PLoS ONE: Sammenligning af Pathway Analysis Approaches Brug lungekræft GWAS Datasæt

er blevet foreslået

Abstrakt

Pathway analyse som et supplement til enkelt SNP-analyser i GWAS. Denne undersøgelse sammenlignet pathway analysemetoder bruger to lungekræft GWAS datasæt baseret på fire undersøgelser: en en kombineret datasæt fra Centraleuropa og Toronto (CETO); de andre en kombineret datasæt fra Tyskland og MD Anderson (GRMD). Vi søgte litteraturen for sti analysemetoder, der blev udbredte, repræsentant for andre metoder, og havde tilgængelig software til at udføre analyse. Vi valgte programmer EASE, som bruger en modificeret Fishers Exact beregning test for pathway foreninger, Gengen (en version af Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)), som bruger en Kolmogorov-Smirnov-lignende løb sum statistik som teststørrelse, og SLAT, som bruger en p-værdi kombination tilgang. Vi inkluderede også en modificeret version af SUMSTAT metoden (mSUMSTAT), som tester for association som gennemsnittet χ

2 statistik fra genotype forening tests. Der var næsten 18000 gener rådighed for analyse efter kortlægning af mere end 300.000 SNPs fra hvert datasæt. Disse blev kortlagt til 421 GO niveau 4 gen sæt til sti analyse. Blandt de metoder, designet til at være robust over for bias relateret til gen-størrelse og sti SNP korrelation (Gengen, mSUMSTAT og SLAT), den mSUMSTAT tilgang identificeret de væsentligste veje (8 i CETO og 1 i GRMD). Dette omfattede en meget plausibel forening for acetylcholin receptor aktivitet vej i både CETO (FDR≤0.001) og GRMD (FDR = 0,009), selv om to stærke foreningens signaler på et enkelt gen klynge (

CHRNA3-CHRNA5-CHRNB4

) drev dette resultat, hvilket komplicerer fortolkningen. Få andre replikerede foreninger blev fundet ved hjælp af en af ​​disse metoder. Vanskeligheder med replikerende foreninger hindret vores sammenligning, men resultater tyder mSUMSTAT har fordele i forhold til andre tilgange, og kan være et nyttigt vej analyseværktøj til brug sammen med andre metoder såsom den almindeligt anvendte GSEA (Gengen) tilgang.

Henvisning : Fehringer G, Liu G, Briollais L, Brennan P, Amos CI, Spitz MR, et al. (2012) Sammenligning af Pathway Analysis Approaches Brug lungekræft GWAS datasæt. PLoS ONE 7 (2): e31816. doi: 10,1371 /journal.pone.0031816

Redaktør: Zhongming Zhao, Vanderbilt University Medical Center, USA

Modtaget: Juli 27, 2011; Accepteret: 13 januar 2012; Udgivet: 21 februar, 2012