PLoS ONE: Mitochondrial haplogruppe og polymorfier Reveal Ingen foreningen med sporadisk prostatakræft i en sydeuropæiske Population

Abstrakt

Baggrund

Det er kendt, at mitokondrier spiller en vigtig rolle i visse kræftformer (prostata , nyre-, bryst- eller colorectal) og koronar sygdom. Disse organeller spiller en væsentlig rolle i apoptose og produktion af reaktive oxygenarter; derudover mtDNA afslører også historien om befolkninger og gammelt menneske migration. Alle disse begivenheder og variationer i mitokondrie-genomet menes at forårsage visse kræftformer, herunder prostatakræft, og også hjælpe os med at gruppere individer i fælles oprindelse grupper. Formålet med den foreliggende undersøgelse er at analysere de forskellige haplogruppe og variationer i sekvensen i mitokondrie-genomet af en sydlig europæisk population bestående af individer påvirket (n = 239) og ikke-påvirket (n = 150) med sporadisk prostatacancer.

Metode og vigtigste resultater

Brug primerforlængelse analyse og DNA-sekventering, vi identificerede de ni store europæiske haplogruppe og CR polymorfier. Frekvenserne af haplogruppe adskilte sig ikke mellem patienter og kontrol kohorter, mens CR polymorfi T16356C var signifikant højere hos patienter med pc i forhold til kontrollerne (p = 0,029). PSA, iscenesættelse, og Gleason score var forbundet med nogen af ​​de ni store europæiske haplogruppe. CR-polymorfier G16129A (p = 0,007) og T16224C (p = 0,022) var signifikant associeret med Gleason score, mens T16311C (p = 0,046) var forbundet med T-stadie.

Konklusioner og Betydning

Vores resultater tyder ikke på, at mtDNA haplogruppe kunne være involveret i sporadiske prostatakræft ætiologi og patogenese som tidligere undersøgelser udført i midten Europa befolkning. Selv om nogle væsentlige foreninger er opnået i at studere CR polymorfier, bør udføres yderligere undersøgelser for at validere disse resultater

Henvisning:. Álvarez-Cubero MJ, Saiz Guinaldo M, Martínez-González LJ, Álvarez Merino JC, Cózar Olmo JM, Acosta JAL (2012) Mitochondrial haplogruppe og polymorfier Reveal Ingen foreningen med sporadisk prostatakræft i en sydeuropæiske Befolkning. PLoS ONE 7 (7): e41201. doi: 10,1371 /journal.pone.0041201

Redaktør: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, United States.of Amerika

Modtaget: Februar 27, 2012; Accepteret: 18 juni 2012; Udgivet: 17 Juli 2012

Copyright: © 2012 Álvarez-Cubero et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Forfatterne har ingen støtte eller finansiering til at rapportere

konkurrerende interesser:. forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Prostatakræft er en af ​​de mest udbredte kræftformer diagnosticeret. hos mænd. Prostatakræft forekomst er karakteriseret ved et stort geografisk variation, der spænder fra få tilfælde (ca. 4-7 per 100.000) i de asiatiske lande til 70-100 tilfælde pr 100.000 i de nordiske lande i Europa og Nordamerika. I Italien og Spanien, satserne er temmelig lav i sammenligning med dem, der observeres i andre vestlige lande, og er den laveste blandt de Europæiske Union (EU) lande [1], [2]. Imidlertid har nogle konklusive undersøgelser blevet udført med hensyn til genetik denne kræft. Nogle lift undersøgelser [3] tilskriver en vigtig rolle at gener såsom ELAC2 (Elac homolog 2 (E. coli)) ved 17q, RNASEL på 1q24-25 (Arvelig prostatakræft gen 1 (HPC1)) [4], og MSR1 ( makrofag scavenger receptor 1) ved 8p22, der indeholder inaktiverende mutationer i de ramte medlemmer i mindst en prostatakræft familie. Ikke desto mindre, har andre undersøgelser ikke bekræftet foreninger ses med nogle af disse gener. Dette er tilfældet med den manglende sammenhæng mellem prostatakræft og RNASEL (2 ‘, 5’-oligoadenylate-afhængig RNase L) gen i en svensk [5] population. Situationen er endnu mere kompliceret i sporadisk prostatacancer, hvor, på grund af deres genetiske heterogenitet er det blevet foreslået, at mange gen loci, snarere end en enkelt specifikt gen, er involveret i prædisposition for denne kræft [6]. To forskellige typer mutationer kan findes i cancer. Somatiske mutationer forekommer i en enkelt celle i at udvikle somatisk væv. Generering af reaktive oxygenarter (ROS) forårsager mutationer i mitokondrie af somatiske celler. I modsætning hertil forekommer germinale mutationer i kønscellerne og kan gives videre til den næste generation, som i denne undersøgelse [7]. Mutationer i mtDNA (mitokondrie-DNA) har vist sig at opfylde alle de nødvendige kriterier for patogene mutationer forårsager prostatakræft [8]. Nogle af de mutationer er i COI (cytochrom c-oxidase) [8] eller COX7A2 (cytochrom c-oxidase subunit VIIa-polypeptid 2) [9] genet, og nogle mutationer er direkte relateret til kendte haplogruppe involveret i associering mellem mtDNA varianter og kompleks sygdomme, såsom renal og prostatacancer [10]. Det er blevet foreslået, at mtDNA mutationer kan adskilles i to typer: tilpasningsreaktioner og tumorigene (ikke-adaptative). Tilpasningsreaktioner mtDNA mutationer er mildere mutationer observeret i forskellige populationer [11]. Tumorigene mutanter omfatter mutationer såsom heteroplasmic indsættelser og sletninger [11]. Mutationer i forskellige typer af cancere er blevet observeret i både den ikke-kodende og kodende regioner af mtDNA, men hovedparten af ​​de identificerede mutationer er blevet beskrevet i D-loop-region (ikke-kodende region). Deletioner, indsættelser i D-loop-region og overgange er blevet observeret i bryst-, hepatocellulær og kolorektal cancer mtDNA sletninger såsom mtDNA4977 er blevet identificeret i prostatakræft [12] – [14] og endda nogle mtDNA mutationer er relateret til øget serum PSA [15], [16].

de særlige vanskeligheder med at forstå årsagerne til prostatakræft skyldes den heterogene karakter af sygdommen, dens ukendt ætiologi, og det faktum, at mange af de involverede gener har flere varianter blandt befolkninger, er stærkt påvirket af miljømæssige faktorer blandt befolkningerne, og en stor rolle for miljøeffekter [17] – [19].

Formålet med denne undersøgelse var at sammenligne hyppigheden af ​​mtDNA haplogruppe og CR ( kontrol region) polymorfier i 239 patienter med sporadisk prostatakræft til dem i 150 raske kontrolpersoner i Southwest Europa, som tidligere gjort i Korea [20] og Middle europæiske kaukasere [21].

Resultater

de ni store europæiske mtDNA haplogruppe og CR polymorfier blev analyseret i hele blodprøver fra 239 patienter med sporadisk prostatakræft og blev sammenlignet med 150 kontrolpersoner uden familiær kliniske historie patologi. Desuden blev kontroller bekræftet af normale PSA værdier med blodet under 4 ng /ml, samt normal rektal touch. De kliniske karakteristika for de patienter og kontroller er vist i tabel 1.

mtDNA haplogroup Distribution i patienter med sporadisk prostatakræft

Hyppigheden af ​​mitokondrie haplogruppe ikke adskiller sig væsentligt mellem patienterne med prostatakræft og kontrolpersonerne (tabel 2).

Disse ni vigtigste haplogruppe blev også sammenlignet med den spanske mitokondrie haplogroup fordeling, som det kan ses i figur 1.

CR polymorfier i patienter med sporadisk prostatakræft

mitokondrie CR blev sekventeret og analyseret mellem nukleotidpositionerne 16024 og 16365 (tabel S1 og S2). Et hundrede fireogtyve homoplasmiske polymorfier og en heteroplasmic polymorfi (16169Y) blev fundet blandt de 389 forsøgspersoner sammenlignet med den reviderede Cambridge henvisningen sekvens [22]. Af de 125 polymorfier opdaget, blev 13 ikke er anført i den menneskelige Mitochondriel Genome Database [23], og en blev hverken opført i MITOMAP [24] eller menneskelige Mitochondriel Genome Database [23].

Atten af ​​125 CR polymorfier blev detekteret ved en frekvens ≥4% i enten sporadiske prostatacancer eller kontrolgruppen (tabel 3). Disse blev underkastet yderligere statistisk analyse. En af dem blev 16356C (p = 0,029), viser sig at have en signifikant højere frekvens hos patienter med sporadisk prostatakræft sammenlignet med kontrolgruppen. En anden polymorfisme, 16278T har en p-værdi på 0,051 (tabel 3). Imidlertid blev betydningen tabt efter korrektion for multiple sammenligninger ved Bonferroni-analyse, et signifikansniveau på. 0,0004 kræves

bindingsuligevægt analyseresultater viser, at nogle CR polymorfier var ude af balance (p = 0,05); de standardiserede uligevægtsaspekter værdier er vist i tabel S3. Den T16356C substitution forbundet med patienter (p = 0,029) er knyttet til A16183C og T16189C (p 0,05). Mutationen C16278T (p = 0,051) er forbundet med C16069T, T16126C, T16172C, T16189C, og C16223T (p 0,05).

Analyse af kliniske parametre

Vi har også analyseret forholdet mellem kliniske parametre i forbindelse med tumorindtrængen og progression (PSA niveauer, Gleason score, og T-stadie) og haplogroup frekvenser, så vidt CR polymorfi.

Når de fem mest udbredte haplogroup frekvenser blev sammenlignet med de vigtigste kliniske parametre, der anvendes til at diagnosticere prostatacancer (PSA niveauer, Gleason score, og T-fase), blev ingen betydning forskelle observeret blandt prostatacancerpatienter (data ikke vist). Endvidere, når de kliniske parametre blev opdelt i kategorier: PSA niveauer (≤4.0, 4.1-10, 10.1-20, 20, 1000), Gleason score (2-6, 7, 8-10), og T -stage (A, B, C, D), ingen af ​​haplogruppe nåede statistisk signifikans (tabel 4).

Ved analyse CR polymorfier og kliniske parametre blandt patienter, sås kun signifikante forskelle i Gleason score og T-stadium. Varianten G16129A blev fundet i 8,79% af patienterne med en Gleason score mellem 2-6, i 0,42% af patienterne med en Gleason score på 7, og i 0,42% af patienterne med en Gleason score på 8-10 (p = 0,007). Desuden blev mutationen T16224C findes i 3,76% af patienterne med en Gleason score mellem 2-6, i 2,09% af patienterne med en Gleason score på 7, og i 0,41% af patienterne med en Gleason score på 8-10 (p = 0,022). Den T16311C substitution nåede signifikans sammenlignet med de fire T-stage kategorier: 1,67% af patienterne i kategori A, 9,21% i B, 1,67% i C og 1,67% i D (p = 0,046)

. diskussion

Menneskelig mitokondrie-DNA er almindeligt anvendt som et redskab i mange områder, herunder evolutionære antropologi og befolkning historie, medicinsk genetik, genetisk slægtsforskning, og retsvidenskab [25]. Den vigtigste rolle mitokondrier relateret til malignitet og kræft biologi er sandsynligvis på grund af deres afgørende funktion i dannelsen af ​​ATP og regulering af apoptose [8]. På grund af den høje mutationsfrekvens i 1,1 kb ikke-kodende kontrolregion (16.024-576), der er omkring ti gange højere end den mutationshastighed i de 15,5 kb kodende region (baserne 577-16023) [26], den ikke- kodende region er relativt beriget med sekvensvariation, og haplogroup oplysninger fås fra denne region. Disse haplogruppe har været relateret til visse onkologiske sygdomme, såsom bryst-, tyktarms-, og skjoldbruskkirtel [27] kræft, samt andre sygdomme, såsom AIDS [28].

Den mest udbredte haplogroup i denne population er H (45,6% hos patienter og 42,7% i kontroller), som også er den mest udbredte i Occidental Europa. Vi har også kendetegnet de andre otte vigtigste haplogruppe findes i den europæiske befolkning (I, U, K, J, T, W, X, og V) [29], og i et mindretal procentdel, de haplogruppe D, F, L, M, N, O, P, og R. Som det kan ses ud fra data, de haplogruppe H, U, og W var mere fremherskende i patienter end i kontrol, mens haplogruppe jeg var J og K observeret i kontrol ( tabel 2). Ikke desto mindre kunne ingen signifikante forskelle i haplogroup frekvenser mellem patienter med sporadiske prostatacancer og kontrolpersoner blive fundet, som også rapporteret af Mueller et al. [21], der udførte en case-kontrol undersøgelse af 304 patienter med prostata karcinom i Mellemøsten Europa. Men en undersøgelse i en nordamerikansk population af europæisk efterkommer rapporterede en forhøjet forekomst af haplogroup U i prostata carcinoma patienter [10]. En af begrænsningerne i vores undersøgelse er den begrænsede stikprøvestørrelse (239 patienter og 150 kontroller).

Sammenligning af haplogruppe i denne undersøgelse med, at der i den spanske befolkning [30], de procentsatser af mitokondrielle haplogruppe i Spanien var fundet at være meget lig de data opnået i vores analyse (46,53% H, 19,10% U, 9,03% T, 7,29% J, 5,56% K, og 1,74% i) (figur 1).

med henviser til den kliniske karakteristiske analyse blev der ikke observeret nogen sammenhæng mellem mitokondriel haplogroup og alder, PSA serumniveauer, Gleason score, eller T-stadium. Men når alle kliniske karakteristika blev kategoriseret, fandt man ingen sammenhæng med eventuelle haplogruppe skyldes, at det begrænsede antal patienter indskrevet ikke var nok til statistisk analyse i små undergrupper. Men de højeste PSA niveauer (10.1-20, 20, og 1000), blev og Gleason score (7 og 8-10), og øgede andele af T-stadie C fundet i patienter med haplogruppe H og U ( tabel 4)

SNPs i D-loop-regionen er blevet undersøgt ved andre tumorer (pancreas, bryst, eller melanom, blandt andre) [31] -. [33] som prædiktor risikofaktorer kræft. Derfor har vi også sammenlignet CR germinale polymorfier af mtDNA i sporadiske patienter med prostatacancer.

T16356C variant tidligere er blevet relateret til glioblastom [34] og brystkræft. I brystcancer, er det blevet medtaget som et kimlinjekonfiguration sekvensvariation [35]. Inden for vores prostatakræft kohorte viste T16356C mutationen markant forhøjede frekvenser i prostata cancer patienter sammenlignet med kontroller (p = 0,029). Den C16278T polymorfi er også blevet tidligere relateret til kræft, især brystkræft i Tan et al. [35], og til neurofibromatosis type 1 [36], samt til andre lidelser, såsom Parkinsons sygdom [37]. Blandt vores prostatakræft emner, har vi også fundet næsten signifikante forhøjede frekvenser i prostata cancer patienter sammenlignet med kontroller (p = 0,051). Det er imidlertid uklart, om disse polymorfier kan være involveret i tumordannelse eller progression, eller udvikling af de andre tidligere nævnte sygdomme.

A16183C polymorfi er etableret af MITOMAP [24] eller Human mitokondrie Genome Database [23] at være relateret til prostatacancer sygdom [11], [38]. Men i vores kohorte, vi fandt ikke en signifikant sammenhæng mellem denne polymorfi og sygdommen (p = 0,428). . I den analyse Jeronimo et al, har positionen 16183 blevet beskrevet som en mtDNA-mutation i prostatakræft af ændringen A → G [38]; undersøgelser udført af Makiko et al. har tilknyttet denne polymorfi til lungecancerpatienter [39].

Vi analyserede yderligere de kliniske parametre for at afgøre, om de CR polymorfier i patientens kohorte korrelerer med sygdom aggressivitet. De G16129A og T16224C polymorfismer blev fundet at være forbundet med mindre aggressive Gleason scorer (2-6) [40], med karaktererne tættest på 2 som mindst aggressive og dem ved siden 10 som den mest aggressive [41]. Den G16129A substitution er blevet beskrevet i kræft i skjoldbruskkirtlen og i kombination med T16362C, kunne have en effekt på mtDNA replikation og /eller transskription, samt på at øge risikoen for kræft i skjoldbruskkirtlen [27]. På den anden side har den T16224C mutationen blevet beskrevet hos patienter med non-melanom hudkræft, men der ikke er etableret forbindelse med sygdommen [42]. På at analysere vores resultater, kunne ingen stærk forbindelse etableres fordi Gleason score procentdele af denne variant var alle under 5%. Den T16311C variant blev fundet ved højere frekvens hos patienter med T-stadium B (også kendt som fase II), som omfatter cancere, der ikke har spredt uden for prostata (lokal cancer) [43], [44]. Denne polymorfisme er tidligere beskrevet af Chen et al. [45] som en mtDNA-mutation påvist i D-loop-regionen i neoplastiske læsioner dissekerede fra 16 prostatektomi prøver, men ingen oplysninger om kliniske funktioner var forudsat; Det har også vist sig at være signifikant associeret med human colorectal cancer [46].

Da kun CR og mitokondrie haplogruppe blev analyseret, mitokondrie kodende region polymorfier kan ikke udelukkes som mulige mutationer forbundet med prostatakræft [8], [47]. Somatiske mutationer i mitokondrie-DNA (mtDNA) er blevet identificeret i forskellige tumorer, herunder brystcancer [48], pladecellecarcinom [49], og prostatacancer [15], [50]. I pladecellecarcinom, blev de forbundet med bedre overlevelse. Men i brystcancer somatiske mutationer er foreslået at spille en kritisk rolle i progressionen af ​​canceren. Somatiske mutationer er hyppige begivenheder i prostatacancer. Mutationer kortlægning til mitokondrielle tRNA’er, ribosomale RNA og protein-kodende gener kan skade processer, der foregår inden for den mitokondrielle rum (fx transskription, RNA behandling, og oversættelse), og måske i sidste ende påvirke oxidative fosforylering [15]. Kimcellelinje og somatiske mutationer er også blevet beskrevet hos patienter med uterusfibromer [51] og prostatacancer [50], men der er ikke så mange oplysninger om disse som for somatiske mutationer i cancer. I denne undersøgelse kun blod genomiske DNA-prøver var tilgængelige, og ingen associationer mellem somatiske mutationer kunne bestemmes.

Som konklusion vores undersøgelse bekræfter den manglende sammenhæng mellem enhver mitokondrie haplogroup og sporadisk prostatacancer.

Metoder

Etik Statement

Denne undersøgelse overholdt Helsinki-deklarationen. Informeret samtykke blev opnået fra alle fag, før de blev indgået i undersøgelsen. Undersøgelsen og brug af arkiv prøver til dette projekt blev godkendt af den etiske komité på universitetet “Hospital Virgen de las Nieves,” Granada, Spanien.

Patienter og kontroller

Patienter med sporadisk prostata cancer blev udvalgt af en urolog, som også notationer om vigtige parametre for prostatakræft, såsom PSA-niveau, T-score, Gleason score, og andre oplysninger, herunder alder, fødested, og familie historie prostatakræft. Kort sagt, de egnede patienter var voksne mænd med en nylig diagnose af prostatakræft (n = 239). De kliniske funktioner i de udvalgte til undersøgelsen blev patienterne histopatologisk bekræftet primære adenocarcinom efter unormale serum PSA resultater og /eller nedre urinvejssymptomer. Vores patienter var ubeslægtede europæiske mænd med en gennemsnitsalder på 67,4 år og en gennemsnitlig Gleason score på 7,0, hvilket indikerer en dominerende vækstmønster af tumoren [52] – [54]. Sunde ubeslægtede europæiske mænd (n = 150) fra det samme geografiske område med ingen historie af prostatakræft blev inkluderet som kontroller (ingen PSA niveauer blev opdaget og klinisk udvikling over nogle år blev fulgt for at undgå herunder berørte mænd med prostatakræft som kontroller). Controls tilhørte samme aldersgruppe som patienter; de alle var mænd med sundhedsmæssige problemer som renal lithiasis eller andrologiske problemer, så PSA-analyse blev udført for at afskedige en mulig prostatakræft. De har alle normale PSA-værdierne med blodniveauer under 4 ng /ml, samt en normal rektal touch. Informeret samtykke blev opnået fra alle de emner i denne undersøgelse, som blev godkendt af den etiske komité af hospitalet. Perifere blodprøver blev taget fra alle deltagere (n = 389) i rør indeholdende K3-EDTA.

DNA Ekstraktion og Genotypning

Genomisk DNA fra patienter og kontroller blev ekstraheret fra perifert blod ved hjælp af standard organisk ekstraktionsprocedure ved phenol /chloroform /isoamylalkohol og proteinase K, og rensning med Microcon® 100 filtre (Millipore). Mitokondrie-DNA-sekventering og haplotypebestemmelse blev udført under anvendelse AmpliTaq Gold® PCR Master Mix (Applied Biosystems), som omfatter alle de kemiske komponenter, undtagen primerne og template, som er nødvendige til PCR i et GeneAmp System 2400 thermocycler. Hver PCR-reaktion blev udført i et totalt volumen på 25 pi indeholdende 1-2 ng /pi DNA, 0,5 pi af hver primer der dækker HVI (nukleotidpositioner 16.024-16.365) region, og 12,5 pi AmpliTaq Gold® PCR Master Mix ( Applied Biosystems). Amplificeringsbetingelserne var 95 ° C i 11 minutter efterfulgt af 32 cyklusser ved 95 ° C i 10 sek ved 60 ° C i 30 sekunder, og ved 72 ° C i 30 sek. Amplikonerne blev oprenset ved anvendelse Microcon® 100 filtre (Millipore). Sekventeringsreaktioner blev udført ved anvendelse ABI Prism® BigDye Terminator V.1.1 Cycle Sequencing Ready Reaction Kits. Hver sekventering Reaktionen blev udført i et samlet volumen på 10 pi indeholdende 3 pi af DNA, 3 pi af hver specifik primer, 2 pi kit, og 2 pi buffer fra ABI Prism® BigDye Terminator V.3.1 kit. De termiske cyklusbetingelser var 95 ° C i 1 min efterfulgt af 25 cykler ved 95 ° C i 15 sekunder, ved 50 ° C i 1 sek, og ved 60 ° C i 2 min. Den overskydende farvestof terminator blev fjernet ved gelfiltrering med Performa ® DTR Patroner (EdgeBio) og analyseres ved hjælp af automatiseret DNA sequencer ABI Prism® 3130 (Applied Biosystems). Resultaterne af analysen blev redigeret ved hjælp af ABI Prism® SeqScape® v.2.6 software.

Haplotype Tagging og statistisk analyse

haplogruppe defineres af CR polymorfier og enhver give vifte af mitokondrie-genomet kan anvendes til haplogroup klassificering, som er baseret på det fylogenetiske stabilitet mtDNA polymorfier. Tildelingen af ​​haplogruppe til prøverne blev udført ved anvendelse online software til mitokondrie-DNA, såsom haplogroup Prediction Tool af “The Genographic Project” [55], Aplo haplogroup søgning [56], og mtDNA udlejeren [57]. Desuden blev alle haplogruppe i denne undersøgelse bekræftes af web-programmer, såsom HaploGrep [58] og Phylotree [25]. Opnåede resultater blev analyseret og revideret af ekspertise personligt i området ved tilstedeværelsen eller manglen på nogle positioner i sammenligning med henvisning sekvens og kontrolleres ved brug af sidste version tilgængelig på Phylotree [25].

Ved hjælp af softwarepakken SPSS v.15.0 [59], udførte vi statistiske analyser, herunder χ

2 test, Fishers eksakte test, Monte Carlo afprøvning, og genererede kontingenstabeller. Hyppigheden af ​​alle mitokondrie haplogruppe og CR polymorfier i prostata cancer patienter og kontroller blev testet for uafhængighed ved hjælp Pearson chi-square statistik og Fishers eksakte test er relevant. Disse analyser blev udført for at teste for uafhængighed mellem haplogroup data og kliniske data, såsom alder (≤55, 56-60, 61-65, 65), Gleason score (2-6, 7, 8-10) , T-trin (A, B, C, D), og PSA niveauer (≤4.0, 4.1-10, 10,1-20, 20, 1.000). Alle tests anses den nominelle statistisk signifikans (p-værdi) for at være 0,05. Kun CR varianter med en frekvens ≥4% i enten prostatacancer eller kontrolgruppen blev udsat for yderligere statistisk analyse. Sammenslutningen af ​​T16356C med sygdommen blev justeret for alder ved logistisk regressionsanalyse. Til analyse af T16356C polymorfi betydelig p-værdi blev korrigeret for flere sammenligninger af Bonferroni analyse fører til en nye nødvendige signifikansniveau på 0,0004 (antal sammenligninger = 125). blev udført Linkage uligevægt analyse mellem alle par af CR polymorfier bruger 10.000 trin i Markov Chain og 1.000 dememorization trin. D, D ‘, og r2 koefficienter blev beregnet med et signifikansniveau på 0,05 ved hjælp af Arlequin v3.5 software [60].

Støtte oplysninger

tabel S1.

Kontrol region polymorfier og haplogroup klassificering for 239 patienter med sporadisk prostatakræft

doi:. 10,1371 /journal.pone.0041201.s001

(PDF)

tabel S2.

Kontrol region polymorfier og haplogroup klassificering for 150 kontroller med sporadisk prostatakræft

doi:. 10,1371 /journal.pone.0041201.s002

(PDF)

tabel S3.

Betydelig koblingsuligevægt for CR polymorfier

Doi:. 10.1371 /journal.pone.0041201.s003

(PDF)

Tak

Vi takker alle donorer og Forkyndelse af Urologi af universitetet “Hospital Virgen de las Nieves« (Granada, Spanien) for at gøre denne undersøgelse muligt. Vi takker også universitetet i Granada for at stille hele softwarepakke anvendes i analysen.