGS11

). Sammenlignet med referencegruppen, patienter i terminalen knuder i kemoterapi gruppe havde HRs spænder fra 1,49 til 2,92. Patienter i knudepunktet 1 havde den længste MST af 13,58 måneder. Den højeste risikogruppe (node ​​3), som bestod af patienter bærer homozygot vildtype genotype rs944343 (

RGS3

) og variant-holdige genotyper af rs2816312 (

RGS1

) , havde en HR på 2,92 (95% CI, 1,92-4,44). De MSTS viste sig at være signifikant forskellig i Kaplan-Meier overlevelsesanalyse (log-rank

P

værdi 0,0001) (Figur 2B og tabel 6). I chemoradiation gruppe, var der kun én yderligere split. I forhold til patienter med homozygot vildtype genotype rs6429264 (

RGS7

) (node ​​5), som havde en MST på 19,28 måneder, patienterne bærer variant-holdige genotyper af rs6429264 (

RGS7

) udviste en 1,89 gange øget risiko for død (95% CI, 1,06-3,38), med en MST på 12,37 måneder (Figur 2C og tabel 6)

(a) Overlevelse træ analyser.; 0: homozygot vildtype genotype; 1: heterozygot genotype; 2: homozygot variant genotype. (B) og (C) repræsenterer overlevelseskurverne i risikogruppe i kemoterapi gruppe og kemostråleterapi gruppe; N: Antallet af Dead /Alive. MST:. Median overlevelsestid

Diskussion

I denne undersøgelse fandt vi, at genetiske variationer i RGS gener var forbundet med den samlede overlevelse i sene NSCLC-patienter. Vores resultater styrkede også betydningen af ​​at evaluere de kumulative og interaktion virkninger af genetiske variationer, når forudsige kliniske resultater hos patienter med NSCLC.

NSCLC patienter er for det meste behandles med platinbaseret kemoterapi, ofte i kombination med strålebehandling. Den platinbaseret kemoterapi kan være relateret til flere cellulære veje, såsom DNA beskadigelse /reparation, cellecykluskontrol, og apoptoseveje [41]. Imidlertid har der ikke været nogen undersøgelse rapporterer, at RGS er involveret i platinbaseret kemoterapi relaterede veje.

NSCLC celler kan invadere tilstødende væv og metastaserer til ikke-tilstødende organer og væv, processer, der kan henføres til ændrede cellulære signalering veje [42], [43]. Oncogen transformation er ofte det direkte resultat af mutationer af de signalmolekyler, der udgør disse veje. I denne undersøgelse blev der 5 SNPs forbundet med den samlede risiko for død med bootstrap

P

værdier 0,05 mindst 90 gange ud af 100 gange. Tre af disse 5 SNP’er, rs6678136 (

RGS4

), rs3820487 (

RGS5

) og rs2749786 (

RGS12

) tillægges signifikant forskellig MST i Kaplan-Meier-kurve (tabel 4 ). Tidligere undersøgelser rapporteret, at

RGS4

genekspression var forbundet med invasion af flere kræft [36], [44]. Desuden RGS4 protein virker som en inhibitor af epitel- og endotelcelle tubulogenesis ved kontrol af mitogenaktiverede proteinkinaser og vaskulær endotel vækstfaktor signalering for derved at inhibere celleproliferation, migration og invasion [45]. Xiao

et a.l

rapporterede, at flere SNPs i kombination i

RGS5

kan give risiko for forhøjet blodtryk i kinesiske befolkning [46].

RGS5

blev rapporteret at være en vigtig modulator af tumor pericyt modning og spiller en central rolle i tumor neovaskularisering [9].

RGS5

knockout mus viste større tumor byrde og tidligere død, som kan være forårsaget af pericyt modning og vaskulær normalisering [33]. RGS5 er også blevet identificeret som en bredt udtrykt tumor antigen i flere typer af kræft [47]. RGS12 er en stor RGS protein med flere funktionelle områder som PDZ, PTB (phospho-tyrosin binding) og Rap bindende domæner [48]. PDZ domæne af RGS12 interagerer med en GPCR, CXCR2, og bidrager dermed til GAP virkning af RGS12 på CXCR2-medierede G-protein-signaler [49]. Derfor er det biologisk plausibelt, at RGS4, RGS5, og RGS12 er forbundet med lungecancer overlevelse. Funktionerne af de betydelige SNPs på disse gener er ikke klart, eftersom de er mest sandsynligt tagging SNPs. Fremtidige undersøgelser er nødvendige for at finde de kausale SNPs.

I stratificerede analyser, 5 SNP’er i kemoterapi-gruppen og en anden 5 i chemoradiation gruppen var forbundet med risikoen for død med bootstrap

P

værdier 0,05 mindst 70 gange ud af 100 gange. De genotyper af fire SNPs: rs2816312 (

RGS1

), rs944343 (

RGS3

), rs1051013 (

RGS3

), og rs1122794 (

RGS11

) viste sig at være signifikant associeret med MST i kemoterapi gruppe. Den mest markante var rs944343 (Log-rank

P

= 0,0009), hvilket var en tagging SNP placeret ved 3 ‘flankerende region af

RGS3

. Forøget RGS3 ekspression er blevet anvendt som en diagnostisk markør for bløddelssarkomer og var forbundet med resistens mod kemoterapi i brystcancer [50], [51]. Desuden har RGS3 blevet rapporteret at modulere gliom celle mobilitet [36]. De andre vært gener af SNPs i kemoterapi gruppe,

RGS1

, og

RGS11

, er også blevet forbundet med ætiologien og prognose af kræft. Rangel

et al

. rapporterede, at RGS1 kan være en prognostisk markør i melanom progression og dets ekspression var forbundet med overlevelse for melanompatienter [20]. Martinez-Cardus,

et al

. rapporterede, at RGS11 ekspression blev signifikant associeret med resistensen over for platin terapi i colorektal cancer [52]. Disse undersøgelser støtter rolle RGS1, RGS3, og RGS11 i lungekræft prognose. Der var kun to SNPs i chemoradiation gruppe, rs6429264 og rs6689169, signifikant forbundet med MST (log-rank

P

= 0,0055 og 0,0441, henholdsvis). som begge er tagging SNP og placeret i

RGS7

. Adskillige undersøgelser viste, at tumornekrosefaktor-α, en større inflammation cytokin, som spiller en vigtig rolle i mange humane cancere, kan hurtigt aktivere ekspressionsniveauet af RGS7 [53], [54]. De mekanismer, hvorved disse genotyper bestemmer deres fænotyper og påvirke udfaldet af NSCLC er ikke klare. Yderligere undersøgelser er berettiget til at identificere de kausale varianter og de biologiske mekanismer bag vores observerede associationer.

Vi har også observeret kumulative virkninger af RGS SNPs på overlevelsen af ​​sene NSCLC-patienter. Derudover anvendte vi overlevelse træ analyse for at identificere vekselvirkninger mellem disse SNP’er. Disse gen-gen interaktioner resulterede i fire terminal noder med forskellige risici for død i kemoterapi eneste gruppe og to terminal noder med forskellige risici for død chemoradiation gruppe. Den kumulative effekter analyse og overlevelse træ analyse kan tillade os at identificere mere kraftfulde prognostiske eller prædiktive markører og signaturer baseret på kombinationen af ​​enkelte patients genetiske variationer. Det skal bemærkes, at disse typer af analyser var udforskende, og resultaterne skal valideres i uafhængige undersøgelser.

Der er et par stærke til vores undersøgelse. Først vores nuværende sti tilgang er en logisk forlængelse af kandidat gen tilgang og undgår kravet om meget større stikprøver ved genom-dækkende forening undersøgelse. For det andet, har vi samlet en relativ stor bestand af NSCLC patienter fra samme institution. De ensartede standard drift procedurer i identifikation kræft, patologisk iscenesættelse, og endda strategi beslutsomhed for kræftbehandling gjort vores resultater mere omfattende og gælder for fremtidige kliniske studier. For det tredje har vi udført intern statistisk validering af en bootstrap resampling procedure for at minimere falske opdagelser. For det fjerde har vi udført sonderende gen-gen-interaktionsanalyse til at etablere en ny kombination af SNPs at forudsige udfaldet af NSCLC patienter til deres behandling, som kunne hjælpe klinikere til at bestemme det optimale personlig behandling og kvaliteten af ​​pleje for overlevelse.

Så vidt vi ved, er dette den første studie, der undersøger foreningen af ​​genetiske variationer i RGS familie med overlevelse for NSCLC. Vores resultater har givet ikke kun SNP-baseret analyse, men også en mere omfattende tilgang tilgang i det kliniske resultat forudsigelse for NSCLC patienter, som gennemgik kemoterapi eller chemoradiation. Fremtidig uafhængig validering i større population og detaljerede funktionelle assays er nødvendige, før disse resultater kan oversættes til klinikkerne.

Metoder

Etik Statement

Alle patienter underskrev en skriftligt informeret samtykke og denne undersøgelse er blevet gennemgået og godkendt af Institutional Review Board (IRB) af MD Anderson.

undersøgelse befolkning og indsamling af epidemiologiske og kliniske data

i alt 598 patienter med sen-fase NSCLC, herunder faser IIIA, IIIB (Dry), IIIB (Wet), og IV, rekrutteret mellem 1995 og 2007 fra en epidemiologisk lungekræft undersøgelse gennemføres på The University of Texas MD Anderson cancer center. Ingen af ​​dem var tidligere blevet behandlet ved kirurgi kemoterapi og /eller strålebehandling før indskrivning i undersøgelsen. Alle deltagere havde afsluttet en risikofaktor spørgeskema, der har indsamlet data om demografiske karakteristika, tobak brug historie, erhvervsmæssige og miljømæssige engagementer, før sygehistorie, og enhver historie af kræft i førstegradsslægtninge, og også havde doneret en 40-ml blodprøve til genotypebestemmelse. Vi udvindes den kliniske oplysninger fra patienternes journaler deres følgesygdomme, tumor størrelse, klinisk fase, patologisk stadie, histologisk typen, tumor kvalitet, behandling typen, tumor tilbagefald, overlevelse, og tumor progression for alle analyser. Den mediane follow-up tid var 11,8 måneder.

SNP udvælgelse og genotyping

En omfattende panel af kræftrelaterede gener herunder RGS genfamilien blev identificeret og klassificeret i hver enkelt vej i henhold til deres store indberettede funktioner. I genet listen, sytten gener i RGS familien (

RGS 1-5

,

7-14

,

16

,

18

,

20

, og

22

) blev udvalgt til dette panel. Den detaljerede procedure for udarbejdelse panelet af gener og SNPs blev rapporteret tidligere [55]. Genomisk DNA blev ekstraheret fra perifere blodlymfocytter af patienternes blodprøver, og alle genotypebestemmelse arbejde blev udført ifølge standardprotokollen fra Illumina Inc. Derefter resultaterne af genotypebestemmelse blev automatisk genereret af Illumina s BeadStudio software. Endelig blev 95 SNPs i RGS vej udvalgt og held genotype hos disse patienter, som vist i tabel S1 i understøttende oplysninger.

Statistisk analyse

STATA statistisk software (StataCorp LP, College Station , TX) version 10.2 blev anvendt til analyse af hazard ratio (timer),

P

værdier, median overlevelsestid (MST),

P

værdier for log-rank test og Kaplan-Meier overlevelse skøn. χ

2 test (for kategoriske variabler) og Studerendes

t

-test (for kontinuerlige variabler) blev anvendt til at vurdere forskelle i variable mellem døde og levende patienter. For hver SNP, blev risikoen for død som en hazard ratio (HR) og 95% konfidensinterval (CI) estimeret med Cox proportionel risiko regressions model. Desuden blev multivariat justering bruges til at kontrollere for potentielle forstyrrende faktorer (alder, køn, etnicitet, rygning status og pack-år, performance status, klinisk fase, og behandling). For hver SNP, blev den genetiske fordeling vurderet af tre genetiske modeller (dominant, recessiv, og additiv), og modellen med den mindste

P Drømmeholdet værdi blev valgt som den bedste pasform model [56]. For at validere resultaterne blev bootstap resampling metode. For hver bootstrap prøve trukket fra det oprindelige datasæt, blev 100 bootstrap prøver genereret. Vi opnåede

P Drømmeholdet værdi for hver SNP blandt de dominerende, recessive, og additive modeller. De kumulative effekter af forskellige genotyper blev beregnet ved at summere de individuelle effekter af betydelige SNPs, dvs. SNPs der viste signifikant sammenhæng i single-SNP analyse og havde også en bootstrap

P

værdi 0,05 mindst 70 gange. Vi brugte Cox proportionel risiko regressions model til at estimere HRs og 95% kreditinstitutter. Kaplan-Meier-metoden og log-rank test blev anvendt til at estimere deres virkninger på overlevelse varighed for disse SNPs. Endelig blev STREE programmet (https://masal.med.yale.edu/stree/) anvendes til at udføre overlevelse træ analyse for de højere-ordens-gen-gen vekselvirkninger mellem SNP’er. For disse analyser, vi kun medtaget SNPs, som var blevet valideret internt af bootstrapping. En to-sidet

P

0,05 blev betragtet som statistisk signifikant

Støtte oplysninger

tabel S1.. Salg nationale parlamenter i RGS vej.

doi: 10,1371 /journal.pone.0021120.s001

(DOC)