PLoS ONE: Forekomsten af Patologisk Kimcellelinje mutationer af hMLH1 og hMSH2 Gener i kolorektal Cancer

Abstrakt

Forekomsten af patologiske kimcellelinje mutationer i kolorektal cancer er blevet bredt studeret, som germline mutationer i DNA mismatch reparation gener

hMLH1

hMSH2

giver en høj risiko for tyktarmskræft. Men fordi prøvens størrelse og befolkning i tidligere studier er meget forskellige fra hinanden, konklusionerne stadig kontroversiel. I dette papir, blev Databaser såsom PubMed ansøgt at søge efter relaterede papirer. Dataene blev importeret til Omfattende Meta-analyse V2, som blev brugt til at estimere den vægtede forekomst af

hMLH1

hMSH2

patologiske mutationer og sammenligne forskelle i udbredelsen mellem forskellige familie historier, etniske grupper og relaterede faktorer. Denne undersøgelse opsamlet og anvendt data fra 102 papirer. I Amsterdam-kriterier positiv gruppe, forekomsten af patologiske germlinie mutationer af

hMLH1

hMSH2

gener var 28,55% (95% CI 26,04% -31,19%) og 19,41% (95 % CI 15,88% -23,51%), henholdsvis og forekomsten af germlinie mutationer i

hMLH1

hMSH2

var 15,44% /10,02%, 20,43% /13,26% og 15,43% /11,70 % i de asiatiske, amerikanske multietniske og europæiske /australske befolkninger, hhv. Substitution mutationer tegnede sig for den største andel af kimcellelinje mutationer (

hMLH1

: 52,34%,

hMSH

2: 43,25%). Den samlede forekomst af mutationer af

hMLH1

hMSH2

i Amsterdam-kriterier positive, Amsterdam-kriterier negative og sporadiske kolorektal kræft var omkring 45%, 25% og 15%, henholdsvis og der var ingen tydelige forskelle i forekomsten af kimcellelinje mutationer blandt forskellige etniske grupper

Henvisning:. Li D, Hu F, Wang F, Cui B, Dong X, Zhang W, et al. (2013) Forekomsten af Patologisk Kimcellelinje mutationer af

hMLH1

hMSH2

Gener i kolorektal cancer. PLoS ONE 8 (3): e51240. doi: 10,1371 /journal.pone.0051240

Redaktør: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, USA

Modtaget: 27. juni, 2011; Accepteret: 5. november 2012; Udgivet: 19 Mar 2013

Copyright: © 2013 Li et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af tilskud fra National Natural Science Foundation of China (Grant nummer 30.671.801), Harbin Foundation for den returnerede Lærde (Grant nummer 2005AFLXJ017), og Health Bureau of Heilongjiang provinsen (Grant nummer 2005-103). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

kolorektal cancer (CRC) er en stor verdensomspændende sundhedsproblem [1], og er den næststørste årsag til kræft dødsfald i industrilandene. I udviklingslandene CRC betegner den sjette eller syvende hyppigste årsag til kræft død [2].

Det anslås, at HNPCC (HNPCC) udgør et sted mellem mindre end 1% til 13% [3] [4] af tarmkræft, som gør det den mest almindelige arvet CRC syndrom [5], [6]. HNPCC er karakteriseret ved en autosomal dominant nedarvning mønster af tidlig begyndelse colorektal cancer, som er forbundet med ekstra colonic maligniteter, såsom endometriske, urologiske og øvre gastrointestinale cancere [7]. Der er ingen karakteristisk fænotype forbundet med HNPCC, og dens diagnose er afhængig af anerkendelse af en stærk familie historie tyder på dominant nedarvning [8].

HNPCC, også kendt som Lynch syndrom (LS), er forårsaget af en kimlinie mutation i DNA mismatch repair (MMR) gener [9], [10]. En normal fungerende MMR systemet kan genkende og korrigere basis-pair misforhold og små nukleotid (1-4 basepar) indsættelse /deletionsmutationer, som er afgørende for opretholdelsen af genomisk stabilitet [11].

Der er mindst fem kimcellelinje mutationer i DNA mismatch reparation gener, der kan forårsage Lynch-syndrom, herunder

hMLH1

hMSH2

hMSH6

hPMS1

hPMS2

[12] – [17]. Mutationer i

hMLH1

hMSH2

tegner sig for størstedelen af tilfælde af Lynch-syndrom [18].

hMSH2

gen, som er en komponent af DNA mismatch repair pathway, var det første gen identificeret til at være forbundet med HNPCC. Det tjener som “spejder”, der genkender og binder direkte til den uoverensstemmende DNA-sekvens [19], [20] og kan danne en heterodimer med

hMSH6

når en enkelt base-par mismatch er anerkendt eller med

hMSH3

hvis der findes to til otte nukleotidinsertioner eller deletioner [11].

hMLH1

gen proteinprodukt er også et element af DNA mismatch repair pathway, som har vist sig til at danne en heterodimer med

hMLH3

hPMS2

hPMS1

gener. Men dette protein har ukendt enzymatisk aktivitet og sandsynligvis fungerer som en “molekylær matchmaker”, der rekrutterer andre DNA reparation proteiner til fejlparringsreparationskompleks [21].

Siden

hMLH1

hMSH2

gener blev fundet hos mennesker, er forekomsten af kimcellelinje mutationer blevet bredt undersøgt ikke kun i tilfælde af kolorektal cancer med en tankevækkende familiehistorie men også i sporadisk kolorektal cancer. Men resultaterne af disse undersøgelser er uforenelige, fordi prøvestørrelserne var små, og de etnisk baggrund blev varieret [22] – [24]. Derfor er en systematisk gennemgang og meta-analyse er afgørende for at give anbefalinger til genetiske tests baseret på familiens historie og et grundlag for forebyggelse, tidlig diagnosticering og behandling af kolorektal cancer.

Metoder

1 . Søg strategi og udvælgelseskriterier

Databaser, herunder PubMed, Embase og Cochrane Library, blev anvendt til at søge efter relaterede papirer offentliggjort fra januar 1993 til marts 2011 med følgende nøgleord:

hMLH1

hMSH2

, mutation, HNPCC, kolorektal cancer og /eller carcinoma, tumor eller neoplasma. Valgte papirer blev begrænset til dem, der blev udgivet på engelsk og opfyldt følgende udvælgelseskriterier: 1) papir vurderer kun en bestemt type mutation eller kun bestemte regioner af gener blev udelukket; 2) mutationerne måtte være kimlinie mutationer med patologiske træk, men ikke somatiske blev undersøgelser, der afslørede somatiske ændring af MMR-gener tilstedeværelse udelukket; 3) case-rapporter blev udelukket; 4) gentagne rapporter blev forenet ved hjælp af den nyeste eller den største udgave; 5) forskning i polymorfi blev udelukket; 6) Lynch syndrom patienter med kendte MMR genmutationer blev udelukket; 7) påvisning patienten var begrænset til en diagnose af colorektal cancer snarere end andre Lynch syndrom relateret cancer, såsom endometriecancer. Den specifikke proces med undersøgelse udvælgelse er blevet vist i figur S4 støtte oplysninger.

2. Klassificering af familiens historie og etnicitet

Vi kategoriseret kolorektal cancer patienter, der mødte de strenge Amsterdam kriterier (I eller II) [25] som Amsterdam-kriterier positiv gruppe (AC +). Patienter uden nogen familie historie af kræft, uanset indtræden alder, blev kategoriseret i sporadisk cancer gruppen. Andre, der havde en familie historie, men ikke strengt overholder de Amsterdam kriterier blev defineret som Amsterdam-kriterier negativ gruppe (AC). Desuden har vi navngivet patienterne med en tvetydig familie historie eller dem, der ikke har nok information til at være re-klassificeres igen, da familiens historie ikke klart gruppe.

Da oplysningerne om etnicitet af patienterne ikke var godt -defined, måtte vi definere etnicitet baseret på kontinenter, herunder asiatiske, amerikanske multietniske, europæisk /australske eller blandede etniciteter (nogle undersøgelser ikke tilbyde denne type data eller disse data inkluderet amerikanske, europæiske og australske).

3. MSI status og kategori

Hvis mere end 30% af de typisk anvendes mikrosatellitmarkører viser ustabilitet, tumoren vil blive betragtet MSI-høj. MSI-stabil (MSS) er defineret som ingen markører angiver ustabilitet [26], [27]. Ellers er tumoren defineret som MSI-lav. For patienter uden oplysninger om mikrosatellit status, vi klassificerer dem som MSI-ikke identificeret. Derudover vi definerer undersøgelser, der tilsammen MSI-høj og MSI-lave tumorer som MSI.

4. Bestemmelse af patogenicitet

Vi bestemt patogenicitet af mutationer primært af tre metoder tilsammen. Først må vi udskudt til fortolkningerne af de oprindelige papirer og den patogene definition indbefatter: et rammeskift mutation, der kunne forudsiges at resultere i et trunkeret protein; sense-mutationer; missense mutationer konstateret med et funktionelt assay; store genomiske deletioner der fjernede mindst én exon; eller gentagelse af exon, til adskillelse af ændringen med kræft i slægt [28]. For det andet, vi brugte den analytiske program PolyPhen at forudsige denne mutation til at være patogene [29], hvis PolyPhen score 2,0 så ændringen var forudsagt til at påvirke protein funktion. Sidste, vi kontrolleres to hjemmesider, herunder “International Society for Gastrointestinal Arvelig Tumorer Incorporated (Insight) (www.insight-group.org/mutations/)” og “MMR Gene Unclassified Varianter Database (www.mmruv.info)” til yderligere at bestemme patogenicitet . For at anvende funktionelle assays vil være mere præcis og objektiv ved test missense varianter for patogenicitet. Men mange artikler kunne ikke gøre dette på grund af forskellige begrænsninger; nogle undersøgelser skelnes mellem patologiske forandringer med polymorfi eller bestemmes patogenicitet, når de samme varianter stiftende i kontrolgruppen befolkning. I Insight databasen, blev dens “Rapporteret patogenicitet” kategoriseres som rapporteret patogene eller sandsynligvis patogene og “konkluderede patogenicitet” var ukendt. Vi fandt det derefter som rapporteret patogenicitet i henhold til disse resultater. I vores Meta-analyse, vi kategoriseret de indberettede patogene mutationer eller sandsynligvis patogene møde definitionen som patogene mutationer.

5. Dataudtræk

To efterforskere (Dandan Li og Fulan HU) uafhængigt udtrukne data og kontrolleret alle de forskelle i variablerne, indtil der blev opnået enighed om alle punkter. Oplysninger såsom den første forfatter, udgivet år, kontinent, land, familie historie, mutation sites, mutation typer, og MSI fænotype og påvisningsmetoder blev indsamlet fra hver enkelt artikel.

6. Statistisk analyse

Data blev importeret til Omfattende Meta-analyse V2, som anslog den vægtede prævalens og sammenlignet forskellen på forekomsten blandt relaterede faktorer. En væsentlig α-niveau på 0,05 blev anvendt. For multiple tests blev en α-niveau på 0,05 justeres til a divideret med antallet af multiple prøver. Heterogenitet mellem studier blev vurderet med meta-regression og I

2 statistik. I

2 statistik 25, 50 og 75 svarende til lav, middel og høj heterogenitet henholdsvis [30]. Hvis I

2 blev ≤50 kombineret med de særlige kendetegn ved de oplysninger [31], den faste effekter model blev anvendt. Ellers blev tilfældige-effects modeller vedtaget. Publikationen skævhed blev vurderet visuelt ved hjælp af en tragt plot. Den rang korrelation metode foreslået af Begg [32] og den lineære regression tilgang foreslået af Egger et al. [33], [34] blev anvendt til kvantitativt analysere mulighederne publikationsbias.

Resultater

Efter filtrering for potentielt relevant citat, der var 796 abstracts hentet. Vi derefter udelukket disse undersøgelser, der havde ingen klare detekteringsdata gen mutation. Endelig, i alt 279 artikler på

hMLH1

hMSH2

kimlinie mutationer i kolorektal cancer blev ransaget i en elektronisk database. Der var dog kun 102 papirer inkluderet i denne undersøgelse [6], [8], [24], [26], [35] – [132] på grundlag af udvælgelseskriterierne. En klar slægtshistorie blev leveret i 82 af disse papirer. Det detekterede befolkning kom fra asiatiske, amerikanske, europæiske /australske og blandede etniske befolkningsgrupper i 22, 11, 63 og 6 papirer hhv. Grundlæggende karakteristika for de omfattede genstande er vist i tabel S1 støtte oplysninger.

1. Forekomsten af germlinie patologiske mutationer i forskellige slægtshistorie

I alt 861 af 7057 og 698 af 7096 kolorektal kræfttilfælde rapporterede haft

hMLH1

hMSH2

genmutationer, henholdsvis . Derudover 1526 af 6965 tilfælde havde en mutation i et gen eller den anden, når begge gener blev screenet

Den højeste forekomst af patologiske germlinie mutationer forekom i AC + gruppe og var 28,55% (95% CI 26.04%. – 31.19%) og 19,41% (95% CI 15,88% -23,51%) i de

hMLH1

hMSH2

gener (

= 0.00 0,05), henholdsvis . Forekomsten i AC-gruppen var 16,70% (95% CI 14,53% -19,13%) og 11,30% (95% CI 9,49% -13,42%) (

= 0.00 0,05), hhv. I sporadisk cancer gruppe, forekomsten af mutationer var 8,72% (95% CI 6,12% -12,29%) og 7,28% (95% CI 5,12% -10,26%) (

= 0,47 0,05) (tabel 1). Høj heterogenitet blandt de alle inkluderede studier blev observeret i begge

hMLH1 Hotel (I

2 = 80,10%) og

hMSH2 Hotel (I

2 = 79,98%) på tværs af alle kolorektal kræft . Men heterogenitet var på et acceptabelt niveau for begge gener i de tre undergrupper med klare slægtshistorie (tabel 1).

Den samlede forekomst af de to gener ‘patologiske mutationer i papirer, der detekteres begge dem var 44,70% (95% CI 39,13% -50,40%), 24,65% (95% CI 20,37% -29,50%), 11,56% (95% CI 7,11% -18,23%) og 17,02% (95% CI 11,24% – 24,93%) i AC +, AC-, sporadiske kræft og slægtshistoriske ikke klare grupper, henholdsvis (

= 0.00. 0,05) (tabel 2)

2. Forekomsten af patologiske germlinie mutationer i forskellige etniske grupper

hMLH1

gen, forekomsten af patologiske kimcellelinje mutationer i AC + gruppe lå fra 25,64% til 32,94% i de fire etniske grupper evalueret (

= 0,48 0,05). I AC gruppe, de lå fra 14,88% til 17,35% (

= 0,99 0,05), og de lå fra 3,21% til 16,71% (

= 0,13 0,05) i sporadiske cancer gruppen (tabel 1).

hMSH2

gen, mutation prævalens den varierede fra 17,56% til 33,78% i AC + gruppen, fra 10,33% til 20,60% i AC-gruppen og fra 3,64% til 21,90% i sporadiske cancer gruppen (AC +:

= 0.00 0,05; AC:

= 0,91 0,05; sporadisk :

= 0.00 0,05) i de fire etniske grupper evalueret. I AC + og sporadisk cancer gruppe blev forskelle ses i blandede etniske gruppe i forhold til den europæiske /australske gruppe (

= 0,000 0,007), og i den asiatiske gruppe sammenlignet med den blandede etniske gruppe (

= 0,000. 0,007) (tabel 1)

henviser til de artikler, der havde både gen, der blev opdaget i AC + gruppen, den samlede mutation forekomsten af

hMLH1

hMSH2

for asiatiske, amerikanske multietniske, europæiske /australske og blandede etniciteter var 38,01%, 54,02%, 42,59% og 66,09%, henholdsvis (tabel 2). I AC gruppe, forekomsten var omkring 25% (

= 0,83 0,05). I sporadiske tilfælde, der var en bred vifte og forskel i prævalensen (fra 5,31% til 37,63%,

= 0.00 0,05) (tabel 2). Der var tydelige forskelle mellem disse etniske grupper i AC + og sporadiske kræft grupper (alle havde

= 0,000 0,007). Yderligere analyse viste, at disse forskelle blev set i asiatiske forhold til blandede etniske grupper og europæiske /australske forhold til blandede etniske grupper. Der blev ikke observeret blandt de tre klare etniske grupper.

3. Mutationen fordeling i forskellige exons

Alle exons i disse to gener viste mutationer. Den højeste mutation prævalens på 3,62% blev fundet i exon 16 i

hMLH1

gen, med 2,19 mutationer /100 bp, som, bemærkelsesværdigt, tegnede sig for 16,36% af alle mutationer. Ud over exon 16, forekomsten af mutation var højere i exon 2, exon 6, exon 8, exon 12, exon 13 og exon 19. Mutationer i disse syv exoner (herunder exon16) udgjorde 55,45% af de samlede mutationer. I

hMSH2

gen mutationen prævalens og tætheder i forskellige exons var generelt lavere end i

hMLH1

gen. Den højeste forekomst af mutation var 2,62% i exon 7. De i exon 3, exon 5, exon 11 og exon 12 var også højere end i andre exoner. De samlede mutationer i disse fem exoner udgjorde 53.39% af de samlede mutationer (tabel 3).

4. De mutation typer

Som vist i tabel 4, var der tre hovedtyper af genmutationer, herunder substitutioner (med inddragelse af overgang og transversion), sletninger eller indsættelser og store genomiske omlejringer. Udskiftning udgjorde 60,97% og 53,77% af alle tre punktmutationer i

hMLH1

hMSH2

gen hhv. Den næsthøjeste var sletning, som tegnede sig for 24,15% og 36,98% af den samlede, henholdsvis.

5. MSI status og forekomsten af kimcellelinje mutationer

I MSI-høj fænotype, mutationen forekomsten i

hMLH1

gen var 29,84% (95% CI 22,43% -38,48%), 22,03% (95 % CI 13,66% -33,53%) og 18,34% (95% CI 9,39% -32,72%) i AC +, AC og sporadisk cancer, hhv. Den næsthøjeste mutation forekomst var i MSI-lav og MSS grupper. Der var ingen statistiske forskelle mellem forskellige slægtshistorie i alle disse tre MSI fænotype kategorier (

var 0,25, 0,41 og 0,93, henholdsvis).

Mutationen prævalens i

hMSH2

gen var også den højeste i AC + (26.81% 95% CI 19.02% -36,35%), efterfulgt af Ac- (24,84%, 95% CI 16,14% -36,21%) og sporadisk cancer (7,46%, 95% CI 2,64% -19,34%) med MSI-høj fænotype, med marginale statistiske forskelle (

= 0,04 0,05). Sager med MSS manifesteret den laveste forekomst af mutationer i de forskellige familiehistorie gruppe (

= 0,48 0,05). Forekomsten i MSI-low var moderat (

= 0,98 0,05). (Tabel 5)

I artikler, der detekteres begge gener, forekomsten af mutation var den højeste i AC + (53,41%, 95% CI 38,02% -68,17%), efterfulgt af AC (38,80%, 95% CI 27,87% -50,98%) og sporadisk cancer (22,54%, 95% CI 12,55% -37,11%) med MSI-høj fænotype (

= 0,02 0,05). Disse blev efterfulgt af sager med MSI-lav og MSS i de forskellige familiehistorie gruppe (

0,05).

6. Udbredelsen af germlinie mutationer i forskellige emne vælge indstilling

Der var 28 populationsbaserede serie artikler og 29 klinik-baserede serie artikler, der blev evalueret i denne undersøgelse. I

hMLH1

gen, mutation prævalens den var 12,49 (95% CI 8,65-17,71) i befolkningen-baserede gruppe og 17,39 (95% CI 13,62-21,93) i klinikken-baserede gruppe (

= 0,13). I

hMSH2

gen, mutation prævalens det var 10.50% (95% CI 6,94% -15,59%) og 12,03% (95% CI 8,47% -16,80%), henholdsvis (

= 0,62) (tabel S5 støtte information). For yderligere at overveje forskellen i hver familie historie gruppe, der ikke var væsentlige statistikker i enhver gruppe.

7. Udbredelsen af

hMLH1

hMSH2

gen intron område kønscellelinie mutation

Vores resultater viste, at den højeste intron mutationshyppighed i AC + gruppen var 8,49% (95% CI 6,43% -11,13%) og 5,42% (95% CI 3,82% -7,64%) i

hMLH1

hMSH2

gener hhv. Forekomsten i AC-gruppen var 4,15% (95% CI 2,75% -6,23%) og 4,01% (95% CI 2,57% -6,21%), hhv. I sporadisk cancer, forekomsten af mutationer var 5,81% (95% CI 3,04% -10,84%) og 5,51% (95% CI 2,76% -10,68%) (tabel S6 støtte information). Og der var ingen forskelle mellem forskellige etniske grupper i enten gen (

hMLH1

= 0,78 i AC +,

= 0,12 i AC,

= 0,38 i sporadisk cancer;

hMSH2

= 0,44 i AC +,

= 0,41 i AC,

= 0,58 i sporadisk cancer) (tabel S6 støtte information).

8. Publikationsbias

Funnel plots af forekomsten af patologiske mutation i disse to gener både generelt og med forskellige slægtshistorie viste en vis grad af asymmetri, med mindre undersøgelser på venstre side af plottet (figur S1, S2 og S3 i at støtte information). Detaljerede resultater af en Egger regression, en Begg korrelation og en “Trim og Fill” analyse for forskellige slægtshistorie med disse to gener, både hver for sig og sammen, er vist i tabel 6.

Diskussion

Baseret på en systemisk gennemgang og meta-analyse, fandt vi, at den samlede mutation forekomsten af

hMLH1

hMSH2

i patienter, der har begge gener screenede var 44,70%, 24,65% og 11.56% i AC +, AC og sporadiske kræft grupper, hhv. Men de rapporterede mutationer i disse to gener var meget forskellige i Lynch syndrom [6], [48], [59]. En årsag til forskellen var, at vi begrænsede mutationen region til exons og mutationen type patogenicitet, der tillod os at give mere stabile prævalens mutation resultater ved at udføre en systematisk gennemgang og meta-analyse.

Selvom papirer på mutationer i forskellige etniciteter er blevet offentliggjort, har ikke rapporteret klare beskrevet eventuelle forskelle mellem dem. Vores analyse viste, at der ikke var nogen væsentlig statistisk forskel mellem disse fire etniske grupper med forskellige slægtshistorie tværs begge gener, enten separat eller sammen.

Selvom INSIGHT database har samlet information om nye mutationer i forskellige exons, få papirer eller hjemmesider givet oplysninger om exon-specifikke prævalens og detaljerede mutation typer. Vores resultater viste, at en bemærkelsesværdig høj forekomst af mutation fandt sted i exon 16. Det var også bemærkelsesværdigt, at mutationer i exon 16 og exon 2 primært blev aggregeret på c.1852_1854delAAG og c.199G A, som tegnede sig for 37,78% og 29,03% af mutationerne henholdsvis (data ikke vist). I

hMSH2

blev prævalens den højeste mutation fundet i exon 7. Det samlede mutationer i exon 3, exon 5, exon 7, exon 11 og exon 12 udgjorde 53.39% af den samlede (tabel 3). Derfor, når du udfører

hMLH1

hMSH2

genmutationsundersøgelserne, vil det være vigtigt at fokusere på disse exons og deres fælles mutation point.

I Wei W. et al. [133], tre mutationer (exon 8 c.649C

T, exon 14 c.1625A

T og exon 15 c.1721T

C) i

hMLH1

og fire mutationer (exon 1 c.23C

T og c.187dupG, exon 3 c.505A

G og exon 7 c.1168C

T) i

hMSH

2 havde en langt højere forekomst i asiatiske befolkninger end i de europæiske befolkninger. Desuden tre mutationer (exon 13 c.1453G

C, exon 16 c.1742C

T og c.1758dupC) i

hMLH1

og to ( exon 7 c.1255C

A og exon 12 c.1886A

G) i

hMSH2

blev kun fundet i den asiatiske befolkning, hvilket indebærer, at specifikke mutationer i denne population bør fremhæves ved screening for mutationer i disse to gener.

Vores resultater viste, at den største mutation type af begge gener var substitution og sletning. Substitution af et nukleotid kan resultere i missense, nonsens og stille mutationer, mens sletning og indsættelse typisk medføre læserammeforskydning. Der var ingen forskel i mutation typen af etnicitet i

hMSH2

(tekst udgår

= 0,18 0,05; indsættelse

= 0,11 0,05; substitution

= 0,85 0,05), men der var i

hMLH1

gen. For indsættelse, eksisterede forskelle mellem de asiatiske og europæiske /australske populationer (

= 0.00 0,05). Insertionsmutationer udgjorde en større andel i den asiatiske befolkning, end i den europæiske /australske befolkning (tabel 4 og tabel S4 støtte information).

Disse resultater antydede, at ikke kun punktmutationer forekom hyppigt i kolorektal cancer, men også store genomiske omlejringer var til stede i et vist omfang. Oprindeligt var detektionsmetoder for store genomiske omlejringer var hovedsagelig Southern-analyse [115] og omstilling analyse [18]. For nylig blev mere følsom MLPA analyse udført for patienter som ikke havde nogen punktmutationer at bestemme forekomsten af store genomiske deletioner af disse to gener [134]. I vores 102 undersøgelser, var der kun fem papirer hjælp MLPA separat eller kombineret med andre metoder, der repræsenterer 4,90% af de samlede undersøgelser. Forekomsten af store genomiske rearrangementer i

hMLH1

hMSH2

var 6,76% (95% CI 3,11% -14,05%) og 13,56 (95% CI 11,19% -16,32%) (Data ikke vist), henholdsvis, som var højere end resultaterne i tabel 4, hvor de emner og påvisningsmetoder ikke nærmere beskrevet. Derfor forventes mutationen forekomsten i fremtidige resultater at være højere ved brug af mere følsomme metoder til at identificere store genomiske sletninger.

Undersøgelser har vist, at tilfælde med negativ mikrosatellit instabilitet også kan bære kimlinie mutationer. prævalens Mutationen er bredt varierede i forskellige MSI situationer og med forskellige slægtshistorie [70]. Forekomsten af mutation var 53,41% i AC + patienternes med tumorer udviser MSI-høj fænotype, som foreslået, at den forventede værdi af MSI-høj for mutationer i disse to gener var 53,41% i AC + gruppen. Den næsthøjeste var 38,80% i AC-gruppen og derefter 22,54% i sporadiske gruppe. Hvis vi tog MSI som én gruppe (kombineret MSI-høj, MSI-lav og MSI (kan ikke identificere MSI-høj eller MSI-lav)), var den tilsvarende forudsagte værdi 57.12% (95% CI 50.43% -63,55%) i AC + (tabel 5).

Flere teknikker til påvisning af mutationer er almindeligt anvendt, herunder immunhistokemi efterfulgt af DNA-sekventering, enkeltstrenget konformationel polymorfisme efterfulgt af DNA-sekventering, heteroduplex analyse efterfulgt af DNA-sekventering, denaturering gradient-gelelektroforese efterfulgt af DNA-sekventering, denaturerende hØJTRYKSVÆSKEKROMATOGRAFI efterfulgt af DNA-sekventering, og direkte DNA-sekventering. Analyse af virkningen af forskellige påvisningsmetoder om forekomsten har fundet, at i almindelighed var der ingen signifikant forskel i forekomsten detekteres af de fire metoder i AC + (

= 0,60 0,05) gruppe. I sporadisk gruppe, der var alt for få undersøgelser til analyse (tabel S2 støtte information).

En skelnen mellem en populationsbaseret og klinik-baserede serier blev gjort, for det var en potentielt vigtig skævhed af analyse. observerede dog, at der ikke var nogen signifikante forskelle i mutationen forekomsten mellem klinik-baserede og population-baserede grupper i enten gen. Når man overvejer konsekvenserne af familiens historie, har konklusionen ikke ændre (tabel S5 støtte information).

Der var højere heterogenitet i total udbredelse. Meta-regression Resultaterne viste, at 22,34% af denne heterogenitet blev forklaret af forskellige slægtshistorie (

= 0.00) (Tabel S3 i at støtte information). Undergruppe analyse viste, at heterogenitet var ved moderate eller lave niveauer for forskellige slægtshistorie med hensyn til forekomsten i disse to gener. Udover familiens historie, faktorer som år siden offentliggørelse, blev også analyseret forskellige etniciteter og påvisningsmetoder, og ingen af dem viste nogen statistisk signifikant effekt på heterogenitet (tabel S3 støtte information).

Fra tragt plots (Figur S2 og S3 i underbyggende oplysninger), observerede vi, at tallene fra metaanalysen for mutationen prævalens med forskellige slægtshistorie af de to gener var alle skæv til venstre. Yderligere mængde analyse ved Egger regression og Begg korrelationsmetoder om omfanget af asymmetri fandt, at den venstre asymmetri var statistisk signifikant i nogle situationer (tabel 6). Dette indikerede, at et forøget antal accepterede publikationer og små undersøgelse størrelser havde ingen effekt på positive resultater. Dette illustrerede kun, at flere studier med små stikprøvestørrelser og lavere afsløring evne blev gennemført og offentliggjort. Men vi kan stadig bruge “Trim og Fill” til at justere værdien af de oprindelige data [135]. Vi observerede, at den justerede værdi steg fra 28,55% til 33,94% i

hMLH1

gen og fra 19,41% til 23,00% i

hMSH2

gen i AC + gruppen (tabel 6).

Foruden mutationer i exoner, nogle af de mest almindelige sygdomsfremkaldende varianter er intronisk. Så vi systematisk søgte papirer på associationer mellem mellemliggende sekvens eller intron området mutationer og Lynch-syndrom, og vi analyserede også forskel på forekomsten blandt relaterede faktorer såsom familie historie og etniciteter (tabel S6 i supplerende oplysninger). Når vi beregnet de to gener tilsammen, den intron mutationshyppighed var 12,30% (95% CI 9.80% -15,33%) i AC + gruppen og 5,90% (95% CI 4,08% -8,47%) i AC-gruppen. Desuden fandt vi, at de mest almindelige sygdomsfremkaldende skadelige varianter i Lynch-syndrom var

hMSH2

Intron5 c.942 + 3A T, og

hMLH1

Intron9 c.790 + 1G A, med en mutations konsekvens af sletning af exon5 i

hMSH2

og en sletning af exon9-10 i

hMLH1

Følsomhedsanalyse indikeret, at resultaterne af vores undersøgelse var pålidelig og stabil. Men denne metaanalyse har stadig nogle begrænsninger, såsom familie historie information af patienterne ikke bliver klart forklaret og undersøgelser giver utilstrækkelig etnicitet oplysninger, der har at blive groft klassificeres. I sporadisk kolorektal cancer gruppe, blev påvisningen befolkning normalt filtreret af MSI fænotype eller debut alder [64], [129]. Desuden skal analyseres yderligere utilstrækkelige undersøgelser af sporadisk colorecal kræft og oplysninger om køn. Hertil kommer, med henblik på at kontrollere kvaliteten og ensartede standarder for artikler, blev det skrevne sprog er begrænset til engelsk, hvilket kan have påvirket antallet af inkluderede studier.

Ikke kun

hMLH1

hMSH2

gen, vi fortsat bekymret over udbredelsen af disse mutationer af andre MMR gener, især

hMSH6

eller

hPMS2

. I 2009 blev en systematisk gennemgang foretaget og en meta-analyse blev foretaget for at bestemme hyppigheden af

hMSH6

mutation i tyk- og livmoderkræft af vores akademiske hold [136].

Kronisk sygdom

PLoS ONE: Forekomsten af Patologisk Kimcellelinje mutationer af hMLH1 og hMSH2 Gener i kolorektal Cancer

Be the first to comment

Leave a Reply Annuller svar