PLoS ONE: Effektiv Alu Gentag RT-qPCR Normalisering i Cancer Cell forstyrrelse Eksperimenter

Abstrakt

Baggrund

Måling messenger-RNA (mRNA) niveauer ved hjælp af revers transkription kvantitativ polymerasekædereaktion (RT-qPCR) er almindelig praksis i mange laboratorier. Et specifikt sæt af mRNA som intern kontrol reference- gener betragtes som den foretrukne strategi for at normalisere RT-qPCR data. Korrekt valg af reference- gener er et kritisk spørgsmål, især i kræftceller, der udsættes for forskellige

in vitro

manipulationer. Disse manipulationer kan medføre dramatiske ændringer i genekspression niveauer, selv for antaget reference- gener. I denne undersøgelse evaluerede vi ekspressionsniveauerne af 11 almindeligt anvendte referenceværdier gener som interne kontroller for normalisering af 19 eksperimenter, der omfatter neuroblastom, T-ALL, melanom, brystcancer, ikke-småcellet lungecancer (NSCL), akut myeloid leukæmi (AML ), prostatakræft, tyktarmskræft, og livmoderhalskræft cellelinjer udsat for forskellige forstyrrelser.

Resultater

geNorm algoritme i softwarepakken qbase + blev brugt til at rangordne kandidat reference- gener efter deres ekspression stabilitet. Vi observerede, at stabiliteten af ​​de fleste af de kandidat reference- gener varierer meget i forstyrrelse eksperimenter. Udtrykte Alu repeats viser relativt stabil ekspression uanset eksperimentel betingelse. Disse Alu gentagelser er rangeret blandt de bedste reference- analyser i alle forstyrrelse eksperimenter og vise acceptable gennemsnitlige udtryk stabilitet værdier (M 0,5).

Konklusioner

Vi foreslår brugen af ​​Alu gentager som reference assay ved udførelse af kræft celle forstyrrelse eksperimenter

Henvisning:. Rihani A, Van Maerken T, PATTYN F, Van Peer G, Beckers A, De Brouwer S, et al. (2013) Effektiv Alu Gentag RT-qPCR Normalisering i Cancer Cell forstyrrelse Eksperimenter. PLoS ONE 8 (8): e71776. doi: 10,1371 /journal.pone.0071776

Redaktør: Jörg D. Hoheisel, Deutsches Krebsforschungszentrum, Tyskland

Modtaget: Februar 5, 2013; Accepteret: 3 juli 2013; Udgivet: 14 august, 2013