PLoS ONE: Funktionelle kategorier associeret med Klynger af gener, der udtrykkes samtidig på tværs af NCI-60 cancercellelinier

Abstrakt

Baggrund

NCI-60 er et panel af 60 forskellige humane cancer cellelinjer anvendes af USA National Cancer Institute til at screene forbindelser til anticancer aktivitet. I den aktuelle undersøgelse blev genekspressionsniveauer fra fem platforme integreret til dannelse af en enkelt sammensat transkriptom profil. Den omfattende og pålidelig karakter af denne datasæt giver os mulighed for at studere gen coekspression tværs kræft cellelinjer.

Metodologi /vigtigste resultater

Hierarkisk klyngedannelse afslørede adskillige klynger af gener, hvor generne samarbejde varierer på tværs af NCI-60. For at bestemme funktionel kategorisering forbundet med hver klynge, brugte vi Gene Ontology (GO) Consortium databasen og GoMiner værktøj. GO kortlægger gener til hierarkisk organiseret biologiske proces kategorier. GoMiner kan udnytte GO for at udføre ontologiske analyser af genekspression studier, at generere en liste over væsentlige funktionelle kategorier.

Konklusioner /Betydning

GoMiner analyse afslørede mange klynger af coregulated gener, der er forbundet med funktionelle grupperinger af GO biologisk proces kategorier. Især disse kategorier som følge af sammenhængende co-ekspression grupperinger afspejler kræftrelaterede temaer som vedhæftning, celle migration, RNA splejsning, immunrespons og signaltransduktion. Således disse klynger demonstrerer transkriptionel samregulering af funktionelt relaterede gener

Henvisning:. Zeeberg BR, Reinhold W, Snajder R, Thallinger GG, Weinstein JN, Kohn KW, et al. (2012) Funktionelle kategorier associeret med Klynger af gener, der Co-Udtrykt på tværs af NCI-60 kræftceller. PLoS ONE 7 (1): e30317. doi: 10,1371 /journal.pone.0030317

Redaktør: Ilya Ulasov, University of Chicago, USA

Modtaget: Juni 17, 2011; Accepteret: 15. december 2011; Udgivet: januar 24, 2012