PLoS ONE: Prioritering af Cancer Marker Kandidater Baseret på Immunhistokemi farvning billeder deponeret i det humane protein Atlas

Abstrakt

Kræft markør opdagelse er en spirende emne i højt gennemløb kvantitative proteomics. Men omik teknologi normalt genererer en lang liste af markør kandidater, der kræver en arbejdskrævende filtrering processen for at screening for potentielt nyttige markører. Konkret forskellige parametre, såsom graden af ​​overekspression af markøren i kræft type interesse, som er relateret til følsomhed og specificitet af markøren blandt kræft grupper, er de mest kritiske overvejelser. Protein ekspressionsprofil på grundlag af immunhistokemi (IHC) -farvning billeder er en teknik der almindeligvis anvendes under sådanne filtrering procedurer. Systematisk undersøge proteinekspression i forskellige kræft versus normale væv og celletyper, det humane protein Atlas er en mest omfattende ressource, fordi det indeholder millioner af høj opløsning IHC billeder med ekspert-kurateret anmærkninger. For at lette filtrering af potentielle biomarkør kandidater fra store omik datasæt, i denne undersøgelse har vi foreslået en scoring tilgang til kvantificering IHC annotation af parrede ondartede /normale væv og kræft /normale celletyper. Vi har omfattende beregnet de snesevis af alle de 17219 testede antistoffer deponeret i det humane protein Atlas baseret på deres samlede IHC billeder og opnået 457110 scoringer dækker 20 forskellige typer af kræft. Statistiske tests demonstrerer evnen af ​​den foreslåede scoring tilgang til at prioritere cancerspecifikke proteiner. Top 100 potentielle markør kandidater blev prioriteret for kræftformer 20 med statistisk signifikans. Derudover blev en model undersøgelse af 1482 membranproteiner identificeret fra en kvantitativ sammenligning af parrede ondartede og tilstødende normale væv fra patienter med kolorektal cancer (CRC). Den foreslåede scoring tilgang demonstrerede vellykket prioritering og identificeret fire CRC markører, herunder to af de mest udbredte, nemlig CEACAM5 og CEACAM6. Disse resultater viser potentialet i denne scoring tilgang i form af kræft markør og -udvikling. Alle de beregnede resultater er tilgængelige på https://bal.ym.edu.tw/hpa/

Henvisning:. Chiang SC, Han CL, Yu KH Chen YJ, Wu KP (2013) Prioritering af kræft Marker Kandidater Baseret på Immunhistokemi farvning billeder deponeret i det humane protein Atlas. PLoS ONE 8 (11): e81079. doi: 10,1371 /journal.pone.0081079

Redaktør: Chien-Sheng Chen, Nationale Centrale Universitet, Taiwan

Modtaget: 13 juli, 2013; Accepteret: 8 oktober 2013; Udgivet: 26 november, 2013