PLoS ONE: udledning af urolig microRNA Regulatory Networks i Cancer Brug Hierarkisk Gene Co-Expression Signaturer

Abstrakt

MikroRNA’er (miRNA), en klasse af endogene små regulatoriske RNA, spiller en vigtig rolle i mange biologiske og fysiologiske processer. De forstyrrelser af nogle miRNA, der normalt kaldes som kræftpsykologisk mikroRNA (kræftpsykologisk Mirs), er signifikant associeret med flere stadier af kræft. Selvom hundredvis af miRNA er blevet opdaget, er pertuberede miRNA regulerende netværk og deres funktioner stadig dårligt forstået i kræft. Analyse udtrykket mønstre af miRNA målgener er en meget nyttig strategi til at udlede de perturberede miRNA-netværk. Men på grund af kompleksiteten af ​​kræft transkriptom, nuværende metoder ofte støder lav følsomhed, og rapporterer få kræftpsykologisk mir kandidater. Her har vi udviklet en ny metode, opkaldt miRHiC (berigelse analyse af miRNA mål i Hierarkiske gen co-ekspression underskrifter), at udlede de pertuberede miRNA regulerende net ved at bruge de hierarkiske co-ekspression signaturer i store kræft genekspression datasæt. Metoden kan udlede kræftpsykologisk mir kandidater og deres mål netværk, som kun er forbundet med sub-klynger af de differentielt udtrykte gener på fine skalaer co-ekspression hierarki. På to reelle datasæt af lungekræft og hepatocellulær cancer, miRHiC afsløret flere kendte kræftpsykologisk Mirs og deres mål gener (såsom miR-26, miR-29, miR-124, miR-125 og miR-200) og også identificeret mange nye kandidater (såsom mIR-149, som er udledt i begge typer af kræft). Brug hierarkiske gen co-ekspression signaturer, kan miRHiC høj grad øge følsomheden for at udlede de pertuberede miRNA regulerende netværk i kræft. Alle Perl scripts af miRHiC og detaljerede dokumenter er frit tilgængelige på internettet på https://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/member/jgu/miRHiC/

Henvisning:. Gu J, Xuan Z (2013) formode de forstyrres microRNA Regulatory Networks i Cancer Brug hierarkiske Gene Co-Expression signaturer. PLoS ONE 8 (11): e81032. doi: 10,1371 /journal.pone.0081032

Redaktør: Joaquin Dopazo, Centro de Investigacion Principe Felipe, Spanien

Modtaget: Maj 29, 2013; Accepteret: 9 oktober 2013; Udgivet: 20. november 2013