PLoS ONE: en ny tilgang til karakterisering mikrosatelitter Ustabilitet i Cancer Cells

Abstrakt

mikrosatelitter ustabilitet (MSI) er kendetegnet ved udvidelse eller sammentrækning af DNA gentagne skrifter som en konsekvens af DNA fejlparringsreparationsmangel (MMRD) . Nøjagtig påvisning af MSI i cancerceller er vigtig, da MSI er forbundet med adskillige cancer undertyper og kan hjælpe informere terapeutiske afgørelser. Selv eksperimentelle assays er blevet udviklet til påvisning MSI, de typisk afhænge af et lille antal kendte mikrosatellit loci eller fejlparringsreparationsgener og har begrænset pålidelighed. Her rapporterer vi en ny genom-dækkende tilgang til MSI detektion baseret på den globale påvisning af indsættelser og sletninger (indels) i mikrosatellitter findes i udtrykte gener. Vores omfattende analyser af 20 cancercellelinier og 123 normale individer afslørede slående InDel træk forbundet med MSI: der er en signifikant forøgelse af korte mikrosatellit deletioner i MSI prøver sammenlignet med mikrosatellit stabil (MSS) dem, hvilket antyder en mekanistisk forspænding reparation effektivitet mellem indsættelser og sletninger i normale humane celler. Ved at indarbejde denne observation ind i vores MSI scorer metriske, viser vi, at vores tilgang korrekt kan skelne mellem MSI og MSS kræft cellelinjer. Desuden, når vi anvendt denne fremgangsmåde til primal tumorprøver, vores metrik er også godt overens med diagnosticeret MSI status. Således er vores undersøgelse giver ny indsigt i DNA basefejlparringsreparationssystemet, og giver også en ny MSI diagnose metode til klinisk onkologi med bedre pålidelighed

Henvisning:. Lu Y, Soong TD, Elemento O (2013) en ny tilgang til karakterisering mikrosatelitter ustabilitet i kræftceller. PLoS ONE 8 (5): e63056. doi: 10,1371 /journal.pone.0063056

Redaktør: Yousin Suh, Albert Einstein College of Medicne, USA

Modtaget: September 5, 2012; Accepteret: April 1, 2013; Udgivet: 6. maj 2013 |

Copyright: © 2013 Lu et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. OE ville gerne anerkende modtagelsen af ​​National Science Foundation (NSF) Karriere Grant 1054964. de finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:. forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser.

Introduktion

I normale celler, giver mismatch repair (MMR) systemet en meget effektiv mekanisme til at korrigere fejl, der opstår i løbet af DNA-replikation. Når forringet, f.eks gennem inaktivering af humane fejlparringsreparationsgener såsom MLH1, MSH2 og MSH3-, fejlparringsreparationsmangel fører til ukorrigerede insertioner /deletioner (indels), navnlig i mikrosatellitter hvor en kort sekvens enhed (en til seks nukleotider lange) gentages flere gange [1] .

mikrosatelitter ustabilitet (MSI) henviser til den genetisk afvigende tilstand, hvor mikrosatellit-alleler i genom gevinst eller tabe gentage enheder på langt højere frekvens end i normale celler. Den normale tilstand er ofte omtalt som mikrosatellit stabil eller MSS. Udbredt MSI indikerer normalt fejlparringsreparationsmangel (MMRD), som kan forårsage akkumulering af mutationer i cancerrelaterede gener og føre til carcinogenese og tumorprogression. Følgelig er MSI hyppigt observeret i flere typer af kræft, især i tyktarmskræft [2] og prostatakræft [3]. Tilstedeværelsen af ​​MSI kan anvendes som en markør til specifikke tumor undertyper og kan forudsige følsomhed over for kemoterapi [1]. Desuden MSI genererer betydelig genetisk heterogenitet og kan anvendes til andre formål, såsom isolering af lægemiddelresistente kloner og efterfølgende karakterisering af lægemiddel resistensmekanismer [4].

I øjeblikket eksisterer adskillige assays til påvisning af MSI , herunder dem, der søger for mutationer i MMR-gener, måle deres udtryk, eller leder efter enhedsnummer ændringer i et sæt af mikrosatellitter ofte ramt af MSI [5], [6]. Men disse assays er ikke altid rigtigt. For eksempel to undersøgelser under anvendelse af forskellige assays billede modstående resultater om MSI status PC3 prostatacancer-cellelinie [3], [7]. Desuden almindeligvis anvendes MSI markører er celletypespecifikke. For eksempel er det blevet rapporteret, at almindeligt anvendte markører i tyktarmskræft har lav følsomhed i akut myeloid leukæmi [8].

Mange andre faktorer kan have en negativ indflydelse på nøjagtigheden af ​​tilgængelige MSI detektionsteknikker. Metoder, der bruger tab af udtryk eller mutation af kendte MMR gener kan hæmmes af kompleksiteten i MMR-system, som består af flere gener og muligvis andre karakteriserede dem. Den lave følsomhed enhedsnummer tilgange kan forklares ved den tilfældige karakter af MSI: MMRD kan påvirke forskellige sæt af mikrosatellitter i forskellige individer. Det kan forklare, hvorfor de begrænsede sæt af markører, der anvendes i de nuværende MSI detektionsassays sommetider giver falsk negative.

For at overvinde sådanne begrænsninger, vi udviklet en ny metode, der forbedrer følsomheden af ​​MSI detektion ved at indarbejde alle påviselige mikrosatellitter tværs af genom præget af næste generation sekventering. Vi valgte at basere vores analyse på RNA-Seq, da det er en forholdsvis moden næste generation sekventering teknik og er allerede blevet bredt udført for forskellige anvendelser. Selv korte læse sekvenser udgør udfordringer for kortlægning og kendetegner mikrosatellitter, har vi overvinde disse problemer og demonstreret pålideligheden af ​​vores genom-dækkende scanning tilgang til MSI detektion. Ud over at basere detektion på en langt større antal mikrosatellit indels i MSI celler, vores tilgang udnytter et fænomen hidtil kun rapporteret i gær, men at vi observeret i humane celler i denne undersøgelse: Indel længde distributioner i MSI og MSS prøver er signifikant forskellige [9]. Genom-dækkende detektering af mikrosatellit indels undgår mangler begrænset markør sæt og giver forøget følsomhed over for MSI detektion. Udover at være følsom, er vores tilgang ikke kræver en matchet kimlinie kontrol fra det samme individ, og kan derfor anvendes til kræft cellelinjer.

Materialer og metoder

Datasæt

i denne undersøgelse anvendte vi RNA-seq datasæt for 20 forskellige cancercellelinier for at undersøge MSI frekvenser i forskellige typer cancer. Alle cancercellelinie datasæt blev opnået fra offentliggjorte undersøgelser, og MSI status mange af disse cellelinjer er allerede blevet rapporteret (selv for nogle cellelinjer resultater fra forskellige undersøgelser konflikt). Tabel 1 viser MSI statusoplysninger og kilder til RNA-seq datasæt. Vi brugte også to offentliggjorte RNA-seq undersøgelser af HapMap lymfoblastoide prøver indsamlet fra 69 nigerianske [10] og 54 europæiske individer [11] som kontroller til at definere MSI status i normale humane celler, som MSI ikke forventes i disse prøver. Vi analyserede også parret tyktarmskræft tumor og normale RNA-Seq prøver fra 14 patienter diagnosticeret med MSI tumorer og 14 patienter diagnosticeret med MSS tumorer [12].

Afsløring mikrosatellit indels

Vi først udvindes mikrosatellitter i alle menneskelige RefSeq udskrifter hjælp Tandem gentager Finder (TRF) [13]. I denne undersøgelse blev mikrosatellitter defineret som tandemgentagelser med gentagelsesenheder med 1 til 6 basepar. For hver RNA-seq datasæt, så justeret vi den korte læser til RefSeq udskrifter ved hjælp af BWA [14], som giver mulighed for afbrudt-tilpasning. Vi anvendte en maksimal hul størrelse på 20 bp for alle analyser rapporteret her. Vi har også testet større gap størrelser, men de havde ikke øge antallet af fundne indels i de følgende analyser. For resten af ​​parametrene anvendte vi BWA standardparametre. Vi derefter brugt DINDEL [15] for at ringe indels fra linie læser. Fra udgangen af ​​dindel, vi bortfiltrere fælles indels opført i enkelt-nukleotid polymorfisme database (dbSNP, Build 132) [16]. Endelig har vi sammenlignet koordinater indels til koordinaterne for mikrosatellitter fundet af TRF og identificerede indels inden mikrosatellitter (figur 1a).

PI henviser til andelen af ​​indrykninger i mikrosatellitter løbet alle indsættelser, og PD refererer til andel af sletninger i mikrosatellitter løbet alle sletninger.

Kvantificering MSI Brug af MSI-seq indeks

Vi vurderede flere MSI foranstaltninger baseret på antallet af indels og mikrosatellitter bestemt af vores analyse rørledning . Disse foranstaltninger omfattede andelen af ​​mikrosatellit insertioner frem for alle insertioner (betegnet PI), og andelen af ​​mikrosatellit deletioner i alle deletioner (benævnt PD, figur 1b). Vi evaluerede også PI /PD, da vores resultater, efter aftale med en tidligere undersøgelse i gær [9], foreslog, at MMRD kan ændre de relative priser for indsættelser og sletninger. PI /PD er også nævnt som MSI-seq indeks i denne undersøgelse.

Expression Profilering af MMR Relaterede Gener

For at sammenligne vores tilgang med metoder der anvender udtrykket niveau og mutation status MMR systemkomponenter vi bestemt ekspressionsniveauet af MMR-gener (herunder MLH1, MLH3, MSH2, MSH3-, MSH4, MSH5, MSH6, PMS1- og PMS2) i kræft cellelinier fra RNA-seq data. Vi brugte Manchetknapper [17] til at beregne normaliserede ekspressionsniveauer målt i fragmenter pr kilobase af udskrift per million læser (FPKM). Vi kiggede også indels i MMR-gener ved hjælp af DINDEL resultater (ikke begrænset til mikrosatellitter). Endelig kiggede vi for enkelt nukleotid varianter i de samme MMR gener ved hjælp SNVseeqer [4], [18], [19]. Som vi gjorde for Indel kald, vi kun beholdt SNVs ikke er opført i dbSNP for yderligere analyse.

Resultater

Indel Detection i RNA-seq Data MSI /MSS Prøver

Vi først søgte at identificere indels inden for RNA-seq prøver anvendt i denne undersøgelse (MSI, MSS, HapMap). Efter kort læse justering ved hjælp BWA, vi brugte DINDEL at kalde indels i vores 20 cancer cellelinjer og 123 HapMap RNA-seq datasæt. Fra DINDEL udgange, vi bortfiltreret indels opført i enkelt-nukleotid polymorfisme-database (dbSNP; Build 132) [16]. Efter filtrering, absolutte InDel tæller varierer fra omkring 200 til mere end 2000 (figur 2).

(a) HapMap prøver (b) kræft cellelinjer.

Forskellige Udlodning af mikrosatelitter Indel Ændringer i MSI /MSS prøver

Næste, vi søgte at bestemme den hyppighed, hvormed mikrosatellitmarkørerne sekvenser ændres ved indels i hvert RNA-seq prøve. I alt 505,657 mikrosatellitter blev fundet i 32,199 Refseq afskrift sekvenser ved hjælp af TRF. Vi bestemt så antallet af mikrosatellitter ændret ved mindst én Indel i hvert RNA-seq prøve. Denne mængde spænder fra 54 til 482 i HapMap prøver, og 77-1454 i kræftceller. I alle efterfølgende analyser, vi kun studere indels inden mikrosatellitter. I hver prøve, vi derefter fastsat andelen af ​​mikrosatellitter ændret ved indels placeret i 5 ‘UTR, kodende sekvens, 3’ UTR eller ikke-kodende RNA, og fastslået, om disse proportioner er signifikant forskellig mellem MSI og HapMap prøver og mellem MSS og HapMap prøver. Vi observerede en markant stigning i andelen af ​​indels i MSI prøver ‘kodende sekvenser (p = 1e-5, t-test, figur 3a) i forhold til HapMap prøver, mens andelen forblev ens i MSS prøver (p = 0,15, t-test). Svarende til denne stigning, er andelen af ​​mikrosatellit indels i andre regioner var lavere i MSI prøver sammenlignet med HapMap (5 ‘UTR: p = 0,0149; 3’UTR: p = 0,0108), mens der ikke er nogen forskel mellem MSS prøver og HapMap (p 0,05; Figur 3d). Forekomsten af ​​mikrosatellit indels i kodning regioner i MSI (og til en vis grad i MSS) kræftceller tyder på, at disse indels kan føre til en selektiv fordel for cancerceller, i overensstemmelse med resultater i andre organismer [20].

(a) kodende sekvenser (b) 3’UTR (c) 5’UTR (d) ikke-kodende RNA.

i en tidligere undersøgelse i gær, blev det konstateret, at efter at mutere DNA mismatch reparation proteiner, var der en signifikant stigning i antallet af korte deletioner i mikrosatellitter, mens antallet af insertioner i mikrosatellitter ikke ændrede signifikant [9]. Inspireret af disse resultater, vi studerede også fordelingen af ​​fundne mikrosatellit InDel længder i MSI /MSS prøver. Vi bemærkede, at korte deletioner af 1 bp hyppigere MSI cellelinier end de er i HapMap prøver (figur 4a). For yderligere at undersøge denne observation, vi sammenlignede fordelinger af indsættelse og sletninger fremstillet af hver af de 7 MSI kræft cellelinjer og 5 MSS cellelinjer til de overordnede fordelinger af indsættelse og sletninger fra alle 123 HapMap kontroller. Kolmogorov-Smirnov test viste, at længde fordelinger af mikrosatellitter deletioner i MSI prøver var signifikant forskellig fra HapMap prøver (p 0,05). I modsætning hertil alle undtagen én MSS prøverne viser ingen signifikant forskel i deletion længder (p 0,05). Fordelingerne af indsættelse længder, på den anden side, var ikke signifikant forskellige mellem de 3 grupper (figur 4B). Disse iagttagelser antyder, at mangel med fejlparringsreparationssystemet maskiner, der er forbundet med mikrosatellit ustabilitet fortrinsvis giver korte deletioner.

(a) mikrosatellit deletioner (b) mikrosatellit insertioner.

The MSI-seq Index Korrekt Forudsiger MMRD cellelinier

Vores oprindelige mål var at identificere en genom-dækkende indeks eller foranstaltning, som pålideligt adskiller MSI prøver fra MSS prøver. Vi oprindeligt undersøgt to mulige foranstaltninger: Andelen af ​​mikrosatellitmarkørerne indrykninger i alle indsættelser (betegnet PI), og andelen af ​​mikrosatellitmarkørerne sletninger i alle sletninger (betegnet som PD, figur 1b). Analysen i foregående afsnit viste, at sammenlignet med normale humane celler, antal korte sletninger steget betydeligt i MSI-cellelinjer, men ikke i mikrosatellit stabil (MSS) kræft cellelinjer. På grund af denne forskel, PD diskriminerede mellem MSI og MSS prøver, om end ikke perfekt (data ikke vist). I modsætning hertil selvom PI kan ikke skelne mellem de to typer af celler, er det stadig afspejler det absolutte antal mikrosatellit indels. Som følge heraf kan normalisere PD med PI gøre MSI status for forskellige prøver mere sammenlignelige. Vi undersøgte derfor forholdet mellem to andele som alternativ indeks til at skelne mellem MSI og MSS cellelinjer. Når vi beregnet PI /PD for MSI og MSS kræft cellelinjer, vi observerede signifikante forskelle mellem de to grupper (p = 2.4e-5, t-test), med MSI viser lavere PI /PD (figur 5a). Som forventet, PI /PD værdier var også signifikant forskellig mellem MSI og HapMap (p = 1.5E-10, t-test). Det faktum, at MSI og MSS prøver har statistisk forskellige PI /PD-værdier betyder ikke, at PI /PD er yderst pålidelig ved at diskriminere MSI og MSS. Men vi yderligere observeret, at PI /PD klart adskiller MSI og MSS cellelinjer i to forskellige grupper (figur 5a). Faktisk alle cellelinier, som er blevet identificeret som MSI (tabel 1) udviser PI /PD-forhold lavere end 1. I modsætning hertil MSS cellelinjer har alle forhold større end 1, svarende til HapMap prøver (figur 5a). Disse resultater viser, at PI /PD-forhold, som vi kalder MSI-seq indeks, kan præcist forudsige MSI status i kræft cellelinjer, selv spænder flere cancertyper.

(a) Sammenligning mellem PI /PD forhold mellem HapMap prøver, MSI kræft cellelinjer og MSS cancer cellelinjer (b) PI /PD forhold for alle HapMap prøver og kræft cellelinjer. HapMap prøver ‘PI /PD-forhold er repræsenteret ved den empiriske kurve fordelingen tæthed. Nøgletallene for kendte cellelinjer er plottet i røde lodrette linjer. Kendte MSS cellelinjer er plottet i blå, og alle de andre cellelinjer er plottet i lilla.

Resultaterne ovenfor viser, at MSI-seq indeks pålideligt kan forudsige MSI status. Vi anvendte derfor vores analyse til cellelinjer, hvis MSI status ikke var blevet karakteriseret. I vores undersøgelse, alle sådanne cellelinjer faldt i området fra HapMap prøver (figur 5B). Derfor, ved vores kriterier, vil de sandsynligvis være MSS cellelinier. Forudsigelser for nogle cellelinjer blev støttet af yderligere beviser. For eksempel er alle tre MSI-ukarakteriserede brystkræft cellelinier kategoriseret som MSS. Dette resultat er i overensstemmelse med tidligere undersøgelser tyder på, at MSI kun kan spille en mindre rolle i onkogenese af brysttumorer i forhold til andre tumortyper [21].

Expression eller Mutation af Kendte MMR gener undlader at foretage pålidelige skøn MSI status

Vi derefter forsøgt at afgøre, om andre mere simple metoder baseret på udtryk eller mutation af kendte MMR gener kunne forudsige MSI status. Tidligere fund har faktisk foreslået, at inaktivering af MMR-gener kan forårsage MMRD [1]. Derfor, i princippet udtrykket profil MMR-relaterede gener kunne også forudsige MMRD og MSI. Vi kiggede på 7 MSI cellelinjer og 5 MSS cellelinier med MSI statusser valideret af tidligere undersøgelser

De ekspressionsniveauer af kendte MMR gener ikke korrelerer med MSI status (Figur 6,. FPKM værdier normaliseret af middelværdien af hver kolonne). For eksempel er MLH1-ekspression undertrykkes i to cellelinier, HCT116 og DU145. Et sådant tab er ledsaget af tab af MLH3 ekspression i DU145 og tab af MSH3- ekspression i HCT116, som tidligere rapporteret [22]. I en anden MSI LNCaP dog er alle disse gener udtrykkes i normale niveauer, mens den undertrykte ekspressionen af ​​MSH2 kan være ansvarlig for MSI [3], [23]. Analyse af punktmutationer og indels viste også mangel på korrelation med MSI-status, med MSS prøver viser missense varianter i MMR-gener, mens mange MSI celler har ingen varianter (tabel 2). Derfor, i modsætning til MSI-seq indeks, hverken MMR genekspression niveauer eller mutationer er virkelig pålidelig til MSI detektion.

Værdier normaliseret ved middelværdien af ​​hver kolonne.

Anvendelse på kliniske prøver

Vi derefter testet, om vores tilgang kan forudsige MSI status i primære tumorer. Vi analyserede parret tyktarmskræft tumor og normale RNA-Seq prøver fra 14 patienter diagnosticeret med MSI tumorer og 14 patienter diagnosticeret med MSS tumorer [12]. Nøgletallene for MSI tumorprøver spænder fra 0,630 til 0,814, mens nøgletal for MSS tumorprøver spænder fra 0,986 til 1,573. Derfor er en tærskel omkring 0,9 vil være i stand til at producere nøjagtige MSI status forudsigelser, der svarer til, hvad vi har observeret i kræftceller. Endvidere nøgletallene for MSI tumorprøver viste en signifikant forskel i forhold til parrede normale prøver (p = 5.57e-11; t-test), mens der ikke er nogen forskel mellem MSS tumor og normale prøver (p = 0,6438; t-test) (figur 7). Dette resultat indikerer, at vores metode ikke kun fungerer i cancer cellelinjer, men er også effektiv til at opdage MSI status i primære tumorer.

14 er diagnosticeret som MSI og 14 diagnosticeret som MSS.

diskussion

I denne undersøgelse har vi introduceret en ny og pålidelig indeks (MSI-seq) til detektering mikrosatellit ustabilitet under anvendelse transkriptom sekventeringsdata. I modsætning til andre metoder, der er begrænset til at forespørge et lille antal gener eller mikrosatellit regioner, vores metode integrerer InDel data fra et stort antal af udtrykte mikrosatellitter. Vores tilgang er ikke afhængig af germlinie DNA og er derfor lige så anvendelig til kræft cellelinjer og delprøver. Vi har vist, at vores fremgangsmåde er mere nøjagtige end metoder baseret på påvisning af punktmutation eller ekspressionsværter ændringer i fejlparringsreparationsgener. En anden fordel ved vores tilgang er, at MSI-seq indeks tilvejebringer en kontinuerlig måling af MSI. I tidligere undersøgelser, blev MSI ofte behandlet som en alt-eller-intet begivenhed. Traditionelle analyser kunne kun sige, om en prøve er MSI eller MSS. Men i biologisk relevante tilfælde, MSI status stikprøver sandsynligvis spænde et kontinuert spektrum, og omfanget af MSI kan have terapeutiske implikationer. Derfor kan MSI-seq indeks (PI /PD-forhold), der anvendes i denne undersøgelse være en lovende kandidat til kvantificering af den relative MSI grad af en prøve.

I løbet af vores undersøgelser af indels i kræft cellelinjer vi har lavet en række interessante observationer. Vi har fundet, at korte deletioner i mikrosatellit regioner, især 1 bp sletninger, er konsekvent meget overrepræsenteret i MSI kræft cellelinjer forhold til MSS kræft cellelinjer og udødeliggjort, men ikke-maligne HapMap prøver. På den anden side, har vi ikke finde nogen konsekvent stigning i længere sletninger eller indsættelser i MSI prøver. En lignende observation er blevet fremsat i gær [9], men til vor bedste viden er det første gang, dette fænomen er rapporteret i humane celler. Denne iagttagelse bekræfter, at flere DNA reparationsmekanismer er på spil i normale celler, og at inden mikrosatellitter, er utilsigtede og -insertioner med forskellige længder repareres gennem distinkte mekanismer.

En anden observation er, at at der er flere mikrosatellit indels i kodning regioner i cancerceller og især i MSI-positive cancerceller. Denne opdagelse er overraskende, eftersom forventes en væsentlig fraktion af disse indels at forårsage interne rammeforskydninger, ikke-sense medieret henfald og derfor gen inaktivering. Vores resultater på den anden side tyder på, at cancerceller med øget kodende mikrosatellit indels kan blive positivt selekteret og derfor kodende mikrosatellit indels kan bidrage til tumoren fænotyper. Alternativt kan disse indels generere funktionel mangfoldighed, der giver mulighed for hurtig tilpasning af tumorcellerne til skiftende miljøer, måske svarer til, hvad der er blevet observeret i gær [20].

Vores metode er baseret på transkriptom sekventering, som har nogle begrænsninger, når der bruges til MSI karakterisering. For eksempel vil det brænde ændrede mikrosatellitter beliggende i regulatoriske sekvenser, som også kan spille en vigtig rolle i onkogenese. Som Indel detektion kræver passende læse- dækning, kan det være vanskeligt at påvise mikrosatellit indels i transkripter med lave forekomster. Trods ovennævnte ulemper, inspektion af udtrykte udskrifter giver stadig vigtige oplysninger om MMRD. Som RNA-seq eksperimenter bredt udføres, og prisen for prøver sekventering kræft er hastigt faldende, i fremtiden RNA-seq baseret diagnose metode vil blive omkostningseffektiv for kliniske anvendelser. Desuden er en enkelt RNA-Seq assay er i stand til at give nøjagtige MSI diagnose sammen med rig information om de mange andre aspekter af tumor, herunder funktionelle mutationer, genekspression profiler, aktive veje og gen fusioner mv, hvilket gør specialiserede PCR analyser til MSI unødvendig .

Afslutningsvis vores metode er den første til at aktivere hele genomet karakterisering af MMRD status i human celle ved at integrere højt gennemløb sekventeringsdata. I overensstemmelse med tidligere resultater, har vi observeret en betydelig forøgelse af korte sletninger i MSI celler sammenlignet med MSS dem. Baseret på denne observation, viste vi, at PI /PD-forhold (som vi også definerer som MSI-seq) kan anvendes til at kvantificere MSI status i begge cancercellelinier og primal tumorprøver fra patienter, og har flere fordele frem for traditionelle assays. Derfor er vores fremgangsmåde har potentiale til at fungere som en hidtil ukendt diagnose værktøj af genomisk ustabilitet for forskellige cancer prøver.