PLoS ONE: associering mellem PTEN Gene IVS4 Polymorfi og risiko for kræft: en meta-analyse

Abstrakt

Baggrund

Phosphatase og tensin homolog (

PTEN

) er en veletableret tumorsuppressorgen. For nylig, stigende studier undersøgte sammenhængen mellem

PTEN

IVS4 polymorfi (rs3830675) og risiko for forskellige former for kræft. Men resultaterne fra de enkelte studier var kontroversiel. Formålet med denne meta-analyse var at belyse, om

PTEN

IVS4 polymorfi var forbundet med risiko kræft.

Metoder

Databaser herunder PubMed, Web of viden og kinesisk Nationalt Videnscenter Infrastruktur (CNKI) blev systematisk søgt at identificere potentielt støtteberettigede litteratur. Odds ratio (OR) og deres 95% konfidensinterval (CI) blev anvendt til at vurdere styrken af ​​sammenhængen mellem

PTEN

IVS4 polymorfi og kræftrisiko.

Resultater

A alt syv case-kontrol-undersøgelser blev endeligt inkluderet i denne meta-analyse. Den samlede analyse foreslog, at personer med

PTEN

IVS4 (- /-) genotype var signifikant forbundet med øget risiko for kræft (OR = 1,45, 95% CI = 1,19-1,76, P 0,001) og undergruppe af fordøjelsessystemet tarmkanalen kræft (OR = 1,67, 95% CI = 1,28-2,18, P 0,001) i forhold til (+ /+) genotype. Allelen analyse afslørede, at (-) allel var signifikant associeret med øget risiko for cancer (OR = 1,30, 95% CI = 1,12-1,50, P = 0,001) og undergruppe af fordøjelseskanalen cancer (OR = 1,42, 95% CI = 1,16 -1,74, P = 0,001) sammenlignet med (+) allel. Ingen signifikant sammenhæng blev observeret mellem

PTEN

IVS4 (+/-) genotype og risiko for kræft

Konklusion

PTEN

IVS4 (-. /- ) genotype var signifikant forbundet med øget risiko for kræft, især for fordøjelseskanalen kræft sammenlignet med (+ /+) genotype. Den (-) allel af

PTEN

IVS4 (rs3830675) polymorfi var signifikant forbundet med øget risiko for kræft, især for fordøjelseskanalen kræft sammenlignet med (+) allel. Den recessive effekt model og dominerende effekt model viste også signifikant sammenhæng mellem

PTEN

IVS4 (rs3830675) polymorfi og øget risiko for kræft, især for mave-cancer-tarmkanalen. Yderligere omfattende og veldesignede undersøgelser vedrørende forskellige etniske grupper er stadig forpligtet til at bekræfte resultaterne af vores metaanalyse

Henvisning:. Sun L, Liu J, Yuan Q, Xing C, Yuan Y (2014) Association mellem

PTEN

Gene IVS4 Polymorfi og risiko for kræft: en meta-analyse. PLoS ONE 9 (6): e98851. doi: 10,1371 /journal.pone.0098851

Redaktør: Aamir Ahmad, Wayne State University School of Medicine, USA

Modtaget: 1. januar 2014 Accepteret: 7 maj 2014; Udgivet: 5 juni 2014

Copyright: © 2014 Sun et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Denne undersøgelse er støttet af tilskud fra National Basic Research Program Kina (973 Program Ref No. 2010CB529304), de ydelser af Videnskab og Teknologi Projekt i Liaoning-provinsen (Ref No.2011225002) og ydelser af Videnskab og Teknologi Projekt i Liaoning-provinsen ( Ref No. 2012225016). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Den globale forekomsten af ​​kræft fortsætter med at stige i høj grad med cirka 12,7 mio kræfttilfælde og 7,6 millioner kræftdødsfald hvert år på verdensplan [1]. Carcinogenese er en multi-trins og kompleks proces påvirkes af forskellige miljømæssige og genetiske faktorer. Ny dokumentation har vist, at genpolymorfisme spiller en vigtig rolle i forskellen af ​​individuelle modtagelighed til kræft [2]. Identifikation af genpolymorfisme, der er forbundet til risikoen for kræft vil i høj grad gavne tidlig forebyggelse og behandling for kræft.

Phosphatase og tensin homolog (

PTEN

), en veletableret tumorsuppressorgen, er kortlagt til kromosom 10q23.3.

PTEN

gen spænder over 105 kb herunder ni exons og otte introns. Den 403 aminosyre PTEN protein er en dual fosfatase, der handler på både serin-threonin og tyrosin sites [3]. PTEN protein indeholder tre dele: en N-terminal phosphatase katalytiske domæne, et C-terminalt C2-domænet og en 50 aminosyre C-terminal hale, som omfatter en PDZ bindende motiv og CK2 phosphoryleringssteder [4]. PTEN er involveret i reguleringen af ​​cellevækst, proliferation og apoptose i signaltransduktionsveje og deltager i kontrollen af ​​cellecyklus [5], [6]. Siden sin første klon i 1997, somatiske

PTEN

mutationer er blevet meget omtalt i forskellige former for kræft, herunder prostatakræft, brystkræft, endometriecancer og så videre [7] – [9]. I de senere år har megen opmærksomhed blevet betalt til kimlinie polymorfi af

PTEN

gen.

Der er rapporteret PTEN

polymorfier at være involveret i flere kræftformer, såsom brystkræft [10], [11], mavekræft [12] og tyktarmskræft [13].

PTEN

IVS4 polymorfi (rs3830675) med ATCTT indsættelse på 109 bp nedstrøms for exon 4 i intron 4 var en af ​​de fælles

PTEN

polymorfier. Senest stigende studier undersøgte sammenhængen mellem

PTEN

IVS4 polymorfi (rs3830675) og risiko for forskellige former for kræft, herunder brystkræft [11], [14], kolorektal cancer [13], mavekræft [12] , [15], esophageal cancer [16] og prostatacancer [17]. Men resultaterne fra de enkelte studier var ikke fyldestgørende. For eksempel Canbay et al. foreslog, at

PTEN

IVS4 (- /-) genotype var forbundet med øget risiko for colorectal cancer [13]; men George et al. rapporterede, at ingen signifikant sammenhæng blev observeret mellem

PTEN

IVS4 polymorfi og modtagelighed for prostatacancer [17].

Indtil nu, er blevet udført nogen meta-analyse for at undersøge sammenhængen af ​​

PTEN

IVS4 polymorfi (rs3830675) med modtagelighed for kræft. At undersøge, om

PTEN

IVS4 polymorfi (rs3830675) var forbundet med risiko for kræft og specifikke kræft undertyper, vi foretaget en meta-analyse af sammenhængen mellem

PTEN

IVS4 polymorfi (rs3830675) og kræft risiko i nærværende undersøgelse.

Materialer og metoder

Identifikation og støtteberettigelse relevante undersøgelser

Elektroniske databaser af Web of Science, PubMed og kinesisk Nationalt Videnscenter Infrastructure (CNKI) var systematisk søgt ved hjælp af forskellige kombinationer af søgeordene herunder “fosfatase og tensin homolog /PTEN”, “polymorfi /mutation /variant” og “kræft /neoplasme /malignitet”. De tilsvarende kinesiske søgetermer blev brugt, når du søger kinesisk database. Referencer citeret i hver omfattede litteratur blev yderligere søgte manuelt at identificere potentielle foreliggende undersøgelser. Hvis oplysningerne i litteraturen ikke var tilstrækkelig klar, blev forfatteren kontaktes for yderligere rådata. Når overlappende data eksisterer, kun blev undersøgelsen med mere fuldstændige oplysninger vedtaget. Den sidste søgning dato var 12. november 2013.

inklusion og eksklusion kriterier

Alle de inkluderede studier skal opfylde følgende kriterier: case-control undersøgelse; undersøgelser vedrørende sammenhængen mellem

PTEN

gen IVS4 polymorfi (rs3830675) og risiko for kræft; undersøgelser offentliggjort på engelsk eller kinesisk; studier med tilstrækkelige rådata til estimering odds ratio (OR) og deres 95% konfidensinterval (CI). De vigtigste årsager til udelukkelse var: dublet data; anmeldelser; ikke relevant for kræft eller specifik polymorfi; dyreforsøg; ikke case-control designet; ingen rå data, selv efter at kontakte forfatteren.

Data Extraction

To forfattere (Liping Sun og Jingwei Liu) uafhængigt udtrukket data fra de inkluderede studier. Følgende data udtrukket fra hver enkelt undersøgelse: første forfatter, udgivelsesår, etnicitet af den undersøgte population, kræft type, antal af hver genotype i sager og kontroller, genotypebestemmelsesmetoder til

PTEN

gen IVS4 polymorfi, kilde kontroller. Konflikten blev løst efter drøftelse og konsensus blev endelig nået på alle de udtrukne data

Statistisk analyse

Alle de statistiske analyser blev udført af Stata software (Version 11.0,. StataCorp, College Station, TX). Yderste periferi og deres 95% CI blev anvendt til at vurdere styrken af ​​sammenhængen mellem

PTEN

genpolymorfisme og kræftrisiko. P-værdi 0,05 blev betragtet som statistisk signifikant. Heterogenitet blev vurderet ved I-squared (I

2) værdi og bruge Q statistik (P 0,10 foreslår betydelig heterogenitet mellem studier) [18]. Når heterogenitet mellem studier ikke var signifikant, blev en fast-effekter model ved hjælp af Mantel-Haenszel-metoden [19] anvendes til at beregne de samlede yderste periferi. Ellers blev en random-effects model ved hjælp DerSimonian og Laird metode [20] udføres. Følsomhedsanalyse blev udført for at undersøge heterogenitet når betydelig heterogenitet blev angivet. Undergruppe analyser blev udført for at udforske virkningerne af etnicitet, kræft type og kilde til kontrol. Desuden blev publikationsbias vurderes kvalitativt ved udfører funnel plots og evalueres kvantitativt ved Begg test [21] og Egger test [22], hhv. P-værdi 0,1 til Begg-og Egger tests tyder betydelig publikationsbias

Resultater

Undersøgelse Egenskaber

blev organiseret Denne meta-analyse baseret på PRISMA erklæring (PRISMA Checkliste).. I alt 492 litteratur blev opnået fra elektroniske databaser efter dubletter fjernes. Efter gennemgang af titler og abstracts, blev 468 artikler primært udelukket på grund af ingen relevans, anmeldelser, dyreforsøg eller ikke om kræft. Efterfølgende blev efterladt 24 publikationer yderligere vurderet for støtteberettigelse. Sytten litteratur blev fjernet på grund af ikke på engelsk eller kinesisk, ingen rådata, ikke case-kontrol designet eller ej vedrørende IVS4 polymorfi. Endelig blev syv fuldtekstartikler med berettigelse indbefattet i den foreliggende meta-analyse. Den detaljerede flowdiagram af undersøgelsen Udvælgelsen blev vist i figur 1.

De grundlæggende karakteristika ved de undersøgelser, der indgår i denne meta-analyse blev sammenfattet i tabel 1. Alle de inkluderede case-kontrol undersøgelser blev offentliggjort i engelsk eller kinesisk 2001-2013, helt bestående af 1831 tilfælde og 2767 kontroller. De etniske grupper i de undersøgte populationer dækkede tyrkisk, kinesisk og amerikansk.

PTEN

IVS4 polymorfi i hver undersøgelse blev alle detekteret ved polymerasekædereaktion-restriktion polymorfisme (PCR-RFLP) metode. De undersøgte kræft typer af publikationerne bestod af brystkræft, tarmkræft, mavekræft, kræft i spiserøret og prostatakræft. Kræft typer, herunder kræft i spiserøret, mavekræft og tarmkræft blev integreret som mave-cancer-tarmkanalen, når du udfører undergruppe analyse baseret på kræft type.

Kvantitative data Synthesis

Resultaterne af den kvantitative syntese af data blev opsummeret i tabel 2. Personer med

PTEN

IVS4 (- /-) genotype var signifikant forbundet med øget risiko for kræft (OR = 1,45, 95% CI = 1,19-1,76, P 0,001, Figur 2) i forhold til (+ /+) genotype. For undergruppe analyse efter kræft type,

PTEN

IVS4 (- /-) blev observeret genotype at være forbundet med øget risiko for mave-cancer-tarmkanalen (OR = 1,67, 95% CI = 1,28-2,18, P 0,001 ), men ikke signifikant sammenhæng blev fundet med brystkræft (OR = 1,27, 95% CI = 0,79-2,04, P = 0,318) eller prostatakræft (OR = 1,20, 95% CI = 0,83-1,73, P = 0,342). Som for forskellige etniciteter, bærere af

PTEN

IVS4 (- /-) genotype var signifikant forbundet med øget risiko for kræft i tyrkisk og kinesisk, men ikke i amerikanske befolkning. I undergruppen analyse baseret på kilden til kontrol, blev der observeret øget risiko for kræft i befolkningstallet-baserede undergruppe stedet hospital-baserede undergruppe.