PLoS ONE: Skalerbar in situ-hybridisering på Tissue Arrays for Validering af Novel Kræft og Vævsspecifikke Biomarkører

Abstrakte

Tissue lokalisering af genekspression er stadig vigtigere for præcis fortolkning af skala datasæt fra udtryk og mutationsanalyser store. Til dette formål har vi (1) udviklede en robust og skalerbar fremgangsmåde til generering af mRNA hybridiseringsprober, tilvejebringelse 95% first-pass succesrate i probe generation til enhver menneskelig målgen og (2) en automatisk farvning procedure for analyser af formalin-fikserede paraffin-indlejrede væv og væv microarrays.

in situ

mRNA og protein ekspressionsmønstre for gener med kendt samt ukendte væv ekspressionsmønstre blev analyseret i normale og maligne væv til at vurdere proceduren specificitet og om

in situ

hybridisering kan bruges til validering nye antistoffer. Vi demonstrerer overensstemmelse mellem

in situ

udskrift og protein ekspressionsmønstre af de velkendte patologi biomarkører

KRT17

,

CHGA

,

MKI67

,

PECAM1

VIL1

, og yde uafhængig validering for nye antistoffer til biomarkører

BRD1

,

EZH2

,

JUP

SATB2

. Nærværende undersøgelse giver et fundament for omfattende

in situ

gen sæt eller transkriptom analyser af humane normale og tumorvæv

Henvisning:. Kiflemariam S, Andersson S, Asplund A, Pontén F, Sjöblom T (2012) Scalable

In situ

hybridisering på Tissue Arrays for Validering af Novel Kræft og vævsspecifikke Biomarkører. PLoS ONE 7 (3): e32927. doi: 10,1371 /journal.pone.0032927

Redaktør: Rakesh K. Srivastava, The University of Kansas Medical Center, USA

Modtaget: September 19, 2011; Accepteret: 5 feb 2012; Udgivet: 8. marts, 2012