PLoS ONE: Karakterisering af SNPs associeret med prostatakræft hos mænd af Ashkenazic Descent fra sæt GWAS Identificerede SNP’er: Impact of Cancer Familie Historie og Kumulativ SNP Risk Prediction

Abstrakt

Baggrund

Genom-dækkende forening undersøgelser (GWAS) har identificeret flere SNPs forbundet med prostatakræft (PRCA). Befolkning isolerer kan have forskellige sæt af risikofaktorer alleler for PRCA udgør unikke befolkning og individuelle risikoprofiler.

Metoder

For at teste denne hypotese, associationer mellem 31 GWAS SNPs af PRCA blev undersøgt blandt 979 PRCA sager og 1.251 kontroller af Ashkenazic afstamning ved hjælp af logistisk regression. Vi undersøgte også risici ved alder ved diagnose, patologiske træk af PRCA, og arvelig kræft. Desuden har vi undersøgt sammenhænge mellem akkumulerede antal af risikofaktorer alleler og PRCA og vurderet nytten af ​​risikofaktorer alleler i PRCA risiko forudsigelse ved at sammenligne arealet under kurven (AUC) for forskellige logistiske modeller.

Resultater

af de 31 genotypede SNP’er, 8 var forbundet med PRCA på p≤0.002 (korrigeret p-værdi tærskel) med odds ratio (OR) spænder fra 1,22 til 1,42 per risiko allel. Fire SNPs var forbundet med aggressiv PRCA, mens tre andre SNPs viste potentielle interaktioner for PRCA af familie historie PRCA (rs8102476, 19q13), lungekræft (rs17021918, 4q22), og brystkræft (rs10896449, 11q13). Mænd i den højeste vs. laveste kvartil af akkumulerede antal af risikofaktorer alleler havde yderste periferi på 3,70 (95% CI 2,76-4,97); 3,76 (95% CI 2,57-5,50), og 5,20 (95% CI 2,94-9,19) for den samlede PRCA, aggressiv kræft og yngre alder ved diagnose, hhv. Tilføjelsen af ​​kumulative risiko alleler til modellen indeholder alder ved diagnose og familie historie af PRCA gav et lidt højere AUC (0,69 vs. 0,64).

Konklusion

Disse data definerer et sæt af risiko alleler forbundet med PRCA hos mænd af Ashkenazic afstamning og angiver mulige genetiske forskelle for PRCA mellem populationer af europæisk og Ashkenazic herkomst. Anvendelse af genetiske markører kan give mulighed for at identificere mænd i størst risiko for yngre alder for debut PRCA; Men deres kliniske anvendelighed i at identificere mænd størst risiko for aggressiv kræft stadig begrænset

Henvisning:. Agalliu I, Wang Z, Wang T, Dunn A, Parikh H, Myers T, et al. (2013) Karakterisering af SNPs associeret med prostatakræft hos mænd af Ashkenazic Descent fra sæt GWAS Identificerede SNP’er: Impact of Cancer Familie Historie og Kumulativ SNP Risk Prediction. PLoS ONE 8 (4): e60083. doi: 10,1371 /journal.pone.0060083

Redaktør: Matthew L. Anderson, Baylor College of Medicine, USA

Modtaget: August 22, 2012; Accepteret: 24. februar, 2013; Udgivet: 3. april, 2013