PLoS ONE: Sammenligning af MicroRNA Deep Sekventering af matchede formalinfikserede paraffinindlejrede og Friske Frosne Cancer Væv

Abstrakte

MikroRNA’er regulerer flere aspekter af tumorigenese og kræft progression. De fleste cancer væv er arkiveret formalin-fikseret og paraffin-indstøbt (FFPE). Mens microRNA er en mere stabil form af RNA menes at modstå FFPE-bearbejdning og nedbrydning er der kun begrænset dokumentation for sidstnævnte antagelse. Vi undersøgte, om microRNA profilering held kan udføres på FFPE kræft væv ved hjælp af solid ligatur baseret sekventering. Tissue opbevaringstider (2-9 år) syntes at ikke påvirke antallet af opdagede microRNA i FFPE prøver sammenlignet med matchede frosne prøver (parret t-test p 0,7). Korrelationer af microRNA udtryk værdier var meget høje tværs microRNA i en given prøve (Pearsons r = 0,71-0,95). Højere varians af udtryk værdier blandt prøver var forbundet med højere korrelationskoefficienter mellem FFPE og frosne væv. Et af FFPE prøver i denne undersøgelse blev nedbrudt af ukendte årsager med en top læse længde på 17 nukleotider sammenlignet med 21 i alle prøver. Antallet af detekterede microRNA i denne prøve var inden for området af microRNA påvises i alle prøver. Ligation-baserede microRNA dyb sekventering på FFPE kræft væv er muligt og RNA-nedbrydning i den grad observeret i vores undersøgelse synes at ikke påvirke antallet af microRNA, som kan kvantificeres

Henvisning:. Meng W, McElroy JP, Volinia S, Palatini J, Warner S, Ayers LW, et al. (2013) Sammenligning af MicroRNA Deep Sekventering af Matchet formalinfikserede paraffinindlejrede og Fresh Frozen Cancer væv. PLoS ONE 8 (5): e64393. doi: 10,1371 /journal.pone.0064393

Redaktør: Soheil S. Dadras, University of Connecticut Health Center, USA

Modtaget: Januar 2, 2013; Accepteret: 13. april, 2013; Udgivet: May 16, 2013