PLoS ONE: samleprøve-Based GWAS: En omkostningseffektivt alternativ til Identifikation Colorectal og prostatakræft Risk Varianter i den polske Befolkning

Abstrakt

Baggrund

Prostatakræft (PCA) og kolorektal cancer (CRC) er de mest almindeligt diagnosticeret kræft og kræftrelaterede dødsårsager i Polen. Til dato, mange enkelt nukleotid polymorfier (SNP), der er forbundet med modtagelighed for begge typer kræft er blevet identificeret, men deres effekt på risiko for sygdom kan variere blandt befolkninger.

Metoder

For at identificere nye SNPs forbundet med PCa og CRC i den polske befolkning, blev en genom-dækkende forening undersøgelse (GWAS) udføres ved hjælp af DNA-prøve puljer på Affymetrix genom-wide Menneskelige SNP 6,0 arrays. I alt 135 PCA patienter og 270 raske mænd (PCA sub-studie) og 525 patienter med adenom (AD), 630 patienter med CRC og 690 kontroller (AD /CRC sub-studie) blev inkluderet i analysen. Allel frekvensfordelinger blev sammenlignet med t-tests og ×

2-prøverne. Kun de signifikant associeret SNPs med en proxy SNP (

s

0,001; distance på 100 kb, r

2 0,7) blev udvalgt. GWAS markør selektion blev udført ved hjælp Plink. Undersøgelsen blev gentaget ved hjælp udvidede kohorter af patienter og kontroller. Foreningen med tidligere rapporterede PCa og CRC modtagelighed varianter blev også undersøgt. Enkelte patienter blev genotype hjælp TaqMan SNP genotypning Analyser.

Resultater

GWAS valgte seks og 24 nye kandidatlande SNPs forbundet med PCa og CRC modtagelighed hhv. I replikering studiet, 17 af disse foreninger blev bekræftet som væsentlige i additive model af arv. Syv af dem forblev signifikant efter korrektion for multiple test hypotese. Derudover er der blevet identificeret 17 tidligere rapporterede risikofaktorer varianter, hvoraf fem forblev signifikant efter korrektion.

Konklusion

Puljet-DNA GWAS muliggjort identifikation af nye modtagelighed loci for CRC i den polske befolkning. Tidligere rapporterede CRC og PCA disposition varianter blev også identificeret, validering globale karakter deres sammenslutninger. Yderligere der kræves uafhængig replikering undersøgelser for at bekræfte signifikans af den nyligt afslørede kandidat modtagelighed loci

Henvisning:. Gaj P, Maryan N, Hennig EE, Ledwoń JK, Paziewska A, Majewska A, et al. (2012) samleprøve-Based GWAS: En omkostningseffektivt alternativ til Identifikation Colorectal og prostatakræft Risk Varianter i den polske Befolkning. PLoS ONE 7 (4): e35307. doi: 10,1371 /journal.pone.0035307

Redaktør: Kin Mang Lau, Den kinesiske University of Hong Kong, Hongkong

Modtaget: December 19, 2011; Accepteret: 13 mar 2012; Udgivet: 19 april, 2012