PLoS ONE: Identifikation af New differentielt denatureret gener, der har potentielle Funktionelle Konsekvenser i prostatakræft

abstrakt

Mange differentielt methylerede gener er blevet identificeret i prostatacancer (PSA), primært ved anvendelse af kandidat-gen-baserede assays. For nylig er der rapporteret flere globale DNA methylering profiler i PCa dog hver af disse har svagheder i form af evnen til at iagttage de globale DNA methylering ændringer i PSA. Vi hypotesen, at der stadig uidentificerede afvigende DNA methylering i PCa, som kan identificeres ved hjælp af højere opløsning analysemetoder. Vi brugte den nyudviklede Illumina HumanMethylation450 BeadChip i PCa (

n

= 19) og tilstødende normale væv (

n

= 4) og kombineret disse med genekspression data til identifikation af nye DNA-methylering, der kan har funktionelle konsekvenser i PCa udvikling og progression. Vi bekræftede også vores methylering resulterer i en uafhængig datasæt. To afvigende DNA methylering gener blev valideret blandt yderligere 56 PCA prøver og 55 tilstødende normale væv. En alt 28,735 CpG sites viste signifikante forskelle i DNA-methylering (FDR justeret

P

0,05), defineret som en gennemsnitlig methylering forskel på mindst 20% mellem PCa og normale prøver. Endvidere alt 122 gener havde mere end én differentielt methyleret CpG websted i deres promotorområde og en genekspression mønster, der var inverse til retningen af ​​ændringen i DNA-methylering (fx reduceret ekspression med forøget methylering, og vice-versa). Afvigende DNA methylering af to gener,

AOX1

SPON2,

blev bekræftet via bisulfate sekventering, med de fleste af de respektive CpG sites der viser signifikante forskelle mellem tumor prøver og normale væv.

AOX1

promoter region viste hypermethylering i 92,6% af 54 testede PCA prøver i modsætning til kun tre ud af 53 testede normale væv. Denne undersøgelse bruges en ny BeadChip kombineret med genekspression data i PCa at identificere nye forskelligt methylerede CpG der ligger inden for gener. De nyligt identificerede differentielt methylerede gener kan anvendes som biomarkører for PCa diagnose

Henvisning:. Kim JW, Kim S-T, Turner AR, Ung T, Smith S, Liu W, et al. (2012) Identifikation af New differentielt denatureret gener, der har potentielle Funktionelle Konsekvenser i prostatakræft. PLoS ONE 7 (10): e48455. doi: 10,1371 /journal.pone.0048455

Redaktør: Ludmila Prokunina-Olsson, National Cancer Institute, National Institutes of Health, USA

Modtaget: Juli 17, 2012; Accepteret: September 26, 2012; Udgivet 31. oktober, 2012