PLoS ONE: Fælles genetiske varianter og risiko for HPV Persistens og Progression til livmoderhalskræft

Abstrakte

HPV sjældent fortsætter og udvikler sig til livmoderhalskræft. Vi undersøgte værten genetiske faktorer hypotese at spille en rolle i at bestemme, hvilke delmængde af individer inficeret med onkogene human papillomavirus (HPV) har vedvarende infektion og videreudvikle livmoderhalskræft pre-cancer /kræft i forhold til flertallet af inficerede individer, der vil rydde infektion.

Vi evaluerede 7140 tag enkelt nukleotid polymorfier (SNP) fra 305 kandidatgener hypotese at være involveret i DNA-reparation, virusinfektion og celle post i 416 cervikal intraepithelial neoplasi 3 (CIN3) /kræfttilfælde, 356 HPV vedholdende kvinder (median : 25 måneder), og 425 tilfældige kontroller (RC) fra 10.049 kvinder Guanacaste Costa Rica naturhistoriske undersøgelse. Vi brugte logistisk regression til at beregne odds ratio og p-trend for CIN3 /kræft og HPV vedholdenhed i forhold til SNP genotyper og haplotyper (korrigeret for alder). Vi opnåede pathway og gen-niveau resumé af foreninger ved at beregne den adaptive kombination af p-værdier. Gener /regioner statistisk signifikant associeret med CIN3 /kræft omfattede de virale infektion og celle indrejse gener 2 ‘, 5’ oligoadenylat syntetase gen 3 (

OAS3

), sulfatase 1 (

SULF1

), og interferon gamma (

IFNg

); DNA reparation gener deoxyuridintriphosphat (

DUT

), dosering suppressor af MCK en homolog (

DMC1

), og generel transskription faktor IIH, polypeptid 3 (

GTF2H4

); og

EVER1

EVER2

gener (p 0,01). Fra hver region, de enkelte væsentligste SNPs forbundet med CIN3 /kræft var

OAS3

rs12302655,

SULF1

rs4737999,

IFNg

rs11177074,

DUT

rs3784621 ,

DMC1

rs5757133,

GTF2H4

rs2894054,

EVER1 /EVER2

rs9893818 (p-trends≤0.001). SNPs for

OAS3

,

SULF1

,

DUT

, og

GTF2H4

var forbundet med HPV vedholdenhed mens

IFNg

og

EVER1 /EVER2

SNPs var forbundet med progression til CIN3 /kræft. Vi bemærker, at de observerede foreninger var mindre end to gange. Vi identificerede variationer DNA-reparation og virale binding og celle indrejse gener associeret med CIN3 /kræft. Vores resultater kræver replikation, men antyder, at forskellige gener kan være ansvarlige for modulerende risiko i de to kritiske overgang trin er vigtige for livmoderhalskræft carcinogenese:. HPV vedholdenhed og sygdomsprogression

Henvisning: Wang SS, Gonzalez P, Yu K, Porras C, Li Q, Safaeian M, et al. (2010) Fælles genetiske varianter og risiko for HPV Persistens og Progression til livmoderhalskræft. PLoS ONE 5 (1): e8667. doi: 10,1371 /journal.pone.0008667

Redaktør: Syed A. Aziz, Health Canada, Canada

Modtaget: December 1, 2009; Accepteret: 18. december 2009; Udgivet: 13 Jan 2010

Copyright: © 2010 Wang et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af National Cancer Institute Intramural Program og National Institutes of Health (kontrakter CO-12400, CP-21081, og CP-31061; bevilge CA-78.527 til RDB); National Institutes of Health Office of Research om kvinders sundhed (ORWH); Costaricanske Foundation for træning i Sundhedsvidenskab; Caja Costarricense de Seguro Social (Costa Rica). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Vedvarende infektion med en af ​​ca. 15 typer af human papillomavirus (HPV) er nødvendig for udviklingen af ​​livmoderhalskræft og dens umiddelbare forløber, cervikal intraepithelial neoplasi grad 3 (CIN3). Men HPV-infektion er ikke en tilstrækkelig årsag til livmoderhalskræft /CIN3 og HPV cofaktorer er blevet identificeret, herunder oral prævention og rygning [1]. Familiær ophobning undersøgelser og evaluering af arvelige genetiske variationer yderligere tyder på, at værten genetiske faktorer kan også bidrage til livmoderhalskræft patogenese [2]. En række undersøgelser har evalueret og impliceret en rolle for human leukocyt-antigener (

HLA

) [3], [4]. Vi har tidligere rapporteret sammenhængen mellem almindelige varianter i gener, der påvirker DNA-skader, især,

FANCA

, der er forbundet med både HPV vedholdenhed og progression til CIN3 /kræft. Vi rapporteret også en variant i den medfødte immunitet genet

IRF3

forbundet med HPV vedholdenhed [5]. Her vil vi udvide vores evaluering af værtens genetiske variationer i DNA-reparation, virale infektion og celle indrejse gener og risiko for HPV vedholdenhed og livmoderhalskræft præcancer /kræft.

Vi evaluerede data om 7140 kandidat enkelt nukleotid polymorfier (SNP) i 305 kandidatgener /regioner (161 viral infektion og celle indrejse og 144 DNA reparation gener). Alle kendte DNA reparation gener blev medtaget [6] og virusinfektioner og celleindtrængning gener blev udvalgt på baggrund af biologisk beviser for formodet association med livmoderhalskræft, HPV, eller andre infektioner. Alle gener og deres udvalgte varianter blev vurderet for risiko for HPV vedholdenhed og progression til CIN3 /kræft i befolkningen-baserede Guanacaste kohorte i Costa Rica (gener og SNPs er kommenteret i tabel S1). Et unikt aspekt af vores indsats er evnen til separat vurdere genetiske faktorer i forbindelse med de to kendte og kritiske overgang stater i den naturlige historie af livmoderhalskræft -. (I) viral persistens og (ii) progression til at pre-cancer /kræft

Resultater

pathway-baserede Foreninger

Vi fandt DNA-reparation vej som helhed statistisk signifikant associeret med CIN3 /kræft (p = 0,0197), og med HPV vedholdenhed (p = 0,0472 ) men ikke progression (p = 0,7451) (tabel 1). Disse foreninger syntes drevet af gener involveret i redigering /forarbejdning nukleaser, modulation af nukleotid puljer, og nukleotid excision reparation. Familien af ​​fanconis anæmi gener blev også signifikant associeret med HPV vedholdenhed (p = 0,0326).

Gene /Region-baserede foreninger

Tabel 2 viser resultaterne for 9 gener /regioner i forbindelse med CIN3 /kræft i forhold til tilfældige kontrol ved p 0,01, bestilt af deres statistiske signifikans. Seks af de gener, blev anset for bemærkelsesværdig med en FDR ≤0.2, herunder DNA reparation gener –

GTF2H4

,

DUT

, og

DMC1 –

den virale infektion og celler entry relaterede gener –

OAS3, SULF1

, og

IFNg

. Foreningen for

GTF2H4

SULF1

blev også forbundet med HPV vedholdenhed (p = 0,005). Tre regioner var statistisk signifikant associeret med progression til CIN3 /kræft ved p 0,05:

TMC6 (EVER1), TMC8 (EVER2)

, og

FLJ35220

. Alle genbaserede resultater er vist i tabel S2.

SNP-baserede foreninger

I overensstemmelse med vores gen /region-baserede analyser, fandt vi tegn på en ændret risiko (ca. 2 fold) til CIN3 /kræft for en eller flere SNP’er i otte af de ni gener /regioner med p-trends ≤0.001 (tabel 3, SNPs alfabetisk ved gen-navn). Af de fire gener, der er forbundet med HPV vedholdenhed, SNPs i

DUT

(rs3784621),

GTF2H4

(rs2894054, rs6926723),

OAS3

(rs12302655), og

SULF1

(rs4737999, rs4284050, rs10108002) havde signifikant p-trend 0,05. Af de gener /regioner, der er forbundet med progression til CIN3 /kræft, SNPs i

IFNg

(rs11177074) og mellem

EVER2 /TMC8

EVER1 /TMC6

(rs9893818) var statistisk signifikant ved p lt; 0,05. Odds ratio og 95% konfidensintervaller for disse SNP’er er vist i tabel S3 (alle data for alle SNP’er er vist i tabel S4). Vi bemærker, at andre SNPs forbundet med CIN3 /kræft inkluderet dem i

OAS1

,

OAS2

, og

poln

gener (Tabel 3). Som for

OAS3

, foreningerne med

OAS1

OAS2

var signifikant for HPV vedholdenhed mens

poln

var forbundet med sygdomsprogression.

haplotype Foreninger

Resultater fra haplotype-baserede analyser (defineret af blokke af koblingsuligevægt) generelt var i overensstemmelse med de gen /region- og SNP-baserede resultater. Haplotyper statistisk signifikant associeret med CIN3 /kræft inkluderet SNPs impliceret i SNP-baseret analyse (som vist i tabel S5 for

DUT

,

GTF2H4

SULF1

hvor haplotype blokke kunne konstrueres). Ingen nye områder af interesse blev identificeret i haplotypeanalyse hjælp af glidende vindue tilgang af 3 SNP’er (data ikke vist).

Diskussion

I denne population-baserede undersøgelse, fandt vi ni gener /regioner forbundet med CIN3 /kræft, hvoraf 6 forblev signifikant på et FDR≤0.2 – tre DNA reparation gener (

GTF2H4

,

DUT

, og

DMC1

) og tre viral infektion og celle indrejse gener (

OAS3, SULF1

, og

IFNg

). Et unikt aspekt af vores undersøgelse er evnen til separat evaluere associationer til de to vigtige overgang skridt i den naturlige historie af livmoderhalskræft – viral vedholdenhed og progression til præcancer /kræft. Regionsudvalget /gener fundet at være vigtige, foreningen primært med HPV vedholdenhed for

GTF2H4

SULF1

.

IFNg

og epidermodysplasia verruciformis (EV) associeret gener (

TMC6-EVER1

TMC8-EVER2

) var primært forbundet med progression til CIN3 /kræft. Alle top gener afledt af gen /områdespecifikke og SNP-baserede analyser er kommenteret og kort beskrevet i tabel 4.

Resultater for vores DNA reparation pathway-baserede analyser var i overensstemmelse med vores individuelle SNP-baserede resultater. Konkret fandt vi, at gener i nukleotid excision reparation (som omfatter

GTF2H4

) og modulering af nukleotid puljer (som omfatter

DUT

) at være forbundet med HPV vedholdenhed. DNA reparation familie af redigering /forarbejdning af nucleaser var forbundet med progression til CIN3 /kræft og selvom flere gener var statistisk signifikante, ingen var bemærkelsesværdig på FDR 0.2. Associationen mellem Fanconi Anæmi familie af gener med HPV vedholdenhed er også i overensstemmelse med vores tidligere analyser, der rapporterede

FANCA

varianter i forbindelse med HPV vedholdenhed (5). Der har været rapporter om polymorfier i

GTF2H4

,

DUT

eller

DMC

med HPV vedholdenhed, livmoderhalskræft, eller enhver anden kræft til dato. Men

GTF2H4

er placeret på kromosom 6p21.3 i

HLA

regionen og er dermed note som en række undersøgelser har undersøgt

HLA

klasse II og I gener med livmoderhalskræft og har konsekvent identificeret alleler (fx

HLA

–

DRB

* 1301) i forbindelse med livmoderhalskræft [4]. Hvorvidt den observerede sammenhæng mellem

GTF2H4

varianter og HPV vedholdenhed er på grund af sin biologiske funktion og sin egenskab af DNA-reparation gen eller til potentiel bindingsuligevægt med

HLA

kræver yderligere vurdering.

Varianter i to gener postuleret at spille en rolle i viral og HPV binding,

OAS3

SULF1

, blev også forbundet med HPV vedholdenhed i vores befolkning.

OAS3

spiller en rolle i modstanden mod virusinfektion via nedbrydning af virale og cellulære RNA og nedskrivninger på viral replikation. Konkret OAS familie af gener (

OAS1, OAS2, OAS3

) fremkaldes af interferon. Når enzymatisk aktivt OAS er bundet til viralt RNA, er RNase L aktiveret, hvilket resulterer i nedbrydningen af ​​viralt RNA [7]. Især

OAS1

OAS2

SNPs blev også forbundet med HPV vedholdenhed i vores befolkning (tabel 3).

SULF1

(sulfatase 1) er involveret i cellesignalering og er en co-receptor for heparin-bindende vækstfaktorer og cytokiner. Sulfs potentielt spille en rolle i et cellulært feed-back mekanisme, hvor de redigere sulfatering af multiple heparinsulfat-proteoglycaner [8]. Dette er af særlig interesse som heparinsulfat proteoglycaner menes at være den primære fastgørelse faktor for HPV og behandling med heparin og heparinsulfat har inhiberet infektion af visse HPV-typer [9].

Tre gener blev forbundet primært med progression til CIN3 /cancer, herunder

IFNg

, et cytokin, der spiller en rolle i medfødte immunitet mod virale eller bakterielle infektioner. Det inducerer også OAS familie af gener, der fører til nedbrydning af viralt RNA. Vi rapporterer også en sammenhæng mellem gener i

EVER1 /TMC6

EVER2 /TMC8

en SNP, der ligger mellem de to gener med progression til CIN3 /kræft. Mutationer i enten

EVER1

eller

EVER2

gener er veldokumenteret i den sjældne hud karcinom, epidermodysplasia verruciformis (EV), der er kendetegnet ved infektion med HPV5 [10]. At fælles polymorfier inden

EVER1

EVER2

er også forbundet med progression til CIN3 /kræft kan potentielt foreslå en større rolle, om end beskeden, for

EVER1

EVER2

gener i HPV modtagelighed og efterfølgende risiko for sygdom.

som tidligere beskrevet [5], kan begrænsninger undersøgelse omfatte potentiel overlevelse skævhed som supplerende tilfælde identificeret i Guanacaste retrospektivt blev konstateret, og DNA blev ikke opnået for afdøde tilfælde. En anden begrænsning er vores manglende evne til at vurdere invasiv livmoderhalskræft separat. vil være behov Fremtidige studier med et større antal sager at tage fat om specifikke gener er involveret i overgangen fra in situ til invasiv sygdom. Selvom vi målrettet

a priori

gener og brugte en FDR af 0,2 til bestemme, hvilke gener var bemærkelsesværdig, kan vi ikke udelukke muligheden for falsk positive (eller falsk negative). Vigtigere var fordi vores befolkning består costaricanere og gener tagged baseret på kaukasiske og Yoruban befolkningsgrupper, hvor der foreligger data fra HapMap, er det plausibelt, at gen-dækning i vores costaricanske befolkning er ufuldstændig. Undersøg styrker omfatter vores befolkning-baseret undersøgelse design. Dette design tilnærmer sag kohorte design, da andelen af ​​kvinder i kohorten med CIN3 eller kræft er lille. En anden undersøgelse styrke er vores evne til at vurdere gener er relevante for HPV vedholdenhed og gener er relevante for sygdomsprogression. Endvidere vores undersøgelse havde streng opfølgning, HPV test og patologi anmeldelse af definitioner af tilfælde. Vores tag-SNP tilgang også tilladt for en bredere dækning af hver

a priori

gen /region undersøgelse, i forhold til før kandidat SNP-baserede genotypebestemmelse tilgange. Vores evaluering af DNA-reparationsvej blev næsten fuldstændig baseret på nyeste litteratur og tilladt for pathway-baserede analyser. Men vores virale bindende og celle indrejse gener var ikke modtagelig for lignende analyser. Vi anerkender, at vores

a priori

tilgang samplet en lille delmængde af gener i genomet, og vi vil derfor sandsynligvis forpasset andre vigtige foreninger. Øget magt og replikation af vores resultater er nødvendige og større indsats i genom-dækkende forening undersøgelser skal kaste yderligere lys over gener og regioner af betydning for livmoderhalskræft. Vores undersøgelse er dog stadig den eneste, designet til at afgrænse mellem foreninger med HPV vedholdenhed og progression til CIN3 /kræft.

Sammenfattende vores resultater kræver replikation, men bygge videre på vores tidligere rapport af potentiel vært genetiske varianter er relevante for HPV vedholdenhed og de relevante for progression til CIN3 /kræft. Hvis replikeret, at yderligere undersøgelser lokalisere den kausale SNP (er) og bestemme deres biologiske relevans bør videreføres. Fremtidige indsats bør omfatte yderligere dissektion af langsigtet vedholdenhed, der sandsynligvis fører til progression i forhold til kortsigtet vedholdenhed, der er mindre tilbøjelige til at udvikle sig til CIN3 /kræft. bør også overvejes rolle vært gen og HPV methylering og deres rolle på kausale gener. Disse data er vigtige for fremtidig forskning i at vurdere samspillet mellem virale og host genetik i fastlæggelsen risiko for HPV vedholdenhed og for progression til CIN3 /kræft.

Metoder

Undersøgelse Befolkning

Den foreliggende undersøgelse blev indlejret i en populationsbaseret kohorte studie af kvinder i Guanacaste, Costa Rica. Nærmere oplysninger om kohorte studiemetoder [11], [12] og af den delpopulation udvalgt til genetiske analyser [5] er blevet rapporteret andetsteds. Kort fortalt Guanacaste HPV naturhistorie undersøgelse er et populationsbaseret kohorte af 10.049 kvinder rekrutteret over en 18-måneders periode i 1993-1994 og fulgt i syv år. . For kohorte deltagere, cervikale celler var tilgængelige for HPV DNA-test som beskrevet tidligere [11], [12] og buffy coat prøver var tilgængelige for host genpolymorfisme test

Kvinder udvalgt til den genetiske undersøgelse omfattede: ( i) alle kvinder i den kohorte histologisk bekræftet med udbredt eller hændelse CIN3 eller kræft (n = 184); (Ii) alle kvinder i den kohorte med tegn på HPV vedholdenhed, defineret som kvinder er positive for den samme HPV-type på to på hinanden følgende besøg (n = 432) (median længde vedholdenhed: 25 måneder); og (iii) en tilfældig udvælgelse af kontroller fra kohorten (n = 492) [5]. Som tidligere beskrevet [5], vi også medtaget 331 supplerende CIN3 og kræfttilfælde fra Guanacaste der ikke var deltagere i naturhistoriske undersøgelse, men blev uafhængigt diagnosticeret med CIN3 eller kræft i løbet af den samme periode, hvor vores naturlige historie undersøgelse blev gennemført. Vi bemærker, at disse supplerende sager var lidt ældre på grund af den større andel af kræft i forhold til vores kohorte-baserede tilfælde, hvor der var en højere andel af CIN3. Allelfrekvenserne var sammenlignelige mellem vores kohorte og supplerende tilfælde, begrunder kombination af de to grupper for genetiske analyser (5).

Etik Statement

Undersøgelsen blev godkendt af både den amerikanske NCI og Costa Rica Institutional Review Boards og alle emner underskrevet informeret samtykke.

Laboratorie Metoder

DNA ekstraktion.

DNA blev ekstraheret fra buffy coats med Puregene rensning kits /Autopure protokol (Gentra Systems ) på SeraCare (Frederick, MD). For de supplerende tilfælde DNA-ekstraktion blev udført på University of Costa Rica med det samme kit /protokol.

HPV test.

PCR-baseret HPV DNA-test med L1 MY09 /MY11 konsensus primer metoder [11], [13], [14] blev gennemført på cervikale celler, der er gemt i standard transport medier (Qiagen, Germantown, MD) fra den naturlige historie eneste undersøgelse. Fordi cervikale celler ikke blev indhentet fra de supplerende tilfælde, HPV resultater er ikke tilgængelige for disse kvinder. Med henblik på HPV-begrænset analyser, er supplerende præcancer /kræfttilfælde formodes at være HPV-positive på grund af den nuværende viden, at onkogen HPV er en etableret og nødvendig risikofaktor for livmoderhalskræft præcancer /kræft.

Host genotypebestemmelse.

Genotypning af tag SNPs fra 305 kandidatgener /regioner (Gener og SNPs kommenterede i tabel S1) hypotese at være involveret i livmoderhalskræft madskriden eller HPV vedholdenhed blev gennemført på NCI Core Genotypning Facility (Advanced Technology center, Gaithersburg , MD, https://snp500cancer.nci.nih.gov) [15] ved hjælp af en specialdesignet iSelect Infinium assay (Illumina, www.illumina.com). Den Infinium omfattede i alt 27,904 tag SNPs, hvoraf vores kandidatgener /regioner repræsenterede 7,765 SNPs. Tag SNPs for de 305 kandidatgener blev valgt fra designable sæt fælles SNPs (mindre allel frekvens (MAF) 5%) genotypebestemmes i den kaukasiske (CEU) og Yoruban (Yri) befolkning prøve af HapMap Project (Data Frigivelse 20 /fase II, NCBI Build 36,1 samling, dbSNPb126) ved hjælp af softwaren Tagzilla (https://tagzilla.nci.nih.gov/), som gennemfører en tagging algoritme baseret på den parvise binning metode Carlson

et al

. [16]. Fordi der ikke er nogen costaricanske befolkning i HapMap Project til, som vi kunne vælge SNPs, inkluderet vi tagging for Yri i tillæg til CEU befolkningen til at forbedre vores sandsynlighed for at opnå gen dækning i vores befolkning. For hver oprindelige mål gen, SNPs i regionen spænder 20 kb 5 ‘for starten af ​​transskription (exon 1) til 10 kb 3’ i slutningen af ​​det sidste exon blev grupperet ved hjælp af en Binning grænse på r

2 0,8 at definere et gen /region. Når der var flere udskrifter til rådighed for gener, blev kun den primære udskrift vurderes.

Kvalitetskontrol (QC).

Tag SNPs, der mislykkedes fremstillingsvirksomhed (bestilt, men ikke konvertere), mislykkedes valideringen ( ingen forstærkning eller klyngedannelse), og analyser, der havde mindre end 80% færdiggørelse eller 80% af overensstemmelse med de 90 Hapmap CEU prøver anvendes til validering blev udelukket (n = 104). SNPs med lav gennemførelsesprocent ( 90% af prøverne) blev yderligere udelukket (N = 138). SNPs med QC uoverensstemmelse blandt vores 100 QC dubletter og blandt HapMap prøver 98% blev udelukket (n = 383). Vi ekskluderede også prøver med en lav gennemførelsesprocent ( 90%) (N = 7). Hardy-Weinberg ligevægt blev evalueret blandt kontroller. SNP’er viser tegn på afvigelse fra Hardy-Weinberg proportioner (n = 49, p 0,0001) er angivet i tabel S1. Selvom vores QC data ikke tydede på indlysende genotype fejl, og vi fremlægge deres resultater, kan vi konstatere forsigtighed fortolkning af disse udvalgte resultater. Af de 7,765 a priori SNPs blev 7.140 SNPs inkluderet i vores nuværende analyse.

Final analytisk befolkning.

Vi evaluerede i alt 416 kvinder diagnosticeret med CIN3 eller kræft, 356 kvinder med HPV vedvarende infektion, og 425 stikprøvekontrol for hvem valideret genotypebestemmelse resultater blev opnået.

Statistisk Analyse

pathway- og gen /region-baserede analyser.

Vi opnåede pathway- og gen /region-baserede sammendrag af foreninger ved hjælp af den adaptive kombination af p-værdier [17], [18], som kombinerer gen-niveau forening beviser gennem adaptive rang afkortet produkt metode. For at tage højde for flere sammenligninger, vi anvendt den falske opdagelse sats (FDR) metode Benjamini og Hochberg [19]. Pathway-baserede analyser blev udført for DNA reparation gener; de ikke blev gennemført for virusinfektion og celle indrejse gener vælger som kun gener blev målrettet til evaluering og sammen ikke fuldt ud repræsenterer en sti.

SNP-baserede foreninger.

Vi beregnede odds ratio ( OR) og 95% konfidensintervaller (95% CI) for hver genotype med hvert udfald sygdom, ved hjælp af homozygot vildtype (WT) genotype som den referent gruppe. Vi først sammenlignet CIN3 /kræfttilfælde til stikprøvekontrol. Vi vurderet yderligere, om de statistisk signifikante associationer til CIN3 /kræft var konsistente for HPV persistens og /eller sygdomsprogression med følgende respektive sammenligninger: (i) HPV persisters forhold til stikprøvekontrol og (ii) CIN3 /kræfttilfælde sammenlignet med HPV persisters.

Vi har udført både rå og analyser justeret for alder ( 30, 30-49, 50 + år). For hvert resultat, vi beregnet

P

trend baseret på tre niveauer ordinal variabel (0, 1 og 2) af homozygot WT, heterozygot og homozygot variant i en logistisk regressionsmodel. For at vurdere foreninger med HPV vedholdenhed, gennemførte vi også analyser, hvor HPV persistens og kontroller blev begrænset til nogen onkogen-HPV-infektion (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 68 ). Alle logistiske regressionsmodeller var ubetinget og udført ved hjælp af SAS-version 9.1 (SAS Institute, Cary, NC).

Haplotype analyser.

Vi har udført haplotype analyser ved hjælp af to metoder. Først har vi vurderet risikoen for kræft, progression og HPV vedholdenhed forbundet med haplotyper defineret af SNPs inden en glidende vindue af tre loci tværs et gen (HAPLO Stats, version 1.2.1, haplo.score.slide, http: //mayoresearch.mayo .edu /mayo /forskning /schaid_lab /software.cfm) på alle gener. En global score statistik blev brugt til at sammenfatte beviserne for sammenslutningen af ​​sygdom med haplotyperne for hvert vindue. For det andet, vi visualiseret haplotype strukturer for gener, hvor p 0,01 til gen /region-baseret analyse ved hjælp Haploview version 3.11 [20] baseret på målinger af parvis bindingsuligevægt mellem SNPs. For blokke af koblingsuligevægt, vi opnåede yderste periferi og 95% CIs for de underliggende haplotyper under forudsætning af et tilsætningsstof model (haplo.glm, minimum haplotype frekvens 1%). Alle haplotype analyser blev justeret for alder.

Tak

Vi oprigtigt takke Drs. Chris Buck og Patricia Day for deres videnskabelige bidrag i tyder kandidatgener for evaluering med hensyn til deres relevans i HPV binding. Vi er taknemmelige for Sabrina Chen fra Information Management Services, Inc. (IMS) for datahåndtering og programmering support. Vi er taknemmelige for Amy Hutchinson og Belynda Hicks for deres forvaltning af denne genotype indsats på NCI Core Genotypning faciliteten og for deres videnskabelige bidrag til vores forskningsindsats. Resultaterne blev præsenteret i en del på 25

th International Papillomavirus Conference, Malmø, Sverige, maj 2009.

Støtte oplysninger

tabel S1.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s001

(0,83 MB XLS)

tabel S2.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s002

(0,61 MB DOC)

tabel S3.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s003

(0,11 MB DOC)

Tabel S4.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s004

(5.99 MB XLS)

tabel S5.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s005

(0,09 MB DOC)