PLoS ONE: Galdeblære Cancer Disposition: En Multigenic tilgang til DNA-reparation, Apoptotisk og inflammatoriske Pathway Gener

Abstrakt

Galdeblære kræft (GBC) er en multifaktoriel sygdom med komplekst samspil mellem flere genetiske varianter. Vi udførte Klassificering og Regression Tree Analysis (CART) og Grade af medlemskab (GOM) analyse for at identificere kombinationer af alleler blandt DNA-reparation, inflammatoriske og apoptotiske pathway genetiske varianter i at modificere risikoen for GBC. Vi analyserede 16 polymorfier i 8 gener involveret i DNA-reparation, apoptotiske og inflammatoriske veje for at finde ud kombinationer af genetiske varianter bidrager til GBC risiko. Generne, der indgår i undersøgelsen var

XRCC1

,

OGG1

,

ERCC2

,

MSH2

,

CASP8

,

TLR2

,

TLR4

PTGS2

. Enkelt locus analyse af logistisk regression viste sammenslutning af

MSH2

IVS1 + 9G C (rs2303426),

ERCC2

Asp312Asn (rs1799793),

OGG1

Ser326Cys (rs1052133),

OGG1

IVS4-15C G (rs2072668),

CASP8

-652 6N ins /del (rs3834129),

PTGS

2 -1195G A (rs689466),

PTGS2

-765G C (rs20417),

TLR4

Ex4 + 936C T (rs4986791) og

TLR2

-196 til -174del polymorfier med GBC risiko. Den CART analyse viste

OGG1

Ser326Cys, og

OGG1

IVS4-15C G polymorfier som den bedste polymorfe signatur til at skelne mellem tilfælde og kontroller. I GOM analyse blev data kategoriseret i seks sæt repræsenterer risiko for GBC med hensyn til de undersøgte polymorfier. Sæt I, II og III beskrevet lav indre risiko (kontroller) kendetegnet ved flere beskyttende alleler mens sæt IV, V og VI repræsenterede høje iboende risikogrupper (GBC tilfælde) kendetegnet ved tilstedeværelsen af ​​flere risikofaktorer alleler. Vognen og GOM analyser viste også vigtigheden af ​​

PTGS2 –

1195G En polymorfi i modtagelighed for GBC risiko. Som konklusion kan det nuværende multigenic tilgang bruges til at definere individuelle risikoprofiler for galdeblæren kræft i North indiske befolkning

Henvisning:. Srivastava K, Srivastava A, Kumar A, Mittal B (2011) Galdeblære Cancer Disposition: A Multigenic tilgang til DNA-reparation, Apoptotisk og inflammatoriske Pathway Genes. PLoS ONE 6 (1): e16449. doi: 10,1371 /journal.pone.0016449

Redaktør: Roger Chammas, Universidade de São Paulo, Brasilien

Modtaget: 26 august, 2010; Accepteret: December 21, 2010; Udgivet: 21 Jan 2011

Copyright: © 2011 Srivastava et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Undersøgelsen blev støttet af tilskud fra Counsel af videnskabelig og industriel forskning (CSIR), Govt. Indien (09/590 (0135) /2007-EMR-I). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Carcinoma af galdeblæren (GBC) er en aggressiv malignitet og de mest almindelige galdevejene tumor i verden med højeste forekomst og dødelighed i det nordlige Indien (21,5 /100.000) [1], [2]. Bortset fra galdesten bliver den stor risikofaktor, er den præcise ætiologi GBC dårligt forstået [3]. Kræft er en multifaktoriel sygdom, kan flere genetiske varianter sammen med de miljømæssige og kostfaktorer interagerer at forårsage sygdom eller fungere som risiko- modifikatorer. Identifikation af disse risikofaktorer sæt genetiske varianter forårsagende for sygdommen vil lette i fastlæggelsen individer med risiko for GBC.

Vi har tidligere studeret rolle individuelle genetiske varianter med GBC modtagelighed i North indiske befolkning [4], [5], [6]. På grund af modstridende resultater opnået i case-kontrol-forening studier af komplekse sygdomme som kræft, er det aktuelle fokus rettet på at søge efter gen-gen interaktioner som en central medvirkende faktor i resultatet sygdom. Men analysen af ​​sådanne interaktioner i case-kontrol studier er tynget af et af de store problemer, nemlig forbandelse dimensionalitet. For nylig Multifaktor-dimensionalitet Reduction (MDR) tilgang [7] og træ-baserede teknikker, klassificering og regression træer (CART) og tilfældig skov (RF), er blevet anvendt til at detektere interaktioner i stor skala associationsstudier [8]. Styrken af ​​disse metoder er deres evne til at identificere forening i tilfælde af små stikprøvestørrelser og lav penetrans af kandidat enkelt nukleotid polymorfier (SNPs). Derfor har vi udvidet vores tidligere arbejde ved i fællesskab at undersøge 16 SNP genotyper i 8 gener tilhører DNA-reparation vej [

ERCC2

Asp312Asn (Ex10-16G A; rs1799793) og Lys751Gln (EX23 + 61A C; rs13181 );

MSH2

(IVS1 + 9G C; rs2303426) og (-118T C; rs2303425);

OGG1

Ser326Cys (Ex6-315C G; rs1052133) og (IVS4-15C G, rs2072668);

XRCC1

Arg194Trp (Ex6-22C T; rs1799782) og Arg399Gln (Ex10-4A G; rs25487)], apoptosecyklus [

CASP8

-652 6N ins /del (rs3834129), Asp302His (Ex13 + 51 g C; rs1045485) og (IVS12-19G A; rs3769818)] og inflammatorisk vej [

PTGS

2 (-1195G A; rs689466), (-765G C; rs20417) og (EX10 + 837T C eller 8473, rs5275);

TLR2

-196 til -174del (

TLR2

Δ22); og

TLR4

Thr399Ile (Ex4 + 936C T; rs4986791)], undgå problemet med dimensionalitet og multiple sammenligninger. Disse polymorfier er blevet rapporteret at ændre risikoen for udvikling af forskellige maligniteter [9], [10], [11], [12], [13], [14].

Materialer og metoder

Etik Statement

de institutionelle etiske udvalg Sanjay Gandhi post Graduate Institute of Medical Sciences (SGPGIMS) godkendte forsøgsprotokollen, og alle deltagere forudsat skriftligt informeret samtykke til undersøgelsen.

undersøgelse Befolkning

i alt 460 emner, herunder 230 GBC patienter og 230 kontrolpersoner blev indrulleret i denne undersøgelse. GBC patienter blev konsekutivt diagnosticeret mellem juni 2005 og september 2009. Galdeblære kræftdiagnose blev bekræftet for alle tilfælde af fin nål indsugning celle cytologi (FNAC) og histopatologi. Iscenesættelse af kræft blev dokumenteret i henhold til AJCC /UICC iscenesættelse [15]. Inklusionskriterierne for kontroller var manglende forudgående historie af kræft, forstadier til kræft og galdesten bevist ved ultralydsscanning og var frekvens-matchede til kræfttilfælde på alder, køn og etnicitet. For at teste muligheden for populationsstratificering blev genomisk kontrol metode som beskrevet af Devlin et al [16]. Flertal af de kvindelige patienter var husmødre og de mandlige patienter blev ikke involveret i nogen farlige erhverv.

Genotypning

Genomisk DNA blev isoleret fra perifert blod leukocytter. De polymorfier blev genotypebestemt ved anvendelse af PCR eller PCR-restriktionsfragmentlængde-polymorfisme metode. Detaljerne i genotypebestemmelse for undersøgte polymorfier er vist i tabel S1. Som en negativ kontrol blev PCR-blanding uden DNA-prøve anvendes til at sikre kontamineringsfri PCR-produkt. Prøver, der undlod at genotype blev scoret som mangler. Genotypebestemmelse blev udført uden kendskab til sagen eller kontrol status.

Statistisk analyse

Single Locus Analysis.

Prøven størrelse blev beregnet overvejer den mindre allel frekvens (MAF) af de undersøgte polymorfier i kaukasisk population. Prøven størrelse på 230 tilfælde og 230 kontroller var passende til at give os en styrke på 80% (Inheritance mode = log-additiv, Genetic effekt = 2, Type-I fejlprocenten = 0,05). Chi-square-analyse eller tosidet Fishers eksakte test blev anvendt til at sammenligne forskellene i demografiske variable og genotype fordelinger af de polymorfier mellem sagerne og kontroller. Observerede genotypefrekvenser for alle polymorfier i kontroller blev undersøgt for afvigelse fra Hardy-Weinberg ligevægt (HWE) med en goodness-of-fit χ

2-test med en frihedsgrad. Ubetinget univariate og multivariat logistisk regressionsanalyse blev anvendt til at estimere odds ratio (OR) og 95% konfidensinterval (CI) justeret for alder og køn at estimere risikoen for galdeblæren kræft med polymorfier. Risiko estimater blev også beregnet for en co-dominant genetisk model ved hjælp af den mest almindelige homozygot genotype som reference. Test af lineær tendens benytter en ordinal variabel for det antal kopier af varianten allel (0, 1 eller 2) blev udført for at vurdere potentielle dosis-respons effekter af genetiske varianter på galdeblæren kræft risiko [17]. Standard justeringer for multipel testning, såsom Bonferroni korrektion, er for konservative, da de antager, at test er uafhængige, hvilket normalt ikke er tilfældet, når flere tests anvendes på det samme datasæt. Vi har derfor anvendt falsk-positive rapport sandsynlighed (FPRP) statistisk redskab til at vurdere noteworthiness af foreningerne ved anvendelse af metoden som beskrevet af Wacholder et al [18].

For yderligere at understøtte resultaterne af logistisk regression, vi anvendte genomisk kontrol metode Devlin et al [16]. Softwaren bruger en Bayesian outlier test for at afgøre, hvilke markører udviser signifikant bindingsuligevægt med sygdommen minimere falske positive associationer. Også det giver mulighed for overtrædelser i den sædvanlige model antagelse dvs. uafhængighed af observationer, fordi i case-control studier berørte individer er mere tilbøjelige til at være relateret end er kontrol, fordi de deler en genetisk lidelse, og ideelt set en fælles genetiske grundlag for sygdommen. Dette er kendt som “kryptisk slægtskab”, som næsten altid producerer falske positiver, selv efter Bonferroni korrektion. Softwaren udfører disse analyser ved hjælp af Markov kæde Monte Carlo (MCMC) algoritmer.

Klassificering og Regression Tree Analysis (CART).

Den ikke-parametrisk klassificering og regression træ analyse blev anvendt sammen med logistisk regression for højere-ordens-gen-gen interaktioner ved hjælp af CART Software (version 6.0, Salford Systems) [19], [20]. CART er en binær rekursiv-partitionering metode, der producerer et beslutningstræ til at identificere undergrupper af fag på højere risiko. Konkret rekursive-partitionering algoritme i CART-software starter ved den første knude (med hele datasættet) og bruger en statistisk hypotese-testmetode-formel inferens baseret rekursive modellering-at bestemme den første lokalt optimale split og hver efterfølgende opdeling af datasæt, med mangfoldighed justeret

P

-værdier at styre trævækst. Denne proces fortsætter, indtil de terminale knuder har ingen efterfølgende statistisk signifikante splittelser eller de terminale knuder nå et på forhånd fastsat mindstestørrelse. Dataene blev inddelt tilfældigt i en learning sæt (90% af dataene) og en test-sæt (10% af dataene). Den læring sæt blev anvendt til at konstruere træet model, og den indstillede test blev anvendt til internt validere den resulterende træ model. Undergrupper af individer med differentierede risikomønstre blev derefter identificeret i forskellig rækkefølge af knudepunkter i træstrukturen, indikerer tilstedeværelsen af ​​genet-gen og gen-miljø interaktioner. Logistisk regression blev anvendt til at beregne OR og 95% CI i hver terminal knudepunkt af træet, der justeres for alder og køn.

P

0,05 blev betragtet som tærsklen betydning i denne undersøgelse. Alle statistiske analyser var tosidet.

Grad af medlemskab Analysis (GOM).

For at undersøge alle de genetiske faktorer samtidigt uden multiple sammenligninger, Grade af medlemskab (GOM) analyse blev anvendt [ ,,,0],21], [22]. Oplysninger om sygdomsstatus og genetiske varianter blev brugt som interne variabler til at definere de rene former, mens køn og alder var eksterne variabler. Den fremgangsmåde, der betegnes som latent klassificering metode, der anses for at være “fuzzy” i, at hver enkelt delvist kan tilhøre mere end én gruppe, her, genetiske risikofaktorer sæt. Den malaysiske regering analyse rammer gør det således meget få fordelingsmæssige antagelser. Den malaysiske regering modeller blev konstrueret som tidligere beskrevet [23].

Resultater

befolkningskarakteristika

Baseline karakteristika GBC patienter og deres alder og køn matchede kontroller er vist i tabel 1 . af de 230 GBC sager og kontroller, gennemsnitsalderen var 53.05 ± 6,40 år (range, 37-72 år) og 54,12 ± 8,81 (spændvidde, 35-79 år), hhv. De gennemsnitlige alder og køn distributioner var ikke signifikant forskellige blandt cases og kontroller, hvilket tyder på, at frekvensen matching var tilstrækkelig. Genomisk kontrolmetode udelukket muligheden for befolkningen lagdeling i vores undersøgelse. De fleste af de GBC patienterne var i fremskredne stadier af kræft (fase III og fase IV). Af de 230 GBC tilfælde, 12 (5,3%) havde stadie II adenocarcinom, 76 (33,0%) fase III og 142 (61,7%) trin IV. Alle kræftpatienter var hændelse tilfælde og ingen af ​​kontrollerne havde familie historie af kræft.

Single Locus Analyse

Tabel 2 viser GBC risiko på de undersøgte polymorfier.

Association of ERCC2, MSH2, XRCC1 og OGG1 polymorfier med GBC.

Ved sammenligning genotypen frekvens fordeling i GBC patienter med den kontrol, de homozygote variant genotyper af

MSH2

IVS1 + 9G C,

ERCC2

Asp312Asn og

OGG1

Ser326Cys polymorfier viste statistisk signifikant øget risiko for at udvikle GBC (OR = 1,83, OR = 2,12, OR = 2,48, henholdsvis). Risikoen skyldes variant-holdige genotyper (CG + GG) af

OGG1

Ser326Cys var også signifikant (OR = 1,78) sammenlignet med homozygot vildtype CC genotype.

OGG1

IVS4-15C G intron polymorfi var også signifikant forbundet med risiko for GBC efter en dominerende form af arv (OR = 1,63) (tabel 2)

I tilfælde af

XRCC1

Arg399Gln polymorfi, frekvenser af heterozygot og variant homozygot var signifikant forskellige blandt i kontrol i forhold til GBC patienter (χ

2 = 13,84;

P

= 0,001; df, 2). Disse frekvens forskelle var statistisk signifikant (

P

= 0,039;

P

= 0,003 henholdsvis) og tillægges lav risiko for GBC (OR = 0,57, OR = 0,44 henholdsvis) (Tabel 2). Den beskyttende effekt var også signifikant, når variant indeholder genotyper (GA + AA) blev sammenlignet med homozygot vildtype genotype. (

P

= 0,006, OR = 0,55) (tabel 2)

For de andre SNPs i DNA reparation gener (

ERCC2

Lys751Gln,

MSH2

-118T C og

XRCC1

Arg194Trp), ingen statistisk signifikante associationer blev observeret i den foreliggende undersøgelse ( tabel 2).

Foreningen af ​​CASP8 polymorfier med GBC.

Hyppigheden af ​​

CASP8

-652 6N fælles homozygote, heterozygote og variant homozygote genotyper var signifikant forskellige blandt GBC patienter og kontroller (χ

2 = 7,79;

P

= 0,020; df, 2). I den foreliggende undersøgelse fandt vi, at både heterozygote og variant homozygote genotyper blev forbundet med en statistisk signifikant nedsat risiko for GBC (OR = 0,66, OR = 0,42 (tabel 2) med “del” allel er forbundet med den formindskede risiko af galdeblæren kræft i en dosisafhængig måde (

P

trend = 0,003). Desuden er en betydelig nedsat risiko for GBC blev fundet med

CASP8

-652 (ins /del + del /del genotyper) sammenlignet med -652 6N ins /ins genotype, hvilket tyder på en dominerende beskyttende virkning af denne polymorfi på GBC (OR = 0,61; 95% CI = 0,42-0,88;

P

. trend = 0,005) nr signifikant sammenhæng blev fundet mellem IVS12-19G A og Ex13 + 51 g .. C polymorfier og overordnede GBC risiko

foreningen af ​​PTGS2 polymorfier med GBC

Ved sammenligning af genotype frekvens fordeling i GBC patienter med den for kontrollen, hyppigheden af ​​

PTGS2

-1195 heterozygote og variant homozygote genotyper var forbundet med signifikant øget risiko (OR = 1,99; OR = 7,04; henholdsvis) for GBC (tabel 2). Tendensen test var også signifikant (

P

trend 0,001). Risikoen skyldes variant-holdige genotyper (GA + AA) var signifikant (

P

0,001; OR = 2,54) sammenlignet med homozygot vildtype GG genotype.

PTGS2

-765 GC genotype var også forbundet med signifikant øget risiko (OR = 1,91; 95% CI = 1,23-2,97) for GBC (tabel 2). Tendensen test var også signifikant (

P

trend 0,001). Men ingen af ​​de genotyper af

PTGS2

+ 8473T .. C-polymorfier blev signifikant associeret med modtagelighed af galdeblæren kræft (tabel 2)

associering mellem TLR polymorfier og GBC risiko

tabel 3 viser GBC risiko forbundet med

TLR2

(Δ22) og

TLR4

(Ex4 + 936C T) polymorfier. I nærværende undersøgelse fandt vi, at både heterozygote og variant homozygote genotyper af både den

TLR

polymorfier var forbundet med øget risiko for GBC (OR = 1,51, OR = 2,14;

P

trend = 0,091; tabel 2). Desuden blev en signifikant øget risiko for GBC fundet med

TLR2

(Δ22) (ins /del + del /del genotyper) sammenlignet med A22 ins /ins genotype, hvilket tyder på en dominerende effekt model involveret i risikoen af denne polymorfi på GBC (OR = 1,54; 95% CI = 1,05-2,26;

P

trend = 0,117).

TLR4

Ex4 + 936C T polymorfi viste sig også at være signifikant associeret med den samlede GBC risiko under en dominerende form af arv (OR = 1,96; 95% CI = 1,11-2,26;

P

trend = 0,021 ).

CART Analyse

Figur 1 viser træstrukturen genereres ved hjælp af CART, som omfattede alle undersøgte genetiske varianter af DNA-reparation, apoptotiske og inflammatorisk vej. Den endelige træstruktur indeholdt seks terminale knuder som defineret ved en enkelt-nucleotid polymorfismer i DNA-reparation, apoptotiske og inflammatoriske syntesevejsgener.

OGG1

Ser326Cys genotype blev fremhævet i den første opdeling node, der adskiller individer med vildtype-holdige genotyper (lav risiko) fra patienter med den homozygote variant genotype (høj risiko). Personer med variant genotyper af

CASP8

Asp302His,

TLR4

Thr399Ile og vildtype genotyper af

OGG1

Ser326Cys,

PTGS2

-765G C udstillet den laveste GBC risiko med en 10% case (fig. 1). Tabel 3 opsummerer risikoen forbundet med alle de terminale undergrupper sammenlignet med undergruppen med den mindste fald procentdel (Node 1). Tabel 4 viser eller skøn genereret med tre forskellige risikogrupper fastsættes på grundlag af sagen forholdet mellem hver CART terminal node. Sammenlignet med den lave risikogruppe kombinerer terminal noder med en sag mellem mindre end 40%, mellemlang risiko (tilfælde forholdet mellem 40% og 70%) og højrisikogrupper (tilfælde forholdet mere end 70%) blev begge forbundet med en signifikant øget GBC risiko med yderste periferi af 3,08 (95% CI = 1.98-4.77) og 10,04 (95% CI = 4,76-21,19), henholdsvis (

P

trend 0,001).

W = fælles homozygote genotyper, M = heterozygote + variant homozygote genotyper.

GOM Analyse

Seks grupper kategoriseret data adskiller højt fra hvordan iboende risiko for GBC med hensyn til de undersøgte varianter (tabel S2): gruppe i, II, og III var kontrolpersonerne (lav risiko); grupper IV, V og VI var de GBC patienter (høj-risiko) (tabel S2).

Lav-risikogrupper.

Den lave iboende risiko (uden sygdom) var præget af flere beskyttende genotyper (dvs. gruppe I, II og III) (tabel S2). Disse lavrisiko-sæt havde de mest almindelige genotyper for de undersøgte variable over-repræsenteret, betegner beskyttelse. Nogle af variant alleler blev også overrepræsenteret i de lavrisiko-sæt indebærer, at mange kontrolpersoner foretaget en vis risiko for GBC. Gruppe I havde den alder, indskrivning af 56-60 år. Gruppen omfattede omkring 89% kvindelige forsøgspersoner. De var 100% bærere af den vilde allel for

PTGS2

(-1195G A), med en QRF på 1,54. En QRF af en er neutral. Gruppe II var 100% bærere af

OGG1

(IVS4-15C G) »C« allel og

OGG1

Ser326Cys ‘Cys’ allel med en QRF på 1,29 og 1,30, henholdsvis. 50% af denne gruppe også gennemført

MSH2

(IVS1 + 9G C) variant C allel. Gruppe III var heterozygot vilde for

TLR4

Thr399Ile og TLR2 -196 til -174del variant allel med en QRF på 1,55 og 1,44 hhv. Denne gruppe var også homozygot for

PTGS2

-765G C og

XRCC1

Arg194Trp vildtype alleler

højrisikogrupper

høj.. risiko multilocus genotyper var: IV:

OGG1

(IVS4-15C ): CG,

PTGS2

(-1195G A): GA, MSH2 (-118T C): CC og

OGG1

Ser326Cys: GG (debut 46-60 år); V:

OGG1

(IVS4-15C ): GG, og

OGG1

Ser326Cys: CG (debut 46-60 år); og VI:

ERCC2

Asp312Asn: AA,

ERCC2

Lys751Gln: CC og

TLR2

-196 til -174del: ID (debut 46-55 år) (tabel S2) .

OGG1

(IVS4-15C G) og

OGG1

Ser326Cys polymorfier var de indflydelsesrige varianter i at definere gruppe IV som angivet ved forhøjet spørgsmål relevans faktor (QRF eller relevansen af ​​en variabel til en ren form, med en nedre grænse på nul) snesevis af 1,26 og 1,21, henholdsvis. Denne gruppe var også homozygot for

MSH2

promotor polymorfi ved position -118 (CC). Gruppe V var for det meste kvinder og havde deres alder-of-debut som 46-60 år. De bar 100% sandsynlighed for at gennemføre

OGG1

(IVS4-15C ): GG genotype, og var 100% heterozygot for

OGG1

Ser326Cys polymorfi. De QRFs for disse genetiske varianter var 1,66 og 1,21 henholdsvis som defineret gruppen. Gruppe VI havde alder debut på 46-55 år. Der var flere kvinder (91%) i denne gruppe. Alle var homozygote for

ERCC2

Lys751Gln (CC) og

ERCC2

Asp312Asn (AA) med en QRF af 1,46 og 2,19, henholdsvis. Denne gruppe var også næsten heterozygot for

TLR2

-196 til -174del (ID) polymorfi.

For at finde ud af den risiko der er forbundet med hver af høj iboende sæt, vi kategoriseret de personer på grundlag af kombination af genotyper, der definerede sættet. Logistisk regressionsanalyse viste, at personer i sæt jeg blev ved 3 gange øget risiko for GBC (

P

= 0,033, 95% CI = 1,09-8,61). Personer i sæt II var på 1,7 gange øget risiko for GBC (

P

= 0,010, 95% CI = 1,13-2,51), mens sæt III tillagt 2 gange øget risiko for GBC (

P

= 0,013, 95% CI = 1,18-4,16) (tabel 5).

Informativ variabler.

indhold for hver variabel Information blev estimeret ved H statistik (Shannon, Bell Laboratories). H tæt på 0 indikerer lignende resultat frekvenser for hvert sæt (tabel S2). Højere værdier repræsenterer stigende informationsindhold.

OGG1

(IVS4-15C G),

OGG1

Ser326Cys,

ERCC2

Lys751Gln og

ERCC2

Asp312Asn havde H 0,75. H 0,50 blev set i

MSH2

(IVS1 + 9G C),

MSH2

(-118T C) og

PTGS2

(-1195G A). Det er de variabler stærkt bestemmer risikoen for sæt I til VI (Tabel S2).

Medlemskab af risiko- sæt.

Graded medlemskab scoringer blev automatisk genereret for hvert emne spænder fra nul (ingen lighed) til en (eksakt matcher) i henhold til maksimal procedure sandsynlighed skøn. Størrelserne af de høje risikogrupper iboende var 78,0, 55,9 og 36,5 hhv. Størrelserne af de lave iboende risikogrupper var 80,5, 115,0 og 93,9 (tabel S2).

Diskussion

Carcinoma af galdeblæren (GBC) er en relativt sjælden malignitet med dårlig prognose og høj dødelighed påvirker kvinder to til tre gange mere almindeligt end mænd. [2] Adskillige epidemiologiske studier har indikeret rolle genetiske faktorer i patogenesen af ​​GBC ved at modificere risikoen [24], [25], [26]. Men de fleste af disse undersøgelser har givet modstridende resultater, og der er problemer med at validere og replikere dem.

GBC er en multifaktoriel og flertrins sygdom, kan der være et komplekst samspil mellem flere risikofaktorer alleler handler på en stærkere måde i en kombination frem for individuelt. Så for at opnå en mere omfattende evaluering af GBC risiko overvejer flere genetiske varianter samtidigt, blev nærværende analyse foretaget for at identificere høje og lave iboende risiko sæt genvarianter. Af de inkluderede 16 polymorfier, blev nogle af dem viste sig at være signifikant associeret med GBC risiko i vores tidligere foreløbige undersøgelser, mens andre udviste ringe eller ingen indflydelse på risikoen for GBC udvikling [4], [27], [28].

for de højere orden gen-gen-interaktionsanalyse, vi ansat 2 statistiske metoder nemlig CART og GOM analyse for at finde ud af den særlige kombination af genetiske varianter, der bidrager til GBC risiko.

i CART analyse, som er en ikke-parametrisk statistisk tilgang til at udføre regression og klassifikation analyser af rekursiv opdeling [29], blev forsøgspersonerne grupperet efter forskellige risikoniveauer på grundlag af de forskellige gen-polymorfier. Fra denne analyse, fandt vi, at udviklingen af ​​GBC involverer komplekse genetiske samspil mellem den DNA-reparation, apoptotiske og inflammatoriske pathway genvarianter. Imidlertid bør vores resultater fortolkes med forsigtighed på grund af det begrænsede antal patienter i nogle af CART terminal noder.

I GOM analysen, som omfatter alle de prædiktorer i en enkelt model og dermed undgå meget store testede grupper , og flere sammenligning problemer, seks risiko- sæt blev identificeret for de nuværende data, der definerer tre lave iboende risiko sæt (i-III) og tre høje iboende risiko sæt (IV-VI), varierende på grund af alder og væsentlige risikoområder alleler. Den nuværende fremgangsmåde kategoriserer automatisk enkeltpersoner til at risikere sæt på grundlag af graduerede medlemskab scoringer.

Den høje iboende risiko (sætter IV til VI) blev beskrevet af tilstedeværelsen af ​​flere risikofaktorer alleler, mens den lave iboende risiko (sæt I -III) var præget af flere beskyttende alleler. Lighed til de høje risiko sæt iboende gennemført -3 gange forhøjet risiko for GBC

Risikofaktorer for gruppe IV var

OGG1

(IVS4-15C ):. CG og

OGG1

Ser326Cys: GG. Men

PTGS2

(-1195G A): GA og

MSH2

(-118T C): CC var også relevant. Risikofaktorer for gruppe V havde

OGG1

(IVS4-15C ): CG og

OGG1

Ser326Cys: GG som de mest udbredte risikofaktorer for GBC. At for gruppe VI var initiativtageren polymorfi i

TLR2 på

-196 til -174 (ID) sammen med

ERCC2

Asp312Asn: AA og

ERCC2

Lys751Gln: CC genotyper.

den malaysiske regering analyse viste betydningen af ​​to

OGG1

polymorfier sammen med

PTGS2

-1195G En polymorfi i modtagelighed for GBC risiko. Det var tydeligt af det faktum, at det sæt IV og sæt V var huser både de

OGG1

polymorfier.

Den menneskelige DNA-reparation enzym, OGG1, er en DNA glycosylase /AP lyase der effektivt reparationer 8-hydroxy-2′-deoxyguanosin (8-OHdG), en af ​​de mest udbredte oxidative produkter i DNA. 8-OHdG er meget mutagent

in vitro

in vivo

giver anledning til GC til TA transversioner på DNA-replikation, som er hyppige i flere onkogener og tumorsuppressorgener [30], [31 ]. Vi havde tidligere rapporteret en sammenhæng mellem

OGG1

Ser326Cys polymorfi i en case-kontrol undersøgelse for GBC [28]. Også, er der observeret signifikant sammenhæng mellem

OGG1

Ser326Cys polymorfi og risiko for esophageal [32], lunge [33], blære [34], bryst [35] og kolon [36] kræftformer. Ud over

OGG1

Ser326Cys, vi evalueret også indflydelse af en anden polymorfi af

OGG1

gen til stede i Intron 4 (IVS4-15C G). Dette er en intronisk polymorfi bosiddende i Intron 4 af

OGG1

genet og hyppige allel ubalance i denne region er blevet vist at være involveret i hoved og hals skællede carcinogenese [37]. Det lader til, at denne polymorfi er involveret i splejsning af

OGG1

mRNA. Alle de tre høj risiko sæt (IV, V og VI) var 100% bærere af variant allel af

OGG1

polymorfier.

PTGS2 overekspression er blevet observeret i maligniteter af forskellige organer sådanne som colorectum, lunge, bryst, prostata, blære, mave, spiserør og [38]. De

PTGS

2 promoter region indeholder bindingssteder for flere centrale cis handler regulatoriske elementer [39]. Nuværende undersøgelse betød rolle

PTGS2

-1195G En polymorfi i GBC patogenese. Undersøgelser har vist, at -1195A allel er i stand til at binde C-MYB, en af ​​de vigtige transkription-faktor, der aktiverer PTGS2 ekspression. c-MYB er forpligtet til at holde en balance mellem celledeling, differentiering og overlevelse [40]. Luciferaseassays har også vist signifikant forøget transskriptionel aktivitet af

PTGS2

gen i de individer, der bærer -1195A allel [41], [42]. De forhøjede niveauer af PTGS2 fører til overproduktion af prostaglandiner (PGE

2), som er pro-kræftfremkaldende, kan afstive tumorvækst med forskellige signalveje styrer angiogenese, celleproliferation, undertrykkelse af immunreaktioner, invasionsevne og også ved at hæmme tumor celler apoptose [43], [44], [45]. En anden

PTGS2

polymorfi den -765G C (rs20417), viste sig også at være modulere risikoen for GBC i vores multigenic model. Denne polymorfi er beliggende inden for et formodet

Stimulerende protein 1 Hotel (SP1) bindingssted, der fører til en reduktion på 30% af

PTGS2

promotor-aktivitet in vitro [46]. Selv om den nøjagtige molekylære mekanisme, hvormed denne polymorfi kan påvirke risikoen for GBC udvikling er stadig uklart, undersøgelser i

PTGS2

promotor afslørede, at

PTGS2

transskription aktiveres ved E2 promotor bindende faktor 1 ( E2F1) [47], som er afhængig af transaktivering og DNA-bindende domæner af E2F1 [48]. Så evne denne polymorfi at oprette en E2F bindingssted, afgørende for ekspression af flere gener [49], kan hjælpe os til at forstå, hvorfor vi observeret øget risiko.

fænomen, en kombination af polymorfier i gener af ubeslægtede veje kan ophøje risikoen for GBC kunne forklares ved to hypoteser. En mulighed er, at nogle sammenhæng mellem disse gener eller proteiner eksisterer men er stadig at blive opdaget. En anden hypotese, mere sandsynlig efter vores mening, er, at de gener, der påvirker risikoen for GBC som godt kan bestå af en række ændringer ligger inden gener ikke er relateret til hinanden. En sådan ugunstig genetisk profil kunne endelig føre til forekomsten af ​​sygdommen, selv om bestemte gener ikke deler nogen fælles funktioner og separat fremkalde lidt eller umærkelig effekt.