PLoS ONE: Cancer Gene Prioritering for målrettet Gen- sekventering Brug FitSNP Scores

Abstrakt

Baggrund

Selv om gennemløb af næste generations sekventering er stigende, og samtidig omkostningerne er væsentligt reduceret, for de fleste laboratorier hele genomet sekventering af store grupper af kræft prøver stadig ikke er mulig. Derudover det lave antal genomer, der bliver sekventeret ofte problematisk for den nedstrøms fortolkning af betydningen af ​​varianterne. Målrettet resekventering kan delvist omgå dette problem; ved at fokusere på et begrænset antal kandidat cancer gener til sekvens, kan flere prøver indgå i screeningen, dermed resulterer i en væsentlig forbedring af den statistiske effekt. I denne undersøgelse, er en vellykket strategi for at prioritere kandidatgener for målrettet resekventering af kræft genomer præsenteret

Resultater

Fire prioritering strategier blev evalueret på seks forskellige typer cancer:. Gener blev rangeret ved hjælp af disse strategier , og den positive prædiktive værdi (PPV) eller mutation sats inden for top-rangerede gener blev sammenlignet med baseline mutation sats i hver tumor type. Vellykkede strategier generere gen lister, hvor toppen er beriget for kendte muterede gener, som påvist ved en stigning i PPV. Et klart eksempel på en sådan forbedring er set i tyktarmskræft, hvor PPV øges med 2,3 gange i forhold til baseline niveau, når 100 top fitSNP gener sekventeret.

Konklusioner

Et gen prioritering strategi baseret på de fitSNP scoringer synes at være mest succesfulde i at identificere muterede cancer gener på tværs af forskellige tumor enheder, med varians af genekspression niveauer, som en god næstbedste

Henvisning:. Fieuw a, de Wilde B, Speleman F , Vandesompele J, De Preter K (2012) Cancer Gene Prioritering for målrettet Gen- sekventering Brug FitSNP Scores. PLoS ONE 7 (3): e31333. doi: 10,1371 /journal.pone.0031333

Redaktør: Giuseppe Novelli, Tor Vergata-universitetet i Rom, Italien

Modtaget: Juli 14, 2011; Accepteret: 6 jan 2012; Udgivet: 1. marts 2012