PLoS ONE: Foreninger mellem Gene Expression Variationer og æggestokkræft Risk alleler Identificerede fra Genome Wide Association Studies

Abstrakte

Funktionelle genetiske variationer spiller en vigtig rolle i udformningen fænotypiske forskelle mellem individer gennem at påvirke genekspression, og dermed meget sandsynligt at påvirke sygdom modtagelighed, såsom kræft modtagelighed. Et kritisk spørgsmål i denne æra af post-genom brede associationsstudier (GWAS) er, hvordan man vurdere den funktionelle betydning af de genetiske variationer identificeret fra GWAS. I den aktuelle undersøgelse, med lymfoblastoidcellelinier (LCLS) fra 74 ikke-relaterede kvinder med familiær kræft i æggestokkene og 47 uafhængige kontroller matchet på køn og race, vi undersøgt sammenhængen mellem syv æggestokkene kræft risiko varianter identificeret fra GWAS (

rs3814113

på 9p22.2,

rs2072590

på 2q31,

rs2665390

på 3q25,

rs10088218

,

rs1516982

,

rs10098821

på 8q24.21, og

rs2363956

på 19p13) og hele genom mRNA udtryk profiler. Vi observerede 95 signifikante trans-sammenslutninger på en permutation niveau på 0,001. Sammenlignet med de andre risikofaktorer varianter,

rs10088218

,

rs1516982

, og

rs10098821

på 8q24.21 havde det største antal signifikante sammenhænge (25, 16, og 38, henholdsvis). To mulige cis-foreninger blev observeret mellem

rs10098821

c-myc

, og

rs2072590

og

HS.565379

(permuteret P = 0,0198 og 0,0399, henholdsvis). Pathway berigelse analyse viste, at flere vigtige biologiske veje såsom cellecyklus (P = 2,59 × 10

-06), osv, blev markant overrepræsenterede. Yderligere karakterisering af signifikante associationer mellem mRNA og risikofaktorer alleler kan lette forståelsen funktioner GWAS opdagede risiko alleler i den genetiske ætiologi af ovariecancer

Henvisning:. Zhao H, Shen J, Wang D, Gregory S, Medico L Hu Q, et al. (2012) Foreninger mellem Gene Expression Variationer og æggestokkræft Risk alleler Identificerede fra Genome Wide Association Studies. PLoS ONE 7 (11): e47962. doi: 10,1371 /journal.pone.0047962

Redaktør: Yi Xing, University of Iowa, USA

Modtaget: May 1, 2012; Accepteret: September 19, 2012; Udgivet: November 2, 2012