PLoS ONE: A Novel WRN rammeskiftmutation Identificeret af Multiplex gentest i en familie med flere tilfælde af Cancer

Abstrakt

Næste generations sekventering teknologi muliggør samtidig analyse af flere modtagelighed gener for klinisk cancer genetik. I denne undersøgelse blev multiplex genetisk test udført i en kinesisk familie med flere tilfælde af kræft til at bestemme variationerne i cancer prædisposition gener. Familien består af en mor og hendes fem døtre, hvoraf moderen og den ældste datter har kræft og den sekundære datter døde af kræft. Vi har udført multiplex genetisk testning af 90 kræft modtagelighed gener under anvendelse af perifert blod DNA fra moderen og alle fem døtre.

WRN

rammeskiftmutation betragtes som en potentiel patogen variation i overensstemmelse med retningslinjerne fra American College of Medical Genetics. En roman

WRN

læserammeskiftemutation (p.N1370Tfs * 23) blev identificeret i de tre kræftpatienter og i den yngste upåvirket datter. Andre sjældne ikke-synonyme germlinie mutationer blev også påvist i

DICER

ELAC2

. Funktionelle mutationer i

WRN

forårsage Werner syndrom, en menneskelig autosomal recessiv sygdom karakteriseret ved tidlig aldring og i forbindelse med genetisk ustabilitet og øget risiko for kræft. Vores resultater tyder på, at

WRN

læserammeskiftemutation er vigtig i overvågningen af ​​andre medlemmer af denne familie, især den yngste datter, men patogenicitet af romanen

WRN

læserammeskiftemutation skal undersøges længere. I betragtning af dets omfattende brug i klinisk genetisk screening, multiplex gentest er et lovende redskab i klinisk overvågning kræft

Henvisning:. Yang L, Wang G, Zhao X, Ye S, Shen P, Wang W, et al. (2015) A Novel

WRN

rammeskiftmutation Identificeret af Multiplex gentest i en familie med flere tilfælde af kræft. PLoS ONE 10 (8): e0133020. doi: 10,1371 /journal.pone.0133020

Redaktør: Peyman Björklund, Uppsala Universitet, Sverige

Modtaget: September 18, 2014 Accepteret: 23 Juni 2015; Udgivet: 4 August, 2015

Copyright: © 2015 Yang et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Data Tilgængelighed: Alle sekventering data (fastq) blev deponeret i SRA database National center for Biotechnology Information (NCBI, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) med følgende numre tiltrædelse: SRR1563024, SRR1563027, SRR1563036, SRR1563037, SRR1563039 og SRR1563041. Tabel 2 viser de enkelte patienter og deres tilsvarende tal SRA tiltrædelse

Finansiering:. Støttet af National High Technology Research and Development Program Kina (863 Program, No. 2012AA02A205), National Natural Science Foundation of China (Nej . J20121214), den finansielle støtte for Videnskab Teknologi Institut for Zhejiang-provinsen (nr 2011C23088), Medical Science Research Foundation of Health Bureau of Zhejiang-provinsen (nr 2012KYB070), National S T Major Project (nr 2012ZX10002017), det projekt støttet af fonden for innovativ forskning grupper af National Natural Science Foundation of China (nr 81.121.002), og Research særlig fond for offentlig velfærd Industry of Health (nr 201.202.007)

Konkurrerende interesser.: forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser.

Introduktion

i løbet af de sidste 30 år, stærkt penetrerende gener, der giver kræft disposition er blevet identificeret i kræft-tilbøjelige familier. Disse gener følger Mendelsk arvegang mønstre. Undersøgelser har med succes koblet mutationer med forskellige betingelser, for eksempel,

BRCA1

BRCA2

i arvelig brystkræft-ovariecancer syndrom, DNA mismatch reparation gener i Lynch-syndrom,

P53

Li-Fraumeni syndrom, og

APC

i familiær adenomatøs polypose [1-3]. Testning for germlinie mutationer af stærkt penetrerende kræft disposition gener giver værdifuld genetiske oplysninger om patienter og deres familier og kan bruges i kræft overvågning og patientovervågning.

Teknologien af ​​næste generation sekventering (NGS) muliggør hel-genom sekventering (WGS), hel-exome sekventering (WES), samt målrettet sekventering af specifikke områder af interesse såsom multiplex gentest til at identificere sjældne genomiske varianter. Multiplex genetisk testning under anvendelse NGS muliggør effektiv og omkostningseffektiv screening af et panel af kræft modtagelighed gener. Kort fortalt blev mål-DNA-fragmenter beriget med en cancer gen panel og sekventeret ved NGS. NGS producerer en stor mængde sekvensdata for kortlægning, justering og filtrering for at opnå genetiske varianter. At definere patogenicitet af varianter, vi evalueret alle de identificerede mutationer i henhold til retningslinjerne fra American College of Medical Genetics (ACMG) [4].

I denne undersøgelse analyserede vi tre kræftpatienter fra én familie. Moderen og anden datter havde lungeadenokarcinom, og den ældste datter har endometriecancer. Multiplex gentest af 90 kræft disposition gener afsløret

WRN

rammeskift mutationer i de tre patienter. Testen blev også udført på de andre tre døtre, afslører, at den yngste datter har også den samme

WRN

læserammeskiftemutation. De førnævnte resultater tyder på, at

WRN

læserammeskiftemutation kunne være af betydning i overvågningen af ​​kræft for den yngste datter.

Metoder

Etik erklæring

Etisk godkendelse for denne undersøgelse blev givet af de etiske komitéer i First Affiliated Hospital, School of Medicine, Zhejiang University. Patienterne og deres familier modtaget genetisk rådgivning. Vi opnåede skriftligt informeret samtykke fra de deltagende patienter i denne undersøgelse

Emner og prøver

Vi analyserede en familie, som omfattede en mor med lungekræft og hendes fem døtre.; den ældste datter har endometriecancer, og den anden datter døde af lungekræft. Vi sammenlignede også sekventering data fra 300 ubeslægtede sunde matchede kontroller for at udelukke almindelige enkelt nukleotid variationer [5]. Helblod blev opsamlet fra alle seks familiemedlemmer. Genomisk DNA, ekstraheret med standardmetoder, blev brugt til multiplex gentest og validering af Sanger sekventering.

Klinisk undersøgelse

Kirurgisk resektion endometriecancer væv og en biopsi prøve opnås ved perkutan lunge centesis blev udsat til patologisk vurdering for at fastslå histologisk diagnose. Følgende parametre blev undersøgt: kliniske og diagnostiske data (alder, køn, og kliniske funktioner), Doppler ultralyd resultater og edb tomografi (CT) scanninger. Opfølgende undersøgelser blev også udført.

DNA-bibliotek forberedelse

Hver DNA-prøve blev kvantificeret ved agarosegelelektroforese og NanoDrop spektrofotometri (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). Biblioteker blev fremstillet ved anvendelse af standard Illumina protokol. Kort fortalt blev 3 ug af genomisk DNA fragmenteres ved forstøvning. Fragmenteret DNA med single A udhæng blev ligeret i 3’enden af ​​Illumina adaptere, og 350-400bp produkter blev udvalgt. De size-udvalgte produkter blev PCR-amplificeret, og hver prøve blev mærket med et entydigt indeks under proceduren. Det endelige produkt blev valideret ved hjælp af Agilent Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA).

Kræft gen panel berigelse og sekventering

Det forstærkede DNA blev fanget med en kimlinie sekventering panel indeholder 90 kræft modtagelighed gener (S1 tabel) baseret på MyGenostics GenCap Berigelse Technologies (MyGenostics, Baltimore, MD, USA). Genet Listen 75 gener downloadet fra Cancer Gene Census (www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/Census/) og 15 ekstra gener, såsom

AXIN2

BARD1

, som har vist sig at være kræft risiko gener [6-11]. Biotinylerede sonder blev designet til at flise langs exon regioner og exon-intron-grænserne af target gener. Indfangning Forsøget blev udført i overensstemmelse med producentens protokol. Kort fortalt blev 1 ug sekventering bibliotek DNA blandet med puffer BL og GenCap 90 tumor gen panel probe (MyGenostics) og opvarmet ved 95 ° C i 7 minutter og derefter ved 65 ° C i 2 minutter på en thermocycler. Buffer HY (23 pi, MyGenostics), der er forvarmet til 65 ° C, blev tilsat til blandingen, og derefter holdt ved 65 ° C med den termiske cykler låg varme på i 22 h til hybridisering. MyOne perler (50 pi; Life Technology, Carlsbad, CA, USA) blev vasket tre gange i 500 pi 1 × bindende buffer og blev resuspenderet i 80 pi 1 x bindingsbuffer. Følgelig blev 64 pi 2 x bindingspuffer tilsat til den hybride blanding, som derefter blev overført til et rør med 80 pi af MyOne perler. Blandingen blev roteret i 1 time på en rotationsryster. Perlerne blev derefter vasket en gang med WB1 buffer ved stuetemperatur i 15 minutter og tre gange med WB3 puffer ved 65 ° C i 15 min. Det bundne DNA blev elueret med puffer elueres og amplificeres under anvendelse af følgende program: 98 ° C i 30 s (1 cyklus); 98 ° C i 25 s, 65 ° C i 30 s og 72 ° C i 30 s (15 cykler); og 72 ° C i 5 minutter (1 cyklus). PCR-produktet blev oprenset under anvendelse SPRI perler (Beckman Coulter Genomics, Danvers, MA, USA), ifølge fabrikantens protokol. De berigelse biblioteker blev sekventeret på en Illumina HiSeq 2000 sequencer for parret ende sekventering af 100-bp læser.

Dataanalyse og variant fortolkning

Efter HiSeq 2000 sekventering, høj kvalitet læser blev hentet fra rå læser ved at frafiltrere lav kvalitet læser og adapter sekvenser ved hjælp af Solexa QA-pakken og cutadapt programmet (https://code.google.com/p/cutadapt/), hhv. SOAPaligner (https://soap.genomics.org.cn/soapsnp.html) blev anvendt til at justere de rene Læs sekvenser til hg19 menneskelige henvisning genom. Sekventeringsresultaterne er opsummeret i tabel 1.

Efter PCR dubletter blev fjernet ved Picard software (https://picard.sourceforge.net/) blev SNPs indledningsvist identificeret ved hjælp af SOAPsnp programmet. Den læser blev efterfølgende udrettet til referencen genom ved hjælp BWA (https://bio-bwa.sourceforge.net/), og indels blev identificeret ved hjælp af GATK programmet (https://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php /Home_Page). De identificerede SNP’er og indels blev kommenteret hjælp af exome-assistent program (https://122.228.158.106/exomeassistant). MagicViewer blev brugt til at se på kort læse tilpasning og validere kandidatlandene SNPs og indels. Varianter blev indledningsvis filtreret hvis de optrådte i 1000 genomer Project database, i ESP6500 databasen med en mindre allel frekvens tærskel på 0,05, i dbSNP databasen, og i 300 in-house Asian Genome database [5]. De resterende varianter blev yderligere screenet ved hjælp af Katalog over somatiske mutationer i Cancer (COSMIC) database.

For at definere patogenicitet af varianterne, vi evalueret alle de identificerede varianter og indels ifølge ACMG retningslinjer [4]. Varianter blev defineret som potentielt patogene, hvis de producerede en afkortning codon, en initieringskodon, eller en splejsningsdonor /acceptor effekt, eller hvis virkning på proteinfunktion relateret til sygdom fænotype er rapporteret i litteraturen. Ellers blev det missense, lydløs, og intron varianter defineret som varianter af usikker betydning (VUS). Den VUS blev yderligere vurderet af tre algoritmer, nemlig PROVEAN, støvtætte, og PolyPhen-2, til at forudsige virkningerne på protein funktion [12-15].

Alle sekventering data (FASTQ) blev deponeret i SRA database af National center for Biotechnology Information (NCBI, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) med følgende numre tiltrædelse: SRR1563024, SRR1563027, SRR1563036, SRR1563037, SRR1563039, og SRR1563041. Tabel 2 viser de enkelte patienter og deres tilsvarende SRA deponeringsnumre.

Primer design, PCR-amplifikation, og Sanger sekventering

De dårligt dækket regioner fra NGS blev forstærket og bekræftet af Sanger sekventering. Varianterne identificeret ved multiplex genetisk sekventering blev også valideret med Sanger sekventering. Kort fortalt, blev primere designet ved hjælp af Primer3 software [16]. Primersekvenser til validering, er anført i S2 tabel. Identificerede varianter, herunder

WRN

(c.4108DelA),

DICER1

(c.A3334G), og

ELAC2

(c.A248G), blev opformeret i to eksemplarer fra genomisk DNA af de seks familiemedlemmer ved hjælp Hot FirePol DNA-polymerase (Solis Biodyne, Tartu, Estland). Sanger sekventering blev udført ved hjælp af Big Dye Terminator Cycle v1.1 Sequencing Kit (Applied Biosystems, Carlsbad, CA, USA) og ABI Prism 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems).

Resultater

Klinisk funktioner

proband er en 55-årig kvinde (figur 1, II: 1), som er den ældste af fem søskende. Hun oplevede vaginal blødning, og hendes menorrhea havde stoppet i en alder af 48 år. Transvaginal ultralydsscanning viste en 8-mm patologiske masse på højre side af livmoderhulen. Magnetisk resonans (MRI) af bækkenhulen foreslog endometriecancer, og et frosset snit af massen var i overensstemmelse med endometriecancer. Hysterektomi blev udført, og resultatet af postoperative patologi bekræftede MRI resultater. Patienten undergik strålebehandling efter kirurgi. Hun udviste ingen symptom på tumor tilbagefald eller metastaser 6 måneder efter operationen, og fortsætter med opfølgende check-ups hver 6. måned.

stamtavle af individer med kræft er repræsenteret af sorte cirkler (lunge adenocarcinom) og en gitret cirkel (endometriecancer). En linje gennem et symbol angiver, at personen er død. Mutationen status

WRN

,

DICER1

, og

ELAC2

præsenteres i hver person, der undergik multiplex genetisk sekventering. Et plustegn repræsenterer en mutant type, og et minustegn repræsenterer en vildtype

probanden søster, en 50-årig landmand og ikke-ryger (figur 1, II: 2)., var ved godt helbred, indtil hun oplevede en wracking hoste, opspyt produktion, og brystet nød i 2012. hun gennemgik en CT-scanning i First Affiliated Sygehus, School of Medicine, Zhejiang University. Scanningen viste multiple masser af forskellige størrelser fordelt over hele lungen og intensiveret diffus lymfatisk permeation. CT-vejledt perkutan biopsi af lungen og histopatologisk undersøgelse viste lungeadenokarcinom. Karakteren IV tumor var ubrugeligt; således, accepterede hun systematisk behandling, som omfattede kemoterapi og traditionel kinesisk medicin. Patienten døde i februar 2014 en alder af 52 år

probanden mor, en 80-årig landmand og ikke-ryger (figur 1, I: 1)., Var ved godt helbred. I hendes fysisk undersøgelse, gennemført i 2013, bryst radiografi afslørede en 5-cm phyma i nederste højre lunge. Ingen andre symptomer blev registreret. For yderligere diagnose og behandling, gennemgik hun en omfattende check-up, som omfattede en brystet og maven CT-scanning, hoved MRI, og knogle emission CT-scanning på First Affiliated Sygehus. Resultaterne viste knoglemetastaser i fjerde og femte vertebra lumbalis. CT-vejledt perkutan biopsi af lungen blev udført, og histopatologisk undersøgelse demonstrerede lungeadenocarcinom. Patienten var ikke en egnet kandidat til kirurgisk terapi. Hun opgav behandlingen på grund af fremskreden alder og finansielle begrænsninger. I opfølgningen undersøgelse foretaget 6 måneder efter diagnosen, hun er stadig i live, men hendes hoste og knoglesmerter blevet forværret. Probanden tre yngre søstre er stadig sund. Deres far var død af en ulykke for 30 år siden.

WRN

læserammeskiftemutation

Den identificerede roman

WRN

læserammeskiftemutation c.4108DelA (s. N1370Tfs * 23) blev fordelt mellem moderen (i: 1), proband (II: 1), andet søster (II: 2), yngste upåvirkede søster (II: 5); men det er fraværende i de andre to upåvirkede søstre (II: 3 og II: 4), som bestemt ved multiplex genetisk testning (tabel 2).

WRN

mutation resulterede i et rammeskift, der indførte en stopkodon 23 aminosyrer nedstrøms for mutation i exon 34, som forventes at producere et trunkeret

WRN

protein. Vi screenede yderligere

WRN

mutation i en kohorte af 300 interne poster i den asiatiske Genome database. Den c.4108DelA (N1370Tfs * 23) mutation blev aldrig fundet hos raske personer. Den læserammeskiftemutation af

WRN

defineres som potentielt patogene, ifølge ACMG retningslinjer. Ingen typiske præsentation af Werner syndrom blev observeret, fordi de skadelige

WRN

mutationer er heterozygote i identificerede medlemmer af denne familie.

Identifikation af andre kimcellelinje mutationer

missense mutation c .A3334G (p.N1112D) af

DICER1

blev identificeret i både lungekræftpatienter, nemlig den berørte mor (i: 1) og den anden datter (II: 2); Men det var til stede i de andre medlemmer af familien (tabel 2).

ELAC2

mutation c.A248G (p.Y83C) blev fundet i alle seks familiemedlemmer (tabel 2).

DICER1

ELAC2

mutationer blev defineret som VUS efter ACMG retningslinjer. For yderligere at undersøge effekten af ​​de tidligere nævnte kimlinie mutationer på protein-funktion, vi analyseret sådanne mutationer ved hjælp af forudsigelsesværktøjer PROVEAN, støvtætte, og PolyPhen-2.

ELAC2

(p.Y83C) blev forudsagt til at være skadelige ved PROVEAN, skade ved SIFT, og sandsynligvis skadelige ved PolyPhen-2.

DICER1

(N1112D) blev defineret som neutral, tolereres, og godartet ved PROVEAN, støvtætte, og PolyPhen-2. Tabel 3 viser de forudsigelse scoringer.

Validering af kimcellelinje mutationer af

WRN

,

DICER1

, og

ELAC2

Vi udførte Sanger sekventering på de identificerede kimlinie mutationer i

WRN

,

DICER1

, og

ELAC2

. Resultaterne af Sanger sekventering var uændret i forhold til multiplex gentest (figur 2).

(A) Sanger sekventering validering af

WRN

læserammeskiftemutation i hvert enkelt. De justeret NGS data

WRN

mutation fra moderen (I: 1).

WRN

rammeskiftmutation præsenteret en 1-bp sletning i CHR8: 31.024.663. Baserne efter A er vist med rødt, og A → C punktmutation i CHR8: 31.024.666 er vist med blåt.

WRN

læserammeskiftemutation c.4108DelA (p.N1370Tfs * 23) blev valideret af Sanger-sekventering hos moderen (I: 1), probanden (II: 1), den anden datter (II: 2) , og den yngste datter (II: 5); Men det var til stede i de andre to døtre (II: 3 og II: 4). (B)

DICER1

missense mutation c.A3334G (p.N1112D) blev valideret af Sanger sekventering i moderen (I: 1) og den anden datter (II: 2), men det var fraværende i andre medlemmer af denne familie. (C)

ELAC2

mutation c.A248G (p.Y83C) blev valideret af Sanger sekventering i alle medlemmerne af denne familie.

Diskussion

Multiplex gentest kombinerer selektiv gener opsamling og massiv parallel sekventering. Det letter effektivt samtidig genetisk analyse af et stort antal kandidatgener. Sammenlignet med den traditionelle trinvise gen-for-gen-screening ved hjælp af Sanger sekventering, qPCR, eller nukleotid massespektrometri, det betydelige fald i omkostningerne til DNA-sekventering gør multiplex Gentest en effektiv og økonomisk fordelagtig tilgang. Multiplex gentest er blevet anvendt i kliniske cancer genetik siden 2012 [17, 18]. Nylige publicerede undersøgelser har håndfast bevist den kliniske anvendelse af multiplex gentest i arvelig vurdering kræftrisiko [19-21]. I denne undersøgelse identificerede vi en roman

WRN

rammeskift mutation i tre kræftpatienter og en upåvirket familiemedlem hjælp multiplex test.

WRN

, et medlem af rekombinase Q familie af helicaser, spiller en vigtig rolle i DNA-reparation funktion, herunder beskyttelse af genomet fra unormal rekombination under kromosom segregering i mitose og opretholde genomisk stabilitet [22]. Mangler i

WRN

forårsage Werner syndrom, som er en sjælden autosomal recessiv lidelse karakteriseret ved tidlig aldring og cancer modtagelighed [23-26]. Alle mutationer identificeret i

WRN

forventes at trunkere

WRN

protein, med et tab af lokalisering signal nukleare (NLS) i den C-terminale region (aa 1370-1375); desuden den muterede

WRN

protein kan ikke transporteres til cellekernen [27]. Nedsat kerneimport er formentlig en væsentlig faktor, der bidrager til den molekylære patologi Werner syndrom. I denne undersøgelse, vi identificeret en heterozygot rammeskiftmutation (p.N1370Tfs * 23) i NLS af

WRN

C-terminale domæne. In vitro analyse har bekræftet, at cellelinjer fra

WRN

heterozygote individer indeholder reduceret

WRN

proteinekspression og reducerede helikaseaktivitet [28].

WRN

helicase aktivitet er nødvendig for at reparere DNA inter-streng tværbindinger (ICLs) i celler, og

WRN

samarbejder med

BRCA1

452-1079 i cellulær respons på DNA ICLs [29]. Selv om

WRN

heterozygot effekt som følge af haploinsufficiency formodes at være forbundet med

WRN

patogenese, skal undersøges nærmere denne hypotese.

DICER1

en vigtig tumorsuppressorgen, er en endoribonuclease der er vigtig i at generere microRNA og korte interfererende RNA’er [30]. Bærere af

DICER1

kønscellelinie mutation har vist sig at være i risiko for pleiotropisk tumor disposition syndrom [31-33]. Interessant, både moderen og den anden datter havde lungekræft, som almindeligvis præsenterer med genetiske variationer i

DICER1

. Tendensen viser, at

DICER1

kan spille en vigtig rolle i lunge carcinogenese. Yderligere funktionelle undersøgelser kan afklare den mekanisme af

DICER1

i lungekræft. Det identificerede

ELAC2

variant c.248A G sker inden for tre nukleotider af en splejsning vejkryds (intron1 /exon2) og kan påvirke gensplejsning. Den kodende region af

ELAC2

består af 826 aminosyrer af et metal afhængighed hydrolase, og dette gen er modtageligheden genet for familiær arvelig prostatacancer [34]. Andre undersøgelser fandt også, at genotype af

ELAC2

er forbundet med en høj risiko for sporadisk prostatakræft [35, 36].

Multiplex gentest af 90 kræft disposition gener ville producere genetiske varianter af usikker klinisk betydning, som omtales som tilfældige fund (IF). For

DICER1

ELAC2

, vi kan ikke direkte vurdere, om de identificerede missense mutationer forringe funktionen af ​​den resulterende protein. Selvom vi brugte beregningsværktøjer som PROVEAN, støvtætte, og PolyPhen-2 at forudsige, om de identificerede aminosyrer ændringer kan være funktionelt signifikant, blev der ikke direkte funktionel analyse anvendes. Den ACMG nyligt offentliggjorte anbefalinger til rapportering IF fås fra WGS og WES i klinisk og forskning test [37]. Vi brugte ACMG retningslinjer for at definere mutationer af

DICER1

ELAC2

som IF i denne undersøgelse. ACMG anbefalinger bør følges for multiplex gentest i klinisk onkologi. Informeret samtykke er meget vigtigt i NGS-baseret genetisk testning anvendes i klinisk onkologi. American Society of Clinical Oncology (ASCO) har skitseret de grundlæggende elementer i informeret samtykke til gentest anvendes til at vurdere risikoen for kræft. Desuden bør oplysninger om data privatlivets fred, datasikkerhed, prøvningslaboratorium licensure, tilgængelighed af genetisk rådgivning eller kræft vurdering genetiske risiko, og enhver mulighed for fremtidig anvendelse af DNA-prøver indarbejdes i informeret samtykke [38, 39].

Multiplex gentest succes identificeret sjældne variationer i kræft modtagelighed gener i denne undersøgelse. Men penetrans estimater for sådanne varianter fortsat usikre. Vores undersøgelse har visse begrænsninger. De 90 cancer gener blev udvalgt fra offentliggjort litteratur; Men en optimal multiple gen panel til klinisk brug onkologi mangler at blive defineret. Uden en direkte funktionel analyse, kan den kliniske effekt af identificerede sjældne variationer ikke forudsiges; Derfor kan det ikke være hensigtsmæssigt at bruge resultaterne til at vejlede patientbehandling. Desuden resultatet af den yngste datter med

WRN

læserammeskiftemutation kræver opfølgning. Selv om mere dybtgående studier er berettiget til at vejlede klinisk praksis, vores undersøgelse viser en tidlig indikator for den kliniske korrelation af multiplex gentest og fremhæver både fordele og ulemper ved store genomisk analyse i vurderingen kræft-risiko.

Støtte oplysninger

S1 Table. Kræftrisiko gener fra Cancer Gene Census

doi:. 10,1371 /journal.pone.0133020.s001

(XLSX)

S2 Table. Primer sekvenser for validering af Sanger sekventering

doi:. 10,1371 /journal.pone.0133020.s002

(XLSX)

Tak

Vi vil gerne takke patienterne og deres familier for deres samarbejde i undersøgelsen. Vi takker også Dr. Jian Wu for hans bidrag i at udføre eksperimenter og dataanalyse.