PLoS ONE: Reproducerbarhed og overensstemmende Differential DNA-methylering og genekspression i Cancer

Abstrakt

Baggrund

Hundredvis af gener med differentiel DNA methylering af initiativtagerne er blevet identificeret for forskellige kræftformer. er ikke blevet analyseret Men reproducerbarheden af ​​differentierede DNA methylering opdagelser for kræft og forholdet mellem DNA methylering og afvigende genekspression systematisk.

Metodologi /vigtigste resultater

Brug array-data for syv typer af kræftformer, vi først evalueret effekten af ​​eksperimentelle partier på differential detektering DNA methylering. For det andet, vi sammenlignet retningerne af DNA methylering ændringer detekteret fra forskellige datasæt for den samme cancer. For det tredje, vi evaluerede overensstemmelsen mellem methylering og genekspression ændringer. Endelig har vi sammenlignet DNA-methylering ændringer i forskellige kræftformer. For en given kræft, de retninger af methylering og udtryk ændringer detekteres fra forskellige datasæt, bortset potentielle batch effekter, var meget konsekvent. I forskellige cancere blev DNA hypermethylering stærkt omvendt korreleret med nedregulering af genekspression, mens hypometylering blev kun svagt korreleret med opregulering af gener. Endelig fandt vi, at gener almindeligvis hypomethylated i forskellige kræftformer primært udførte funktioner i forbindelse med kronisk inflammation, såsom ‘keratinisering’, ‘kemotaksi “og” immunrespons.

Konklusioner

Batch effekter kunne i høj grad påvirke opdagelsen af ​​DNA methylering biomarkører. For en bestemt cancer, kan både differential DNA-methylering og genekspression reproducerbart detekteret fra forskellige undersøgelser uden batch effekter. Mens DNA hypermethylering væsentligt knyttet til gen nedregulering, er hypometylering kun svagt korreleret med gen opregulering og vil sandsynligvis være knyttet til kronisk inflammation

Henvisning:. Yao C, Li H, Shen X, han Z, han L, Guo Z (2012) Reproducerbarhed og overensstemmende Differential DNA-methylering og genekspression i Cancer. PLoS ONE 7 (1): e29686. doi: 10,1371 /journal.pone.0029686

Redaktør: Abdelilah Aboussekhra, King Faisal Specialist Hospital Research Center, Saudi-Arabien

Modtaget: August 22, 2011; Accepteret: December 1, 2011; Udgivet: januar 3, 2012