PLoS ONE: En Tretten-Gene Expression Signature Forudsiger Overlevelse af patienter med kræft i bugspytkirtlen og Identificerer Nye gener af interesse

Abstrakt

Baggrund

I øjeblikket prognosticering for pancreas ductal adenocarcinom (PDAC) er baseret på en grov klinisk iscenesættelse system. Således er der behov for mere præcise prognostiske tests for PDAC patienter til at hjælpe behandlingen beslutninger.

Metoder og Resultater

Affymetrix genekspression profilering blev udført på 15 humane PDAC tumorer og fra de data, vi identificeret en 13-genekspression signatur (risikoscore), der forbundet med patientens overlevelse. Den genekspression risikoscore blev derefter uafhængigt valideret ved hjælp offentliggjorte genekspression data og overlevelsesdata i yderligere 101 patienter med kræft i bugspytkirtlen. Patienter med høj risiko score havde signifikant højere risiko for død sammenlignet med patienter med lav risiko score (HR 2,27, p = 0,002). Når 13-genet score blev kombineret med lymfeknude status risikoen-score yderligere diskrimineret længden af ​​patientens overlevelsestid (p 0,001). Patienter med høj risiko score havde dårlig overlevelse uafhængig af nodal status; dog nodal status øget forudsigelighed for overlevelse hos patienter med et gen signatur lav risiko score (lav risiko N1 vs. lav risiko n0: HR = 2,0, p = 0,002). Mens AJCC fase forbundet med patientens overlevelse (p = 0,03), 13-genet score var overlegne til at forudsige overlevelse. Af de 13 gener, der omfatter den prædiktive model, har fire blevet vist at være vigtige i PDAC, er seks urapporteret i PDAC men vigtige i andre cancere, og tre er ikke omtalt i nogen kræft.

Konklusioner

Vi identificerede en 13-genekspression signatur, forudsiger overlevelse PDAC patienter og kunne vise sig nyttig til at gøre behandlingen beslutninger. Denne risiko score bør vurderes fremadrettet i kliniske forsøg for prognosticering og til at forudsige respons på kemoterapi. Undersøgelse af nye gener identificeret i vores model kan føre til hidtil ukendte terapeutiske mål

Henvisning:. Newhook TE, Blais EM, Lindberg JM, Adair SJ, Xin W, Lee JK, et al. (2014) En Tretten-Gene Expression Signature Forudsiger Overlevelse af patienter med kræft i bugspytkirtlen og Identificerer Nye gener af interesse. PLoS ONE 9 (9): e105631. doi: 10,1371 /journal.pone.0105631

Redaktør: Alfons Navarro, University of Barcelona, ​​Spanien

Modtaget: April 15, 2014 Accepteret: 22 Juli 2014; Udgivet 2. september, 2014

Copyright: © 2014 Newhook et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Data Tilgængelighed:. Det forfattere bekræfter, at alle data, der ligger til grund resultaterne er fuldt tilgængelige uden restriktioner. De data, der præsenteres i denne publikation er deponeret i NCBI s Gene Expression Omnibus og er tilgængelige via GEO Series tiltrædelse nummer GSE46385

Finansiering:.. Forfatterne har ingen finansiering eller støtte til rapporten

Konkurrerende interesser :. forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Pancreas duktalt adenokarcinom (PDAC) har den korteste overlevelse varighed af et fast organ malignitet [1], [2]. I øjeblikket er prognosticering for patienter med PDAC baseret på 7

th udgave af amerikanske Blandede Cancer (AJCC) iscenesættelse system, der tager hensyn til størrelse og invasive egenskaber af tumor og tilstedeværelse af nodal og fjern metastatisk sygdom [3 ]. Denne iscenesættelse systemet forbliver det primære hensyn af læger til at bestemme passende behandling samt tilbyde prognostiske information til patienter og familier [3]. Væsentlige områder i overlevelse findes inden for de enkelte AJCC kliniske faser [4], [5], [6]; for eksempel kan trin IV patienter bor kun et par uger efter diagnose eller kan leve længere end et til to år med behandling. Det er sandsynligt, at denne interne fase varians skyldes heterogen tumor genekspression resulterer i forskelle i tumor biologi.

Vi rapporterer identifikation og validering af en 13-genekspression signatur, forudsiger overlevelse for patienter med PDAC med stratificering af patienter i høj- og lav risiko grupper baseret på koordineret ekspression af gener defineret af genekspression signatur. Vurdering af lymfeknude-status yderligere tilsat til den prognostiske virkning af signaturen. Generne og veje, hvis udtryk udgør 13-genet signatur repræsenterer mulige mål for yderligere forskning i biologi PDAC tumorer.

Metoder

Etik Statement

PDAC prøveindsamling og behandling blev udført med godkendelse af Institutional Review Board fra University of Virginia i koordination med Biorepository og Tissue Research Facility. Alle patienter forudsat skriftligt samtykke til deltagelse. Denne undersøgelse blev udført i nøje overensstemmelse med anbefalingerne i Vejledning for pleje og anvendelse af forsøgsdyr af National Institutes of Health [7]. Protokollen blev godkendt af Animal Care og brug Udvalg fra University of Virginia (PHS Assurance # A3245-01).

Formering af Patient-afledte tumorer hos immunkompromitterede mus til genekspressionsprofilering

indsamling, patologisk undersøgelse, og propagering af human patient-afledt PDAC prøver i immunkompromitterede mus blev udført som tidligere beskrevet [8], [9]. Efter kirurgisk resektion og patologisk gennemgang af patientens tumor, blev resterende tumorvæv opsamlet og anbragt i Roswell Park Memorial Institute medium (RPMI) til kirurgisk transplantation i mus. Seks til otte uger gamle, mandlige, blev ikke-fed, diabetisk, svær kombineret immundefekt (SCID NOD) og athymiske nøgne mus (National Cancer Institute, Fredricksburg, MD), der anvendes. For at opnå en mere effektiv transplantation under indledende etablering af den menneskelige PDAC tumor linje, NOD SCID mus blev anvendt til de to første generationer. Til formering af tumoren linje ud over disse første to generationer, blev atymiske nøgne mus anvendes, da de bevarer medfødte immunitet (naturlige dræberceller, B-lymfocytter, antigenpræsenterende celler, og supplere aktivitet), som er nedsat hos NOD SCID-mus. Musene blev opstaldet i patogenfrie betingelser, akklimatiseret til deres nye omgivelser i mindst 48 timer før tumor transplantation, og vedligeholdes i overensstemmelse med de institutionelle normer. Alt animalsk kirurgi blev udført under 2,2,2-tribromethanol anæstesi (4 mg /10 g legemsvægt). Post-kirurgi mus blev administreret ketoprofen 0,1 mg for smerter kontrol og blev observeret kontinuerligt for tegn på smerte eller lidelse (hypoaktivitet, rastløshed, vokalisering, skjule, manglende pleje, unormal kropsholdning, rysten, eller åndedrætsbesvær), indtil de kom fra anæstesi, derefter overvåges dagligt i 48 timer for tegn på smerte eller lidelse. Humane endpoints blev observeret i hele eksperimenter med mus bliver aflivet, når tumorerne nåede et volumen på over 1500 mm

3 ved MRI vurdering eller når musene udviklede 15% vægttab. Mus blev aflivet via isofluoran anæstesi efterfulgt af cervikal dislokation.

humane tumorer blev kirurgisk implanteret på pancreas af mus umiddelbart efter resektion fra enten en patient eller tidligere generation xenograft. En 1,5-cm venstre flanke indsnit blev benyttet til peritoneum bedøvede mus blev bugspytkirtlen blotlagt under anvendelse af en steril vatpind og et lille stykke (-25 mm

3) frisk patient tumor blev syet på bugspytkirtlen anvendelse af 5 -0 prolene (Ethicon, Cornelia, GA). Bugspytkirtlen blev omplaceret og såret lukkes med 4-0 Vicryl sutur (Ethicon).

Menneskelig tumorvæv omfattende tumor og tilhørende stroma (uden laser mikrodissektion) blev bevaret efter høst fra individuelle xenografter hjælp AllProtect (Qiagen, Valencia , CA) til effektiv RNA-konserveringssammensætning. Tissue homogenisering blev udført under anvendelse af TissueLyzer LT (Qiagen) og RNA-ekstraktion blev udført ved anvendelse af RNAeasy (Qiagen) ifølge producentens instruktioner. Genanalyse hjælp af Affymetrix GeneChip platform (Affymetrix, Santa Clara, CA) ved hjælp af Human Genome U133 Plus 2,0 Arrays og GeneChipt 3 ‘IVT Express Mærkning Assay blev udført af University of Virginia Biomolekylær Research Facility.

Udvikling af prognostiske Gene Underskrift og Statistical Analysis

Expression datasæt fra to markante patientkohorter blev ansat til gen-forudsigelse modellering og uafhængig validering (tabel 1). Det første datasæt blev afledt fra en kohorte af 15 patienter med kræft i bugspytkirtlen ved University of Virginia (UVA-15; GSE46385) og blev anvendt til genekspression biomarkører og forudsigelse modellering for patientoverlevelse. For at identificere en passende ekstern validering datasæt, gennemførte vi en søgning efter forbundet genekspression og overordnede overlevelsesdata for patienter med kræft i bugspytkirtlen i følgende offentligt tilgængelige databaser: National Center for Biotechnology Information – Gene Expression Omnibus (NCBI GEO; http: //www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/), Det Europæiske Molekylærbiologiske Laboratorium – European Bioinformatics Institute Array Express (EBML EBI, https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/), The Cancer Genome Atlas (http : //cancergenome.nih.gov/), og Oncomine (https://www.oncomine.org/resource/login.html). Fra denne søgning, fandt vi et datasæt stammer fra en kohorte af 101 PDAC patienter (Stratford-101; NCBI GEO Database: GSE21501). Den anden eksterne datasæt rapporterede passende overlevelse information på 45 PDAC patientprøver (GSE28735), så den større eksterne datasæt (Stratford-101, GSE21501) blev valgt som validering sæt. Rå udtryk data blev hentet fra GEO, undersøgt for kvalitetskontrol, og præ-behandlet ved hjælp af robust multi array gennemsnit (RMA) og fraktil normalisering metoder i R /BioConductor programmering miljø. Patienterne blev grupperet efter samlet overlevelse varighed i korte overlevelsestid (n = 7, overlevelse interval: 2,0-9,0 mo; median: 6.1 mo) og lang overlevelsestid (n = 8, overlevelse interval: 10,6-32,8 mo; median: 13,7 mo , fig. 1A). Brug af UVA-15 datasæt, blev gener, der blev væsentligt differentielt udtrykte mellem korte og lange overlevelse grupper identificeret under anvendelse både ikke-parametrisk Wilcoxon test og to-stikprøve t-test for at identificere gener, som konsekvent er forbundet med patientens overlevelse. Dataene blev tilpasset til en Cox proportional hazard regressionsmodel hjælp af metagene signaturer (hovedkomponenter) af 15 gener baseret på en statistisk reduktion dimension teknik.

(A) Kaplan-Meier samlet overlevelse af patienter omfatter UVA- 15 afledning sæt grupperet efter kort overlevelsestid (n = 7, overlevelse interval: 2,0-9,0 mo; median: 6.1 mo) og lang overlevelsestid (n = 8, overlevelse interval: 10,6-32,8 mo; median: 13,7 mo; log- rank p 0,001). (B) Ekspression af 13-gener i 15-tumor afledning sæt af patienter med PDAC afslører clustering i høj- (lilla bar) og lav-risiko (gul bar) populationer. (C) Anvendelse af 13-gen signatur til en uafhængig validering sæt af 101 patienter med lokaliseret og resektion PDAC afslører clustering i høj- (lilla bar) og lav-risiko (gul bjælke) grupper baseret på genekspression. (D) Kaplan-Meier samlet overlevelse af den uafhængige validering indstilles efter kræver mange og få risikogrupper, som bestemt ved 13-gen-signatur (log-rank p = 0,001).

anvendelse af den monteret Cox regressionsmodellen uafhængigt, blev overlevelsestid for patienter i Stratford-101 kohorte bestemt. De forudsagte overlevelsestid af Stratford-101 patienter blev rangordnet og omdannet til percentiler – 1 for patienten med den korteste overlevelsestid og 100 for patienten med den længste overlevelsestid. Den statistiske signifikans af de forudsagte overlevelse scoringer blev vurderet i forhold til de faktiske patient overlevelsestid hjælp Student to stikprøver t-test på den optimale forudsigelse (percentil) score cutoff der maksimeret overlevelse fordel med den højeste positive prædiktive værdi for langsigtede overlevende. Kaplan-Meier overlevelse analyse blev også udført på dette cutoff punkt. Risiko hazard ratio blev også opnået fra Cox regressionsmodel for flere kontrasterende forhold af interesse på Stratford-101 kohorte.

Pathway niveau genekspression ændringer mellem høj risiko, og patienter med lav risiko fra Stratford-101 datasæt var identificeret under anvendelse gensæt berigelse analyse. Annoterede gen sæt til Kyoto Encyclopedia of Gener og genomer (Kegg) veje blev hentet fra Molecular signaturer Database [10], [11], [12]. Expression ændringer for gener og Kegg veje blev evalueret ved hjælp af lineære modeller for microarrays (limma) og gen-sæt variation analyse [13], [14], [15]. En p-værdi cutoff på 0,05 blev anvendt efter falsk opdagelse sats (FDR) korrektion.

Resultater

Patient og tumor egenskaber

Tabel 1 opsummerer oplysningerne for de 15 patienter omfatter afledning sæt som alle blev opereret for PDAC ved University of Virginia. Tumor stadium lå fra I-IV, med størstedelen af ​​patienter med stadium IIb sygdom med positive lymfeknuder. De 40% af patienterne i udledningen sæt med stadie IV sygdom undergik excision /biopsi af en metastase (4 patienter med levermetastaser, én patient med peritoneal metastase, og en med pleural metastase), men ikke undergår resektion af deres primære tumor. Ingen patienter ved beregning sættet modtaget nogen form for neoadjuvansterapi, mens alle patienter med lokaliseret sygdom, som gennemgik resektion modtog postoperativ gemcitabin kemoterapi og 5 af 6 patienter med metastatisk sygdom modtog postoperativ palliativ gemcitabin kemoterapi (tabel 1 ).

i alt 101 patienter med lokaliseret, resektion PDAC bestod valideringen sæt for genekspression signatur [16]. Størstedelen af ​​patienterne i denne gruppe havde stadium IIb PDAC (72%), og ingen havde stadie IV sygdom, som alle tumorer var resektabel (tabel 1). Hyppigheden af ​​neoadjuverende og adjuverende behandlinger administreres til denne patientgruppe var ikke tilgængelig.

Identifikation og validering af en 13-gen prognostisk signatur

De 13 gener, der omfatter 13-genekspression signatur er beskrevet i tabel 2. for at evaluere den prædiktive evne af den oprindelige kandidat 13-gen prognostisk signatur vi vurderet en uafhængig genekspression datasæt stammer fra 101 patienter med lokaliseret primære PDAC [16]. Det optimale cutoff punkt differentiere score lav risiko vs. score høj risiko blev bestemt til 70 ved at maksimere Youden indekset (følsomhed + specificitet-1) med den begrænsning, at andelen af ​​patienter i højrisikogruppen var mindst 10% eller højere for praktisk kliniske anvendelser. Den 13-genet prognostisk score blev derefter anvendt med en beskæringspunkts på 70 (f.eks lav risiko: 70; høj risiko: 70), hvilket gav betydelige overlevelse gavn og forskellen mellem patienter med lav vs. højrisiko scoringer i afledning sæt af 15 patienter (fig. 1A). Heat kort over genekspression signatur for UVA-15 afledning sæt og 101-tumor validering sæt er vist i figur 1. Denne anvendelse af genet signatur effektivt lagdelte patienter i høj- og lav risiko grupper med en median samlet overlevelse (MS ) af 14.0 v. 21,0 måneder, (fig. 1d). Desuden patienter i højrisikogruppen havde en større end fordobling risiko for død i forhold til dem i gruppen med lav risiko (HR 2,27 [95% CI 1,34-3,85], p = 0,002;. Fig 1D) .

En 13-genekspression signatur forudsiger overlevelse PDAC patienter mere præcist, når det kombineres med nodal status

Vi næste forsøgt at yderligere at forfine vores prognostisk gen score ved at indarbejde lymfeknude status med risikoen score. Denne effektivt lagdelte patienter i fire grupper – lav risiko score, node-negative (n = 22); lav risiko score, lymfeknude-positiv (n = 48); højrisiko score, node-negative (n = 6); og høj risiko score, lymfeknude-positiv (n = 25). Som vist i figur 2A, patienter i lav risiko, node-negative gruppe havde den bedste prognose (MS: 41,0 mo), efterfulgt af lav risiko, node-positive patienter (MS: 18,0 mo). Patienter med høj risiko score havde dårlig median overlevelse, uafhængigt af lymfeknude status (node-negative: 15,5 mo; lymfeknude-positiv:. 14,0 mo; p = NS, Fig 2A). Sammenlignet med lav risiko, node-negative patienter, den høje risiko, node-positive patienter havde en nær 4 gange øget risiko for død (HR = 3,77 [95% CI: 1,75-8,10], p = 0,007), og høj -risk, node-negative patienter havde 3-dobling (HR = 3,09 [95% CI: 1,05-9,03], p = 0,007), mens lav risiko, node-positive patienter havde en 2-fold øget risiko (HR = 1,95 [95% CI: 0,98-3,88], p = 0,007, fig 2A)

Kaplan-Meier samlet overlevelse (a) en validering sæt af 101 patienter med lokaliseret, resekteres PDAC ifølge 13-.. gen prognostisk score kombineret med patologisk lymfeknude status på tidspunktet for kirurgi, og (B) samme 101 patienter grupperet efter enten høj-risiko 13-gen prognostisk score alene eller lav risiko 13-gen prognostisk score plus patologisk nodal status på tidspunktet for kirurgi

Interessant, hvad fremgår af ovennævnte resultater er, at patienter med høj risiko tumorer baseret på genekspression har en dårlig prognose, uanset nodal status.; henviser til, at nodal status forfiner yderligere prognose for patienter med lav risiko tumorer. Der er således tre forskellige prognostiske grupper: højrisiko patienter (n = 31; MS: 14,0 mo, Fig 2B.), Med lav risiko, node-positive patienter (n = 48; MS:. 18,0 mo, Fig 2B) og lav risiko, node-negative patienter. (n = 22; MS: 41,0 mo, 2B)

Pathway analyse afslører vigtige veje differentielt udtrykte mellem tumorer med høj og lav risiko prognostiske signaturer

for at knytte de observerede ændringer i genekspression med molekylære og cellulære veje, der kan påvirke i den observerede forskellen overlevelse mellem høj- og lav-risikogrupper, vi evaluerede 5199 af 17623 gener og 97 af 186 Kegg veje, der var markant forskelligt udtrykt mellem patienter med høj risiko og lav risiko prognostiske scores. Differentielt udtrykt Kegg veje mellem høj- og lavrisiko-patienter inkluderet

kræftcelle signalveje

(MAPK, VEGF, mTOR, og erbB signalveje) og

kræft veje

(akut myeloid leukæmi, non -lille celle lungecancer, kronisk myeloid leukæmi, og bugspytkirtelkræft, tabel 3). Derudover tre gener fra 13-genet prognostisk signatur,

MDM2

,

PLCG1

, og

TGFa

, var repræsenteret i 9 ud af de 20 betydende veje. Disse resultater viste, at gener involveret i kanoniske kræft signalveje blev mest differentielt udtrykt mellem høj-risiko og lav risiko tumorer, og at aktiviteten af ​​disse veje kan være ansvarlig for den observerede forskel i overlevelse mellem høj- og lav risiko patientgrupper.

diskussion

Vi rapporterer en 13-genekspression signatur, der stammer fra genekspression analyse af 15 patienter med PDAC og eksternt valideret på genekspression data fra en separat kohorte af 101 patienter, som nøjagtigt forudsiger patientoverlevelse. Fordi denne model var baseret på samlet overlevelse for patienter med stadie I til IV sygdom, mener vi det er den mest logiske og præcise prognostisk genekspression signatur rapporteret for patienter med PDAC.

På grund af variation i overlevelse inden AJCC klinisk etaper og til den store genomiske heterogenitet inden PDAC tumorer, undersøgelse prognostiske genekspressionsmønstre er blevet mere og mere rapporteret [3], [16], [17], [18], [19], [20]. I en tidligere rapporteret undersøgelse af patienter med metastatisk versus ikke-metastatisk PDAC, en 6-gen prognostisk signatur korreleret med overlevelse; dog blev denne signatur stammer fra tumor scenen på præsentation og ikke fra patient overlevelse [16]. Endvidere er der ingen overlapning mellem kandidatgener i 6-genet signatur og 13-genekspression signatur er beskrevet heri, som var i virkeligheden baseret på patientens overlevelse. på grund af valget af afledning patientens sæt, tror således, vi dette 13-genekspression signatur udkonkurrerer andre rapporteret i litteraturen for patienter med PDAC.

Kommercielt tilgængelige mutationsmønstre og genekspression profilering platforme i stigende grad udnyttes som supplement til konventionelle kliniske algoritmer behandlingsmuligheder for behandling af kræftformer, herunder bryst-, prostata- og tyktarmskræft [21], [22], [23], [24]. Disse udtryk analyser er velsagtens mest robuste forudsige resultater for patienter med brystkræft, herunder OncotypeDX og MammaPrint [25], [26]. Disse platforme bruges til at forudsige tidlige resultater og risiko for metastaser i brystkræft; dog yderligere anvendelser af disse værktøjer hjælper skrædder behandling baseret på at forudsige respons på behandlinger [25], [27], [28], [29], [30], [31]. Til dato ingen sådan prognostisk værktøj er kommercielt tilgængelig for patienter med PDAC; dog forudsige overlevelse for patienter med PDAC baseret på individuel tumor biologi vil klart gavne patienter ‘og klinikere terapeutiske beslutninger.

De enkelte gener, hvis udtryk niveauer blev brugt til at udlede denne 13-gen prognostisk signatur afslører en spændende netværk af veje, der påvirker PDAC patient overlevelse (tabel 2 og 3). Mange af disse gener er blevet impliceret i forskellige humane cancere, herunder pancreascancer; men nogle er ikke blevet rapporteret at være forbundet med nogen kræftformer til dato. Genkendelige gener såsom

TGFa

,

ELAVL1

MDM2

, og i mindre grad

MS4A3

er overudtrykt i PDAC læsioner eller i forbindelse med patientens prognose [32], [33], [34], [35], [36]. Interessant, gener såsom

CCDC88C

,

CD200R1

, og

CUL3

har været forbundet med prognosen eller blive stærkt udtrykt i andre former for kræft, men de er ikke blevet rapporteret i PDAC til vores bedste viden [37], [38], [39], [40]. Deres deltagelse i 13-genet prognostiske signatur er den første rapport af deres udtryk bliver impliceret i patientoverlevelse i PDAC. Identifikationen af ​​målbare forskelle i genekspression mellem PDAC tumorer fra patienter med varierende overlevelsestid understøtter den videre anvendelse af vores gen underskrift og undersøgelse af disse forskellige veje.

Ingen patienter inden for afledning sæt modtaget neoadjuverende terapi af enhver form , og derfor genekspression analyse af disse tumorprøver repræsenterer profilen af ​​forud for enhver systemisk behandling (tabel 1) tumoren. Men inden for den prognostiske beregning er udtryk for

ELAVL1

, også kendt som Hu antigen-R (Hur), som har været impliceret i PDAC respons på kemoterapi [33]. Faktisk PDAC patienter med lave niveauer af

ELAVL1

udtryk har en 7-fold stigning i dødeligheden [33]. I vores analyse, høj risiko PDAC tumorer har en nedsat udtryk for

ELAVL1

sammenlignet med lav risiko tumorer og 93% af patienterne inden for afledning sæt modtaget standard-of-care adjuvans eller palliativ gemcitabin-baseret behandling . Desværre, kliniske data om adjuverende behandling regime af de 101 patienter inden for validering sæt var utilgængelig; Men det er indlysende, at de fleste patienter fik også standard for pleje gemcitabin adjuverende behandling. Den 13-genekspression signatur kan forudsige patientens respons på adjuverende gemcitabin terapi og vi planlægger at vurdere evnen af ​​13-genet signatur til at forudsige respons på behandling i fremtidige studier.

En særlig styrke i denne undersøgelse er, at patienten tumorer inden afledning sæt er fra en god repræsentativt udsnit af AJCC sygdom stadier (tabel 1). En begrænsning ved vores undersøgelse er, at valideringen sæt bestod af 101 patienter med lokaliseret, resektabel PDAC og dermed langt størstedelen af ​​patienterne havde AJCC stadium IIb eller mindre (tabel 1). Vi hypotesen, at have et øget antal patienter med stadium III eller IV sygdom ved afledningen sæt kun ville tjene til at øge stratifikation baseret på vores gen signatur med og uden tilsætning af nodal status, fordi dette ville tilføje et større antal patienter med enten højrisiko-sygdom, eller, lymfeknude-positiv sygdom lav risiko og skubbe disse overlevelse lagdelinger mod større statistisk signifikans. På trods af dette, at vores underskrift eksternt valideret på et sæt af 101 patienter med PDAC hvis genekspression og kliniske data var offentligt tilgængelige tilføjer til neutral karakter af vores undersøgelse.

På grund af den grove karakter af nuværende klinisk PDAC iscenesættelse paradigme, er der behov for yderligere prognostiske værktøjer til støtte i terapeutisk beslutningstagning. Beslutningen om at gennemgå bugspytkirtlen resektion, som er den eneste potentielt helbredende mulighed for PDAC patienter, er en stressende én overvejer tilbagetagelse sats 15-26% og komplikationer forekommer hos ca. 40% af patienterne efter operation selv ved videncentre [41], [42], [43], [44]. Derudover kan systemisk kemoterapi være forbundet med signifikant toksicitet og kan have negativ indflydelse livskvalitet. I betragtning af den usikre fordel ved kemoterapi for en given patient, de bekymringer over behandlingen toksicitet og livskvalitet er nøglefaktorer overfor patienterne. Evnen til at tilbyde patienter og klinikere præcise prognostisk data om PDAC tumorer baseret på genekspression måling af individuelle tumor biologi er uvurderlig og kan påvirke beslutningen om at tilbyde (eller give afkald) terapi. Denne prognostiske instrument har potentiale til at støtte patienter og læger i at gøre behandlingen beslutninger, som i sidste ende kan påvirke resultatet og virkningen livskvalitet. Fremtidig evaluering af dette gen signatur vil vurdere for evnen til at forudsige respons på kemoterapi.