PLoS ONE: Methylcap-Seq afslører Nye DNA-methylering Markers til diagnosticering og Gentagelse Forudsigelse af blærekræft i en kinesisk Befolkning

Abstrakt

Formål

Der er behov for at supplere eller erstatte de konventionelle diagnostiske værktøjer, nemlig, cystoskopi og B-typen ultralyd, for blærekræft (BC). Vi havde til formål at identificere nye DNA methylering markører for BC gennem genom-dækkende profilering af BC cellelinjer og efterfølgende methylering-specifik PCR (MSP) screening af kliniske urinprøver.

Eksperimentel Design

methyl -DNA-bindende domæne (MBD) capture-teknik, methylCap /seq, blev udført for at screene for specifik hypermethyleret CpG øer i to f.Kr. cellelinjer (5637 og T24). De øverste hundrede hypermethyleret mål blev sekventielt screenet ved MSP i urinprøver vil falde målet antallet og optimere sammensætningen af ​​den diagnostiske panel. Den diagnostiske ydeevne opnåede panel blev evalueret i forskellige kliniske scenarier.

Resultater

I alt 1.627 hypermethylerede promoter mål i BC cellelinjer blev identificeret af Illumina sekventering. De øverste 104 hypermethyleret mål blev reduceret til otte gener (VAX1, KCNV1, ECEL1, TMEM26, TAL1, PROX1, SLC6A20, og LMX1A) efter urinen DNA screening i en lille stikprøve af otte normale kontrol og 18 BC fag. Validering i en uafhængig stikprøve på 212 BC patienter aktiveret optimering af fem mål methylering, herunder VAX1, KCNV1, TAL1, PPOX1, og CFTR, som blev opnået i vores tidligere undersøgelse, for BC diagnose med en sensitivitet og specificitet på 88,68% og 87,25 %, henholdsvis. Desuden blev fundet methylering af VAX1 og LMX1A at være forbundet med BC gentagelse.

Konklusioner

Vi identificerede en lovende diagnostisk markør panel til tidlig ikke-invasiv påvisning og efterfølgende BC overvågning.

Henvisning: Zhao Y, Guo S, Sun J, Huang Z, Zhu T, Zhang H, et al. (2012) Methylcap-Seq afslører Nye DNA-methylering Markers til diagnosticering og Gentagelse Forudsigelse af blærekræft i en kinesisk Befolkning. PLoS ONE 7 (4): e35175. doi: 10,1371 /journal.pone.0035175

Redaktør: Angela H. Ting, Cleveland Clinic Foundation, USA

Modtaget: Januar 6, 2012; Accepteret: 9 marts 2012; Udgivet: 17 april, 2012