PLoS ONE: polymorfier i stromacellers Gener og tilbøjelighed til serøs epithelial kræft i æggestokkene: En rapport fra kræft i æggestokkene Association Consortium

Abstrakt

Ændringer i væv komponenter stromale kan hæmme eller fremme epitel tumorigenese. Decorin (

DCN

) og lumican (

LUM

) viser reduceret stromal udtryk i serøs epitelial ovariecancer (sEOC). Vi antager, at almindelige varianter i disse gener forbinder med risiko. Foreninger med sEOC blandt kaukasiere blev estimeret med odds ratio (OR) blandt 397 tilfælde og 920 kontroller i to USA-baserede studier (opdagelse sæt), 436 tilfælde og 1.098 kontroller i Australien (replikation sæt 1) og et konsortium af 15 studier omfattende 1668 tilfælde og 4,249 kontroller (replikation sæt 2). Opdagelsen sæt og replikation sæt 1 (833 tilfælde og 2.013 kontroller) viste statistisk homogen (P

heterogeneity≥0.48) faldt risikoen for sEOC på fire varianter:

DCN

rs3138165, rs13312816 og rs516115, og

LUM

rs17018765 (OR = 0,6 til 0,9; P

trend = 0,001 til 0,03). Resultater fra replikation sæt 2 var statistisk homogene (P

heterogeneity≥0.13) og er forbundet med en øget risiko på

DCN

rs3138165 og rs13312816, og

LUM

rs17018765: alle yderste periferi = 1,2; P

trend≤0.02. De yderste periferi på de fire varianter statistisk heterogene på tværs af alle 18 studier (P

heterogeneity≤0.03), som udelukket at kombinere. I post-hoc analyser, interaktioner blev observeret mellem hver variant og rekruttering periode (P

interaction≤0.003), alder ved diagnose (P

interaktion = 0,04), og år for diagnose (P

interaktion = 0.05 ) i de fem studier med tilgængelige oplysninger (1.044 sager, 2.469 kontroller). Vi konkluderer, at varianter i

DCN

og

LUM

ikke direkte forbundet med sEOC, og at bekræftelsen af ​​mulig effekt modifikation af varianterne af ikke-genetiske faktorer er påkrævet.

Henvisning: Amankwah EK, Wang Q, Schildkraut JM, Tsai YY, Ramus SJ, Fridley BL, et al. (2011) polymorfier i stromacellers Gener og tilbøjelighed til serøs epithelial kræft i æggestokkene: En rapport fra kræft i æggestokkene Association Consortium. PLoS ONE 6 (5): e19642. doi: 10,1371 /journal.pone.0019642

Redaktør: John D. Minna, Univesity of Texas Southwestern Medical Center på Dallas, USA

Modtaget: 8. december 2010; Accepteret: April 12, 2011; Udgivet: May 27, 2011

Copyright: © 2011 Amankwah et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Australien: National Health og Medical Research Council (199.600), Cancer Råd Tasmania, Cancer Foundation of Western Australia; Belgien: Kræftplan – Aktion 29; Canada: Alberta Heritage Foundation for Medical Research, Worksafe BC, canadiske Institutes of Health Research, Michael Smith Foundation for Sundhedsforskning; Danmark: Mermaid 1, Den danske Kræftens Bekæmpelse; Finland: Helsinki University Central Hospital Research Fund, Academy of Finland, finske Cancer Society; Tyskland: Europæiske Fællesskabs syvende rammeprogram (HEALTH-F2-2009-223175), Forbundsministeriet for Uddannelse og Forskning, Programmet for Klinisk Biomedical Research (01 GB 9401), University of Ulm (P.685); Nederlandene: Radboud University Nijmegen Medical Centre, kommunen og samfundet sundhedsvæsen Nijmegen; U.K .: Cancer Research UK, Association for International Cancer Research, St. Andrews, Lon V. Smith Foundation tilskud LVS-39.420, Eve Appeal, OAK Foundation; National Institute for Health Research Biomedical Research Center; USA: æggestokkene Cancer Research Fund, National Institutes of Health (R01-CA-61107, R01-CA-122.443, R01-CA-76016, CA-58.860, CA-92044, P50 CA83636), Department of Defense (W81XWH-06- 1-0220, W81XWH-09-OCRP-CONDEV), American Cancer Society California Division (S10P-06-258-01-CCE), Mayo Foundation, L S Milken Family Foundation. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

kræft i æggestokkene er den mest dødelige gynækologiske cancer, med 21,650 nye tilfælde og 15,520 dødsfald i USA i 2008 [1]. De fleste ( 95%) i æggestokkene kræftformer er epitelial oprindelse, påvirker celler på overfladen af ​​ovariet [2], som er adskilt fra det underliggende æggestokkene stromale væv ved en basal lamina. Stromaet er den understøttende ramme af biologisk væv, der består af en ekstracellulær matrix (ECM) og opløselige vækstfaktorer, der medierer epitel-stromale interaktioner og regulere intercellulær kommunikation [3]. Aktivering af onkogener og inhibering af tumorsuppressorgener i epitelet blev tidligere anset for at være de eneste ændringer er nødvendige for udviklingen af ​​epiteliale cancere [4]; dog kan ændringer i stromale komponenter, der forstyrrer normale cellefunktioner føre til morfologiske forandringer, der manifesterer som tumorer gennem forstyrrelse af epitel [3]. For eksempel har stråling-inducerede ændringer i det stromale mikromiljø vist sig at bidrage til neoplastisk progression af igangsatte mammaepitelceller

in vivo

[5], og kan omfatte processer, der aktiverer transformerende vækstfaktor-beta (TGF- β) og initiere ECM remodellering [6], [7]

ECM består af forskellige proteiner:. decorin og lumican er medlemmer af den lille leucin-rige proteoglycan familie, der binder til collagen i stroma og de er involveret i matrixopbygning og struktur, og i styringen af ​​celleproliferation [8]. Ekspressionen af ​​både decorin og lumican ændres i forskellige kræftformer [9], [10], herunder serøs epitelial ovariecancer [11] – [14]. Tænkes, at faktorer, der ændrer epitel-stromale interaktioner eller den krydstale blandt vækstfaktorer som TGF-β også påvirke ekspressionen og /eller aktiviteten af ​​decorin eller lumican, eller vice versa. Sådanne faktorer kan omfatte arvet genetisk modtagelighed. Dette kan især være relevant for decorin, som binder til TGF-β og tjener som en myndighedskontrol for TGF-β frigivelse og aktivering [15].

I betragtning af den vigtige rolle, stroma i epitelial kræft og rolle decorin og lumican i tumorigenese, vi testede den hypotese, at arvede variation i

DCN

LUM

kan påvirke risikoen for serøs epitelial kræft i æggestokkene i 18 uafhængige studiepopulationer: en opdagelse sæt der omfattede undersøgelser fra Mayo Clinic (MAJ) og North Carolina kræft i æggestokkene (NCO) undersøgelse, replikation sæt 1 fra Australien (AUS), og replikation sæt 2 består af 12 matchede undersøgelser fra kræft i æggestokkene Association Consortium (OCAC).

Resultater

de fordelinger af udvalgte kovariater mellem cases og kontroller i opdagelsen sæt og replikation sæt 1 er anført i tabel 1. kovarianter var fordelt på samme måde mellem opdagelsen sæt og replikation sæt 1, herunder andelen af serøse carcinomer tværs tumor stadie. De MAFs for de 10 tagSNPs i opdagelsen sæt varierede fra 0,08 til 0,29 blandt kontroller og var ens i replikation sæt 1 for de SNPs i fælles (tabel S1).

I opdagelsen sæt, nedsat risiko var forbundet med serøs epitelial æggestokkræft under både co-dominante og ordinale modeller på

DCN

rs3138165,

DCN

rs13312816,

DCN

rs516115 og

LUM

rs17018765 (alle fire SNP’er: P

trend = 0,06) (tabel 2). Foreninger på alle SNPs afhørte i opdagelsen sæt er i tabel S2. Ingen statistisk signifikante sammenhænge blev fundet i haplotype analyser (tabel S3).

I replikation sæt 1, nedsat risiko foreninger blev fundet under både co-dominante og ordinale modeller på

DCN

rs3138165 (P

trend = 0,009),

DCN

rs13312816 (P

trend = 0,01) og

LUM

rs17018765 (P

trend = 0,008), men ikke ved

DCN

rs516115 (P

trend = 0,20) eller

DCN

rs741212 (P

trend = 0,61) (tabel 2). Imputerede genotyper tendens til at antage lignende risiko foreninger som maskinskrevne SNP’er, sandsynligvis fra high LD blandt disse varianter (figur S1). Den kvadrerede korrelation mellem imputerede og sande genotyper var 0,73 for

DCN

rs3138165, 0,73 for

DCN

rs13312816, og 0,68 for

LUM

rs17018765.

opdagelse sæt og replikation sæt 1 blev kombineret i fravær af OR heterogenitet (P

heterogeneity≥0.48) for at øge statistisk styrke. De nedsat risiko foreninger forblev tydelig ved

DCN

rs3138165 (OR = 0,7; P

trend = 0,002),

DCN

rs13312816 (OR = 0,7; P

trend = 0,002) ,

DCN

rs516115 (OR = 0,9; P

trend = 0,03) og

LUM

rs17018765 (OR = 0,6; P

trend = 0,001) under både co-dominant og ordinale modeller (tabel 2).

Foreninger på disse fire SNPs blev testet yderligere i OCAC replikation sæt 2, og

DCN

rs3138165 og rs13312816, og

LUM

rs17018765 viste statistisk signifikante øgede risici (figur 1, tabel S4). Inden for OCAC replikation sæt 2, den yderste periferi var statistisk homogen (P

heterogeneity≥0.13), men ikke når de kombineres med opdagelsen sæt og replikation sæt 1 (P

heterogenitet = 0,001 til 0,03). Heterogene yderste periferi var ikke på grund af fejl i allel kodning.

Foreninger repræsenterer yderste periferi (95% CI) for den enkelte undersøgelse (firkanter) og studere-justerede puljede (diamanter) skøn. Modeller er ordinal genetiske risiko model. HAN-HJO og HAN-HMO blev kombineret til præsentation.

Oplysninger om alder ved diagnose (eller alder ved interview til kontroller) og på års studier rekruttering var tilgængelige for alle undersøgelser og blev brugt til at teste for SNP interaktioner i post-hoc analyser i et forsøg på at forklare OR heterogenitet på tværs af studierne (tabel 3). For eksempel samspillet mellem

DCN

rs3138165 og aldersgruppe var uanstændige (P

interaktion med alderen = 0,04) og pr-mindre allel foreninger var størst blandt kvinder i alderen 40 år (OR = 2,1; P = 0.01; 104 tilfælde) og lavest blandt kvinder ≥ 70 år (OR = 0,8; P = 0,24; 510 tilfælde). Resultater var ens for de tre andre SNPs (P

interaktion med alderen på 0,07 til 0,08; data ikke vist). Foreninger på

DCN

rs3138165, stratificeret efter periode med rekruttering, er vist i figur 2A, og i figur S2A, S3A og S4A for tre andre SNPs. Den per-mindre allel resumé eller var 1,3 (P = 0,01; 1.007 tilfælde) til undersøgelser med en median års ansættelse før 2000, og 0,9 (P = 0,07; 1.494 tilfælde) efter 2000 (alle SNPs: P

interaktion med periode = 0,002 til 0,01). På grund af de modificerende virkninger af periode med rekruttering og potentielt alder, vi udført en følsomhedsanalyse ved at udelukke disse case-only studier, der ikke blev matchet på alder og år for rekruttering til kontrol fra andre undersøgelser. Som vist i figur 2B for

DCN

rs3138165, og figur S2B, S3B og S4Bfor de tre andre SNPs, per-mindre summariske allel yderste periferi var forholdsvis uændret for undersøgelser med en median års ansættelse før 2000 (OR = 1.3; P = 0,03; 612 tilfælde), og efter 2000 (OR = 0,8; P = 0,01; 1.340 tilfælde) (alle SNP’er: P

interaktion med periode = 0,002 til 0,003). Men der var en 20% ændring i koefficienten for interaktionen. Ligeledes ændringer i koefficienten for interaktionen var 19% for

DCN

rs13312816, 38% for

DCN

rs516115 og 16% for

LUM

rs17018765, i overensstemmelse med den definition af en vigtig ændring-i-skøn effekt [16]. Dette gælder især for

DCN

rs516115, som viste ingen statistisk signifikant sammenhæng i OCAC replikation sæt 2.

Foreninger repræsenterer yderste periferi (95% CI) for individuel undersøgelse (firkanter) og studie- justerede puljede (diamanter) skøn. Modeller er ordinale genetiske risikomodeller. HAN-HJO og HAN-HMO blev kombineret til præsentation. P

het refererer til P-værdi for heterogenitet i odds ratioer blandt studier.

Fem studier havde også detaljerede oplysninger om kovariater (tabel 3). Interaktioner præsenteres mellem

DCN

rs3138165 og diagnose år (P

interaktion for kontinuerlige år = 0,07 og P

interaktion for binær variabel = 0,05), OC brug (P

interaktion = 0,31) , paritet (P

interaktion = 0,16), BMI (P

interaktion = 0,12), menopausal status (P

interaktion = 0,41), alder ved menarche (P

interaktion = 0,62) og slægtsforskning (P

interaktion = 0,24). Per-mindre allel foreninger ved diagnose året efterlignede dem af rekruttering periode (diagnoser forud for år 2000: OR = 1,5; P = 0,14; 148 sager og diagnoser efter år 2000: OR = 0,8; P = 0,02; 896 sager). Selv om interaktioner ikke var statistisk signifikante, pr-mol allel foreninger på

DCN

rs3138165 var forbundet med lavere risiko blandt kvinder, der nogensinde tog OC hormoner (OR = 0,7; P = 0,03; 604 sager), blandt kvinder med ≥3 fuldbårne fødsler (OR = 0,7; P = 0,01; 573 sager), og blandt magre kvinder (OR = 0,6; P = 0,03; 272 tilfælde). Foreninger var ens for de tre andre SNPs (data ikke vist). Diagnose år (1993-1999 vs 2000-2006) var forbundet med OC brug (P 0,0001), paritet (P 0,0001), BMI (P 0,0001), menopausal status (P 0,0001), alder ved menarche (P 0,0001) og familiær disposition (P 0,0001), men ikke med aldersgruppe (P = 0,32) eller

DCN

rs3138165 (P = 0,54), i ukorrigerede modeller. I en model passer alle kovariater herunder

DCN

rs3138165 og sted, kun stedet (P 0,0001) og alder ved første menstruation (P = 0,02) var signifikant associeret med diagnosen år (data ikke vist)

diskussion

Vi kunne ikke bekræfte sammenslutninger af SNPs i to stromale gener,

DCN

og

LUM

, med risiko for serøs epitelial kræft i æggestokkene, den mest almindelige histologiske form for kræft i æggestokkene, ved hjælp af en etapevis replikation strategi inden for OCAC. Vi fandt nedsat risiko ved fire SNPs i opdagelsen sæt og replikation sæt 1, og øgede risici i et større udsnit af sager i OCAC replikation sæt 2. heterogenitet i foreninger på tværs af studier var statistisk signifikant og blev forklaret, dels ved periode med fald rekruttering, med de fire SNPs bibringe op til en 30% øget risiko for diagnoser før år 2000 og op til 20% nedsat risiko efter år 2000. Svagere interaktioner set med alder ved diagnose og med diagnose år i post -hoc analyser. Ikke-statistisk signifikante modificerende virkninger af OC brug, paritet og BMI blev også observeret.

Alder justeret forekomst af epitelial ovariecancer har tendenser lavere i de fleste af Nordamerika og Europa siden 1990’erne [17], [18], og da vores genpulje ikke ændrer sig over så kort en periode, vi spekuleret på, at vores resultater afspejler ændringer i miljøet. Som forventet var der ingen statistisk signifikant sammenhæng med diagnosen år med

DCN

rs3138165, selv om der var signifikante sammenhænge med flere af de kovariater og en af ​​disse, alder ved menarche, forblev statistisk signifikant med diagnose år i multivariable -adjusted model. Vores resultater kan antyde, at midlertidige ændringer i risikofaktorer er modifikatorer af arvet modtagelighed i

DCN

LUM

. Men vi kan ikke udelukke rolle ikke målte faktorer, der er relateret til diagnose år eller at studere site, eller at vores resultater skyldes tilfældigheder. Flere af de 15 studier i replikation sæt 2 er ny OCAC, og epidemiologiske variabler for emner er endnu ikke blevet forelagt den centrale data koordinerende center. Vi var derfor under-drevne til at evaluere gen-miljø interaktioner og kan kun spekulere, at alder, stigende fedme [19], skiftende tendenser i OC hormon forberedelse og brug [20], [21], eller stigende alder ved graviditet /faldende paritet [22] kan være oplagte kandidater til fremtidig testning af tidsmæssige ændringer, der kan ændre risikoen sammenslutninger af disse SNPs. Hver af disse hormonelt-relaterede faktorer er associeret med ovariecancer [23] – [26]. Undersøgelser undersøger svaret fra normal ovarie epitel til hormonelle faktorer rapporterede, at makak-aber, der fik progestin alene havde højere frekvenser af apoptotiske ovarieepitelceller sammenlignet med kontrol dyr eller dem, der fik østrogen alene [27]. Endvidere kan den beskyttende virkning af paritet være fra eksponering for graviditet hormoner såsom progesteron, der er blevet spekuleret at rydde ovarieepitelet af præcancerøse celler [28]. I makak undersøgelse, at stigningen i apoptotiske celler korrelerede stærkt med et skift i ekspression fra TGF-β1 isoformen til TGF-β2 og -β3 isoformer i æggestokkene overfladeepitelet [29]. TGF-p-isoformer synes at blive reguleret af en række af steroidhormoner i en vævsspecifik måde (gennemgået i [29]). I modsætning hertil ovariecarcinomer ofte resistente over for TGF-β-medieret vækstinhibering [30], [31] og hurtig højere niveauer af TGF-β1 og TGF-β3, og lavere niveauer af TGF-β2, end normale humane ovarie prøver [ ,,,0],30], hvis betydning er uklar.

decorin og lumican har flere biologiske roller herunder kontrol med celledeling [32]. Interessant decorin hører til familien af ​​sekretoriske glycoproteiner kaldet latente TGF-p-bindende proteiner (LTBP’er), der sekvestrerer pro-hormon eller latent form af TGF-β og forhindrer det i at interagere med dens signalering receptorer, TβRI og TβRII [15 ], [33]. LTBP’er kan lette sekretion, opbevaring eller aktivering af latente TGF-P’er og tjene som et reservoir for koncentreret afgivelse af TGF-P’er til receptorer [15]. TGF-p’er [33] og decorin [34] har været impliceret som potente tumorsuppressorer; imidlertid bred vifte af cellulære processer reguleres af TGF-P’er synes at afhænge af mikromiljøet: f.eks fremme apoptose og inhibering epitelvækst i normale celler og fremme proliferation og angiogenese i forskellige cancermodeller [15], [35]. Forbindelsen mellem progesteron, TGF-P’er og decorin er særlig interessant i forbindelse med vore SNP-miljø sammenslutninger. Men denne undersøgelse ikke designet til at undersøge SNP-miljø interaktioner og magten til at opdage signifikant effekt modifikation med de tilgængelige stikprøve var lav.

Vi sammenlignede også vores resultater til upublicerede resultater fra to nylige genom bred forening ( GWA) undersøgelser af kræft i æggestokkene, men der var ingen klare støtte til foreninger på SNPs. For eksempel blev de fire SNPs ikke associeret statistisk med serøs epitelial kræft i æggestokkene (yderste periferi = 0.93-0.96; P = 0,28-0,76) i fase 1 af en GWA undersøgelse omfattende 870 kaukasiske sager fra Det Forenede Kongerige [36]. Blandt 3.248 serøse epitelial ovariecancer i en GWA undersøgelse af kaukasiske fra USA, hvoraf ca. 12% var sammensat af de 397 tilfælde i vores opdagelse datasæt, vi observerede beskedne foreninger på

DCN

SNPs (periferi = 0,82-0,87; P = 0,02-0,06) og på

LUM

SNP (OR = 1,20; 95% CI = 0,97-1,48; P = 0,09) (upublicerede resultater). De uoverensstemmelser i resultater sandsynligvis afspejler lignende udfordringer i fortolkning som de OCAC resultater og understrege vigtigheden af ​​at forstå fordelingen af ​​de enkelte niveau miljøeksponeringer i genetiske undersøgelser [37].

Styrken i denne undersøgelse omfatter multi- fase replikation strategi, der repræsenterer 2.501 samlede serøse epitelial kræfttilfælde æggestokkene. For at mindske virkningen af ​​befolkningens lagdeling, blev vores analyser begrænset til kendte eller formodede kaukasiere. Selvom en undersøgelse (SRO) bestod af hovedsagelig kaukasiere, vores resultater var uændret, når denne undersøgelse blev udelukket i følsomhedsanalyser. Kendetegnene for prøverne fra opdagelsen sæt og replikation sæt 1 blev ligeledes fordelt, som var den periode rekruttering, og dermed reducere virkningen af ​​effektmodifikation på SNP-sygdom foreninger i disse tre studier. Ved at begrænse prøverne til serøs epitelial ovariecancer, vi reduceret ætiologiske heterogenitet, der kan eksistere mellem forskellige histologiske typer af ovariecancer [38]. Endelig har vi brugt statistiske teknikker til at pålægge typebestemt SNPs som en effektiv metode til at omfatte disse SNPs i en kombineret analyse af prøver fra opdagelsen sæt og replikation sæt 1.

Den største begrænsning af denne undersøgelse er fraværet af epidemiologiske oplysninger for de fleste af OCAC undersøgelser indgår i denne rapport. Således er vores fund i den post-hoc analyser, mens spændende, kræver en hærdet fortolkning. Selvom MAFs af SNPs var generelt ens på tværs OCAC studier, lejlighedsvis en 1,5 til 2-fold forskel blev observeret, hvilket kunne tyde på befolkningens struktur indflydelse på foreninger. Desuden vi genotype tagSNPs, som sandsynligvis kun fuldmagter til den formodede kausale SNP (er).

Sammenfattende vores etapevis replikation undersøgelse tyder på, at SNPs i

DCN

og

LUM

er ikke forbundet med serøs epitelial kræft i æggestokkene. Verifikation af mulige effekt modifikation af alder og andre ubekræftede tidsmæssige virkninger er undervejs i en OCAC undersøgelse af 10.000 tilfælde og 10.000 kontroller.

Materialer og metoder

Etik erklæring

Deltagere i alle de undersøgelser, skriftligt informeret samtykke og hvert websted institutionelle review board godkendte forsøgsprotokollen (Tekst S1), herunder etiske komitéer i Queensland Institute of Medical Research og Peter MacCallum Cancer Center (AUS); den lokale Etisk Udvalg (Commissie Medische Ethiek UZ Leuven, Belgien) (BEL); og etiske komité ved universitetet i Heidelberg (GER).

Discovery sæt

Opdagelsen sæt bestod af en kombination af to individuelle studier af epitelial kræft i æggestokkene fra maj og NCO i USA. Nærmere oplysninger om undersøgelsen protokoller har tidligere [39] blevet offentliggjort. Kort fortalt omfattede deltagere kaukasiere og afrikansk-amerikanere indskrevet mellem juni 1999 og marts 2006 (se tabel S5 for detaljerede studier beskrivelser). I begge undersøgelser blev sager nyligt diagnosticeret, histologisk bekræftet, enten på grænsen eller invasive, og indskrevet inden for et år af diagnose. Controls havde mindst én intakt æggestok, ingen historie af ovariecancer og blev frekvens matches til sager om alder (5-års aldersgrupper), race og bopælsland.

Replikering sæt 1

Den australske kræft i æggestokkene Study rekrutteret tilfælde diagnosticeret i perioden januar 2002 til juni 2006 fra kirurgisk behandling centre og kræftregistre hele Australien [40]; rekruttering gennem New South Wales og victorianske Kræftregistre blev gennemført under den australske Cancer Study [41] (tilsammen udgør de AUS undersøgelsen). Kontroller blev populationsbaseret og blev tilfældigt udvalgt fra den australske valgliste og frekvens matches til sager om alder og bopælsland (tabel S5).

Kræft i æggestokkene Association Consortium (OCAC) replikation sæt 2

Femten studier fra Belgien (BEL), Canada (OVA), Danmark (MAL, PVD), Finland (HOC), Tyskland (GER, HAN-HJO, HAN-HMO), Holland (NTH), Storbritannien (SEA , SOC, SRO, UKO) og USA (LAX, UCI), bestående af 4.536 primære epitelial kræft i æggestokkene tilfælde og 4.622 kontroller, for hvem var tilgængelige genotypedata, blev brugt som et andet replikering sæt (tabel S5). De fleste var case-control studier, selv om nogle af disse undersøgelser (PVD, SOC, SRO og LAX) bestod af sager kun og blev modsvaret af region i landet til unikke kontrol fra andre OCAC studier. Således blev SOC sager matches til UKO kontrollerer, SRO sager til UKO og SEA kontrol, LAX tilfælde til UCI kontroller og PVD sager til MAL styrer, hvilket resulterer i 12 matchede undersøgelser til analyse.

Information om opstillede risikofaktorer ( reproduktive historie, familie historie af kræft, sygehistorie, og livsstilsvaner), herunder diagnose år blev indsamlet i opdagelsen sæt og replikation sæt 1 og var tilgængelige for to replikering sæt 2 studier (GER, UCI).

SNP udvælgelse, genotype og kvalitetskontrol (QC)

Discovery sæt.

Tag enkelt nukleotid polymorfier (SNP) blev valgt fra uafhængige kaukasiske prøver inden HapMap Konsortiets release 22 [42], som tidligere beskrevet [43 ], og også for deres forudsagte sandsynlighed for succes genotypebestemmelse hjælp af Illumina Golden Gate Assay ™. Vi identificerede seks tagSNPs blandt 22

DCN

SNPs og syv tagSNPs blandt 16

LUM

SNPs med mindre allel frekvens (MAF) ≥0.05 og parvis koblingsuligevægt (LD) af r

2≥0.8. En tagSNP i hvert gen blev forudsagt at analysere dårligt (design score = 0), var en ugifte om dets bin og kunne ikke erstattes. Dette efterlod fem tagSNPs i

DCN

(rs3138165, rs516115, rs10492230, rs741212, og rs3138268) og seks tagSNPs i

LUM

(rs17714469, rs1920790, rs2268578, rs10859110, rs10745553, og rs17018765), herunder fem formodede funktionelle SNPs, til genotypebestemmelse. SNP’eme var placeret inden for, og 5 kb opstrøms og nedstrøms for, hvert gen region.