PLoS ONE: genetiske varianter i ER cofaktor Gener og endometriecancer Risiko

Abstrakt

Da den transkriptionelle regulatoriske aktivitet af østrogen receptor (ER) moduleres af sine biokemiske cofaktorer, kan genetisk variation inden for de ER cofaktor generne ændre cellulære respons på østrogen eksponering og dermed modificere risikoen for endometrie kræft. Vi genotypet 685 tagging SNPs inden 60 ER cofaktor gener i 564 endometrie kræfttilfælde og 1.510 kontroller fra Sverige, og afprøvet deres sammenslutninger med risiko for endometriecancer. Vi undersøgte sammenslutninger af individuelle SNP’er ved anvendelse af en trend test samt flere SNPs inden et gen eller gen-komplekset ved hjælp af multi-variant association analyse. Ingen signifikant sammenhæng blev observeret for eventuelle individuelle SNP’er eller gener, men en marginal sammenslutning af den kumulative genetiske variation af

NCOA2

kompleks som helhed (

NCOA2

,

CARM1

,

CREBBP

,

PRMT1

og

EP300

) med risikoen for endometriecancer blev observeret (P

justeret = 0,033). Men foreningen har undladt at blive gentaget i en uafhængig europæisk datasæt af 1265 tilfælde og 5190 kontroller (P = 0,71). Resultaterne indikerer, at almindelige genetiske varianter inden ER cofaktor gener er usandsynligt at spille en væsentlig rolle i endometriecancer risiko i europæiske befolkning

Henvisning:. Li Y, Low HQ, Foo JN, Darabi H, Einarsdόttir K, Humphreys K, et al. (2012) genetiske varianter i ER cofaktor Gener og endometriecancer Risk. PLoS ONE 7 (8): e42445. doi: 10,1371 /journal.pone.0042445

Redaktør: Chunyan Han, Indiana University, USA

Modtaget: Marts 12, 2012; Accepteret: 6 juli 2012; Udgivet: 2 August, 2012

Copyright: © Li et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Denne opdagelse datasæt blev støttet af midler fra American Cancer Society, National Institutes of Health, Department of Defense, svensk Cancer Society, svensk Forskningsråd og agenturet for videnskab, teknologi og forskning Singapore (A * STAR). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet. Valideringen datasæt blev finansieret som følger: ANECS rekruttering blev støttet af projekttilskud fra National Health og Medical Research Council of Australia (ID # 339.435), The Cancer Råd Queensland (ID # 4.196.615) og Cancer Rådets Tasmanien (ID # 403.031 og ID # 457.636). SØG rekruttering blev finansieret af et program bevilling fra Cancer Research UK [C490 /A10124]. Case genotype blev støttet af National Health og Medical Research Council (ID # 552.402). Kontrol data genereret af Wellcome Trust Case Kontrol Consortium (WTCCC) 2, og en fuldstændig liste over de efterforskere, der har bidraget til frembringelsen af ​​data er tilgængelige fra den WTCCC hjemmeside. Forfatterne erkender brug af DNA fra den britiske 1958 Født Kohorte indsamling, finansieret af Medical Research Council tilskud G0000934 og Wellcome Trust bevilge 068.545 /Z /02. Midler til dette projekt blev leveret af Wellcome Trust under award 085475. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:. Forfatterne har erklærede, at der ikke findes konkurrerende interesser.

Introduktion

Endometriecancer er den mest almindelige gynækologiske kræft i de vestlige lande, og dens forekomst er stigende [1]. Biologiske, kliniske og epidemiologiske studier har vist, at opponeret østrogen stimulerer celleproliferation og inducerer carcinom udvikling af endometriecancer [2], [3]. Østrogen spiller sin rolle i endometrial cancerudvikling via østrogenreceptoren ved at fremme dens dimerisering og translokation til kernen, hvor det modulerer ekspressionen af ​​østrogen-responsive gener [4].

Effektiv transkription reguleres af østrogenreceptoren kræver deltagelse af en klasse af proteiner kaldet nukleare receptor coregulators, som består af coaktivatorer og corepressorer [5], [6]. Disse coregulators spiller en vigtig rolle i en række humane sygdomme, herunder cancer og nogle metaboliske lidelser [7]. Nukleare receptor coaktivatorer er hastighedsbegrænsende i steroid receptor-medieret gentranskription [8] – [10] og har evnen til at vende squelching af den transkriptionelle aktivitet af en steroid receptor ved en anden [9]. Ud over at fungere som en bro mellem receptorerne og den generelle transkriptionelle maskineri, nukleare receptor coaktivatorer fungerer som cofaktor komplekser påvirker receptor transskription regulering gennem en række mekanismer, herunder phosphorylering, acetylering, methylering, RNA-splejsning og chromatin remodeling [10], [11 ].

En familie af coaktivatorer, at P160 familien er velkendt at binde direkte til hormon-aktiverede østrogenreceptorer og rekruttere sekundære coaktivatorer [12], [13], hvor det

CREBBP

og

CARM1

danne en interaktion domæne, som fysisk overlapper med de omsættelige aktivering domæner af de p160 familiemedlemmer [14]. Desuden er det rapporteret, at et ternært kompleks dannet af

NCOA2

,

CARM1

og

EP300

eller

CREBBP

kan øge østrogen receptor (ER) funktion i en augmentation måde [15].

Mens den fælles genetisk variation inden for hormon-relaterede gener [16], [17] og østrogen metabolisme pathway [18] har vist sig at være forbundet med risikoen for endometriecancer, den genetiske variation af eR cofaktor generne, til vores viden, er ikke grundigt undersøgt for deres involvering i udviklingen af ​​endometriecancer.

i den nuværende papir, vi havde til formål at gennemføre en omfattende forening undersøgelse af polymorfier inden for ER cofaktor gener med risikoen for endometriecancer. Vi har udført opdagelsen studie i en population-baserede endometriecancer prøve af postmenopausale svenske kvinder og udført en validering analyse i en uafhængig europæisk datasæt.

Resultater

Discovery Analyse

A alt 564 tilfælde og 1510 kontroller blev indbefattet i opdagelsen analyse (tabel 1). Alle de sager og kontroller var postmenopausale svenske kvinder. Vi har med held genotypet 685 tag SNPs inden for 60 ER cofaktor gener, som kan fange 2410 fælles SNP’er (MAF 5%) med 91% dækning i gennemsnit (r

2 0,8) ifølge den HapMap databasen. Ud af disse, 51 gener havde dækning over 80%. Nærmere oplysninger om dækning evaluering SNP’en er sammenfattet i tabel S1. Desuden har vi revurderet dækningen af ​​samme sæt tag SNPs på varianter MAF 5% i projektet databasen 1000 genomer, som er en opdateret og mere omfattende katalog over menneskelige genom variation. Den gennemsnitlige dækning faldt til 64% og 19 gener havde dækning over 80%. Men med r

2 . 0.8, var 5084 SNPs blevet fanget blandt 7141 SNPs i de 60 gener

Af de 685 tag SNPs analyseret, nominelle P-værdier på mindre end 0,05 blev fundet for 42 SNP’er (6,13%). Q-Q plot af de observerede p-værdier fra foreningen tests er vist i figur 1, hvor genomisk kontrol inflation faktor er 1,058, med ingen klare tegn på afvigelse fra nul. Den mest signifikant association blev observeret ved SNP rs130052 (MAF = 0,13) inden for

CREBBP

gen (odds ratio (OR) = 1,41 (95% CI 1,16-1,72), alder justeret P = 0,002). De yderste periferi med eller uden alder-justering var ens. Ingen P-værdier for de enkelte SNPs kan dog overleve Bonferroni korrektion for multiple test.

Vi evalueres yderligere sammenslutningen af ​​de genetiske varianter inden for hver enkelt ER cofaktor gen ved at udføre multiple variant association analyse gennem tilblandingen Maximum Likelihood (AML) test, for at tilvejebringe et gen-baseret P-værdi (tabel S3). Vi fandt foreninger fire gener,

CREBBP Hotel (P = 0,017),

NEDD4 Hotel (P = 0,030),

NCOA2 Hotel (P = 0,037) og

NR0B1 Hotel (P = 0,031) med nominelle P-værdier 0,05 (tabel 2). Men efter korrektion for multiple test, ingen af ​​de foreninger forblev signifikant associeret med risikoen for endometriecancer.

I betragtning af ER cofaktor gener spiller deres roller via proteinkomplekser, vi undersøgte sammenslutningerne af de fem ER cofaktor komplekser bruger AML, nemlig P160 familien relateret histonacetylering methylering komplekser (indeholdende

CARM1

,

PRMT1

,

CREBBP

,

EP300

,

NCOA1

,

NCOA2

og

NCOA3

); RNA forarbejdning kompleks (

PPARGC1A

,

PPARGC1B

og

SRA

); Pol II rekruttering kompleks (

MED13

PBP

); ligand-afhængige corepressorer (

NRIP1

og

LCoR

) og histondeacetylaser kompleks (

HDAC7

NCoR1

). Blandt de fem komplekser, viste P160 familien relateret histonacetylering og methylering kompleks forening (P

samlet = 0,023), men foreningen ikke kunne overleve korrektionen til test fem uafhængige komplekse grupper (P

samlet = 0,115) ( tabel 3)

Som de tre individuelle P160 histonacetylering methylering komplekser (

NCOA1

,

NCOA2

og

NCOA3

) spiller en særlig rolle i transkriptionel regulering, vi yderligere undersøgt sammenslutninger af disse sub-komplekser ved hjælp af AML-test . Mens

NCOA1

og

NCOA3

sub-komplekser viste ikke association,

NCOA2

sub-kompleks viste en signifikant sammenhæng (P

samlet = 0,011) ( tabel 4), som forblev signifikant efter korrektion for at teste tre sub-komplekser (P

samlet = 0,033).

Validering Analyse Brug af en i Silico Replication Set

Selv om kumulative genetiske varianter i P160 familien komplekset var ikke signifikant efter flere justeringer, den yderligere sub

–

kompleks analyse kan angive kilden til signalet ligger på

NCOA2

sub-kompleks. Derfor forsøgte vi at validere resultatet i en uafhængig europæisk datasæt af 1265 endometrie kræfttilfælde og 5190 kontroller for der findes GWAS genotype oplysninger [19]. Vi udvindes SNPs fra Illumina Infinium 610K vifte panel placeret inden for 5 kb flankerer de fem gener af sub-kompleks. I alt blev 65 SNP’er identificeret og 53 SNPs bestået kvalitetskontrol (tabel S4). Dækningen af ​​fælles SNPs var 96% i

NCOA2

, 86% i

CREBBP

, 80% i

CARM1

, 50% i

EP300

og 20% ​​i

PRMT1

(tabel S5). Den AML test blev anvendt på hver af de fem gener og hele sub-kompleks (tabel 5), men ingen af ​​dem viste signifikant association (P = 0,71 for sub-kompleks).

tilstrækkelige genotypede SNP’er og høj dækning tilladt os at udføre imputering analyse på de to gener,

NCOA2

og

CREBBP

i både det svenske og det europæiske stikprøver. I alt 19 SNPs på

CREBBP

og 270 SNPs på

NCOA2

blev delt mellem de to datasæt. Vi udførte meta-analyse af resultaterne for disse SNPs på tværs af de to datasæt. Der blev imidlertid ikke SNP sig at være signifikant associeret med risikoen for endometriecancer (tabel 6 og tabel S6).

Diskussion

Så vidt vi ved, er dette den første omfattende analyse af foreningen mellem polymorfier af ER cofaktor gener og endometriecancer risiko. Vi fandt ikke signifikant sammenhæng mellem enkelt SNPs eller individuelle gener associeret med risikoen for endometriecancer. Selvom den genetiske variation af

NCOA2

kompleks som helhed marginalt forbundet med endometriecancer risiko i den svenske befolkning, vi undlod at validere dette fund i en uafhængig undersøgelse af emner af europæisk afstamning.

Perissi og Rosenfeld [13] beskrev en lang række coregulator-komplekser, der er involveret i eR medieret transkriptionel regulering med forskellige funktioner og enzymatiske aktiviteter. En undersøgelse foretaget af Lee og hans kolleger viste, at

NCOA2

,

CARM1

og

EP300

eller

CREBBP

danne et ternært kompleks, der kunne øge østrogen receptor ( ER) funktion på en synergistisk måde [15]. Selvom opdagelsen analyse i vores undersøgelse viste med marginal betydning, at de kumulative virkninger af flere varianter af

NCOA2

kompleks kan have et bidrag til risikoen for endometriecancer, foreningen ikke blive gentaget i en selvstændig prøve.

Det er blevet rapporteret [20], [21], at eR coaktivatorer er mere almindeligt udtrykt i eR-positive endometriecancer eller veldifferentieret, hormon-relateret endometriecancer snarere end eR-negative endometriecancer. Det er derfor sandsynligt, at ER-cofaktorer regulere østrogen binding til østrogenreceptorer i ER-positive endometriecancer. Desværre, vi var i stand til at udføre undergruppen analyse på grund af stikprøvestørrelse begrænsning og ER statusoplysninger mangel. Som

NCOA2

kompleks er dannet af 5 gener (

NCOA2

,

CARM1

,

CREBBP

,

PRMT1

og

EP300)

og dækningen af ​​fælles SNP’er er lav (50% i

EP300

og 20% ​​i

PRMT1

) i validerings- prøverne, var vi ikke i stand til at tilskrive de SNPs analyserede i opdagelsen undersøgelsen. Alder og andre risikofaktorer kan potentielt påvirke resultaterne, men desværre kunne vi ikke udføre justering på grund af manglende oplysninger i valideringsundersøgelsen.

Befolkning lagdeling er et vigtigt emne for genetisk forening undersøgelse. Til validering af data af denne undersøgelse, alle kontroller var fra UK og havde været nøje undersøgt for at udelukke eventuelle emner af ikke-europæisk herkomst [22]. Alle tilfældene var fra australske og var også af europæisk afstamning. Derfor den kontrol og sager er af samme etniske herkomst. Desuden har dette datasæt blevet anvendt i en tidligere offentliggjort GWAS analyse [19], hvor PCA-analyse viste, at populationsstratificering er ubetydelig. Konsekvent, den λ

GC værdien af ​​genom-dækkende resultater er meget lille (1,04). Tilsammen disse resultater foreslog, at sagerne og kontrol af valideringen datasæt anvendes i den nuværende undersøgelse blev godt matchede genetisk, og de genetiske foreningens resultaterne af den aktuelle undersøgelse bør ikke lide den negative virkning af befolkningens lagdeling.

Den aktuelle undersøgelse forudsat en omfattende analyse af fælles genetiske varianter inden for de ER cofaktor gener. Første, det store antal tag SNPs dækkede gennemsnitligt 91% af fælles variation (MAF 5%) inden for 60 kandidatgener baseret på HapMap CEU data (NCBI36) (tabel S1). Den gennemsnitlige dækning faldt til 64% baseret på de 1000Genomes CEU data (NCBI37), men antallet af tilfangetagne SNPs steget fra 2585 til 5084. Imputation analyse blev udført i opdagelsen og validering prøver at vurdere yderligere typebestemt SNPs og sikre, at det samme sæt af polymorfier blev analyseret i opdagelsen og replikation prøver. Med en samlet stikprøve på 1829 tilfælde og 6700 kontroller, vores undersøgelse havde en samlet effekt på 85% på et signifikansniveau på 0,05 for at detektere en kausal allel med MAF løbet 0,1 og eller over 1,2 for endometriecancer. Vi har dog ikke fundet noget bevis for foreningen, til trods for at foreningen blev evalueret ved hjælp af individuelle SNP, gener eller ER-cofaktor komplekse baserede test. Derfor har vores undersøgelse vist, at de fælles polymorfier inden for disse gener er usandsynligt at spille en væsentlig rolle i den samlede risikoen for endometriecancer i europæiske befolkning. Imidlertid kunne vi ikke udelukke, at nogle SNPs kunne være forbundet med endometrie overlevelse kræft. Yderligere undersøgelser vil være nødvendige for at undersøge, om almindelige varianter med svagere effekt eller sjældne varianter inden for disse gener kan spille en rolle i at påvirke endometriecancer risiko og overlevelse.

Materialer og metoder

Etik Statement

Denne undersøgelse blev godkendt af Institutional Review Boards i Sverige og National University of Singapore, National Health og Medical Research Council of Australia og Wellcome Trust Case Kontrol Consortium Storbritannien. Patienterne i dette manuskript har givet skriftligt informeret samtykke til offentliggørelse af deres case detaljer.

studiepopulation og DNA Extraction

svenske befolkning.

Tabel 1 opsummerer oprindelsen, og antal sager og kontroller, der anvendes i denne undersøgelse. Individer var fra to uafhængige populationer fra Sverige og scenen en prøve sæt en nyligt offentliggjort endometriecancer GWAS [19]. Nærmere oplysninger om den svenske udvælgelse befolkning proces for denne undersøgelse er blevet offentliggjort tidligere [23], [24]. Kort fortalt, 564 af alle endometrie kræfttilfælde blandt kvinder 50-74 år blev identificeret gennem landsdækkende kræftregistre i Sverige mellem 1994 og 1995. I den periode 1510 alder-frekvens matchede kontroller blev tilfældigt udvalgt fra det svenske Registry af den samlede befolkning. Alle sager og kontroller uden forudgående malignitet blev rekrutteret i undersøgelsen. Kun kvinder med intakt uterus blev betragtet som støtteberettigede kontroller. Alle kvalificerede emner forudsat risikofaktor oplysninger, herunder alder, reproduktive historie og body mass index (tabel S2), der blev opnået via spørgeskemaer.

I silico

validering datasæt.

Vores validering data blev trukket fra 1. etape af en GWAS for endometriecancer, detaljeret andetsteds [19]. Sammenfattende sagerne fase 1 var primær endometrioide subtype livmoderkræft rapportering europæisk afstamning fra Australien (Australian National endometriecancer Study (ANECS)) og UK (Studier af Epidemiologi og Risikofaktorer i Cancer Arvelighed (SEARCH) Etape 1 kontroller var genotypet som en del af Wellcome Trust Case kontrol Consortium (WTCCC) fra England, og omfattede 2,694 kontroller fra 1958 født Kohorte (1958BC) (en population-baserede undersøgelse i det Forenede Kongerige individer født i 1 uge i 1958) og 2.496 kontroller identificeret gennem det britiske National Blood service (NBS) [22]. oplysninger om epidemiologiske risikofaktorer for case emner fra ANECS og SØG blev indsamlet ved hjælp af de respektive spørgeskemaer fra de to undersøgelser. Men denne information ikke var til rådighed for den foreliggende undersøgelse.

for opdagelsen og validering prøver, bio-prøven blev indsamlet ved brug skriftlige informeret-godkendelsesprocedurer, der er godkendt af de respektive institutionelle anmeldelse boards.

Candidate Gene, Tagging SNP Valg og Genotypning

detaljerne i eR cofaktor gener og tag udvælgelse SNP er tidligere blevet beskrevet [25]. Kort fortalt blev gen-markeringer baseret på kriterierne, at genet bør kode for en ER cofaktor protein. Vi valgte tag SNPs inden for de 60 kandidatgener baseret på HapMap CEU data (Rel # 22 /fase II Apr07, på NCBI B36 montage, dbSNP B126). Ved hjælp af en parvis SNP tagging tilgang med r

2 0,8 i Haploview [26] (version 4), blev 806 tagging SNPs med MAF end 0,05 vælges inden introns exons og de 5 Kb regionen flankerende af hvert gen. Samlet 790 tagSNPs tværs 60 gener lykkedes designet og genotype i alle tilgængelige DNA-prøver fra cases og kontroller med Illumina GoldenGate Assay efter producentens anvisninger. Blandt dem, blev 105 SNP’er udelukket på grundlag af 81 SNPs har et opkald på mindre end 0,96, 6 SNP’er svigtende en Hardy-Weinberg ligevægt test (P (0,05 /685)) og 18 SNPs har en MAF 0,01. Endelig blev 685 tagSNPs medtaget i den statistiske analyse. Genotypebestemmelse blev duplikeret i 2% af prøverne, og der var overensstemmelse mellem . 99% mellem duplikerede prøver, hvilket tyder på høj genotype nøjagtighed

For validering analyse SNP’er på genet

NCOA2

,

CREBBP

,

PRMT1

,

EP300

og

CARM1

blev trukket fra 610 K panel baseret på den fysiske placering af 5 kb flanke af specifikt gen regioner. Detaljerne i genotypning er tidligere [19] beskrevet. Kort fortalt blev sager genotypet med Illumina Infinium 610 K array og kontroller blev genotypebestemt ved anvendelse af en Illumina Infinium 1,2 M array (tabel 1). Følgende kriterier blev anvendt til SNP’er filtrering: Ring rate ≥95%, hvis MAF ≥5% (eller ring rate ≥99%, hvis MAF 5%), HWE P 10

-12 (tilfælde) (eller HWE P 10

-7 hvis nogen uoverensstemmelse med kontrolgrupperne) og P 10

-6 (kontroller). På duplikateksemplaret konkordans var over 99,9%. Cases og kontroller var begrænset til følgende kriterier: køn alle prøver blev bekræftet at være kvinde; identiteten-by-afstamning analyse baseret på identitet-by-state blev udført for at detektere første grad kryptiske relationer; princippet komponenter analyse (PCA) blev anvendt til at fjerne ikke-europæisk afstamning, og alle prøver med en lav eller høj heterozygositet ( 0,65 eller 0,68) eller ring sats 97% blev udelukket. I alt 1265 tilfælde og 5190 kontroller blev anvendt til analyse.

Statistisk analyse

For at vurdere risikoen association mellem SNPs og endometriecancer risiko, pr-allel odds ratio (periferi) og 95% konfidensintervaller blev estimeret ved hjælp af en logistisk regression i både svenske og validering GWAS genotypebestemmelse data. Cochran-Armitage trend test blev anvendt til at beregne P-værdier. Som kontrollerne var yngre end tilfælde i den svenske undersøgelse, alder ved diagnose /indskrivning (som en kontinuerlig variabel) var inkluderet for justering. Vi brugte en Bonferroni korrektion for at justere for multiple test (685 tests af foreningen), selv om dette er konservativ, da ikke alle testene er uafhængige. Da oplysninger om alder var fraværende fra forudsat GWAS data, vi udførte en un-korrigeret analyse til validering sæt.

Samlet bevis for sammenhæng mellem de genetiske varianter i ER cofaktor komplekse og endometriecancer risiko blev vurderet ved hjælp af Blandingen Maximum Likelihood (AML) -metoden, som er beskrevet i detaljer i Tyrer et al [27] og i vores tidligere undersøgelse [18]. Kort fortalt softwaren til AML testen vurderer eksperimentet-wise betydning ved at undersøge den empiriske fordeling af enkelte markør test statistikker baseret på en “pseudo-likelihood ratio” test, sammenligne forholdet mellem værdierne af de optimerede sandsynligheder under null og alternative hypoteser for de observerede data, med de tilsvarende værdier fra datasæt med case-kontrol status permuteret tilfældigt. Metoden er baseret på at montere en blanding model til fordeling af test statistikken, og har to komponenter, hvoraf den ene repræsenterer SNPs, som er uafhængige af case-kontrol status, de andre repræsenterer SNPs forbundet med case-kontrol status. For at afgøre, om der foreligger en kumulativ effekt fra flere varianter, er Cochran-Armitage test statistik for den tilknyttede SNPs antages at alle har den samme ikke-centrale parameterværdi (chi-squared). Den fælles effekt størrelse af de tilknyttede SNP’er i komplekset skønnes også gennem den ikke-centrale parameter. Vi udførte AML-baserede globale test af forening for de 5 ER cofaktor komplekser, 3 sub-komplekser og 60 ER cofaktor gener specifik analyse i svensk analyse, såvel som for NCOA2 sub-kompleks i validering dataanalyse. Denne test vurderer eksperiment-wise betydning ved at undersøge den empiriske fordeling af enkelt markør test statistik, for at fastslå, om der foreligger en kumulativ effekt fra flere varianter.

Til imputering analyse af

NCOA2

(CHR8: 71.181-71.484 kb) og

CREBBP Hotel (CHR16: 3720-3875 kb), vi imputerede de to regioner i de to datasæt: 2074 svenske prøver og 6455 validering prøver, ved hjælp af deres genotype SNPs hvis genotyper alle bestået QC tærskler (kalder sats 90%, MAF 1%, HWE P 10

-6 i kontroller). Imputering blev udført ved hjælp af data fra 1000 genomer [28] som reference panel 0 og data fra HapMap III [29] som henvisning panel 1 (CEU data) i en enkelt imputering analyse, som anbefalet af forfatterne til Impute2. Imputerede genotyper med sandsynlighed mindre end 90% blev udelukket; og SNPs med imputere info under 80%, MAF mindre end 1%, HWE P 0,0001 i kontrol og mangler på over 10% af genotyper blev droppet fra yderligere analyse. Association test blev udført i Plink [29] ved hjælp af Cochran-Armitage trend test for at analysere genotypen-fænotype forening i begge undersøgelser. I metaanalysen blev Cochran-Mantel-Haenszel test anvendes til at teste genotype-fænotype forening i de kombinerede prøver ved at behandle de to individuelle prøver som selvstændige undersøgelser. Den Breslow-dages test og Q-test blev udført for at vurdere betydningen af ​​heterogenitet mellem de enkelte studier.

SNP association analyser blev udført ved hjælp af STATA version 8.0 (StataCorp, College Station, TX, USA). Bindingsuligevægt (LD) beregning blev udført i Haploview udgave 4.1 [26]. AML-analyse blev udført ved anvendelse af en software opnået fra forfatterne af metoden [27]. Softwaren Quanto versionen 1.2.3 blev anvendt til estimering af effekten [30]. Den software tilregne version 2 [31], [32] blev brugt til at tilregne genotype data typebestemt SNPs.

Støtte oplysninger

tabel S1.

Dækning evaluering af almindelige variant i 60 ER cofaktor gener

doi:. 10,1371 /journal.pone.0042445.s001

(DOC)

tabel S2.

Udvalgte karakteristika for opdagelse prøve sat i svenske befolkning

doi:. 10,1371 /journal.pone.0042445.s002

(DOC)

tabel S3.

Gene-baserede AML test i endometriecancer risiko i svenske befolkning

doi:. 10,1371 /journal.pone.0042445.s003

(DOC)

Tabel S4. .

P-værdier på 53 SNPs udvundet GWAS efter justering PCA

doi: 10,1371 /journal.pone.0042445.s004

(DOC)

tabel S5.

Dækning sammenligning af fem NCOA2 sub-komplekse gener mellem svensk undersøgelse og GWAS analyse

doi:. 10,1371 /journal.pone.0042445.s005

(DOC)

tabel S6.

Delt imputerede og genotypede SNPs i både svensk og GWAS analyse på NCOA2 og CREBBP gener

Doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s006

(DOC)

Tak

Vi vil gerne takke Heng Khai Koon og Ong Eng Hu Jason for genotypning, Frans Verhoeff til behandling af genotypebestemmelse data.

Vi er også taknemmelige for alle de kvinder, der tog tid og kræfter til at deltage i denne undersøgelse.

ANECS og SØG takke Penny Webb og ANECS forskerholdet, den østlige Cancer Registrering og informationscenter samt SØG forskerholdet, de mange institutioner og deres medarbejdere, som støttede rekruttering, og anerkender det bidrag, vores kliniske og videnskabelige samarbejdspartnere og deres personale. Se https://www.anecs.org.au/for komplet liste af ANECS gruppen og andre bidragydere til ANECS

SØG

samarbejdspartnere omfatter

:.

Caroline Baynes Don Conroy, Bridget Curzon, Patricia Harrington, Sue Irvine, Clare Jordan, Craig Luccarini, Rebecca Mayes, Hannah Munday, Barbara Perkins, Radka Platte, Anabel Simpson, Anne Stafford og Judy West.