Abstrakt
Baggrund
Den ændrede sammensætning af immun celler i perifert blod er blevet rapporteret at være associeret med cancer patientoverlevelse. Imidlertid er analyse af sammensætningen af perifere immunceller ofte begrænset i retrospektive overlevelsesstudier anvender indsamlede blodprøver med langvarig opfølgning, fordi anvendelsen af flowcytometri, når sådanne enheder er problematisk. Formålet med denne undersøgelse var at demonstrere muligheden for deconvolving blod-baserede genekspressionsprofiler (GEPs) at estimere andelen af immunceller og bestemme deres prognostiske værdi for kræftpatienter.
Metoder og Resultater
Her hjælp GEPs fra mononukleære celler fra perifert blod (PBMC) af 108 ikke-småcellet lungekræft (NSCLC) patienter, vi udfoldede immuncellen proportioner og analyseret deres tilknytning til patientens overlevelse. Univariate Kaplan-Meier-analyse viste, at en lille andel af T-celler var signifikant forbundet med dårlig patientoverlevelse, som var andelen af T-hjælperceller; dog kun den del af T-celler var uafhængigt prognostiske for patienter med en multivariat Cox regressionsanalyse (hazard ratio = 2,23; 95% CI, 1,01-4,92;
s
= 0,048). I betragtning af at ændrede blod kompositioner perifere kan afspejle ændrede immunreaktioner i tumor mikromiljø, baseret på en vævsbaserede GEPs af NSCLC patienter, viste vi en signifikant sammenhæng mellem dårlig patient overlevelse og det lave niveau af antigen præsentation, som spiller en afgørende rolle i T-celle proliferation.
konklusioner
Disse resultater viser, at det er muligt at deconvolve GEPs fra opsparede blodprøver for retrospektiv overlevelse analyse af ændringer af immun celle sammensætning, og foreslå andelen af T-celler i PBMC som kunne afspejle antigenpræsentation niveau inden for tumormikromiljøet kan være en prognostisk markør for NSCLC-patienter
Henvisning:. Qi L, Li B, Dong Y, Xu H, Chen L, Wang H et al. (2014) Dekonvolution af Gene Expression Profiler af Værdifulde opsparede blodprøver til undersøgelse af Prognostiske Værdier for Altered Perifere Immune Cell proportioner i kræftpatienter. PLoS ONE 9 (6): e100934. doi: 10,1371 /journal.pone.0100934
Redaktør: Sharon A. Glynn, National University of Ireland Galway, Irland
Modtaget: Januar 27, 2014 Accepteret: 1 juni 2014; Udgivet: 24 Juni 2014
Copyright: © 2014 Qi et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres
Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af National Natural Science Foundation of China (Grant nr. 91.029.717, 81.071.646, 81.372.213 og 81.201.822), og forskningsfonden for ph.d.-programmet for videregående uddannelse i Kina (Grant nr 20112307110011). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser
Introduktion
immunresponser på tumorceller i tumormikromiljøet spille kritiske roller i bestemmelse af tumorprogression [1], [2]. En bedre forståelse af disse immunreaktioner kan afsløre immunrelaterede markører, der kan anvendes til at lagdele cancerpatienter med forskellige risici for tilbagefald eller død [3], [4]. For eksempel er høje tætheder af tumor-infiltrerende lymfocytter og dendritiske celler i forbindelse med forlænget overlevelse i en række forskellige maligniteter, herunder ikke-småcellet lungekræft (NSCLC) [5], [6], [7], colorectal cancer [8 ], [9], og ovariecancer [10], [11]; tilskrives deres grundlæggende roller i anti-tumor-immunitet. Det vides, at immunceller reagerer dynamisk på variationer i tumor mikromiljø [12], [13], således løbende overvågning af disse varierende immunreaktioner kan fremme forebyggelse af kræft tilbagefald eller forværring ved at muliggøre behandling protokoller, der skal moduleres i tide. Imidlertid kan immunrelaterede markører i tumormikromiljøet først vurderes én gang, på tidspunktet for kirurgisk resektion for operable tilfælde. For at overvinde manglen af tumorvæv analyse, kunne den prognostiske værdi af ændringer af Immuncellesammensætning i det perifere blod undersøges; ændringer i immunsystemet celle sammensætning afspejler den komplicerede immunstatus i tumor mikromiljø [14], [15], [16] og vil fortsat være målbar efter kirurgisk resektion. Faktisk har mange undersøgelser vist, at ændrede sammensætninger af perifere immunceller, såsom lymfocyt andel, neutrofil andel, og neutrofil-til-lymfocyt-forhold i det perifere blod, er potentielle markører for overlevelse i kræftpatienter, herunder dem med NSCLC [17 ], [18], kolorektal cancer [19] og tidlig mavekræft [20].
for at identificere potentielle prognostiske markører, er retrospektive studier udbredt [21], [22], [23], fordi den lange -term opfølgning af kræftpatienter er temmelig dyrt og tidskrævende [24]. Potentielle prognostiske markører er normalt valideret med prospektive studier for klinisk anvendelse [25]. Væv eller blodprøver typisk akkumuleres på en langsigtet basis, indtil der er klare mål for undersøgelsen. For eksempel, når nyere undersøgelser tyder på, at ændringer i genekspression eller epigenetiske kan bære information, der er prædiktive for patientresultater, tidligere væv eller blod opsparede prøver med langsigtet opfølgning kan bruges til microarray analyse at udforske prognostiske gen eller methylering paneler [16], [26], [27]. Det er imidlertid problematisk at måle andelene af immunceller i sådanne langsigtede indsamlede blodprøver ved flowcytometri som rutinemæssigt anvendes for friske blodprøver [28], fordi de specifikke overfladeproteiner af immunceller kan være ustabil under langsigtet kryopræservering [29]. Derfor skal andre metoder for evaluering af proportioner af forskellige immunceller i sådanne værdifulde akkumulerede blodprøver undersøges for retrospektiv overlevelse analyse.
Flere grupper har for nylig foreslået udfoldning metoder til at estimere andelen af immunceller i perifert blod baserede på genekspressionsprofiler og markør gener, som specifikt udtrykkes i immunceller [30], [31]. Proportionerne skal foretages af Det udfoldning metoder er stærkt korreleret med de faktiske proportioner i heterozygote blodprøver. For eksempel deconvolution metode foreslået af Gaujoux et al. er tidligere blevet valideret på et mikroarray datasæt af heterogene prøver med kendte forhold mellem de fire celletyper (Jurkat, IM-9, Raji, THP-1) [31]. Det blev konstateret, at den gennemsnitlige absolutte forskel og Pearson korrelationskoefficient mellem de faktiske og skønnede andele var 0,05 og 0,91, henholdsvis. Fordelagtigt genekspression i mRNA fra perifert fuldblod eller mononukleære celler fra perifert blod (PBMC) er relativt stabilt under kryokonservering betingelser, fordi lave temperaturer inhiberer RNA-nedbrydning [32], hvilket gør dekonvolution, der anvendes i krænges blodprøver til retrospektiv overlevelse analyse. Udfoldning metoder er blevet anvendt til studiet af nogle immune sygdomme, såsom systemisk lupus erythematosus [30], men ikke til nogen kræftforskning.
I denne undersøgelse anvendte vi PBMC genekspressionsprofiler af 108 NSCLC-patienter at demonstrere muligheden for en udfoldning metode til at studere den prognostiske værdi af ændret sammensætning perifert blod hos kræftpatienter med opsparede blodprøver. Først, vi evaluerede proportioner forskellige immunceller ved hjælp af en deconvolution metode og fundet, at andelen af T-celler var en uafhængig prognostisk markør for NSCLC patienter ved en multivariat Cox regressionsanalyse, efter justering for de andre potentielle prognostiske faktorer, der var betydelig i univariat analyse. Vi opnåede derefter en foreløbig dokumentation for den antagelse, at det lave niveau af antigenpræsentation i tumormikromiljøet kan være en væsentlig årsag til den reducerede T-celle andel i det perifere blod ved at demonstrere en konsistent sammenhæng mellem det lave niveau af antigen præsentation og dårlig patient udfald.
Materialer og metoder
Microarray data
datasæt af genekspression profiler taget pre-kirurgi fra PBMC af 108 NSCLC patienter med overlevelse oplysninger hentet fra NCBI Gene Expression Omnibus (GEO, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/; serie tiltrædelse nummer GSE13255) [33]. Datasættet blev genereret af Genome Illumina menneske-6 v2.0 udtryk beadchip; arrayene i datasættet var fraktilen normaliseret, og baggrunden blev trukket fra udtrykket værdier, som tidligere beskrevet [34]. De probesæt blev kommenteret under anvendelse af GPL6102 datafil. Probe sæt, der matchede ingen gen-id og dem, der matchede flere gen-id’er blev slettet. For hver prøve blev ekspressionsprodukterne intensiteter af probesæt som matcher det samme gen ID gennemsnit som udtryk intensitet af dette gen ID. De kliniske karakteristika for patienter blev opsummeret i tabel 1. Som det er blevet foreslået, at NSCLC patienter er stort set ufølsom over for adjuverende kemoterapi [35], [36], blev alle patienterne behandlet samlet for den følgende analyse.
En væv-baserede genekspression datasæt af NSCLC (GSE11969) med omfattende kliniske karakteristika blev udvalgt til at studere sammenhængen mellem antigenet præsentationen niveauet i tumorvæv og patient overlevelse. De anvendes til at generere og normalisere datasættet metoder blev beskrevet tidligere [37]. Tabel S1 samlet de kliniske karakteristika for patienterne i vævet baserede datasæt.
Evaluering andelene af immunceller i PBMC
Baseret på PBMC genekspressionsprofiler af de 108 NSCLC-patienter og markørgener specifikt udtrykkes på B-lymfocytter, T-lymfocytter, naturlige dræberceller (NK) lymfocytter, dendritiske celler (DC’er) og monocytter (eksklusive monocytafledte DC’er) dokumenteret i immunresponset in silico (IRIS) database [38], vurderet, Forholdet mellem de fem immunceller, som tilsammen udgør 100% af PBMC, ved anvendelse af en modificeret semi-overvåget nonnegative matrix faktorisering metode til genekspression udfoldning [31]. Salg
algoritmen antager, at udtrykket intensiteten af et gen i en prøve kan modelleres som en lineær kombination af udtrykket intensiteter af dette gen i alle celletyper, der omfatter, at prøven. Kort fortalt udtrykket intensiteten af
jeg
th gen i
j
th prøve er summen af den
jeg
th genekspression intensiteter i alle
r
celletyper til stede i prøven: (1), hvor
w
det
er udtryk intensiteten af
jeg
th gen i
t
th celle type og
h
tj
er den andel af
t
th celletype i
j
th prøve;
ε
ij
er en tilfældig fejl.
I betragtning en ikke-negativ global genekspression matrix
X
af
n
gener i
s
prøver sigter ssKL algoritme til at finde en omtrentlig matrix nedbrydning ligning: (2) hvor
W
er
n
×
r
matrix repræsenterer genekspression profiler af alle
r
celletyper og
H
er
r
×
s
matrix, som repræsenterer andelen profiler af alle de
r
celletyper i heterogene prøver.
Ligeledes vi estimeret proportioner forskellige immunceller i PBMC baseret på markør-gener af immunceller karakteriseret ved HaemAtlas [39], som klassificerer T-celler i T-hjælper lymfocytter (Th) og cytotoksiske T-lymfocytter (CTL) og omfatter også B-celler, NK-celler og monocytter (herunder DC’er og andre monocytter) ved hjælp af dekonvolution metode.
Alle beregninger blev udført ved anvendelse af CellMix pakke i R 2,15 0,3 software [40].
Survival analyse
Samlet overlevelse (OS) blev defineret som tiden fra datoen for første kirurgisk resektion til datoen for død eller sidste kontakt (censureret). For PBMC datasæt, vi klassificeret patienterne i to grupper (Lav vs High) baseret på medianen andel af hver immun celle blandt alle prøver. OS blev estimeret ved en univariat analyse under anvendelse af Kaplan-Meier-metoden, og OS forskel mellem grupperne blev bestemt ved anvendelse af log-rank test [41]. Foreningerne mellem kliniske faktorer og OS blev også analyseret ved hjælp af den univariate Kaplan-Meier analyse; de undersøgte faktorer omfattede histologisk undertype (adenokarcinom vs. planocellulært karcinom), køn (mand vs. kvinde), tumor stadie (II-III vs. I), alder (≥68 år vs. 68), Race (kaukasisk vs . African American), rygning status (tidligere vs. øjeblikket), adjuverende kemoterapi (ja vs. nej), og KOL status (stede vs. fraværende). For de prognostiske faktorer, som blev anset for at være af betydning i den univariate analyse blev multivariat Cox regressionsanalyse [42] udføres for at bestemme de uafhængige prognostiske faktorer. Signifikans blev defineret som en
s Drømmeholdet værdi. 0,05
Tilsvarende for vævet baserede datasæt, vi brugte den univariate Kaplan-Meier analyse og multivariat Cox regressionsanalyse at vurdere sammenhængen mellem OS og antigenpræsentation niveau (lav vs. høj) samt kliniske faktorer, herunder tumor fase (II-III vs. i), alder (≥62 år vs. 62 år), histologisk subtype (adenocarcinom vs. squamous cellecarcinom vs. storcellet carcinom) og køn (mand vs. kvinde). Den antigenpræsentation niveau i tumormikromiljøet blev karakteriseret ved ekspressionen intensiteter af større histokompatibilitetskompleks (
MHC Salg) gener gennem hvilke DC’er frembyder tumorantigenet til T-cellereceptorer [43]. Vi stratificeret patienterne i to grupper (Lav vs High) baseret på udtrykket intensiteter af
MHC
gener ved hjælp af K-midler clustering algoritme med euklidisk afstand mellem to prøver, der blev beregnet som følger: (3 ) hvor
m
er antallet af
MHC
gener;
e
gu
e
gv
er udtrykket intensiteter af
g
th gen i
u
th og
v
th prøver henholdsvis.
Resultater
associering mellem andelen af immunceller i PBMC og OS
først baseret på markørgener specifikt udtrykt på B-celler, T-celler, NK-celler, DC’er og monocytter dokumenteret i IRIS-databasen, vedtog vi den modificerede semi-overvåget nonnegative matrix faktorisering metode til at estimere andelen af de immun celletyper i hver af de 108 NSCLC patienter, for hvilke PBMC udtryk profiler var tilgængelige (se Materialer og fremgangsmåder). For hver type immuncelle, vi stratificeret patienterne i to grupper, lav (under medianen) og høj (lig med eller større end medianen), ifølge medianen af cellen andel blandt patienterne og derefter testet forskellen i OS mellem grupperne ved hjælp af den univariate Kaplan-Meier analyse. OS af patienterne i T-celler Low-gruppen var signifikant dårligere end for patienterne i T-celler High gruppe (log-rank
s
= .003;. Figur 1). Andelene af B-celler, NK-celler, DC’er og monocytter blev ikke observeret at være forbundet med OS af NSCLC patienter (log-rank
s
0,05; tabel 2).
patienterne blev stratificeret i to grupper baseret på medianen af T-celle andel blandt de NSCLC patienter: Lav (mindre end medianen) og High (større end eller lig med medianen). Den mediane samlede overlevelse (OS) blev vurderet ved hjælp af Kaplan-Meier analyse.
s
blev beregnet ved anvendelse af log-rank test.
Så, baseret på markør-gener af de immunceller karakteriseret ved HaemAtlas, vi skønnede proportioner Th og CTL celler, B-celler, NK-celler og monocytter i PBMC og evalueret sammenslutninger af disse proportioner med OS hjælp af univariate Kaplan-Meier analyse. Patienterne med en lav andel af Th-celler ( median) havde signifikant dårligere OS end dem med en høj andel af Th-celler (≥ median; log-rank
s
= 0,009;. Figur 2A), og patienter med lav andel af CTL celler marginalt forbundet med dårligere OS (log-rank
s
= 0,061;. figur 2B). Andelene af B-celler, NK-celler og monocytter blev ikke fundet at være signifikant eller marginalt forbundet med OS af NSCLC patienter (log-rank
s
0,05; data ikke vist).
patienterne blev stratificeret i to grupper efter medianen af (A) Th celle andel og (B) CTL-celle andel i PBMC blandt NSCLC patienter.
samlet set tyder disse resultater at andelene af T-celler og undergruppen Th celler er potentielle prognostiske faktorer for NSCLC-patienter.
andelen af T-celler i PBMC er en uafhængig prognostisk markør for OS
Multivariate Cox regressionsanalyse var udført af T-celle andel, Th celle andel og de kliniske faktorer, der blev anset for at være af betydning i den univariate analyse, herunder alder og tumor etape af patienterne. Andelen af T-celler forblev signifikant associeret med OS som en uafhængig prognostisk faktor for NSCLC patienter (T-celler lav vs T-celler Høje grupper: hazard ratio [HR] = 2,23, 95% CI, 1,07-4,21;
p
= 0,048). Alderen og tumor etape af patienterne var også uafhængigt prognostiske for NSCLC patienter i multivariate model (tabel 2).
Foreningen af væv antigen præsentation niveau med OS
En af de vigtigste kilder, der fører til reduceret andel af T-celler i PBMC kan være det lave antigenpræsentation niveau ved DC’er i tumormikromiljøet; DC’er spiller en kritisk rolle i T-celleproliferation i sekundær lymfoid organ, hvorfra prolifererede T-celler migrerer til perifert blod [44]. Således har vi næste afgøres, om niveauet af antigen præsentation af udviklingslandenes i væv kunne forudsige patientens resultat, som består med T-celle andel i PBMC.
For det væv-baserede udtryk profil datasæt af 139 NSCLC patienter, vi anvendte to-midler clustering algoritme (se materialer og metoder) at stratificere patienterne i to
MHC
-relaterede grupper baseret på udtrykket intensiteter af
MHC
gener, som kendetegner det niveau af antigen præsentation af DC’er i tumormikromiljøet. Patienterne med en lav udtryk mønster af
MHC
gener omfattede
MHC
Lav gruppe, mens de resterende patienter omfattede
MHC
High gruppe, som vist i fig. 3A. I det univariate Kaplan-Meier analyse, OS af patienterne i
MHC
Lav gruppe var betydeligt værre end for patienterne i
MHC
Høj gruppe (log-rank
s
. . 0,001, figur 3B)
(A) Heat kort over de
MHC
gener i NSCLC patienter. For vævet udtryk datasæt for NSCLC blev patienterne inddeles i to
MHC
-relaterede grupper (
MHC
Høj og
MHC
Lav) baseret på udtrykket intensiteter af 18 opdaget
MHC
gener anført i tabel S2, ved hjælp af to-betyder klyngedannelse. Udtrykket intensiteter af
MHC
gener betegne det af antigen præsentation af udviklingslandene i tumor mikromiljø. (B) Kaplan-Meier-kurve for patienter stratificeret i to
MHC
-relaterede grupper.
s
værdi blev beregnet ved anvendelse af log-rank test. (C) Fordelingen af recidiverende patienter i
MHC
-relaterede grupper. Den chi-square test blev anvendt til at sammenligne sammenhængen mellem niveauet for
MHC
genekspression og tilbagefald. To patienter blev ekskluderet, fordi oplysninger om deres tilbagefald var ukendt.
Næste, vi udførte en multivariat Cox regressionsanalyse af niveauet af antigen præsentation, tumor scenen og alder, som viste sig at være signifikant i univariat analyse. Vi fandt, at ekspressionsniveauet af
MHC
gener var en uafhængig prognostisk faktor for OS efter justering for tumoren scenen og alder patienter (
MHC
Lav vs.
MHC
høj: HR = 2,45, 95% CI, 1,51-3,99;
s
0,001; tabel 3). Desuden fandt vi, at de recidiverende patienter blev betydeligt overrepræsenteret i
MHC
Lav gruppe (
s
= 0,03; chi-squared test. Figur 3C).
diskussion
i denne undersøgelse under anvendelse genekspressionsprofilerne af NSCLC-patienter, demonstrerede vi muligheden for deconvolving andele af perifere immunceller at studere deres prognostiske værdier for kræftpatienter hjælp langsigtet krænges blodprøver , som er vigtige materialer til retrospektiv overlevelse analyse. Resultaterne antydede, at andelen af T-celler i PBMC er en lovende prognostisk biomarkør for NSCLC-patienter. Vores analyse viste, at den lave andel af T-celler var signifikant associeret med ringe overlevelse af NSCLC-patienter. Desuden kunne den deconvolution fremgangsmåden anvendes til yderligere at udforske de prognostiske værdier på mere raffinerede immuncelleundergrupper hos cancerpatienter baseret på samme genekspressionsprofiler. For eksempel vores analyse yderligere demonstreret, at den lave andel af en T-celle delmængde, Th-celler, blev også signifikant associeret med overlevelse NSCLC-patienter. Mens andelen af T-celler var den eneste uafhængige prognostiske immun markør for samlet overlevelse efter justering for andre potentielle prognostiske variable. Idet såvel Th-celler og CTL celler spiller vigtige roller i anti-tumor-immunitet ved specifikt at identificere tumorceller som “ikke-selv” [45], i hvilken grad den samlede andel af T-celler reduceres i perifert blod kan effektivt afspejler graden af forringelse af immunresponset på tumorceller og kan således korrelere tæt med patientoverlevelse. Sammenlignet med de prognostiske gen paneler identificeret ved genekspressionsprofiler [16], [46], T-celle-forhold i perifert blod kan være mere acceptabelt som prognostisk markør til klinisk anvendelse på grund af dens let påvisning og forklares biologisk princip.
den ændrede sammensætning af perifere immunceller kan være resultatet af ændrede immunresponser i tumormikromiljøet. Derfor antog vi, at en af de vigtigste kilder, der fører til en nedsat T-celle andel i PBMC kunne være et lavt niveau af antigenpræsentation ved DC’er i tumormikromiljøet af NSCLC-patienter, som DC’er spiller en central rolle i T-celleproliferation i sekundære lymfoide organ, hvorfra prolifererede T-celler migrerer til perifert blod (og derefter til tumorstedet) [44], [47]. I overensstemmelse med denne antagelse, vores resultater viste, at det lave ekspressionsniveau af
MHC
gener hvorigennem DC’er præsentere tumorantigenet til T-celler [43], [48], i tumorvæv var også uafhængigt prognostiske af ringe overlevelse i NSCLC patienter. Dette resultat understøtter også en tidligere rapport, at DC’er dysfunktion i tumorvæv, hvilket er en afgørende mekanisme til undslippe immunovervågning af tumorceller [48], er forbundet med ringe overlevelse i NSCLC-patienter [7], [49]. For yderligere at verificere denne antagelse, må vi samtidig bestemme genekspressionsprofilerne i tumorvæv, sekundært lymfoide orgel, og perifert blod i samme kohorte af NSCLC patienter i fremtidige studier. Dette resultat antyder også, at resultaterne af NSCLC patienter med det lave niveau af antigen præsentation af DC’er, kunne forbedres ved genoplive immunstatus udviklingslandene i tumorens mikromiljø hjælp immunterapi såsom DC’er vacciner [50]. Det er kendt, at de vævsbaseret immune markører er begrænsede og usikre for klinisk anvendelse, som de kunne blive påvirket af forskellene i tumor-regionen, som f.eks midten eller den invasive margen af tumoren, prøveudtagning fra kræft [51]. Afsløring af de prognostiske markører (såsom T-celle andel) i perifert blod kan undgå dette problem. Desuden, fordi de perifere prognostiske markører let kan afsløres i post-kirurgi blodprøver fra kræftpatienter med jævne mellemrum, kunne de også give oplysninger til at hjælpe læger modulere behandlingsprotokoller for patienter i tide til at forbedre resultaterne. Derfor T-celle andel i perifert blod, som kunne afspejle antigenet præsentationen niveauet i tumorvæv, kan blive en lovende biomarkør til at forudsige resultaterne og overvåge udviklingen for NSCLC patienter.
Især proportioner immun celler anslået af dekonvolvering metode er blot positivt korreleret med de faktiske forhold i komplekse biologiske prøver [31]. Således efter brug af deconvolution metode til at estimere immun celle proportioner i krænges blodprøver af patienter og identificere prognostiske markører, anbefaler vi, at prospektive undersøgelser skal bruge flowcytometri til at validere resultaterne og bestemme de optimale cutoff-værdier af proportionerne for klinisk anvendelse. Konkret flowcytometri i store prospektive undersøgelser skal bruges til at bestemme den kliniske anvendelighed af T-celle andel i PBMC som prognostisk markør for NSCLC patienter.
Støtte oplysninger
tabel S1. Salg kliniske karakteristika af NSCLC-patienter i vævet datasæt. Bemærk: “AD”, “SCC”, og “LCC” repræsenterer adenokarcinom, planocellulært karcinom, og store celle karcinom, henholdsvis
doi:. 10,1371 /journal.pone.0100934.s001
(PDF)
tabel S2.
MHC
gener liste påvist i NSCLC væv datasæt. Bemærk:
MHC
gener familie, som også kaldes human leukocyt antigen (
HLA
), er primært opdelt i to undergrupper: klasse I, klasse II;
MHC
I gener tilstedeværende antigener til TCR’erne af CTL celler og
MHC
II-gener tilstedeværende antigener til TCR’erne af Th-celler. Generne blev grupperet under anvendelse hierarkisk klyngedannelse af euklidiske afstand og ordren var i overensstemmelse med den, der vises i fig. . 3A
doi: 10,1371 /journal.pone.0100934.s002
(PDF)
Leave a Reply
Du skal være logget ind for at skrive en kommentar.