PLoS ONE: Fælles Varianter på 9q22.33, 14q13.3, og ATM loci, og risikoen for differentieret kræft i skjoldbruskkirtlen i den franske polynesiske Population

Abstrakt

Baggrund

Fransk Polynesien har en af de højeste forekomst af kræft i skjoldbruskkirtlen i hele verden. Relationer med de atmosfæriske atomprøvesprængninger og andre miljømæssige, biologiske eller adfærdsmæssige faktorer er allerede blevet rapporteret, men genetisk modtagelighed er endnu ikke undersøgt. Vi vurderede bidrag polymorfier ved 9q22.33 og 14q13.3 loci identificeret af GWAS, og inden for DNA-reparation genet

ATM

, at risikoen for differentieret kræft i skjoldbruskkirtlen (DTC) i 177 tilfælde og 275 matchede kontrol fra den indfødte befolkning.

vigtigste resultater

for GWAS SNP rs965513 nær

FOXE1

, en forening blev fundet mellem genotyper G /A og A /A, og risiko af DTC. En multiplikativ virkning allel A blev selv bemærket. En øget risiko blev også observeret i individer, der bærer to lange alleler af poly-alanin ekspansion tarmkanalen i

FOXE1

, mens ingen association blev observeret med rs1867277 henhørende i promotorregionen for genet. I modsætning hertil GWAS SNP rs944289 (

NKX2-1

) viste ingen signifikant sammenhæng. Selvom missense substitution D1853N (rs1801516) i

ATM

var sjældne i befolkningen, bærere af den mindre allel (A) viste også en øget risiko. Relationerne mellem disse fem polymorfier og risikoen for DTC var ikke betinget af kroppens overfladeareal, body mass index, etnicitet eller kosten jod indtag. Dog blev en interaktion ses mellem dosis skjoldbruskkirtlen stråling og rs944289.

Betydningen

Der kunne ikke oprettes en klar sammenhæng mellem den høje forekomst i Fransk Polynesien og de undersøgte polymorfier, der er involveret i modtagelighed for DTC i andre populationer. Vigtig variation i allelfrekvenserne blev observeret i den polynesiske befolkning i forhold til de europæiske befolkninger. For

FOXE1

rs965513, retningen af ​​foreningen og effekten størrelse svarede til, der er observeret i andre populationer, mens der for

ATM

rs1801516 blev den mindre allel forbundet med en øget risiko i polynesiske befolkning og med en nedsat risiko i den europæiske befolkning

Henvisning:. Maillard S, Damiola F, Clero E, Pertesi M, Robinot N, Rachédi F, et al. (2015) Fælles Varianter på 9q22.33, 14q13.3 og

ATM

Loci, og risiko for differentieret kræft i skjoldbruskkirtlen i den franske polynesiske befolkning. PLoS ONE 10 (4): e0123700. doi: 10,1371 /journal.pone.0123700

Academic Redaktør: Dong Zhang, Nanjing Medical University, KINA

Modtaget: April 29, 2014 Accepteret: 6 Marts 2015; Udgivet: April 7, 2015

Copyright: © 2015 Maillard et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering: Denne undersøgelse blev støttet af Agence Nationale pour la Recherche (ANR), Ligue Nationale Contre le Cancer (LNCC), Direction Générale de la santé, Agence Française de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES), CHILDTHYR EØF program, og Fondation de France. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

forekomsten af ​​differentieret kræft i skjoldbruskkirtlen (DTC) i Fransk Polynesien, og især blandt kvinder, er en af ​​de højeste i verden (37,4 pr 100000) [1].

det har været hypotese, at gentagen udsættelse for ioniserende stråling kan spille en vigtig rolle i den særligt høje forekomst af DTC i dette område. Faktisk blev i alt 41 atmosfæriske atomprøvesprængninger udført over Mururoa og Fangataufa atollen, mellem 1966 og 1974Martin 2007. En øget risiko for DTC, overvejende af den papillære type, blev allerede observeret blandt de overlevende fra de to bombninger af Hiroshima og Nagasaki i 1945 [2-5], blandt personer, der udsættes efter Tjernobyl-ulykken [6-9], og også hos patienter behandlet med strålebehandling [10-12]. For at vurdere virkningen af ​​de atomvåben tests nedfald, vi for nylig gennemført en stor populationsbaseret case-kontrol undersøgelse i Fransk Polynesien. Den eksterne og interne bestråling blev vurderet for 602 indfødte polynesiere, alle under 15 år i 1974 [13]. Den gennemsnitlige dosis modtaget skjoldbruskkirtlen var meget lav, men DTC risiko viste sig at stige lidt med det [14].

Men radioaktivt nedfald kunne forklare kun en lille del af den høje forekomst. Andre risikofaktorer såsom en familie historie af kræft i skjoldbruskkirtlen, menstruation og reproduktive faktorer, vægt og body mass index (BMI), legemsoverfladeareal (BSA), kosten jod indtagelse eller kosten forbrug er også blevet undersøgt i samme studie og har vist at modificere risikoen for DTC [15-20]. Genetiske faktorer kan også bidrage til DTC modtagelighed, men de er aldrig blevet vurderet i denne population.

Begge

NKX2-1 Hotel (

NK2 homeobox 1

, også kaldet

TTF1

for

Thyroid Transcription Factor 1

) og

FOXE1 (Forkhead faktor E1

, også kaldet

TTF2

for

Thyroid Transcription Factor 2)

koder skjoldbruskkirtel-specifikke transkriptionsfaktorer. De spiller en afgørende rolle i udviklingen af ​​skjoldbruskkirtlen og deres ekspression er modificeret i skjoldbruskkirteltumorer [21-24]. I 2009 en genom-dækkende forening undersøgelse (GWAS) rapporterede bidrag to SNPs nærheden

NKX2-1

FOXE1

til risikoen for at udvikle DTC i islandske og europæiske befolkninger [25] . Den første SNP, rs944289, ligger 337 kb opstrøms for

NKX2-1

gen og blev beskrevet at øge risikoen for DTC [25-26]. Den anden SNP, rs965513, er beliggende i en intergeniske region, 57 kb opstrøms for

FOXE1

gen. Det er blevet relateret til mange endokrine og metaboliske lidelser [27], at ændringer i koncentrationen af ​​skjoldbruskkirtelhormoner [25], og til en øget risiko for DTC [25-26,28]. Rs965513 er blevet rapporteret som en stærk genetisk faktor for både sporadisk og radio-induceret papillær kræft i skjoldbruskkirtlen (PTC) [29]. Beliggende i 5 utranslaterede område (UTR) af

FOXE1

har SNP rs1867277 blevet rapporteret som en risikofaktor for DTC og er blevet foreslået som den kausale SNP [28,30]. Det er også blevet foreslået, at den mindre allel A kunne modulere en transkriptionel regulering vej af

FOXE1

gen, ved at rekruttere USF1 /USF2 transkriptionsfaktorer [31]. Efterfølgende association mellem poly-alanin ekspansion inden for transskription faktor FOXE1 (rs71369530) blev rapporteret og transkriptionelle analyser har også foreslået en funktionel implikation af denne multi-allel polymorfi. Faktisk Carré et

al

. observerede forskellige aktiviteter og forskellige relationer til risikoen for thyroideaforstyrrelser efter antallet af alanin gentagelser [31]. Denne variabel længde polymorfi blev fundet i stram bindingsuligevægt med rs1867277 og kan være ansvarlig for den stærke association, der ofte observeret mellem

FOXE1

papillær skjoldbruskkirtlen carcinom (PTC) [32].

ATM Hotel (

ataksi-Telangiectasia muterede

) genet er involveret i reparation af DNA dobbelt-streng pauser. Mutationer i dette gen har været relateret til ataksi telangiectasia og andre lidelser, især kendetegnet ved stråling følsomhed og cancer prædisposition [33]. Variationer i dette gen blev rapporteret at spille en rolle i hormon cancere [34-35]. En association mellem missense substitution D1853N (rs1801516) og en reduceret risiko for PTC blev også rapporteret for både sporadisk og stråleinduceret kræft i skjoldbruskkirtlen [36]. For nylig viste vi også, at denne kodning SNP i

ATM

bidrager til risikoen for PTC i belarussiske børn udsat for ioniserende stråling fra atomkraftværket Tjernobyl ulykken [37].

Vi således søgt at undersøge bidraget af genetiske variationer på

NKX2-1

,

FOXE1

ATM

loci på risikoen for DTC i den polynesiske befolkning, som er geografisk isoleret og hvor beboerne blev gentagne gange udsat for ioniserende stråling under atomprøvesprængningerne.

Resultater

genotyper fordeling tilpasset til Hardy-Weinberg ligevægt (HWE) for begge sager og kontroller, for alle de undersøgte SNPs , bortset fra

NKX2-1

SNP rs944289 (tabel 1). Den Minor Allel Frequency (MAF) i tilfælde og i kontroller er også givet for hver SNP i tabel 1.

En 3-fold øget risiko for udvikling DTC blev fundet for fag der bærer A /A genotype for GWAS SNP rs965513 nærheden

FOXE1

, sammenlignet med G /G-genotypen (OR = 3,32, p = 0,02, under co-dominant model) (tabel 2). For

FOXE1

længde polymorfi, en 4-fold øget risiko for udvikling DTC blev observeret for bærere af L /L genotype, sammenlignet med S /S genotype (OR = 4,16, p = 0,04, under co -dominant model). Ingen association blev fundet med den anden foreslåede funktionelle SNP beliggende i promotor-regionen i

FOXE1

(rs1867277), i modsætning rapporteret af andre i andre populationer.

ATM

missense substitution D1853N (rs1801516) var langt sjældnere i den polynesiske befolkning end i de europæiske befolkninger (MAF = 0,02). Ikke desto mindre blev en øget risiko for DTC opdaget for bærere af den mindre allel (A) (OR = 3,13, p = 0,02).

Endelig blev ingen sammenhæng findes i den polynesiske befolkning for GWAS SNP rs944289 nærheden

NKX2-1

i forhold til kontrol, de DTC tilfælde havde en højere BMI (OR = 2,50, 95% CI = 1,66-3,75, p 0,001). og en højere BSA (OR = 2,70, 95% CI = 1,78-4,08, p 0,001). Med hensyn til udsættelse for atomprøvesprængninger, har tilfælde ikke modtage skjoldbruskkirtlen strålingsdosis højere end 2,0 mGy før de fylder 15 oftere end kontroller (OR = 1,24, 95% CI = 0,71-2,17, p = 0,4). Forholdet mellem de fem testede polymorfier og risikoen for DTC var ikke betinget af BMI, BSA, etnisk oprindelse eller via kosten jod indtagelse (tabel 3). Trods det lille antal undersøgte emner blev en signifikant interaktion ses mellem dosis og skjoldbruskkirtel stråling

NKX2-1

rs944289 når man overvejer T /T-genotypen (p = 0,04). Derfor blandt forsøgspersoner, der fik to mGy eller mindre til skjoldbruskkirtlen under atomprøvesprængninger, er risikoen for DTC var ens hos patienter med T /T-genotype til andre (OR = 0,99, 95% CI 0,52-1,88), mens blandt patienter, som fik mere end 2 mGy, fag med T /T-genotype havde en langt højere risiko end andre (OR = 6,13, 95% CI 1,21 til 31,3). Ligeledes en skjoldbruskkirtlen strålingsdosis 2mGy havde ingen signifikant effekt på patienter med C /C eller C /T-genotypen (OR = 1,12, 95% CI 0,63-2,00), men var forbundet med en øget risiko i T /T homozygote patienter (OR = 6,94, 95% CI 1,31 til 37,0).

diskussion

i det nuværende arbejde, vurderede vi forholdet mellem fem formodede eller anerkendt genetiske modtagelighed markører for DTC i Fransk Polynesien, hvor kræft i skjoldbruskkirtlen forekomst er blandt de højeste i verden [1]. Til vores viden, det var første gang, at en sådan undersøgelse af genetisk modtagelighed for kræft blev foretaget i populationen af ​​denne franske oversøiske territorium, som er unik navnlig som følge af gentagen eksponering for atomprøvesprængninger og en relativ geografisk isolation.

på grund af sin meget lave MAF i kontrol (2%), kraften i vores undersøgelse til dokumentation en sammenhæng mellem

ATM

SNP rs1801516, og DTC kunne nå 80% kun en OR på 3,5 eller højere. For de øvrige testede SNPs, MAF i kontroller var omkring 20% ​​(interval 15% til 27%, tabel 1), og vores undersøgelse havde en effekt på 80% for dokumenterer en forening, hvis OR er omkring 1,7. Derfor vores undersøgelse havde en tilstrækkelig effekt (80%) for dokumenterer gen-miljø interaktioner kun for en faktor på omkring 3 eller højere, i den bedste situation (miljøfaktor frekvens = 50%, vigtigste eller for miljømæssige faktor = 2, MAF = 20%, hoved- eller pr mindre allel = 1,5).

foreningen vi observeret mellem

FOXE1

eller

ATM

og DTC risiko i den polynesiske befolkning er ikke overraskende i betragtning, at vi fokuseret på polymorfier, der tidligere var blevet fundet at være forbundet med DTC i andres befolkninger i flere undersøgelser. Ikke desto mindre kan vi ikke udelukke muligheden for falske positive resultater. Faktisk er de p-værdierne for vores positive resultater varierede fra 0,01 til 0,04, og ikke forblive signifikant, når der korrigeres for multipel (n = 5) forsøg med Bonferoni korrektion. Desværre kunne vores resultater ikke sammenlignes med andre, der er opnået i genetisk lignende populationer, fordi vores viden SNPs undersøgte vi ikke var blevet hidtil behandlet i DTC i andre pacific øer befolkninger.

Interessant, vi ikke gentage foreningen med GWAS SNP rs944289 på

NKX2-1

locus på kromosom 14q13.3, som rapporteret af andre i islandske og europæiske befolkninger, men der blev observeret en signifikant interaktion mellem dosis skjoldbruskkirtlen stråling før en alder af 15 og homozygoter for dette polymorfi (p = 0,04). Imidlertid bør det bemærkes, at fordelingen af ​​rs944289 genotyper afveg fra HWE i begge tilfælde og kontrolgrupper. Derfor bør dette resultat på samspil fortolkes med forsigtighed. Afvigelser fra HWE kan pege på enten en sampling bias, stavefejl af genotyper, eller falske gen foreninger på grund af befolkningens lagdeling. Vi udelukket en teknisk genotype problem, fordi den samme HRM sonde og protokol blev anvendt i andre undersøgelser på forskellige befolkninger og Hwe andele blev respekteret i dem ([37], LESUEUR

et al

., Upublicerede data). Desuden har vi re-sekventeret en delmængde af de polynesiske prøver for at bekræfte genotyper. En anden mulig forklaring kunne være en bias på grund af den ringe kvalitet af nogle DNA-prøver. Ja, i vores undersøgelse blev 68% af DNA-prøverne fremstillet fra kindpodning børster og 32% fra Oragene kits. DNA-prøver fremstillet fra Oragene kits er normalt mindre nedbrudt end dem fremstillet ud fra kindpodning børster. Vi dermed re-analyseret SNP rs944289 overvejer kun personer med DNA-prøver fremstillet fra Oragene kits. I denne undergruppe bestående af 145 personer, genotypen fordeling tilpasset til HWE.

Vi kunne også hypotesen, at afvigelse fra HWE kommer fra eksistensen af ​​undergrupper i polynesiske befolkning, med høje homogamy og indavl. Faktisk, Fransk Polynesien består 118 hovedøer, hvoraf 76 er beboede. På trods af den seneste forbedring af flyselskaber, franske polynesiere forbliver relativt isoleret fra hinanden, og en bestemt strukturering af befolkningen ikke kunne udelukkes, med formodede genetiske konsekvenser. Men denne afvigelse ikke observeret med de andre fire undersøgte polymorfismer.

Blandt alle de succes genotypede deltagerne i undersøgelsen, vi observerede MAFs svarende til 0,32 for tilfælde og 0,27 for kontrol for SNP rs944289. I forhold til den rapporterede i NCBI dbSNP database frekvens (MAF

NCBI = 0,43), og til dem, rapporteret i andre undersøgelser [25-26], frekvensen i polynesiske individer var klart lavere.

Skjoldbruskkirtlen specifikke transkriptionsfaktor FOXE1 spiller en stor rolle i morfogenese af skjoldbruskkirtlen og i reguleringen af ​​skjoldbruskkirtlen differentieret tilstand vedligeholdelse [22,38]. DNA-sekvens variationer inden for

FOXE1

gen er gentagne gange blevet associeret med modtagelighed for DTC, men disse variationer har været hidtil for det meste undersøgt i islandske, europæiske og japanske befolkning. I den polynesiske befolkning, MAF af GWAS SNP rs965513 (0,21) var ens i kontrol til den observerede MAF i europæiske befolkning [27], der er mellemliggende til MAF observeret i den islandske befolkning (MAF = 0,34) [26] og MAF observeret i den japanske befolkning (MAF = 0,057) [27]. I Fransk Polynesien, A /A genotypen var også forbundet med en betydelig overskydende risiko for udvikling af DTC og størrelsen virkningen af ​​denne SNP svarede til hvad der blev observeret andre steder, hvilket bekræfter, at rs965513 repræsenterer en robust modtagelighed markør for DTC.

polymorfi rs71369530 længde skyldes en udvidelse af en poly-alanin stretch i FOXE1 protein med konsekvenser for dens aktivitet [31-32]. Selvom hyppigheden af ​​korte alleler (S) i tilfælde svarede til den fundet i franske sager ved Carré

et al

frekvens. (0,17 vs. 0,20), MAF i kontroller var næsten den halve af MAF findes i de franske kontrol af den samme undersøgelse (0,15 vs. 0,35) [31]. I den polynesiske befolkning, fandt vi en meget forøget DTC risiko forbundet med L /L genotype. Ingen signifikant interaktion med andre DTC risikofaktorer blev etableret her. Da de intergeniske GWAS SNP rs965513, de længde polymorfi rs71369530 inden

FOXE1

repræsenterer en modtagelighed markør for DTC og styrker hypotesen om, at

FOXE1

er DTC modtagelighed gen på locus 9q22.33.

SNP rs1867277 i 5’UTR i

FOXE1

er også blevet foreslået som den kausale SNP involveret i modtageligheden for DTC, fordi det er blevet relateret til en modulation af den transkriptionelle regulering af genet [28,30]. Interessant i vores undersøgelse blev ingen sammenhæng med DTC fundet. Dette resultat er ganske vigtigt, fordi det sætter fokus på værdien af ​​at gennemføre associationsstudier i forskellige populationer, når du udfører fin-mapping til at identificere kausale varianter. Ja, i de tidligere offentliggjorte undersøgelser, rs1867277 og rs71369530 syntes at være stærkt korreleret, og det var vanskeligt at udrede inddragelsen af ​​de respektive polymorfier. I den polynesiske befolkning, de to polymorfier var tydeligvis ikke er i stærk koblingsuligevægt. I Fransk Polynesien, MAF af rs1867277 var specifik for den polynesiske befolkning (0,19 i kontroller versus 0,39 hos europæerne [28], og 0,40 i spanske kontrol [30]).

Som for

NKX2-1

rs944289 og

FOXE1

rs1867277, MAF af

ATM D1853N

(rs1801516) afveg ganske meget fra MAF observeret i andre populationer (MAF

kaukasiere = 0,19 og MAF

polynesiere = 0,02). Uanset, var den mindre allel (A) signifikant associeret med en øget risiko for DTC blandt polynesiere forsøgspersoner (OR = 3,13, 95% CI = 1,17-8,31). Dette resultat var spændende, da en moderat fald i risikoen forbundet med A-allelen (OR = 0,69, 95% CI = 0,45-0,86, p-værdi = 0,03 i 255 Tjernobyl stråling-induceret eller sporadiske PTC tilfælde og 596 kontroller, alle fra kaukasisk oprindelse [36], samt i en case-kontrol undersøgelse samplet fra børn, der bor i området forurenet med nedfald fra Tjernobyl ulykken [37]. effekten af ​​rs1801516 og dens rolle i modulering af ioniserende stråling effekt har længe været debatteret, og resultaterne er stadig modstridende. en sammenslutning af den mindre allel (a) blev fundet med radio-følsomhed i brystkræftpatienter [39], og dette resultat blev understøttet af en undersøgelse, der viser en øget radio-følsomhed humane fibroblaster transporterer allel a [40]. derimod blev en beskyttende rolle allel a findes på de negative bivirkninger af strålebehandling [41].

Som konklusion bekræftede vi bidraget fra

FOXE1

og

ATM

gener i ætiologien af ​​DTC i Fransk Polynesien. Relevansen af ​​de intergeniske SNP rs965513 på kromosom 9q22.33 og poly-alanin tarmkanalen polymorfi rs71369530 i

FOXE1

så robuste modtagelighed markører for DTC blev dokumenteret i nærværende undersøgelse. Rolle missense substitution D1853N i DNA-reparation genet

ATM

i befolkningen udsat for stråling er stadig under debat, da resultater i den polynesiske befolkning er ikke i overensstemmelse med de tidligere beskrevne sammenhænge mellem

ATM

kodende SNP og en reduceret risiko for DTC.

Selvom den undersøgte polynesiske befolkning viste nogle genetiske særegenheder, hvad angår allel frekvens, forening eller interaktion, vi ikke fundet nogen større genetisk faktor kan forklare den høje forekomst observeret i området. Tidligere undersøgelser i denne population rapporterede den vigtige rolle, menneskelignende, miljømæssige og adfærdsmæssige faktorer som risikofaktorer for DTC. Alle disse resultater antyder en kumulativ virkning. Desuden har vi hypotesen, at nogle af disse risikofaktorer kan interagere, i den observerede mellem dosis skjoldbruskkirtlen stråling og

ATM

missense substitution D1853N måde. Endelig kan man ikke udelukke, at anden sekvens DNA variation som kan forekomme epigenetiske ændringer efter udsættelse for nogle miljøfaktorer såsom ioniserende stråling, der kan føre til udvikling af DTC.

Fag, Materiale og metoder

undersøgelse befolkning

undersøgelsen blev udført på en undergruppe af fag fra et populationsbaseret case-kontrol undersøgelse udført i Fransk Polynesien for at vurdere risikofaktorer for DTC potentielt involveret i denne population [18].

skriftligt informeret samtykke blev opnået fra alle deltagere. Undersøgelsen blev udført med den skriftlige aftale af Etisk udvalg af Fransk Polynesien og den franske “Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés” (CNIL), der tidligere havde godkendt kontakten procedure og samtykkeerklæringen, og omfattede muligheden til at kontakte deres læge. Alle deltagerne var stor ( = 18y) på tidspunktet for interviewet. Alle dokumenter, herunder samtykke formularer og spørgeskemaer, er bevaret i et sikret skab i lokaler 1018-INSERM Unit U1018.

Seks hundrede og to fag deltager i den indledende case-control undersøgelse (karakteristik af deltagere var detaljeret i Clero

et al

, 2012 [18], og opsummeret i tabel 4). Alle forsøgspersoner blev født i og beboere i Fransk Polynesien. Sager blev diagnosticeret for thyreoideakarcinom mellem 1979 og 2004. Blandt dem, 177 præsenterede histologi af papillær thyreoideakarcinom og 52 i histologi af follikulært skjoldbruskkirtlen carcinom. Controls var raske personer, der er udvalgt fra den indfødte befolkning og matches med sager, ifølge fødselsdato og køn. Udvælgelsen af ​​kontrollen var direkte udført fra registreringsdatabasen af ​​fødsler, der dækker hele landet. Den fuldstændighed var muligt på grund af den lille størrelse af den lokale befolkning (264 736 indbyggere i 2007). Det tilladt os at kontakte næsten alle potentielle kontroller, selv blot med navn, dato eller bopæl. Fem hundrede og tyve deltagere havde to forældre til polynesisk oprindelse og 82 af dem havde en polynesisk forælder og én ikke-polynesisk forælder (

jeg

.

e

. Af asiatisk, europæisk eller anden etnisk oprindelse ).

Alle undersøgelsens deltagere blev interviewet. Epidemiologiske og antropologisk oplysninger blev indsamlet, herunder højde, vægt, etnisk oprindelse forældre, og kostvaner. En detaljeret vurdering af strålingsdoser modtaget på forskellige aldre under atmosfæriske atomprøvesprængninger er blevet udført [13], på grundlag af de radioaktive nedfald data offentliggjort af Frankrig i slutningen af ​​hvert år af tests, om

131I og

137Cs tæller i frisk mælk og af den samlede g-aktivitet og

137Cs i grøntsager og fisk, og på meteorologiske data 21 dage før og syv dage efter hver test. Estimering af vandstanden i cisterner før hver test blev størrelsen af ​​cisterner og oplysninger om vind og regn også brugt. For hver undersøgelse deltager, den totale dosis skjoldbruskkirtel var summen af ​​skjoldbruskkirtlen doser rekonstrueret for hver test, idet der tages hensyn alder, kilde til drikkevand og data indsamlet i kosten spørgeskema. Den individuelle forbrug af hvert levnedsmiddel ved en given alder blev udledt fra oplysninger om forbrug i barndommen opnået i interviewet, hjælp aldersspecifikke skaleringsfaktorer. genopbygning Dosis blev gennemført uden kendskab til sagen eller kontrol status af emnet.

Fire hundrede og halvtreds to deltagere (177 tilfælde og 275 kontroller) gav deres samtykke til biologiske prøver og genetiske analyser. For 307 af dem blev buccale celler udtaget ved hjælp Epicentre Bioteknologi MasterAmp kindpodning børster (Madison, WI, USA), og for de 145 andre blev en spytprøve indsamlet ved hjælp af en DNA Genotek Oragene DNA samling kit (Ottawa, Canada). Genomisk DNA (gDNA) blev ekstraheret fra disse prøver med et Qiagen Autopure LS (Courtaboeuf. Frankrig). Den gDNA blev derefter kvantificeret med Life Technologies Picogreen (Saint-Aubin, Frankrig).

Genotypning

For SNP rs965516 og rs1867277, 10 ng gDNA blev analyseret ved hjælp af en specifik TaqMan Pre-designede SNP Genotypebestemmelse assay (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Fluorescens aflæsninger og data blev udført med ABI PRISM 7900HT Sequence detection system. For rs944289 og rs1801516 blev 25 ng gDNA analyseret ved hjælp af High-Resolution Melting kurve (HRM), med en specifik probe. Nogle repræsentative prøver blev re-sekventeret ved farvestof-terminator for at bekræfte genotypen [42]. Fluorescens aflæsninger og data analyser blev udført med Idaho Technology LightScanner Inc. Hi-Res Melting System.

Længden polymorfi rs71369530 i

FOXE1

skyldes et variabelt antal alanin gentagelser. Tredive nanogram gDNA blev amplificeret ved PCR med fluorescens endemærkede fremad primere (5′-6-FAM eller 5′-HEX), ved hjælp af KAPA 2G Fast HotStart Readymix (KAPA Biosystems, Woburn, MA, USA) i en 10 pi -final reaktionsvolumen (0,5 mM MgCl

2, 5% DMSO, 0,25 pM primere). Den fluorescens-mærkede PCR-produkt blev læsset på et ABI 3730 kapillar sequencer og analyseret som en variabel længde fragment polymorfi hjælp GenScan størrelse standard ROX-500 som interne standarder størrelse. Data blev indsamlet og visualiseret med Genotyper Software v3.7. For at bestemme antallet af gentagelser, der svarer til hver allel identificeret i genotypebestemmelsesassay, PCR-produkterne fra 6 homozygote personer var Sanger sekventeret.

Sekvenserne for alle PCR-primere, HRM prober, TaqMan prober og alle PCR betingelser er tilgængelige fra forfatterne på forespørgsel.

andelen af ​​held genotypede DNA-prøver var 95,1% for rs944289 (nær

NKX2-1

), 90,3% for rs965513 (nær

FOXE1

), 79,4% for rs1867277 (5’UTR af

FOXE1

), 93,6% for rs71369530 (poly-alanin ekspansion i

FOXE1

) og 98,5% for rs1801516 (

ATM

), hhv. Rå genotype data er tilgængelige i S1 tabel.

statistiske analyser

Selv om denne case-kontrol undersøgelse blev matchet én, idet hvert enkelt tilfælde tilpasset 1 til 2 kontrol af alder og køn, var vi ikke stand til at bruge betinget regressionsanalyse fordi DNA ikke var indsamles for alle cases og kontroller, og det ville føre til en fjerne flere lag på grund af DNA mangler enten til sagen eller for hvert af kontrollerne. Sammenhængen mellem disse fem polymorfier og risikoen for DTC blev vurderet ved hjælp af flere logistiske regressioner, stratificeret efter alder og køn, og under forudsætning af samlet dominerende, dominerende, og recessive genetiske modeller af arv [43-44]. Rå analyser og analyser justeret for BMI, BSA, etnicitet, og strålingsdosis blev udført. Tests for interaktion blev udført for at bestemme, om de formodede sammenslutninger af SNPs med risikoen for at udvikle DTC blev ændret af parametre som BSA, BMI, etnicitet, strålingsdosis, og kosten jod indtag [43]. Alle statistiske analyser blev udført med SAS-software version 9.3 (SAS Institute Inc., NC, USA).

Aldersfordeling af undersøgelsens deltagere, på tidspunktet for kræft i skjoldbruskkirtlen diagnose eller tilsvarende alder for kontrol, blev varierede fra 10 til 62 og var opdelt i syv homogene klasser, som derefter blev brugt sammen med køn at stratificere de tilfælde og kontroller for statistiske analyser. To grupper blev designet til etnisk oprindelse: de personer med to polynesiske forældre og andre. For BMI, BSA, og kosten jod indtag, medianerne af fordelingerne blandt de kvindelige genotype kontroller (25,7 kg /m

2, 1,8 m

2, 132,2 mg /dag) og medianerne af fordelinger blandt de mandlige genotype kontroller (30,1 kg /m

2, 2,1 m

2, 146,9 mg /dag) blev anvendt som grænser til at skabe to grupper blandt deltagerne i vores undersøgelse. Endelig blev de personer også inddeles i to sæt til den stråledosis modtaget skjoldbruskkirtlen før en alder af 15, efter om dosen var under eller over medianen dosis estimeres blandt de genotypede kontroller (0,37 mGy).

genotypefrekvenser og Minor allelfrekvenserne (MAFs) blev beregnet i tilfælde og i kontrol. De blev derefter evalueret for afgang fra Hardy-Weinberg ligevægt ved anvendelse af en χ

2 test (se tabel 1). G /G genotype for rs965513, rs1867277, og rs1801516, og C /C genotype for rs944289 blev anset fædrene, fordi de var de hyppigste genotyper i den polynesiske befolkning. For

FOXE1

poly-alanin stretch polymorfi, blev de forskellige allele størrelser kodet i to kategorier: korte og lange alleler. De korte alleler (s) included allelerne koder for en strækning på 12-14 alaniner, mens de lange alleler (L) omfattede de alleler, der koder for en strækning af 16-19 alaniner (tabel 5). Fordi de korte alleler var mere almindelig i den undersøgte population, S /S genotypen var udvalgt til at være referencen mønster.

Støtte Information

S1 Table. Genotypebestemmelse data opnået for de 5 testede polymorfier

doi:. 10,1371 /journal.pone.0123700.s001

(XLSX)

anerkendelser

Forfatterne takker John Paoaafaite og Joseph Teuri , der kontaktede og interviewede sager og kontroller for undersøgelsen. Endelig har de også takke P. Morales, J. Iltis, P. Giraud, P. Didiergeorge, M. Brisard, G. Soubiran, B. Caillou, P. Dupire, J. Ienfa, G. de Clermont, N. Cerf, B. Oddo, M. Bambridge, C. Baron, A. Mouchard-Rachet, O. Simonet, D. Lamarque, J. Vabret, J. Delacre, MP Darquier, og J. Leninger, for deres hjælp i samlingen af ​​tilfældene eller afholdelse af case-kontrol undersøgelse.