PLoS ONE: Omfattende Evaluering af One-Carbon Metabolisme Pathway genvarianter og Renal Cell Cancer Risk

Abstrakt

Introduktion

Folat og én-carbon stofskifte er knyttet til kræftrisiko gennem deres integrerende rolle i DNA-syntese og methylering. Variation i ét-carbon-metabolisme gener, især

MTHFR

, er blevet associeret med risiko for en række kræftformer i epidemiologiske studier, men lidt er kendt om nyrekræft.

Metoder

Tag enkelt nukleotid polymorfier (SNP) udvalgt til at producere høj genomisk dækning af 13 gen regioner af en-carbon stofskifte (

ALDH1L1

,

BHMT

,

CBS

,

FOLR1

,

MTHFR

,

MTR

,

MTRR

,

SHMT1

,

SLC19A1

,

Tyms

) og tæt forbundet glutathion syntesevejen (

CTH

,

GGH

,

GSS

) blev genotype for 777 renalcellecarcinom (RCC) tilfælde og 1035 kontroller i de central- og østeuropæiske undersøgelse Renal Cancer case-kontrol. Sammenslutninger af individuelle SNPs (n = 163) med RCC risiko blev beregnet ved hjælp ubetinget logistisk regression justeret for alder, køn og studiecenter. Minimum p-værdi permutation (Min-P) test blev anvendt til at identificere genregioner forbundet med risiko, og haplotyper blev vurderet inden for disse gener.

Resultater

blev observeret De stærkeste foreninger med RCC risiko for

SLC19A1 Hotel (P

min-P = 0,03) og

MTHFR Hotel (P

min-P = 0,13). En haplotype bestående af fire SNPs i

SLC19A1

(rs12483553, rs2838950, rs2838951, og rs17004785) var forbundet med en 37% øget risiko (p = 0,02), og sonderende stratificeret analyse foreslog foreningen var kun signifikant blandt dem i laveste tertil af grønt indtag.

konklusioner

Så vidt vi ved, er dette den første undersøgelse til omfattende undersøge variation i ét-carbon stofskifte gener i forhold til RCC risiko. Vi identificerede en roman forening med

SLC19A1

, hvilket er vigtigt for transport af folat i celler. Replication i andre populationer er forpligtet til at bekræfte disse resultater

Henvisning:. Gibson TM, Brennan P, Han S, Karami S, Zaridze D, Janout V, et al. (2011) omfattende evaluering af One-Carbon Metabolisme Pathway genvarianter og Renal Cell Cancer Risk. PLoS ONE 6 (10): e26165. doi: 10,1371 /journal.pone.0026165

Redaktør: Daniel Monleon, Instituto de Investigación Sanitaria INCLIVA, Spanien

Modtaget: Juli 12, 2011; Accepteret: September 21, 2011; Udgivet: 19 oktober, 2011

Dette er en åben-adgang artiklen, fri for alle ophavsrettigheder, og kan frit gengives, distribueres, overføres, ændres, bygget på, eller på anden måde bruges af alle til ethvert lovligt formål. Værket gøres tilgængeligt under Creative Commons CC0 public domain dedikation

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet delvist af Intramural Research Program for det amerikanske National Institutes of Health, National Cancer Institute, Division of Cancer Epidemiologi og Genetik, og ved tilskud TU2-CA-105.666. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

One-carbon-metabolisme henviser til et system af indbyrdes afhængige metaboliske veje, som letter overførsel af en-carbon-enheder og i sidste ende give forstadierne er nødvendige for DNA-syntese og reparation samt DNA-methylering. Indbyrdes omdannelse af forskellige former for folat er på fundamentet af en-carbon-metabolisme, og folatmangel har vist sig at forårsage DNA-strengbrud, formindsket DNA-reparation kapacitet, og afvigende mønstre for methylering [1]. Folat indtagelse har været forbundet med risiko for en række kræftformer, herunder de af colorectum, spiserør, mave, bugspytkirtel og [2] – [4]. Der vides kun lidt om sammenhængen mellem stofskiftet én-carbon og nyrekræft, selvom en undersøgelse foreslået folatmangel er forbundet med øget risiko [5].

En kandidat gen analyse af Moore et al. i en stor renalcellecarcinom (RCC) case-kontrol undersøgelse foretaget i Central- og Østeuropa undersøgt 10 SNPs i 5 en-carbon stofskifte gener og fundet en sammenhæng mellem den

MTHFR

677C T polymorfi og RCC risiko [ ,,,0],6]. Denne polymorfisme, hvilket resulterer i reduceret enzymaktivitet, er tidligere blevet forbundet med forskellige cancerformer, med den mest konsekvente beviser for en reduceret risiko for colorectal cancer [7] – [10]. Andre gener involveret i en-carbon stofskifte reaktioner omfatter

Tyms

,

MTR

,

MTRR

,

BHMT

,

SHMT

, og

ALDH1L1

(tabel 1, figur S1).

FOLR1

,

SLC19A1

GGH

gener kan også være vigtig, da de er involveret i folat transport og tilgængelighed.

CBS

,

CTH

og

GSS

er en del af en relateret vej, hvor homocystein omdannes til glutathion, som har vist sig at ændre kræftrisiko på grund af sin rolle i antioxidant reaktioner og fase II miljøfremmede metabolisme [11]. Foreningen af ​​disse gener med nedsat risiko kræft er ukendt.

Vi har udvidet på de tidligere resultater af Moore et al. til mere omfattende undersøge genetisk variation på tværs

MTHFR

og 12 ekstra kandidat gener involveret i folat transport, et-carbon metabolisme og glutathion-syntesen. Vi undersøgte sammenhængen mellem RCC risiko og 163 tag SNPs, der leveres høj genomisk dækning på 13 mål genregioner blandt RCC sager og kontroller fra Centraleuropa, et område med nogle af de højeste forekomster af RCC forekomst og dødelighed på verdensplan [12].

Materialer og Metoder

Undersøgelse Befolkning

De central- og østeuropæiske renalcellecarcinom (CEERCC) Undersøgelse, hvis enkeltheder er blevet beskrevet tidligere [13], er en multi-center , sygehus-baserede case-kontrol undersøgelse fra august 1999 til januar 2003. sager bestod af 1.097 patienter nydiagnosticerede med histologisk bekræftet RCC, aldre 20-79, rekrutteret fra centre i Rusland (Moskva), Rumænien (Bukarest), Polen ( Lodz) og Tjekkiet (Prag, Olomouc, Ceske Budejovice, Brno). Diagnostiske oplysninger blev ekstraheret fra sygehusjournaler ved uddannet medicinsk personale. Støtteberettigede kontroller omfattede 1.497 patienter indlagt på samme hospital som sager, men for betingelser ikke er relateret til rygning eller urogenitale lidelser. Kontroller blev frekvens matches til sager baseret på alder (± 3 år), blev sex og studiecenter (herunder hospital rekruttering), og begge sager og styrer kræves for at have været bosiddende i undersøgelsen midterste område i mindst et år på det tidspunkt rekruttering. Svarprocenten varierede fra 90,0 til 98,6% for sager og 90,3-96,1% for kontrol, og alle undersøgelsens deltagere var kaukasisk. Blodprøver blev opsamlet og genomisk DNA, ekstraheret fra fuldblod buffy coat anvendelse af en standard phenol-chloroform ekstraktion metode blev opnået for 987 tilfælde (90%) og 1.298 kontroller (88%). Skriftligt informeret samtykke blev opnået fra alle patienter og deres læger, og undersøgelsen blev godkendt af de institutionelle anmeldelse bestyrelser National Cancer Institute (NCI), Den Internationale Agentur for Kræftforskning (IARC), og hver studiecenter.

data Collection

uddannet personale udført in-person, interviews og brugte standardiserede spørgeskemaer til at indsamle oplysninger om demografi, uddannelse, rygning, kost, antropometriske foranstaltninger, og medicinsk, familie og erhverv historier. Alle tilfælde blev interviewet inden tre måneder RCC diagnose. Vurdering af indtagelse gennem kosten har tidligere [14] blevet beskrevet. Kort fortalt maden frekvens spørgeskema (FFQ) bestod af 23 fødevarer /kategorier, der er udvalgt med lokale efterforskere til at fange forbrugsmønstrene i disse særlige områder. Hyppigheden af ​​forbruget af hver fødevare blev vurderet ved hjælp af seks kategorier, der spænder fra aldrig til daglig. Mad gruppekategorier blev dannet på baggrund af indtagelse af lignende fødevarer (fx korsblomstrede grøntsager inkluderet rosenkål, broccoli og kål). Vurderingen af ​​grønt indtag, der er designet til omfattende dækning indtag i denne region gennem 1999 [14], var baseret på de otte specifikke grøntsager almindeligvis spises i regionen (gulerødder, kål, spinat, broccoli, rosenkål, løg, græskar, tomater) plus en ekstra kategori for “andre friske og konserverede grøntsager”. Tertiles af grønt indtag blev beregnet på grundlag af forbruget frekvenser rapporteret blandt kontroller.

Genotypning

Genotypning blev udført ved NCI Core Genotypning Facility (CGF) ved hjælp af en Illumina GoldenGate® Oligo Pool Alle (OPA ) assay. CGF personale blev blindet til case-kontrol status og prøver blev blændet og randomiseret på PCR-plader. Duplicate genotypning blev udført for en tilfældigt udvalgt 5% af prøverne for kvalitetskontrol. Genotypebestemmelse blev udført på en delmængde af 777 tilfælde (70,8%) og 1.035 kontroller (70,1%), der har givet tilstrækkelig kvalitet og mængde af DNA, der kræves til brug af Illumina® OPA-analysen. Den genotype gennemførelsesprocenten var større end 98% for alle SNPs undtagen rs6519519 (97%). Kvalitetskontrollen konkordans sats var 98% eller mere for alle SNP’er undtagen rs1476413 (94%), rs11121832 (96%), rs234712 (95%), rs4646768 (97%), og rs13069815 (96%). Ni kandidat SNP’er (tabel S1) blev genotype tidligere på CGF ved hjælp af en valideret TaqMan assay, kan detaljer som findes på https://snp500cancer.nci.nih.gov/home.cfm. Metoder og resultater for disse ni SNP’er, tidligere rapporteret af Moore et al. [5], blev inkluderet i vores analyser for genbaserede tests samt identifikation og afprøvning af haplotyper i multivariable og stratificerede analyser.

Gener blev udvalgt

a priori

baseret på deres rolle i én-carbon stofskifte eller tæt forbundet glutathion syntesevejen (

CBS

,

CTH

og

GSS

). Genotyper blev opnået for 167 tag SNPs udvalgt til at levere høj genomisk dækning (80-90%) i 13 kandidatgener involveret i stofskiftet ét-carbon og glutathion-syntese (se tabel 1, figur S1). Tag SNPs blev udvalgt blandt almindelige varianter (mindre allelfrekvenserne ≥5%) findes i kaukasiere bruger et tag SNP metode [15] med en r

2 0,80. Regionerne 20 kb opstrøms transkriptionsstartsitet og 10 kb nedstrøms for det sidste exon ved anvendelse HapMap CEU data (https://www.hapmap.org) blev inkluderet til tag udvælgelse SNP at sikre grundig dækning af hver målgen. Ikke-synonyme SNP’er og dem med formodede funktionelle betydning blev også inkluderet i vores analyse. Alle SNPs inkluderet i denne undersøgelse er rapporteret i National Cancer Institute SNP500Cancer database (https://snp500cancer.nci.nih.gov) [16]. Ingen afvigelser fra forventede Hardy-Weinberg proportioner (chi-square test, p 0,05 for afvigelser) blev observeret for genotypefrekvenser blandt kontrollerne

Statistiske Analyser

En sekvens af analyser blev anvendt til. omfattende undersøge sammenslutninger af enkelte SNPs, gener, gen regioner, og haplotyper med RCC risiko, mens der tegner sig for flere test. Odds ratio (OR) og 95% konfidensintervaller (CIS) for foreningen af ​​hver enkelt SNP med RCC risiko blev bestemt ved hjælp af ubetinget logistisk regression under forudsætning af en co-dominant model af arv for SNP genotyper. For lineær tendens tester homozygotiske fælles, heterozygote og homozygote sjældne grupper blev kodet som 0, 1 eller 2 henholdsvis svarende til antallet af sjældne alleler. Logistik regressionsmodeller blev justeret for alder (kontinuerlig), køn, og land. Yderligere justering for rygning, selvrapporteret hypertension eller body mass index ikke mærkbart ændrer risikoestimater ( 5%). Multiplikative interaktioner mellem SNPs og disse RCC risikofaktorer blev evalueret af likelihood kvotientkriteriet sammenligner modeller med og uden interaktion vilkår, men vi fandt ingen tegn på effekt modifikation.

Global betydning af sammenhænge mellem de enkelte gener og RCC risiko blev vurderet ved hjælp af den mindste p-værdi permutation (min-P) test [17], [18], som kombinerer information om det sæt af SNP-RCC foreninger inden for et gen og tegner sig for sammenhængen mellem SNPs. Slutninger er baseret på permutation fordeling af minimale p-værdi blandt sættet af SNP’er i et gen. Min-P tests blev justeret for multiple sammenligninger mellem gener ved hjælp Benjamini og Hochberg s False Discovery Rate (FDR) procedure [19], [20]. For gener identificeret ved de enkelte SNP eller min-P tests blev en haplowalk glidende-vinduet tilgang ansat i hvilke sammenhængende 3 SNP vinduer blev undersøgt for at identificere kromosom regioner af interesse for yderligere analyse af haplotyper. For hver 3 SNP vinduet, Haplostats pakken (version 1.3.1) i R (version 2.4.1) blev anvendt til at rekonstruere haplotypefrekvenser i tilfælde og kontroller under anvendelse af en forventning maksimering (EM) algoritme og at teste for association med case-kontrol status ved hjælp generaliserede lineære modeller (haplo.glm) og en Wald test. SNP vinduer med en FDR-justeret p-værdi under 0,1 blev anset for at betegne et område af interesse.

Bindingsuligevægt (LD) mellem SNP’er blandt kontrolindivider blev bestemt under anvendelse af Haploview programmet [21] til at beregne r

2 værdier. Baseret på resultaterne af haplowalk procedure og den fundne LD struktur blev haplotype-blokke udvalgt til yderligere analyse. For disse blokke blev haplotyper rekonstrueret og foreninger med case-kontrol status (periferi og 95% CIS) blev evalueret i Haplostats i R, med justering for alder ( 50, 50- 60, 60- 70 og 70 + år), køn og studiecenter. Den mest almindelige haplotype tjente som reference, og haplotyper med en anslået hyppighed på mindre end 5% blev kombineret i en separat “sjældne” haplotype gruppe. Yderligere analyser undersøgte haplotype foreninger inden lag af vegetabilsk eller alkohol indtag (baseret på tertiles forbrug blandt kontroller). En sandsynlighed kvotientkriteriet sammenligne pasform modeller med og uden interaktion vilkår blev anvendt til at evaluere heterogenitet genotypefrekvenser blandt lande, men vi havde ikke observere nogen tegn på heterogenitet. Statistiske analyser blev udført ved hjælp af SAS-version 9.1 (SAS Institute, Cary, NC), medmindre andet er angivet.

Resultater

Demografiske og livsstil karakteristika for alle deltagere, og genotypede deltagere i CEERCC undersøgelsen er vist i tabel 2. fordelingen af ​​RCC risikofaktorer i succes genotypede deltagerne svarede til alle deltagere. De fleste af deltagerne var fra Tjekkiet, og tilfælde var mere tilbøjelige til at være fra dette land end kontroller. Sager var mere tilbøjelige til at være overvægtige (BMI 30 kg /m

2). Og mindre tilbøjelige til at være rygere, selv om foreningen med rygning ikke længere var til stede efter justering for alder, køn og studiecenter

Resultater fra den enkelte SNP og gen-baserede minimum p-værdi permutation (min-P) tests er vist i tabel 1. de stærkeste foreninger med RCC risiko blev observeret for

SLC19A1 Hotel (P

min-P = 0,03) og

MTHFR Hotel (P

min-P = 0,13). To individuelle SNP’er tagging

SLC19A1

region, rs12483553 og rs17004785, var signifikant forbundet med RCC efter justering for multiple test (FDR-justeret P

trend = 0,03 for hver). Foreningen for hver SNP var lidt svækket, da begge blev medtaget sammen i den logistiske regressionsmodel. Den haplowalk analyse også identificeret

SLC19A1

som et område af interesse, med en FDR-justeret p-værdi på 0,02 for den mest betydningsfulde 3-SNP-vinduet. Baseret på haplowalk analyse og LD struktur blandt kontrolpersoner, identificerede vi en blok af fire tag SNPs at undersøge i haplotypeanalyse (rs12483553, rs2838950, rs2838951, og rs17004785). A-C-C-C-haplotypen var forbundet med en signifikant 37% øget RCC risiko sammenlignet med den hyppigste haplotype, G-C-G-G (tabel 3). De to SNP’er identificeret i enkelt SNP analyse synes at være køre haplotype resultat, som andre haplotyper, der ikke omfattede den mindre allel for rs12483553 eller rs17004785 havde ikke anderledes RCC risici i forhold til referencen haplotype. Efter stratificering, vi observeret, at både de enkelte SNP’er og A-C-C-C-haplotypen var signifikant forbundet med RCC risiko kun blandt dem i den laveste tertil af grønt indtag (tabel 4). Den overordnede fordeling af

SLC19A1

haplotyper afveg signifikant (P

global = 0,05) mellem tilfælde og kontroller inden for laveste tertil af grønt indtag, men ikke inden midten eller højeste tertil. Power var begrænset, og test for samspil mellem de enkelte haplotyper og grønt indtag gav ikke nogen signifikante interaktioner (tabel 4). Der blev ikke observeret nogen forskel i haplotype distributioner eller individuelle SNP effekter i analyser stratificeret efter alkoholindtagelse for nogen af ​​de undersøgte gener.

Vi udnyttet data fra en nylig genom-dækkende forening undersøgelse (GWAS) af nyrekræft [22] med over 3700 kaukasiske tilfælde og 8400 kontroller for at se specifikt på sammenhængen mellem de to betydelige

SLC19A1

SNPs identificeret i vores undersøgelse og RCC risiko i GWAS befolkning. Begge SNPs var forbundet med RCC risiko (p = 0,01 for rs12483553; p = 0,04 for rs17004785), men ikke på et niveau, tilstrækkeligt til genom-dækkende betydning i en agnostiker GWAS undersøgelse

En tidligere analyse af Moore et. al. i CEERCC studiepopulation fundet en signifikant sammenhæng mellem den kendte funktionelle SNP i

MTHFR

(rs1801133, 677C T) og RCC risiko [5]. Vi har udvidet den tidligere resultat ved omfattende undersøge gen regionen at vurdere, om yderligere varianter i genet var forbundet med RCC risiko, men ingen var signifikant i det indre SNP analyse. Vi identificerede et område af interesse baseret på haplowalk analyse og testet haplotyper at undersøge, om de supplerende oplysninger ud over 677C T SNP (tabel 3). To haplotyper viste sig at være signifikant associeret med RCC risiko, men resultaterne er i overensstemmelse med variation ved 677C T kørsel foreningen. Stratificering af grønt indtag viste, at to

MTHFR

haplotyper var forbundet med RCC risiko i den lave eller midten tertiles (tabel 4), mens der ikke haplotyper var signifikant blandt dem i den højeste tertil. Men virkningen af ​​grønt indtag på genotype var relativt svag, da de globale p-værdier for haplotyperne ikke var signifikant i nogen vegetabilsk tertil og testning af interaktioner havde lav effekt, men var ikke signifikant (tabel 4).

Ingen signifikante associationer blev observeret for individuelle SNP’er eller genbaseret min-P test for de andre én-carbon-gener genotypede i denne undersøgelse (tabel 1). Derfor har vi ikke undersøge specifikke haplotyper for disse gener. Resultater for de enkelte analyser af alle SNP’er kan findes i tabel S1.

Diskussion

Vi har udført en analyse af 163 tag SNPs i 13 gener relateret til én-carbon stofskifte, folat transport, og glutathion-syntesen i forhold til risiko for renalcellecarcinom. Vi identificerede en hidtil ukendt gen region, der væsentligt var forbundet med RCC risiko. Specielt har en region proksimalt til den kodende region af

SLC19A1

viste sig at indeholde to SNP’er, der var forbundet med risiko for RCC, og en haplotype indeholder den mindre allel for begge disse SNPs var forbundet med en signifikant 39% øget risiko. Foreningen var særlig tydelig blandt deltagere, der rapporterede lavt indtag grøntsag, som kan være en proxy for folat indtag /status. Støtte vores resultater, blev de to signifikante

SLC19A1

SNPs i vores undersøgelse også forbundet med RCC i en nylig GWAS undersøgelse af nyrekræft [22], men ikke på et niveau af genom-dækkende betydning. Vores resultater er nye og kræver replikation i andre undersøgelser, der kan undersøge vegetabilsk eller folat indtag.

Der er en biologisk begrundelse for en inddragelse af

SLC19A1

gen i kræftrisiko.

SLC19A1 Salg koder for reduceret folat bærer (RFC), som transporterer reducerede folater og antifolatlægemidler i pattedyrceller [23]. Mennesker er i stand til at syntetisere folater, som er på grundlaget for reaktionerne fra en-carbon stofskifte, så tilstrækkelig folat skal forbruges, effektivt absorberes og transporteres til celler og væv. RFC udtrykkes ubikvitært, herunder i høje niveauer i nyren, og er den største transportsystem for folater i de fleste væv [23]. Ud for optag af folat fra blodet, er RFC også involveret i absorptionen af ​​folat i tarmen samt transport gennem den basolaterale membran i de renale tubuli [23]. Genetiske variationer i

SLC19A1

kan resultere i forskellige RFC aktivitet og dermed forskellige folat tilgængelighed. Folat-mangel har været forbundet med en række kræftformer, herunder RCC, gennem mekanismer, som menes at involvere sin rolle i tilvejebringelsen af ​​substrater for DNA-syntese og methylering [2] – [5].

Eksisterende evidens for en forening mellem

SLC19A1

og kræftrisiko er sparsom. Musemodeller tyder på, at niveauet af RFC dramatisk kan påvirke de neoplastiske processer, der fører til kolorektal cancer [23]. Variation i

SLC19A1

er ikke undersøgt i forhold til nyrekræft, men epidemiologiske studier har undersøgt sammenhængen af ​​dette gen med andre kræftformer. De fleste undersøgelser undersøgt en bestemt ikke-synonyme SNP (rs1051266, 80G A), som er blevet forbundet med ændringer i blodets koncentrationer af folat i nogle undersøgelser [24], [25], men ikke andre [26], [27]. Vi havde ikke genotype oplysninger til denne SNP, selvom det var moderat korreleret med en af ​​vores tag SNPs (rs2838951; r

2 = 0,59). Andre undersøgelser har vist mulige foreninger for rs1051266 med risiko for blære, esophageal, og lungekræft [28] – [30], men ikke med kolon, prostata, og brystkræft [31] – [34]. En nylig undersøgelse undersøgte tag SNPs af en-carbon-gener og fundet fem SNPs i

SLC19A1 Hoteller, som var signifikant forbundet med risiko for kolorektale adenomer, herunder rs1051266 [35]. En af de specifikke

SLC19A1

tag SNPs fundet at være forbundet med RCC risiko i vores undersøgelse, rs17004785, var ikke forbundet med risiko i studier af kolorektal cancer og kolorektale adenomer [31], [35].

haplotyper i både

SLC19A1

MTHFR

viste sig at være signifikant associeret med RCC risiko blandt deltagerne i laveste tertil af grønt frekvens, men ingen effekt af genotype blev observeret blandt dem i den højeste tertil. Grøntsager er gode kilder til folat, især i populationer såsom Østeuropa, hvor kornprodukter ikke er beriget med folinsyre. grønt indtag kan således være en grov tilnærmelse for folat indtag, i hvilket tilfælde vores resultater antyder, at virkningen af ​​genotype for disse folat-associerede gener kan være vigtigt, når folat indtag er lav. En række undersøgelser af

MTHFR

og kræftrisiko har vist en øget rolle af genetisk variation under lav-folat forhold [10], [36], og talrige eksempler støtter teorien om, at kosten kan ændre virkningen af ​​genetiske variation [37].

Så vidt vi ved, er dette den første undersøgelse til omfattende undersøge variation i ét-carbon stofskifte og folat transport gener i forhold til renal kræftrisiko, herunder undersøgelse af forskellige indtag af folat kilder. Vi brugte HapMap data med et tag SNP tilgang til at opnå høj (80-90%) genomisk dækning af generne af interesse, og undersøgte regioner opstrøms og nedstrøms for de kodende regioner. Desuden blev undersøgelsen udført i en population uden obligatorisk berigelse af kornprodukter med folinsyre; lignende undersøgelser i befæstede populationer med ensartet høj folat indtag kan ikke være i stand til fuldt ud at undersøge samspillet mellem folat indtag og genetiske virkninger relateret til folat transport og metabolisme. Andre styrker af vores undersøgelse var inddragelse af kun nydiagnosticerede og histologisk bekræftet renal kræftformer, en høj erhvervsfrekvens, og indsamling af biologiske prøver fra en høj andel af deltagere. Den etapevise analyse og korrektion for multiple test reducerede muligheden for type I fejl. Befolkning lagdeling er en mulig bekymring, men vi fandt ingen beviser for heterogenitet efter land, og bias fra befolkningen lagdeling er usandsynligt, at være betydelig i studier af kræft i ikke-spansktalende europæiske befolkning [38]. En begrænsning af vores undersøgelse er, at kosten instrument vurderingen i CEERC studiet er designet specielt til at vurdere indtagelsen af ​​de fødevarer, der oftest forbruges i undersøgelsen regionen, men det gjorde ikke fange mængden af ​​fødevarer forbruges. Kost blev vurderet efter sag diagnose, så husker bias er mulig, hvis tilfældet status påvirket hvordan deltagerne mindede deres kostvaner. I betragtning af de begrænsninger i vurderingen af ​​kost og behovet for replikation, bør vores analyser betragtes sonderende.

Afslutningsvis vi omfattende undersøgt genetisk variation i 13 gener associeret med én-carbon-metabolisme ved hjælp af et tag SNP tilgang og identificeret en ny sammenhæng mellem

SLC19A1

og renal celle kræft. Yderligere undersøgelser er nødvendige for at kopiere disse resultater og bedre forstå konsekvenserne af folat indtag.

Støtte Information

Figur S1.

Reaktioner af én-carbon-metabolisme. Et diagram, der viser reaktionerne fra en-carbon metabolisme (forenklet), herunder betydningen af ​​genprodukter fra de 12 kandidatgener i analysen (

GGH

ikke vist) og tilhørende vitamin cofaktorer. Tal i parentes [#] svarer til gener, der er anført i tabel 1.

doi: 10,1371 /journal.pone.0026165.s001

(DOC)

tabel S1.

Vigtigste effekter SNP-baserede analyser for gener i én-carbon stofskifte vej og RCC risiko.

doi: 10,1371 /journal.pone.0026165.s002

(XLS)