PLoS ONE: TAZ Expression som prognostisk indikator i kolorektal cancer

Abstrakt

Hippo pathway begrænser aktiviteten af ​​transkriptionelle coaktivatorer TAZ (

WWTR1

) og YAP. TAZ og YAP rapporteres at være overudtrykt i forskellige kræftformer, men deres prognostisk betydning i tarmkræft forbliver unstudied. Ekspressionsniveauerne af TAZ og YAP, og deres nedstrøms transkriptionelle mål,

AXL

og

CTGF

blev udvundet fra to uafhængige tyktarmskræft patient datasæt til rådighed i Gene Expression Omnibus database, i alt 522 patienter . Vi fandt, at mRNA udtryk for både TAZ og YAP positivt blev korreleret med de

AXL

og

CTGF Hotel (

s

0,05). Højt niveau mRNA ekspressionen af ​​TAZ,

AXL

eller

CTGF

signifikant korreleret med kortere overlevelse. Vigtigere, patienter co-overekspression alle 3 gener havde en signifikant kortere overlevelsestid, og kombinatorisk ekspression af disse 3 gener var en uafhængig prædiktor for overlevelse. Downstream target gener for TAZ-AXL-CTGF overekspression blev identificeret ved Java-program MyStats. Interessant, gener, der er forbundet med tyktarmskræft progression (

ANTXR1

,

EFEMP2

,

SULF1

,

TAGLN

,

VCAN

,

ZEB1

og

ZEB2

) blev opreguleret i patienter, der samtidig overekspression TAZ-AXL-CTGF. Dette TAZ-AXL-CTGF genekspression signatur (GES) blev derefter anvendt på Connectivity Kort til at identificere små molekyler, der potentielt kan udnyttes til at vende denne GES. Af de 20 små molekyler identificeret ved tilslutningsmuligheder kort, amilorid (kalium diuretikum,) og tretinoin (all-trans retinsyre) har vist terapeutisk løfte i hæmning af tyktarmskræft cellevækst. Brug MyStats, fandt vi, at lave udtryk for niveau enten

ANO1

eller

SQLE

var forbundet med en bedre prognose hos patienter, som co-overudtrykt TAZ-AXL-CTGF, og at

ANO1

var en uafhængig prædiktor for overlevelse sammen med TAZ-AXL-CTGF. Endelig har vi bekræftet, at TAZ regulerer Axl, og spiller en vigtig rolle i clonogenicity og ikke-klæbende vækst

in vitro

tumordannelse

in vivo

. Disse data antyder, at TAZ kunne være et terapeutisk mål til behandling af coloncancer

Henvisning:. Yuen H-F, McCrudden CM, Huang Y-H, Tham JM, Zhang X, Zeng Q, et al. (2013) TAZ Expression som prognostisk indikator i kolorektal cancer. PLoS ONE 8 (1): e54211. doi: 10,1371 /journal.pone.0054211

Redaktør: Gabriele Saretzki, University of Newcastle, England

Modtaget: Juni 29, 2012; Accepteret: December 10, 2012; Udgivet: 23 Jan 2013

Copyright: © 2013 Yuen et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Denne undersøgelse er finansieret af agenturet for Videnskab, Teknologi og Forskning (A * STAR), Singapore. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Hippo pathway spiller en vigtig rolle i celleproliferation, organstørrelse kontrol og cancer udvikling og progression [1], [2], [3], [4]. YAP og TAZ er begge transkriptionelle co-aktivatorer, der inhiberes af Hippo pathway [1], [2], [3], [4]. Afvigende inaktivering af Hippo-vejen og /eller overekspression af TAZ og YAP resulterer i transkriptionel aktivering af deres downstream mål [1], [2], [3], [4].

YAP overekspression inducerer celledeling og epitelial mesenkymale overgang (EMT), og hæmmer apoptose og kontakt hæmning [5], [6], [7]. Transkriptionel aktivering af epidermal vækstfaktorreceptor ligand amphiregulin kan forklare YAP-medieret induktion af celleproliferation, især under serum-depletion [7], mens YAP også samvirker med Myc at fremme celleproliferation [8]. For nylig, YAP har vist sig at spille en kritisk rolle i stamcellebiologi. Det induceres under pluripotente stamceller omprogrammering, mens tavshed af YAP reducerer pluripotens af embryonale stamceller [9]. YAP fremmer kræft i æggestokkene progression, og høje niveauer af nukleare udtryk er omvendt forbundet med patientens overlevelse [10]. Især er YAP forbundet med klar celle ovarietumorer, en æggestokkene malignitet subtype med dårlig prognose [11]. YAP har også vist sig at spille en onkogen rolle i esophageal pladecellecarcinom [12]. I leverkræft, microRNA-medieret hæmning af YAP hæmmer tumor karakteristika, herunder celleproliferation og invasion [13]. Omvendt er der rapporter, der viser en modsat, tumor undertrykkende, rolle YAP at fremme p73-medieret apoptose [14], [15]. I bryst og hoved og hals kræft, har YAP vist sig at virke som en tumor suppressor under visse omstændigheder [14], [16].

TAZ er strukturelt homologt til Yap, er ligeledes hæmmet af Hippo vej, og også fremmer EMT-medieret cancer progression [17], [18], [19]. TAZ regulerer mesenchymal stamcelle differentiering ved modulering Runx2- og PPARy-afhængig genekspression [20], samt stamcelle selvfornyelse gennem styring lokalisering af Smad [21]. TAZ spiller en vigtig rolle i udviklingen af ​​bryst [22], [23] og ikke-småcellet lungecancer [24], [25]. Vigtigere er det, TAZ giver kræft stamcelle-relaterede træk på brystkræftceller, yderligere synliggøre dens betydning i tumor initiering og progression [26]. TAZ er også overudtrykt i papillær thyreoideakarcinom [27].

TAZ og YAP er blevet vist at interagere med flere transkriptionelle faktorer [2], [3], [4], med TEAD familien af ​​transkriptionelle faktorer ( TEAD1-4) er de mest relevante i celleproliferation og cancer progression [19], [28], [29]. X-ray krystalstrukturer af YAP-TEAD komplekser er blevet løst, og den foreslåede interaktion understøttes af og i overensstemmelse med funktionel analyse [30], [31], [32], viser, at YAP-TEAD komplekser aktiverer gentranskription.

YAP ekspression blev observeret i colon adenocarcinom [33], [34], [35]. Den er overudtrykt i humane coloncancer prøver og overekspression af YAP fremmer celledeling og overlevelse i colon cancerceller [36]. De seneste resultater viser, at knockdown af TAZ resulterer i et fald i celle proliferation i kultur og tumorvækst

in vivo

[26].

På trods af beviser tyder på potentielle konsekvenser af YAP og TAZ i tyktarmskræft progression, deres prognostisk signifikans i colorektal cancer er ukendt. I denne undersøgelse, analyserede vi mRNA ekspressionen af ​​YAP og TAZ, og to af dens downstream målgener,

AXL

og

CTGF

i to uafhængige tyktarmskræft patientkohorter omfatter 522 patienter. Vi fandt, at TAZ, men ikke YAP, er en prognostisk markør i tyktarmskræft progression. Endvidere TAZ-

AXL-CTGF

co-overekspression, som definerer både ekspressionen af ​​TAZ og dens transkriptionelle aktivitet mod mål genekspression, er en hidtil ukendt prognostisk indikator, der er uafhængig af tumorklassificering og stadium, colon kræftpatienter. Rolle TAZ i tyktarmskræft celledeling og onkogenese blev valideret af funktionel undersøgelse.

Materialer og metoder

Udvinding af kliniske og microarray genekspression data fra tyktarmskræft patient datasæt

To tyktarmskræft patient datasæt, GSE14333 [37] og GSE17538 [38], til rådighed i Gene Expression Omnibus (GEO) Database (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds) blev inkluderet i denne undersøgelse. Den GEO hjemmeside har standardiseret webadresser til de enkelte datasæt, f.eks den samlede kortfattede oplysninger om microarray datasæt GSE14333 kan tilgås på https://www.ncbi.nlm.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE14333. For hver GEO dataserier, findes link nederst på siden for at Serie Matrix Fil (er), som indeholder udtrykket værdier for hver gen (probeset) og hver microarray. De URL’er til serien Matrix Fil (er) er også standardiseret. For GSE14333, URL’en var ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/geo/DATA/SeriesMatrix/GSE14333. Filerne i gzip format blev derefter pakkes ud til tabulatorsepareret tekst-format, som indeholder detaljerede oplysninger til statistisk analyse. De GSE14333 og GSE17538 datasæt er de to største tyktarmskræft patient datasæt på databasen, og omfatter 522 patienter, 458 hvis overlevelse data er tilgængelige i databasen. Den GSE17538 dataserier består af fire SubSeries: GSE17536, GSE17537, GSE19072 og GSE19073. GSE19072 og GSE19073 blev udelukket fra denne undersøgelse, da de mangler kliniske data. Microarray genekspression data blev hentet fra datamatricer deponeret til GEO-databasen ved de oprindelige forfattere. Genekspression niveauer i GSE14333 og GSE17538 er repræsenteret ved basen-2 logaritmen af ​​MAS5 værdi og RMA-værdier henholdsvis som godkendt af de oprindelige forfattere. R scripting blev brugt til at udtrække udtrykket værdier af en lille antal gener (probesets) af interesse og de kliniske data fra data matricer downloadet fra GEO.

Demografiske og kliniske data for de to patientgrupper kohorter

Både alder og køn af patienterne var tilgængelige demografiske data i de to datasæt analyseres i nærværende undersøgelse. Patienterne havde en gennemsnitsalder på 67 år (spændvidde: 26-92 år gamle) og 65,5 år (Range: 23-94-årige) i GSE14333 og GSE17538 hhv. Der var 43% og 46% kvinder i henholdsvis kohorte GSE14333 og GSE17538. Den GSE14333 kohorte består af 290 patienter, for hvem var tilgængelige 226 overlevelsesdata. Femten, 32, 31 og 21% af patienterne havde stadie A, B, C og D tumorer hhv. De overlevelsesdata var ikke tilgængelig for alle patienter i fase D. Overlevelsesdata var tilgængelige for alle 232 patienter i GSE17538 kohorte. Tolv, 31, 33 og 24% af patienterne havde tumorer i AJCC fase I, II, III og IV, henholdsvis og 8, 78 og 14% af patienterne havde klasse A, B og C tumorer henholdsvis.

Korrelationer af genekspression niveauer og kliniske data

Alle statistiske analyser blev udført ved hjælp SPSS19.0. Sammenhængen mellem ekspressionsniveauer af gener blev analyseret ved Spearmans rank test. Ekspressionsniveauer blev yderligere opdelt i høje og lave niveauer ved hjælp af median ekspressionsniveau som cut-off point for Kaplan-Meier overlevelsesanalyse. Resultaterne blev sammenlignet ved log-rank test. Univeriate Cox regressionsanalyse blev brugt til at korrelere genekspressionsniveauer og patient overlevelse og multivariat Cox regressionsanalyse blev anvendt til at identificere uafhængige prædiktorer for patientoverlevelse ved hjælp af en baglæns trinvis tilgang med en post grænse på p 0,1 og en fjernelse grænse for p 0,05 . Patienterne blev inddelt yderligere i 4 grupper baseret på ekspressionsniveauerne af TAZ, AXL og CTGF; Den TAZ-AXL-CTGF-lav gruppe bestod af patienter, der har givet udtryk for alle disse 3 gener ved lave niveauer; Taz-AXL-CTGF-mellemprodukt-low gruppe bestod af patienter, som udtrykte en af ​​disse tre gener på et højt niveau; Taz-AXL-CTGF-mellemprodukt-high gruppe bestod af patienter, som udtrykte to af disse tre gener i høje niveauer; Taz-AXL-CTGF-høj gruppe bestod af patienter, som udtrykte alle tre gener i høje niveauer. Overlevelsestiden for patienter stratificeret efter denne gruppering metode blev analyseret ved Kaplan-Meier-analyse og Cox regression som beskrevet ovenfor.

Identifikation af TAZ-AXL-CTGF co-ekspression af gener

Patienterne blev stratificeret i fire grupper baseret på ekspressionsniveauerne af TAZ, AXL og CTGF som beskrevet ovenfor. Gen-ekspressionsmønstre for patienter i TAZ-AXL-CTGF lav undergruppe og dem i TAZ-AXL-CTGF høj undergruppe (hvis overlevelse var signifikant ringere) blev sammenlignet. Probesets der blev differentielt udtrykt mellem disse to undergrupper blev identificeret ved 2-prøve Welch t-test. Denne test blev anvendt for at undgå type I fejl på grund af ulige varianser af værdierne af probesets mellem undergrupper. Kort fortalt blev en Welch t-test anvendes på hver probeset svarende til en bestemt gen i data matrix ved hjælp af vores egne Java-program MyStats. P-værdier og den differentierede udtryk i fold ændringer for alle probesets blev genereret som tabulatorseparerede regneark i Excel til yderligere analyse. Generne blev prioriteret af stigende p-værdier. De øverste 100 probesets blev prioriteret i både patient datasæt, og generne er fælles for begge datasæt blev analyseret yderligere.

Identifikation af potentielle hæmmende forbindelser målrettet TAZ-AXL-CTGF overekspression tyktarmskræft (Connectivity Map)

Genekspression tilslutning kortlægning blev udført ved anvendelse statistisk signifikant Connections kort (sscMap) for at identificere kandidat forbindelser med små molekyler, der kan inhibere ekspressionen af ​​gener, der co-reguleret i TAZ-AXL-CTGF coekspression aggressiv tyktarmskræft [39], [40], [41]. De probesets identificerede skal co-udtrykkes med TAZ-AXL-CTGF, 33 var til stede på Affymetrix HG-U133A microarray platform, som blev anvendt til at generere databasen microarray for Forbindelse kort [39]. Den kompileret gen signatur blev derefter føres til Java-program sscMap [41] som en forespørgsel signatur, og dets samarbejde med de 6000 genekspressionsprofiler genereret ved at behandle cancerceller med over 1000 små molekyler blev sammenlignet. perturbation procedure genet signatur, hvilket øger specificiteten af ​​output resultater, blev påført som tidligere beskrevet [42]. Alle de små molekylære forbindelser, der var negativt associeret med TAZ-AXL-CTGF-GES, blev sorteret og sorteret efter deres

s

-værdi, perturbation stabilitet og standardiseret tilslutning score.

s

-værdi, der blev betragtet som signifikant blev fastsat til en stringent tærskel (p = 1/1309), der sikrer, at de resultater, der genereres af sccMap giver kun maksimalt én forventede falsk positiv lille molekyle over 1309 testede små molekyler i sccMap [42]. De øverste 20 små molekyler blev derefter indgået i Pubmed (www.pubmed.com) søgemaskine sammen med tyktarmskræft for at identificere forskningsartikler, der har beskrevet deres effekter af de særlige molekyler på behandling af tyktarmskræft.

Identification af terapeutiske mål for kolon kræftpatienter overekspression TAZ-AXL-CTGF

patienter, der co-overeksprimeres TAZ-AXL-CTGF blev stratificeret i to grupper baseret på deres overlevelse status. Differential udtryk for forskellige probesets mellem patienterne i TAZ-AXL-CTGF-live undergruppe og dem i TAZ-AXL-CTGF-afdøde undergruppe blev identificeret som beskrevet ovenfor.

Cellekultur og retroviral transduktion

HCT116 og SW620-celler blev opnået fra American Type Culture Collection og opretholdt i F12K /DME-medium suppleret med 10% kalvefosterserum (FBS), 10 ug /ml penicillin /streptomycin (P /S) (Life Technologies, Carlsbad, CA ). Den amfotrope Phoenix pakkende cellelinie blev opnået fra Nolan Laboratory (Stanford University) og opretholdt i DMEM-medium suppleret med 10% FBS og 10 ug /ml P /S. Retroviral infektion blev udført som tidligere beskrevet [18]. Den korte hårnål (shRNA) mod humant TAZ konstruere (5′-AGGTACTTCCTCAATCACA-3 ‘) der bæres af pSuperRetro-puro vektor (shTAZ) blev anvendt til TAZ knockdown (Oligoengine, Seattle, WA), mens scramble shRNA konstruktion (5’ CCTAAGGTTAAGTCGCCCTCG-3 ‘; shScr) blev anvendt til kontrol. Stabile cellelinier blev etableret ved at vælge bagtalt celler i 2 ug /ml puromycin (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO).

Western blot-analyse

Immunoblotting blev udført som tidligere beskrevet [18 ] ved hjælp SuperSignal West Pico (Thermo Scientific, Rockford, IL). Den kommercielle TAZ antistof blev opnået fra IMGENEX (San Diego, CA).

forankringsuafhængig blød agar og klonogene assays

I den bløde agar assay 5000 celler resuspenderet i 0,35% (vægt /v) agarose i dyrkningsmedium blev overlejret på en størknet 0,5% (vægt /volumen) agarose i dyrkningsmedium. Det øvre lag blev tilladt at størkne. Medium med puromycin sattes den følgende dag, og celler blev derefter inkuberet ved 37 °

-C med 5% CO

2. Frisk medium med puromycin blev suppleret og de dannede kolonier blev farvet med 1 mg /ml thiazolylblåt tetrazoliumbromid (Sigma Aldrich) i 4 timer i inkubatoren ved 37 ° C med 5% CO

2. Det overskydende farvestof fjernes ved affarvning flere gange med vand, og antallet af kolonier blev bestemt.

I klonogene assay 500 celler blev podet per brønd i tre eksemplarer på 6-brønds plade. Dyrkningsmediet blev fornyet hver uge, og cellerne blev fikseret med 4% paraformaldehyd i PBS efter 2 uger inkubering ved 37 ° C med 5% CO

2. De fikserede celler blev farvet med 0,5% krystalviolet (Sigma Aldrich) i 20% ethanol natten over. Cellerne blev skyllet med vand, blev tørret og koloni nummer analyseret.

tumorigenese i nøgne mus Salg

Hundrede pi af en cellesuspension på 1,5 × 10

7 /ml blev inokuleret subkutant i de venstre og højre bagben flankerne af fire-til seks uger gamle kvindelige nøgne mus. Tumor udvikling blev overvåget sfter 2 uger. Musene blev derefter aflivet, og tumorerne blev fjernet til analyse.

Resultater

Taz og YAP mRNA udtryk positivt korrelere med mRNA udtryk for deres downstream målgener, AXL og CTGF

Tidligere har vi og andre vist, at

AXL

og

CTGF

er to vigtige nedstrøms target gener af TAZ og YAP [23], [43], [44]. I den foreliggende undersøgelse undersøgte vi, om mRNA ekspressionsniveauer for de to transkriptionelle co-aktivatorer i Hippo pathway, TAZ og YAP, korrelerer med mRNA-ekspression af

AXL

og

CTGF

. Hos patienter de 290 tyktarmskræft fra GSE14333 datasæt blev TAZ udtryk signifikant korreleret med både AXL (Spearman rang test,

r

= 0,547,

s

0,001; figur 1A) og CTGF (

r

= 0,543,

s

0,001; Figur 1B) udtryk. YAP mRNA ekspression blev også positivt korreleret med AXL (

r

= 0,154,

s

= 0,009, figur 1C) og CTGF (

r

= 0,141,

s

= 0,016, figur 1D) mRNA-ekspression i samme datasæt, men i mindre omfang. I 232 patienter med tyktarmskræft fra GSE17538 blev TAZ mRNA-ekspression signifikant positivt korreleret med både AXL (

r

= 0,752,

s

0,001; Figur 1E) og CTGF (

r

= 0,686,

s Restaurant 0,001; Figur 1F) mRNA udtryk, mens YAP mRNA blev også signifikant positivt korreleret med mRNA ekspression af begge gener, igen i mindre grad (AXL:

r

= 0,343,

s

0,001; Figur 1G og CTGF:.

r

= 0,387,

s

0,001; Figur 1H)

Scatter grunde til (A) TAZ mRNA-ekspression versus

AXL

mRNA-ekspression, (B) TAZ mRNA-ekspression versus

CTGF

mRNA-ekspression, (C) YAP mRNA-ekspression versus

AXL

mRNA-ekspression, og (D) YAP mRNA-ekspression versus

CTGF

mRNA ekspression i GSE14333 tyktarmskræft datasæt, og (E) TAZ mRNA-ekspression versus

AXL

mRNA-ekspression, ( F) TAZ mRNA-ekspression versus

CTGF

mRNA-ekspression, (G) YAP mRNA-ekspression versus

AXL

mRNA-ekspression, og (H) YAP mRNA-ekspression versus

CTGF

mRNA-ekspression i GSE17538 tyktarmskræft datasæt.

TAZ, men ikke YAP, mRNA-ekspression er en prædiktor for patient overlevelse

i de 226 patienter, hvis overlevelse data var tilgængelige fra GSE14333 tyktarmskræft patient kohorte, et højt niveau af TAZ mRNA-ekspression var signifikant korreleret med en kortere overlevelse (højt niveau: betyde overlevelse = 72,3 måneder, 95% konfidensinterval (CI) = 63-81 måneder; lavt niveau: betyde overlevelse = 129 måneder, 95% CI = 121-136 måneder,

s

0,001; Figur 2A). Ved Cox-regressionsanalyse blev TAZ mRNA-ekspression signifikant korreleret med overlevelse (hazard ratio (HR) = 2,251, 95% CI = 1,626-3,116,

s

0,001; Figur 2C) i GSE14333 tyktarmskræft patient kohorte. Ved multivariat analyse (figur 2C), TAZ mRNA-ekspression (HR = 2,062, 95% CI = 1,472-3,116,

s

0,001) og tumor iscenesættelse (

s

0,001) er både uafhængige prædiktorer for overlevelse i den samme kohorte. Tilsvarende blev et højt niveau af TAZ mRNA-ekspression korrelerede signifikant med kortere overlevelse patient i GSE17538 coloncancer patient kohorte (højt niveau: gennemsnitlige overlevelse = 84 måneder, 95% CI = 72-96 måneder lavt niveau: gennemsnitlige overlevelse = 109 måneder , 95% CI = 97-120 måneder,

s

= 0,011, figur 2B). Ved Cox-regression, TAZ mRNA udtryk er en indikator for overlevelse i denne kohorte (HR = 1,743, 95% CI = 1,177-2,582,

s

= 0,006, figur 2D). Mulivariate Cox-regressionsanalyse viste også, at TAZ mRNA-ekspression (HR = 1,998, 95% CI = 1,245-3,205,

s

= 0,004, figur 2D) var en uafhængig prædiktor for overlevelse sammen med scenen (

p

0,001) og kvalitet (

s

= 0,03) af de kræftformer i denne tyktarmskræft patient kohorte. På den anden side, har YAP mRNA-ekspression ikke signifikant korrelerer med patientens overlevelse af Kaplan-Meier-analyse (GSE14333:

s

= 0,519, figur 2E og GSE17538:

s

= 0,634; Figur 2F ) eller ved Cox-regressionsanalyse (GSE14333:

s

= 0,673, figur 2G og GSE17538:

s

= 0,979, figur 3H) i begge datasæt. Disse resultater tyder på, at TAZ mRNA-ekspression er en roman prognostisk markør for patienter med tyktarmskræft, men YAP er ikke.

Kaplan-Meier-analyser for TAZ mRNA-ekspression i (A) GSE14333 og (B) GSE17538 Tyktarmskræft patient datasæt . Univariate og multivariat Cox regressionsanalyser for TAZ mRNA-ekspression, alder, tumor scenen og tumor klasse i (C) GSE14333 og (D) GSE17538 Tyktarmskræft patient datasæt. Kaplan-Meier-analyser for YAP mRNA-ekspression i (E) GSE14333 og (F) GSE17538 tyktarmskræft patient datasæt. Univariate og multivariat Cox regressionsanalyser for TAZ mRNA-ekspression, alder, tumor scenen og tumor klasse i (G) GSE14333 og (H) GSE17538 kolon kræftpatienter datasæt.

Kaplan-Meier analyser for

AXL

mRNA-ekspression i (A) GSE14333 og (B) GSE17538 tyktarmskræft patient datasæt. Univariate og multivariat Cox regressionsanalyser for

AXL

mRNA-ekspression, alder, tumor scenen og tumor klasse i (C) GSE14333 og (D) GSE17538 Tyktarmskræft patient datasæt. Kaplan-Meier analyser for

CTGF

mRNA-ekspression i (E) GSE14333 og (F) GSE17538 tyktarmskræft patient datasæt. Univariate og multivariat Cox regressionsanalyser for

CTGF

mRNA-ekspression, alder, tumor scenen og tumor klasse i (G) GSE14333 og (H) GSE17538 Tyktarmskræft patient datasæt.

Både AXL og CTGF, nedstrøms target gener af TAZ og YAP, er prædiktorer for patientens overlevelse

for at undersøge, om den funktionelle resultat af transkriptionelle program medieret af TAZ og YAP giver prognostisk værdi hos patienter med tyktarmskræft, vi analyseret, om mRNA udtryk for AXL og CTGF, to af de mest veldefinerede målgener af TAZ /YAP-TEAD komplekser, korrelerer med overlevelse af patienter i de to tyktarmskræft patientkohorter.

højt mRNA ekspressionen af ​​AXL korreleret med en kortere tyktarmskræft patient overlevelsestid i GSE14333 kohorten, selv om dette sammenhæng ikke var signifikant (højt niveau: betyde overlevelse = 80 måneder, 95% CI = 71-88 måneder lavt niveau: betyde overlevelse = 114 måneder, 95% CI = 101 -129 måneder,

s

= 0,064, figur 3A). I GSE17538 kohorten blev højt mRNA ekspression af AXL signifikant korreleret med kortere overlevelse (højt niveau: betyde overlevelse = 84 måneder, 95% CI = 72-96 måneder lavt niveau: betyde overlevelse = 104 måneder, 95% CI = 94 -114 måneder,

s

= 0,004, figur 3B). Ved Cox-regressionsanalyse, AXL mRNA-ekspression var en indikator for patientens overlevelse i både GSE14333 (HR = 1,839, 95% CI = 1,230-2,748,

s

= 0,003, figur 3C) og GSE17538 (HR = 2,158, 95% CI = 1,141-4,081,

s

= 0,018, figur 3D) kohorter. I GSE14333 kohorte, AXL mRNA-ekspression (HR = 1,631, 95% CI = 1,076-2,471,

s

= 0,021, figur 3C) var en uafhængig prædiktor for patientens overlevelse med tumor mellemstationer (

p

0,001), mens der i GSE17538 kohorte, AXL mRNA-ekspression (HR = 3,700, 95% CI = 1,665-8,220,

s

= 0,001, figur 3D) var en uafhængig prædiktor for patientens overlevelse sammen med fase (

s

0,001). og bedømmelse (

s

= 0,055) af de kræftformer

Lignende resultater blev opnået for CTGF. Et højt niveau af CTGF mRNA-ekspression var signifikant korreleret med kortere overlevelse patient i både GSE14333 (højt niveau: betyde overlevelse = 87 måneder, 95% CI = 74-102 måneder lavt niveau: betyde overlevelse = 98 måneder, 95% CI = 88 -108 måneder,

s

= 0,012, figur 3E) og GSE17538 (højt niveau: betyde overlevelse = 85 måneder, 95% CI = 73-97 måneder lavt niveau: betyde overlevelse = 105 måneder, 95% CI = 95-114 måneder,

s

= 0,004, figur 3F) kohorter. Univariate Cox-regressionsanalyse viste også, at CTGF mRNA-ekspressionen var en prædiktor for patient overlevelse i begge kohorter (GSE14333: HR = 1,667, 95% CI = 1,260-2,232,

s

0,001; Figur 3G og GSE17538 : HR = 1,433, 95% CI = 1,126-1,825,

s

= 0,004, figur 3H). Desuden CTGF mRNA-ekspression er en uafhængig prædiktor for overlevelse i begge kohorter (GSE14333: HR = 1,543, 95% CI = 1,155-2,061,

s

0,001; Figur 3G og GSE17538: HR = 1,902, 95 % CI = 1,385-2,612,

s

0,001; Figur 3H) sammen med etape (GSE14333:

s

0,001 og GSE17538:

s

0,001 ) og bedømmelse (GSE17538:.

s

= 0,053) af de kræftformer

TAZ, AXL og CTGF kan anvendes i kombination til at forudsige tyktarmskræft patientoverlevelse

Som beskrevet ovenfor, udtryk for TAZ,

AXL

og

CTGF

alle korreleret med tyktarmskræft patient overlevelse. Vi yderligere undersøgt, om deres ekspression kan anvendes i kombination som en prognostisk markør for patienter med coloncancer. I GSE14333 kohorte, patienter, hvis tumorer havde udtryk lavt niveau af de tre gener havde en gennemsnitlig overlevelsestid på 117 måneder (95% CI = 110-123 måneder), mens dem, hvis tumorer kun overudtrykt en af ​​de tre gener også havde en gennemsnitlig overlevelse af 117 måneder (95% CI = 101-132 måneder). Patienter med tumorer havde et højt ekspressionsniveau af to af de tre gener havde en gennemsnitlig overlevelsestid på 65 måneder (95% CI = 57-74 måneder), mens dem, hvis tumorer havde et højt ekspressionsniveau af alle tre gener havde en gennemsnitlig overlevelsestid tid på 72 måneder (95% CI = 60-84 måneder). Overlevelsestiden for patienter mellem disse fire undergrupper var signifikant forskellige (

s

= 0,001, figur 4A). I Cox-regressionsanalyse, ved hjælp af undergruppe indeholder patienter, hvis tumorer havde et lavt udtryk for alle tre gener som en referencegruppe, fandt vi, at patienter, hvis tumorer overudtrykt en (HR = 3,953, 95% CI = 1,070 til 14,607,

p

= 0,039), to (HR = 6,503, 95% CI = 1,894 til 22,330,

s

= 0,003) eller alle tre gener (HR = 7,656, 95% CI = 2,287 til 25,628,

s

= 0,001) havde en øget risiko for sygdomsprogression (figur 4C).

Patienterne blev inddelt i 4 grupper efter antallet af gener, som de overudtrykt (udtrykt ved over det Median niveau ) blandt TAZ,

AXL

og

CTGF

. Kaplan-Meier-analyser for TAZ-AXL-CTGF mRNA-ekspression i (A) GSE14333 og (B) GSE17538 Tyktarmskræft patient datasæt. Univariate og multivariat Cox regressionsanalyser for TAZ-AXL-CTGF mRNA-ekspression, alder, tumor scenen og tumor klasse i (C) GSE14333 og (D) GSE17538 Tyktarmskræft patient datasæt.

Lignende resultater blev opnået i GSE17538 patient kohorte. Patienter med tumorer udtrykte de tre gener ved lav højde, havde en gennemsnitlig overlevelsestid på 108 måneder (95% CI = 97-119 måneder), dem, hvis tumorer havde et højt ekspressionsniveau af en af ​​de tre gener, havde en gennemsnitlig overlevelsestid på 88 måneder (95% CI = 72-104 måneder), dem, hvis tumorer overudtrykt to af de tre gener havde en gennemsnitlig overlevelsestid på 99 måneder (95% CI = 78-121 måneder), mens dem, hvis tumorer overudtrykt alle tre gener havde en betyde overlevelsestid på 77 måneder (95% CI = 63-91 måneder). Stigende forekomst af overekspression af disse tre gener resulterede i signifikant kortere overlevelse hos disse patienter (Kaplan-Meier-analyse,

s

= 0,01, figur 4B). Cox-regressionsanalyse ved anvendelse tumorer, overudtrykt ingen af ​​de tre gener som henvisning viste, at patienter, hvis tumorer overudtrykt en (HR = 1,675, 95% CI = 0,75 til 3,741,

s

= 0,203), to (HR = 1.770, 95% CI = 0,790 = 3,966,

s

= 0,166) og alle de tre gener (HR = 2,807, 95% CI = 1,482-5,317,

s

= 0,002) havde en øget risiko for sygdomsprogression (figur 4D)

Faktisk patienter, hvis tumorer udtrykte TAZ,

AXL

og

CTGF

mRNA på et lavt niveau (GSE14333:. betyde overlevelse = 117 måneder, 95% CI = 110-123; GSE17538: betyde overlevelse = 108 måneder, 95% CI = 95-121 måneder) havde overlegen overlevelse sammenlignet med dem, hvis tumorer overudtrykt alle tre gener (GSE14333: betyde overlevelse = 96, 95 % CI = 84-108,

s

0,001; GSE17538:. betyde overlevelse = 91 måneder, 95% CI = 81-101 måneder,

s

= 0,037, figur S1)

hverken alder eller køn af patienterne var faktor, der bestemmes af antallet af TAZ, AXL og CTGF der overudtrykt i enten tyktarmskræft patient kohorte. TAZ-AXL-CTGF udtryk kun var signifikant lavere i tumorer fase et i forhold til tumorer i andre faser (

s

= 0,022), men var ikke signifikant forskellig mellem andre led i GSE14333. I GSE17538, TAZ-AXL-CTGF udtryk var ikke signifikant forskellig mellem AJCC etaper eller tumor kvaliteter. Når patienterne blev stratificeret efter deres scene, fandt vi, at TAZ-AXL-CTGF udtryk stadig var signifikant korreleret med dårlig overlevelse hos patienter med højere stadie tumorer. I GSE14333, var stigende antal gener overudtrykt blandt TAZ, AXL og CTGF signifikant korreleret med en kortere overlevelse (HR = 1,414, 95% CI = 1,031-1,938,

s

= 0,032) hos patienter med stadie C tumorer . Lignende resultater blev opnået i GSE17538, hvori blev TAZ-AXL-CTGF-ekspression er forbundet med dårligere overlevelse hos patienter med tumorer af højere kvalitet og højere trin.