PLoS ONE: PCaAnalyser: En 2D-billedanalyse Based Modul for effektiv Bestemmelse af prostatakræft Progression i 3D Kultur

Abstrakt

Tre-dimensionel (3D)

in vitro

cellebaserede assays for prostatakræft (PCA) forskning er hurtigt ved at blive det foretrukne alternativ til konventionelle 2D enkeltlagskulturer. 3D analyser mere præcist efterligne mikromiljø fundet

in vivo

, og dermed er velegnet til at evaluere forbindelser og deres egnethed til progression i lægemiddelforskning pipeline. For at opnå den ønskede høje gennemløb nødvendig for de fleste screeningsprogrammer, er automatiseret kvantificering af 3D-kulturer påkrævet. Mod herpå denne papir rapporter om udviklingen af ​​en prototype analyse modul til en automatiseret høj indhold-analyse (HCA) system, som giver mulighed for præcis og hurtig undersøgelse af

in vitro

3D cellekultur modeller for PCa . Java baseret program, som vi har kaldt PCaAnalyser, anvender nye algoritmer, der tillader nøjagtig og hurtig kvantificering af proteinekspression i 3D cellekultur. Som i øjeblikket er konfigureret, kan PCaAnalyser kvantificere en række biologiske parametre, herunder: kerner-count, kerner-sfærisk medlemskab forudsigelse, forskellige funktioner baseret klassificering af perifere og ikke-yderområder til at måle ekspressionen af ​​biomarkører og proteinholdige bestanddele vides at være forbundet med PCa progression, samt definere segregerer cellulært objekter effektivt for en række signal-til-støj-forhold. Desuden PCaAnalyser arkitektur er meget fleksibel, fungerer som enkeltstående uafhængig analyse, såvel som i batch-mode; afgørende for High-Throughput-Screening (HTS). Ved hjælp af PCaAnalyser, nøjagtig og hurtig analyse i en automatiseret high throughput måde er forudsat, og reproducerbar analyse af fordelingen og intensiteten af ​​veletablerede markører associeret med PCa progression i en række metastatiske PCA cellelinier (DU145 og PC3) i en 3D-model viste

Henvisning:. Hoque MT, Windus LCE, Lovitt CJ, Avery VM (2013) PCaAnalyser: En 2D-billedanalyse Based Modul for effektiv Bestemmelse af prostatakræft Progression i 3D kultur. PLoS ONE 8 (11): e79865. doi: 10,1371 /journal.pone.0079865

Redaktør: Gajendra P. S. Raghava, CSIR-Institute of Microbial Technology, Indien

Modtaget: Marts 24, 2013; Accepteret: September 26, 2013; Udgivet: 20. november 2013